청구인은 84.11.6 취득한 서울특별시 동대문구 OO동 OOOOOOOO의 대지 40㎡(이하“쟁점토지”이라 한다) 및 동지상 건물 28.1㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 95.5.22 양도하였다.

처분청은 쟁점건물의 양도가액 및 취득가액은 각각 양도당시 및 취득당시의 과세시가표준액에 의하고, 쟁점토지의 양도가액은 양도당시의 개별공시지가에 의하며 그 취득가액은 90.5.1 개정된 소득세법시행령(대통령령 제12994호) 부칙 제3항의 규정에 의하여 환산한 가액에 의하여 96.1.16 청구인에게 95년 귀속 양도소득세 6,575,890원을 부과하였다.

청구인은 이에 불복하여 96.3.9 심사청구를 거쳐 96.6.21 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장

가. 쟁점토지의 양도당시의 개별공시지가는 인근 토지와 같이 1,460,000원/㎡으로 산정되어 있으나, 쟁점토지는 건축법시행령 제80조 제1항 제2호의 규정에 의하여 건축할 수 있는 대지면적의 최소한도인 60㎡에 미달하는 토지로서 단독으로는 건축이 불가능한 토지임으로 그 인근 토지의 1/2의 가격으로 평가하여 양도차익을 산정하여야 한다.

나. 처분청은 구 소득세법(94.12.22 법률 제4803호로 전면 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 같다) 제60조 및 같은법시행령(94.12.31 대통령령 제14467호로 전면개정되기 전의 것을 말한다. 이하 같다) 제115조의 규정에 의하여 쟁점토지의 취득당시의 기준시가를 산정하였으나, 헌법재판소가 95.11.30 구 소득세법 제60조에 대하여 헌법불합치결정을 하였으므로 처분청이 구 소득세법 제60조 및 같은법시행령 제115조의 규정에 의하여 쟁점토지의 취득당시의 기준시가를 산정한 것은 잘못이며, 95.12.30 개정된 소득세법시행령(대통령령 제14860호) 제164조 제10항의 규정에 의하여 쟁점토지의 취득당시의 기준시가를 산정하여야 한다

3. 국세청장 의견

가. 청구인은 쟁점토지의 개별공시지가를 인접한 토지의 개별공시지가의 2분의 1의 가격으로 하여 과세하여야 한다고 주장하고 있으나, 개별공시지가는 처분청인 과세관청에서 결정하는 것이 아니고, 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조에 의거 관할 구청장이 산정하는 것으로서 처분청에서 동법률에 의하여 동대문구청장이 쟁점토지에 대하여 산정한 개별공시지가를 적용하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.

나. 소득세법시행령 제164조 제10항의 규정은 그 부칙 제8조의 규정에 의하여 96.1.1 이후 양도하는 분부터 적용되는 것이어서 95.5.22 양도한 쟁점토지에 대하여는 적용되지 아니하는 것이므로 90.5.1 개정된 소득세법시행령(대통령령 제12994호) 부칙 제3항의 규정에 의하여 쟁점토지의 취득당시의 기준시가를 산정한 것은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 ① 쟁점토지의 양도당시의 기준시가를 그 개별공시지가에 의한 것이 정당한지 여부 및 ② 쟁점토지의 취득당시의 기준시가를 90.5.1 개정된 소득세법시행령(대통령령 제12994호) 부칙 제3항의 규정에 의하여 산정한 것이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.

나. 쟁점①에 관하여 본다.

(1) 94.12.22 전면 개정된 소득세법(법률 4803호) 제99조(기준시가의 산정) 제1항 제1호 (가)목에서 토지의 기준시가는 개별공시지가에 의하되 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하도록 규정하고 있다(이 규정은 그 부칙 제1조 및 제3조의 규정에 의하여 95.1.1 이후 양도하는 것부터 적용된다).

94.12.31 전면 개정된 소득세법시행령(대통령령 제14467호) 제164조(토지·건물의 기준시가 산정) 제1항은 법 제99조 제1항 제1호 (가)목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 당해 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근 토지의 개별공시지가를 기준으로 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 말한다고 규정하고 있다.

(2) 지가공시및토지등의평가에관한법률 및 개별토지가격합동조사지침(국무총리훈령 제241호)의 규정에 의하여 건설교통부장관 또는 시장·군수·구청장이 결정한 개별공시지가 자체가 부당하다거나, 개별공시지가에 이의가 있는 자는 위 법률 제8조 및 위 조사지침 제12조의 2의 규정에 의한 이의신청 또는 재조사 청구를 하여야 하는 것이어서, 개별공시지가를 기준시가로 하여 양도소득세를 부과한 처분에 대하여는 개별공시지가가 부당함을 이유로 하여 이를 다툴 수 없다(국심 95경2578, 95.12.8 같은 뜻임).

또한 소득세법 제99조 제1항 제1호 (가)목 단서 및 동법시행령 제164조 제1항의 규정은 개별공시지가가 없는 토지의 평가에 관한 규정으로서 개별공시지가가 없는 토지에 해당하지 아니하는 쟁점토지에 대하여는 적용되지 아니하는 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도당시의 개별공시지가를 기준시가로 한 데에는 달리 잘못이 없다.

다. 쟁점②에 대하여 본다.

(1) 94.12.22 전면 개정된 소득세법(법률 4803호) 제99조(기준시가의 산정) 제1항 제1호 (가)목의 규정은 앞서 본 바와 같고, 94.12.31 전면 개정된 소득세법시행령(대통령령 제14467호)은 그 부칙 제1조(시행일)에서 “이 영 제164조 등의 규정은 95.1.1부터 시행한다”고 규정하고 있으며, 그 부칙 제11조(종전의 규정과의 관계)에서 “부칙 제1조 단서의 규정에 의하여 95.1.1부터 시행되는 각 규정과 이 영 시행전의 소득세법시행령의 규정이 저촉되는 경우 종전의 규정은 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다.

한편, 90.5.1 개정된 소득세법시행령(대통령령 제12994호) 부칙 제3항(토지의 취득가액에 관한 경과조치)에서 90.9.1 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 환산한 가액으로 하도록 규정하고 있다.

그리고 95.12.30 개정된 소득세법시행령(대통령령 제14860호) 제164조(토지·건물의 기준시가 산정) 제10항은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 90.8.30 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다고 규정하고 있다(이 규정은 그 부칙 제8조의 규정에 의하여 96.1.1 이후 양도하는 분부터 적용된다).

(2) 처분청은 쟁점토지의 취득당시의 기준시가를 90.5.1 개정된 소득세법시행령(대통령령 제12994호) 부칙 제3항의 규정에 의하여 산정하였는데, 이에 대하여 청구인은 헌법재판소가 95.11.30 구 소득세법 제60조에 대하여 헌법불합치결정을 하였으므로 처분청이 구 소득세법 제60조 및 같은법시행령 제115조의 규정에 의하여 쟁점토지의 취득당시의 기준시가를 산정한 것은 잘못이며, 95.12.30 개정된 소득세법시행령(대통령령 제14860호) 제164조 제10항의 규정에 의하여 쟁점토지의 취득당시의 기준시가를 산정하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 헌법재판소가 95.11.30 91헌바1 등 병합사건의 결정에서 구 소득세법 제60조에 대하여 헌법불합치결정을 한 사실은 청구주장과 같으나, 이 건 양도소득세의 부과처분은 구 소득세법 제60조 및 같은법시행령 제115조의 규정에 의한 것이 아니라, 94.12.22 전면 개정된 소득세법(법률 4803호) 제99조(기준시가의 산정) 제1항 제1호 (가)목의 규정에 의한 것이며, 94.12.31 전면 개정된 소득세법시행령(대통령령 제14467호) 제164조(토지·건물의 기준시가 산정) 또는 그 부칙은 90.8.30 최초의 개별공시지가 고시일 전에 취득한 토지에 대한 취득당시 기준시가의 산정에 관하여 별도의 규정을 두지 아니하고, 그 부칙 제11조(종전의 규정과의 관계)에서 “부칙 제1조 단서의 규정에 의하여 95.1.1부터 시행되는 각 규정과 이 영 시행전의 소득세법시행령의 규정이 저촉되는 경우 종전의 규정은 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있는 바, 90.5.1 개정된 소득세법시행령(대통령령 제12994호) 부칙 제3항(토지의 취득가액에 관한 경과조치)의 규정은 94.12.31 전면 개정된 소득세법시행령(대통령령 제14467호)의 규정에 저촉되지 아니하므로 그 적용이 배제되지 아니한다 할 것이다.

한편, 95.12.30 개정된 소득세법시행령(대통령령 제14860호) 제164조(토지·건물의 기준시가 산정) 제10항은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 90.8.30 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가에 관하여 새로이 규정한 바 있으나, 이는 그 부칙 제8조의 규정에 의하여 96.1.1 이후 양도하는 분부터 적용되는 것이므로 95.5.22 양도된 쟁점토지에 관하여는 적용되지 아니한다.

따라서 처분청이 90.5.1 개정된 소득세법시행령(대통령령 제12994호) 부칙 제3항(토지의 취득가액에 관한 경과조치)의 규정에 의하여 쟁점토지의 취득당시의 기준시가를 산정한 데에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.