가. 청구법인은 2014.8.12. 주식회사 OOO로부터 OOO(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 OOO원에 취득하고 같은 일자에 취득세를 신고하면서 「지방세특례제한법」 제46조에 따른 ‘기업부설연구소용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’으로 하여 전유면적(118.33㎡)에 대하여 취득세 등 OOO원을 감면받았다.

나. 처분청은 이 건 부동산이 2018.7.16. 임대된 것을 확인하고 해당 기업부설연구소가 폐쇄된 것으로 보아 2019.4.15. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2018.8.9. 이 건 부동산을 임대하기로 하는 임대차계약을 체결하고, 2018.8.20. OOO에 해당 부동산을 인도하였는바, 이러한 사실은 상가입점 확인서 등을 통하여 알 수 있다. 2018.7.9.에 작성된 임대차계약서와 2018.8.9.의 임대차계약서가 존재하지만, 이는 당초 OOO이 이 건 임대차계약을 체결하는 과정에서 실질적으로는 OOO가 여행업에 참여하는 조건으로 2018.7.9.자로 가계약을 체결하였다가, OOO가 탈퇴하면서 OOO만이 임대차계약을 체결하기로 하면서 청구법인과의 사이에 2018.8.9.자 본계약이 체결되었다. 비록 가계약서상 임차인란에 OOO이라 기재되어 있지만, 그 아래에 “대표자”라는 직책으로 OOO가 기재되어 있으므로 이를 통하여 그러한 사실을 알 수 있다.

더욱이 이 건의 주요 쟁점은 임대차계약의 체결시기나 임대차계약서의 진정성이 인정되는지 여부가 아니라, “언제 인도가 이루어졌는지” 임에도 처분청은 이를 간과한 채 2개의 임대차계약서의 신빙성만을 비교하여 결론을 내렸고, 상가관리사무소에 방문하여 인도시기를 파악할 수 있었음에도 이를 누락하였다. 그리고, 처분청은 공인중개사가 입회하지 아니하고 당사자들 간에 임대차계약서를 작성하는 과정에서는 오기나 누락은 충분히 발생할 수 있음을 고려하지 않았다. 결국, 이 건 부동산의 인도일은 2018.8.20.이고 기업부설연구소로 인정받은 2014.8.12.부터 4년이 경과된 2018.8.12. 이후에 이루어졌다.

「지방세특례제한법」 제46조에서 “기업부설연구소 설치 후 4년 이내”라는 요건규정을 두고 있는바, 여기서 기업부설연구소 “설치”와 “인정” 그리고 부동산의 “취득”은 그 의미가 명백히 구분된다. 2014.7.25.에 인정된 이 건 기업부설연구소는 2014.7.16. 그 설치신고가 이루어진 것이고 「지방세특례제한법」 제46조 제4항 제2호에 따른 기산일은 2014.7.16.이므로 이 건 부동산의 인도는 설치후 4년 후에 이루어진 것임이 명백하다.

(2) 청구법인은 이미 2013.11.18.부터 기업부설연구소를 설치하여 운영하였고, OOO로부터 당초 2013.12.18. 기업부설연구소를 인정을 받았다. 다만, 당시 요건미비로 인정이 취소되었기에 다시 미비한 요건을 보완하여 2014.7.16. 다시 설치신고하여, 2014.7.25.에 인정을 받은 사실을 고려해보면, 청구법인에게 당초 이 건 부동산의 취득은 기업부설연구소를 설치하여 운영함으로써 연구개발을 촉진하기 위한 용도였다고 할 것이므로 이러한 점도 적극적으로 고려하여야 한다. 결국, 이 건은 청구법인의 사정을 전혀 고려하지 아니한 채 “정당한 사유”에 대한 객관적인 판단없이 이루어진 부당한 처분이므로 취소되어야 한다.

나.처분청 의견

(1) 청구법인은 2018.7.9. 이 건 부동산에 대하여 OOO와 임대차계약을 체결하였고, 그 계약에 근거하여 ① OOO는 해당 계약일에 임대보증금 OOO원을, 2018.8.16.에 1회차 월차임 OOO원(부가가치세 포함)을 각각 청구법인에게 지급하였고 청구법인은 2018.7.15. 기준으로 이 건 부동산 관리비를 중간정산하였다. 이 건 부동산의 관리사무소는 2018.7.15.까지는 청구법인으로부터 관리비를 이후에는 OOO로부터 관리비를 징수하고 있고, OOO는 2018.7.30. 국세청에 2018.7.16.자 사업장이전을 사유로 사업자변경등록을 한 것을 보면, 청구법인은 2018.7.16. 이 건 부동산에 설치한 기업부설연구소를 폐쇄한 사실이 인정된다.

청구법인은 이 건 부동산에 기업부설연구소로 설치 후 4년 이내에 연구소를 폐쇄하였으므로 취득세 추징대상에 해당한다. 관계 법령에서 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하면서 그 연구소 설치 후 4년 이내에 연구소 폐쇄 또는 다른 용도로 사용하는 경우 해당 부분에 대하여 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기서 규정하고 있는 연구소 설치일은 부동산 취득자가 연구소로 직접 사용하여야 하는 기간의 기산일이 되는 것이므로 부동산 취득일과 기업부설연구소 설치신고일 중 늦은 날이다.

청구법인의 주장대로 ‘연구소 설치일’을 부동산 취득일에 관계없이 기업부설연구소 설치신고일로 본다면, 임차한 부동산에 기업부설연구소를 설치한 후 3년 11개월이 경과하여 해당 임차부동산을 취득하여 취득세를 감면받더라도 단지 1개월만 직접 사용하면 취득세 추징대상에 해당하지 않는다는 결론이 도출되는바, 이는 기업의 경쟁력 향상을 위한 연구개발 투자를 확대시키고 이를 지원하기 위하여 기업부설연구소용으로 취득하는 부동산에 대해 세제지원을 하고자 하는 위 법령의 입법취지에 반한다. 따라서 청구법인은 적어도 2018.7.16.까지는 이 건 부동산을 기업부설연구소로 직접 사용하여야 하고 연구소 폐쇄 또는 다른 용도로 사용하여서는 안된다. 청구법인은 이 건 기업부설연구소를 설치한 후 4년 이내인 2018.7.16. 이를 폐쇄하였으므로 청구법인에게 취득세 등을 부과(추징)한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 2018.7.9.자 임대차계약은 가계약이고 2018.8.9.자 임대차계약이 본 계약이므로, 2018.8.9.자 임대차계약만이 본 계약으로서 유효하다고 주장한다. 그러나, ① 임차인의 인적사항이 잘못 기재되어 있는 점, ② 그 계약 내용에 2018.7.9.자 임대차 가계약에 대한 본계약임이 명시되어 있지 않은 점, ③ 임차인의 보증금 및 월차임 지급 등 자금의 흐름이 2018.8.9.자 임대차계약과는 일치하지 아니하고 오히려 2018.7.9.자 임대차계약에 부합하는 점 등으로 보아 청구법인이 주장하는 2018.8.9.자 임대차계약은 그 진정성 여부 등을 신뢰할 수 없다.

이 건 부동산 관리사무소의 2019.6.13.자 “상가입점확인서” 및 OOO의 2019년 6월 자술서가 위 2018.8.9.자 임대차계약의 진정성립을 입증한다고 볼 수 없으므로 계약의 진정성립과 청구법인의 2018.7.16.자 기업부설연구소 폐쇄는 무관한 것이므로 이에 터잡은 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 이 건 기업부설연구소가 설치된 후 4년 이내에 폐쇄된 것으로 보아 취득세 등을 부과(추징)한 처분의 당부

② (예비적 청구) 정당한 사유 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2014.8.12. 이 건 부동산을 취득하여 연구소 허가면적분(118.33㎡)을 ‘기업부설연구소’로 사용한 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 이 건 세무조사결과통지(2018.12.10.)의 주요 내용은 다음과 같다.

(나) 이 건 부동산 취득 및 OOO 연구소 인정현황은 다음의 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 이 건 부동산 취득 및 OOO 연구소 인정현황

(다) 과세전적부심사결정서(2019.3.12.)에서 발췌한 내용은 다음과 같다.

(라) 상가입점확인서(2019.6.13.)의 주요 내용은 다음과 같다.

(마) OOO이 작성한 확인서(2019년 6월)의 내용은 다음과 같다.

(바) 부동산 임대차계약서(2018.8.9.)에 따르면 청구법인은 2018.8.9. OOO에게 이 건 부동산을 임대차하기로 계약하였다.

(사) 부동산 임대차계약서(2018.7.9.)을 살펴보면 청구법인은 2018.7.9. OOO에게 이 건 부동산을 임대차하기로 계약하였다(임대차기간 2018.7.16.∼2019.7.15.).

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 주위적 청구에 대하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」 제46조에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제하도록 규정하면서 그 단서규정으로 해당 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. 「지방세특례제한법 시행령」 제23조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다.

청구법인은 이 건 기업부설연구소가 설치된 후 4년 이내에 폐쇄된 것으로 보아 취득세 등을 부과(추징)한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 지방세특례제한법 기본통칙 46-1에서 ‘연구소를 설치한 날’은 교육과학기술부장관으로부터 인정받은 날로 정의하고 있으므로 이 건 기업부설연구소인정일은 2014.7.25.으로 볼 수 있는 점, 예금계좌 거래내역 등에 의하면 이 건 부동산 보증금OOO은 2018.7.9., 월임대료는 2018.8.16. 각각 입출금되었는바, 청구법인은 2018.7.16. 이 건 부동산을 임대하였으므로 이 건 기업부설연구소 설치일부터 4년 이내에 다른 용도로 사용한 것으로 보이는 점 등에 비추어 해당 기업부설연구소가 설치되고 4년이 경과한 이후에 폐쇄되었거나 다른 용도로 사용되었다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 예비적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 이미 2013.11.18.부터 이 건 부동산에서 기업부설연구소를 설치하여 운영하였으나 일부 요건미비로 해당 연구소의 인정이 취소됨에 따라 미비점을 보완하여 2014.7.16. 다시 설치신고한 후 2014.7.25. 인정을 받은 것이므로 그 정당한 사유에 대하여 객관적인 판단없이 이 건 취득세 등을 부과(추징)하였다고 주장하나, 그 “정당한 사유”의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 납세자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등 다수, 같은 뜻임)인바, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하고 일부 요건의 미비로 당초의 기업부설연구소 설치인정이 취소됨에 따라 해당 부동산을 기업부설연구소로 사용한지 4년 이내에 다른 용도(임대)에 사용한 것은 법령에 의한 금지․제한 등 그 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다한 경우라기 보다는 청구법인의 경영의사결정에 따른 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 기업부설연구소를 설치한 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 해당 기업부설연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용한 것으로 보아 취득세 등을 부과(추징)한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법

제23조(기간의 계산) 이 법 또는 지방세관계법과 지방세에 관한 조례에서 규정하는 기간의 계산은 이 법 또는 지방세관계법과 해당 조례에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 「민법」을 따른다.

제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 과세물건을 취득하는 때

(2) 지방세특례제한법

제46조(연구개발 지원을 위한 감면) 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

(3) 지방세특례제한법 시행령

제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

(4) 민법

제157조(기간의 기산점) 기간을 일, 주, 월 또는 연으로 정한 때에는 기간의 초일은 산입하지 아니한다. 그러나 그 기간이 오전 영시로부터 시작하는 때에는 그러하지 아니하다.