가. 원고는 2005. 1. 1. 철도운영에 관한 사업의 전문성과 효율성을 높임으로써 철도산업과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 하여 설립된 공사이다.

나. 부산 중구 A 철도용지 4,775.5m(이하 '제1토지'라 한다), 부산 중구 B 철도용지 558,30m²(이하 '제2토지'라 한다), C 철도용지 994.30㎡(이하 '제3토지'라 한다), D 철도용지 1,465.20m(이하 '제4토지'라 한다), E 철도용지 148.60mi(이하 '제5토지'라 하고, 제1 내지 5토지를 합하여 '이 사건 토지들'이라 한다)는 국가 소유의 토지인데, 원고는 2005. 1. 1. 설립과 동시에 제1토지 중 2,027.10㎡ 지상의 F역 소화물 경비원 정류장 건물, F역 오물수집소 등의 시설물, 제4토지 중 674.63㎡ 지상의 컨테이너 야드(CY, 이하 'CY'라 한다) 장치 및 건축사업소 창고 등의 시설물 및 제2, 3, 5 토지 지상의 CY장치 등을 현물로 출자받아 그 때부터 현재까지 위 출자받은 시설물(이하 '이 사건 시설물'이라 한다)을 사용하면서 그 점유부분의 토지를 점유·사용하고 있다.

다. 이 사건 토지들 중 제1토지에서 원고가 점유하는 위 부분을 제외한 2,420m 지상에는 한국철도시설공단이 관리하는 전철모터카 검수 건물이 있고, 원고는 한국철도시설공단으로부터 위 건물의 사용승인을 받아 위 건물을 사용하고 있다. 또한 제4토지에서 원고가 점유하는 위 부분을 제외한 나머지 304.57 ㎡ 지상에는 폐쇄된 부산 G 건물이 있는데, 사단법인 H가 2004년 2월경부터 위 건물을 장애인 보호 및 재활시설로 사용하여 오고 있으나 적법하게 사용허가를 받지는 않은 상태이다.

라. 한편, 피고는 국유재산법 및 행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정에 의하여 위 토지들의 관리처분 업무를 수행하고 있었는데, 2008. 3. 24. 원고가 대부 또는 사용 · 수익허가를 받지 아니하고 2005. 1. 1.부터 2007. 6. 30.까지 제1토지, 제2, 3 토지 전부, 제4토지 중 674.63m를 점유·사용하였다는 이유로 원고에게 변상금 합계 461,921, 40원을 부과하는 내용의 변상금 부과처분을 하였다.

원고가 이에 불복하여 부산지방법원 2008구합2621호로 변상금 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하여 2009. 4. 30. 토지들을 점유할 정당한 권원이 있다는 이유로 원고 승소 판결이 선고되었고, 이에 피고가 부산고등법원 2009-3064호로 항소하였으나 2009. 10. 14. 항소기각 판결이 선고되어 위 판결은 그 무렵 확정되었다.

마. 이후 원고는 2009. 12. 24. 피고에게 제1토지 중 4,447.1㎡, 제2, 3토지 전부, 제4토지 중 979.2m, 제5토지 전부를 신청면적으로 하여 무상 사용수익허가를 신청하였는데, 피고는 2009. 12. 30. 원고가 국유재산 사용허가 조건에 계속 사용하고자 하는 경우에는 사용기간 종료일 30일 전까지 사용허가 신청을 하도록 규정되어 있음에도 이를 준수하지 아니하였다는 이유로 무상사용을 불허하기에 앞서, 유상으로 이 사건 토지들을 사용할 의사가 있는지 여부를 회신하여 달라는 공문을 발송하였고, 원고가 2009. 12. 31. 다시 무상 사용수익허가를 신청하자, 2010. 1. 5. 다음과 같은 내용의 국유재산 사용허가를 하였다.

허가재산 : 제1토지 중 4,447.1m, 제2, 3토지 전부, 제4토지 중 979.2m, 제5토지 전부

- 사용목적 : I사업소, CY장치장 · 진입로 등 부지

- 사용기간 : 2010. 1. 1. - 2010. 12. 31.

- 사용료 : 135,992,270원

- 사용료 납입기한 : 2010. 1. 19.

바. 피고는 원고가 위 납부기한까지 사용료를 납부하지 아니하자 2010. 1. 21. 연체료, 894,170원을 가산하면서 새로운 납부기일까지 사용료를 납부할 것을 고지하였고, 원고가 다시 납부기일까지 사용료를 납부하지 아니하자 2010. 2. 10. 연체료 1,985,850원을 가산하면서 사용료를 납부할 것을 고지하였다.

사. 원고는 2010. 2. 23. 피고에게 '원고가 한국철도공사법 제14조 제1항에 의거 이 사건 토지들에 대한 무상 사용허가를 받을 수 있다'는 내용의 국토해양부장관 '국유재 산 무상사용 대상여부 질의에 대한 회신' 문서를 첨부하여 재차 무상 사용허가를 신청하였고, 피고는 2010. 3. 4. 다음과 같은 내용의 무상사용 수익허가를 하였다(이 중 2010. 1. 1.부터 2010. 3. 3.까지 기간에 대한 사용료 및 가산금(연체료) 부과 내지 징수 부분을 '이 사건 처분'이라 한다.

- 허가재산 : 제1토지 중 4,447.1㎡, 제2, 3토지 전부, 제4토지 중 979.2㎡, 제5토지 전부

- 사용목적 : I사업소, CY장치장 · 진입로 등 부지

- 사용기간 : 유상사용허가 : 2010.1.1. ~ 2010.3.3. 무상사용허가 : 2010.3.4. - 2010.12.31, 사용료 및 연체료 : 26,103,030원(부가가치세 별도)

아. 피고는 2010. 3. 8. 원고에게 이 사건 처분에 따른 토지대여료 23,100,040원 및 부가가치세 2,310,000원과 2010. 1. 1.부터 2010. 3. 3.까지 기간에 대한 연체료(가산금) 3,002,990원에 대한 납입고지서를 우편으로 발송하였고, 위 납입고지서는 그 무렵 원고에 도달하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7호증, 갑 제8호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2 내지 6호증의 각 기재, 이 법원의 사단법인 H에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법성

가. 원고의 주장

1) 행정재산의 사용료 부과처분은 행정재산의 사용허가 처분의 존재를 전제로 함에도 사전에 사용허가 처분을 하지 않고 사용허가 및 사용료 부과를 동시에 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고가 2008년과 2009년 모두 원고에게 이 사건 토지들을 무상사용하도록 허가하였고, 2010년 무상사용수익허가에 관한 협의과정에서도 피고의 담당직원인 J, K, L, M이 원고의 직원인 N에게 이 사건 토지들이 무상사용수익허가의 대상임을 거듭 확해 주었음에도 이와 달리 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호원칙이나 행정의 자기구 속원칙에 반한다.

3) 설사 원고에게 사용료를 납부할 의무가 있다고 하더라도 ① 국유재산법 제73조 제1항은 국유재산의 사용료가 납부기한까지 납부되지 아니하는 경우 연체료를 징수할 수 있다고 규정하고 있으므로, 연체료는 사용료부과처분을 받고 납기 내에 납부하지 않았을 때 부과할 수 있음에도 이 사건 처분 중 연체료(가산금) 부분은 사용료부과처분이 도달하기도 전의 기간에 대하여 발령된 것이어서 위법하고, ② 제1토지 중 2,420 m와 제4토지 중 304.57㎡는 원고가 직접 점유하고 있지 않으므로 사용료 산정에서 제외되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 토지들에 대한 사용허가 처분의 존재 여부

위 인정사실에 의하면, 피고가 2010. 1. 5. 허가재산을 '제1토지 중 4,447.1m, 제2, 3토지 전부, 제4토지 중 979.2㎡, 제5토지 전부'로, 사용목적을 '사업소, CY장치장 · 진입로 등 부지'로, 사용기간을 '2010. 1. 1. - 2010. 12. 31.'로, 사용료를 '135,992,270 원'으로, 사용료 납입기한을 '2010. 1. 19.'로 정하여 이 사건 토지들에 대한 사용허가를한 사실이 인정되므로, 사용료부과처분의 전제가 되는 행정재산에 대한 사용료 부과처분이 사전에 없었다는 취지의 원고의 주장은 이유 없다.

2) 신뢰보호원칙 위배 여부

일반적으로 행정상의 법률관계에서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 이러한 요건을 충족할 때에는 행정청의 처분은 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다고 할 것인바, 이 사건에 관하여 보건대, 증인 N의 증언만으로는 피고가 원고에게 이 사건 토지들에 대한 무상사용을 허가하겠다는 공적인 견해표명을 하였다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 자기구속원칙 위배여부 피고가 2008년과 2009년 모두 원고에게 무상사용을 허가하였다고 하여 그에 관한 행정관행이 형성되었다고 볼 수는 없으며, 피고가 한국철도공사법 제14조 소정의 국토해양부장관의 인정이 없다는 이유로 2010년부터 이 사건 토지들을 유상으로 사용하도록 한 이상 합리적인 이유 없이 원고를 불공평하게 처우한 것이라고 할 수 없어 이 사건 처분은 자기구속의 원칙에 반하지 않는다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 면적산정의 위법 여부

제1, 4 토지 중 원고가 실제로 점유하고 있는 부지의 면적은 제1토지 중 2,027.1㎡, 제4토지 중 674.63㎡에 불과한 사실은 앞서 본 바와 같고, 여기에 피고의 원고에 대한 2008. 3. 24.자 변상금 부과 내역 및 이에 대한 소송 진행 경과, 사단법인 H가 제4토지 중 일부를 점유하게 된 경위 및 원고와 피고의 지위와 상호간의 관계 등 제반 사정을 더하여 보면, 원고가 피고에게 국유재산 사용허가신청을 하면서 무상 사용수익 허가가 될 것으로 생각하고 착오로 실제 사용하지도 아니 하는 부분을 포함하였고, 이러한 사정을 피고도 알고 있었다고 보이므로, 이 사건 제1, 4토지에 대한 토지사용료는 위와 같이 원고가 실제로 사용하지 아니하는 부분을 제외하고 산정함이 타당하다.

결국 원고가 2010. 1. 1.부터 2010. 3. 3.까지 이 사건 토지들을 사용함으로써 피고에게 납부하여야 하는 정당한 사용료는, 피고가 원고에게 부과한 사용료(부가가치세 포함)에서 원고가 실제로 사용하지 아니하는 제1토지 중 2,420m² 부분의 사용료 9,834, 800원[= 토지 대여료 8,940,730원{= 2,420.00㎡ (사용면적) × 435,000원(공시지가) X50/1000(사용요율) × 62/365(사용기간), 피고가 계산하는 방식에 따라 10원 미만은 버림, 이하 같다} + 부가가치세 894,070원(= 8,940,730 × 10%)] 및 제4토지 중 304.57㎡ 부분의 사용료 833,710원[= 토지대여료 757,920원{= 304.57m² (사용면적) × 293,000원 (공시지가) x 50/1000 사용 요율) × 62/365(사용기간) + + 부가가치세 75,790원(= 757,920 × 10%)]를 차감하여 산정하여야 하므로, 이 사건 사용료(부가가치세 포함) 부과처분 중 14,741,530원(- 25,410,040원 - (9,834,800원 + 833,710원))을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

5) 연체료(가산금) 처분의 위법여부 피고가 2010. 1. 5. 원고에게 이 사건 토지들에 대하여 사용허가를 하면서 사용료 135,992,270원을 2010. 1. 19.까지 납부하도록 고지한 사실은 앞서 본 바와 같은데, 원고가 당초의 납부기한인 2010. 1. 19.까지 사용료를 납부하지 아니하였으므로, 피고는 납부기한 다음 날인 2010. 1. 20.부터 유상사용허가기간 종기인 2010. 3. 3.까지 43일 동안 국유재산법 제73조 및 같은 법 시행령 제72조 규정에 따라 연체료를 징수할 있으나, 이를 초과하는 부분은 국유재산법 시행령 제30조 제2항에 따라 납부기한을 따로 정한 이 사건에서는 연체료를 징수할 수 없으므로 이유 없다.

따라서 정당한 연체료를 산정하면, 1,208,280원(= (23,100,040원 - 8,940,730원- 757,920원) × 43/62 × 130/1000}이 된다.

[피고는 국유재산법 시행령 제30조 제1항에서 '사용료는 선납하여야 한다'고 규정되어 있음을 근거로 2010. 1. 1.부터 연체료를 징수할 수 있다고 주장하나, 같은 시행령 제30조 제2항에 '제1항에 따른 사용료의 납부기한은 사용허가를 한 날로부터 60일 이내로 하되, 사용·수익을 시작하기 전으로 한다. 다만, 관리청은 부득이한 사유로 납부기 한까지 사용료를 납부하기가 곤란하다고 인정될 때에는 납부기한을 따로 정할 수 있다'고 규정하고 있고, 피고가 위와 같이 납부기한을 따로 정한 이상, 납부기한이 도달하기 전에는 연체료를 징수할 수 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.]

라. 소결

따라서 이 사건 처분 중 15,949,810원(14,741,530 + 1,208,280원)을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사도정원

판사김애정

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