가. OOO지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 화훼작물을 재배하던 청구인에 대한 부동산 취득 자금출처 조사(조사기간 : 2019.7.19.～2019.10.7.)를 실시하던 중 청구인이 OOO(이하 “사업시행자”라 한다)으로부터 OOO관련하여 쟁점사업장이 수용되면서 토지 및 지장물에 대한 보상금 이외에 수목이전비로 2014.1.28. OOO(이하 “1차 수령보상금”이라 한다)과 1차 수령보상금에 대한 증액소송을 통해 2016.12.6. 추가 수령한 OOO(이하 “2차 수령보상금”이라 한다)을 추가로 수령하는 등 총 OOO(이하 1차와 2차 수령보상금을 합하여 “쟁점보상금”이라 한다)을 수령한 사실을 확인하였다.

나. 청구인은 쟁점보상금를 수령한 이후 쟁점사업장에서 수목을 자진이전하라는 사업시행자의 수차례에 걸친 요청에 불응하다가 2016.3.25. OOO쟁점사업장의 수목을 2016.5.31.까지 자진이전하지 않을 경우 임의철거해도 이의를 제기하지 않기로 하는 합의서(이하 “쟁점합의서”라 한다)를 작성하였는데 청구인이 그 기한까지 수목을 이전하지 아니하여 OOO2016년말까지 쟁점사업장의 수목을 임의 폐기한 것으로 확인되었다.

다. 조사청은 청구인이 쟁점보상금에 대한 종합소득세를 신고하지 않은 사실을 확인하고, 쟁점보상금은 사업자가 관련 법률에 따라 토지의 보상가액과 별도로 지급받는 수목이전비로 판단하여 청구인이 쟁점합의서에 따라 수목을 자진이전하지 않고 소유권 등 일체의 권리를 포기한 2016.5.31.을 쟁점보상금의 총수입금액 수입시기로 보아 과세하도록 관련 조사내용을 처분청에 통보였고, 이에 처분청은 2019.11.6. 청구인에게 2016년 귀속 종합소득세 OOO결정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2019.12.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점보상금은 쟁점사업장의 토지수용과는 별개로 수목에 대한 보상금으로 1차 수령보상금의 경우 2013.11.26. OOO수목보상금으로 최종 결정하여 2014.1.24. 청주지방법원에 공탁하고, 2014.1.28. 청구인이 수령한 보상금으로 「소득세법」 제39조의 규정에 따라 사업시행자가 법원에 공탁한 날을 총수입금액이 확정된 날로 보아야 하므로 1차 수령보상금의 수입시기는 2014년도로 보아야 한다.

(2) 쟁점보상금은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “공익사업법”이라 한다) 제50조의 재결사항에 따라 공탁된 것이고, 같은 조 제1항 제3호에는 ‘수용 또는 사용의 개시일과 기간’을 규정하고 있고 같은 법 제43조에서도 보상대상 물건에 관한 권리를 가진 자는 수용 또는 사용개시일까지 그 토지나 물건을 사업시행자에게 인도하거나 이전하여야 한다고 규정되어 있는바, 사업시행자는 동 법률에 따라 공탁일 이후부터 청구인의 의사와 무관하게 사업을 진행할 수 있어 수목에 대한 소유권은 실질적으로 청구인에게 있었다고 볼 수 없으므로 쟁점보상금 중 1차 수령보상금의 경우 공탁일 속하는 연도인 2014연도를 수입시기로 보아야 한다.

(3) 또한 소득세법 기본통칙 39-0…7(토지 등 수용에 따른 손실보상금의 귀속연도)에도 ‘토지 등의 수용에 따른 손실보상금의 귀속연도는 이를 지급하거나 기업자가 대금을 공탁한 날이 속하는 과세기간으로 한다. 다만, 이의신청 등으로 손실보상금이 조정된 경우 그 조정된 차액의 귀속연도는 조정액이 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.’라고 규정하고 있음을 볼 때 1차 수령보상금은 2014년도, 2차 수령보상금은 2016년도로 보아야 하는 것은 당연한 법리적 귀결인 것이다.

(4) 처분청은 공익사업법 제75조 제1항의 ‘입목과 그 밖에 토지에 정착한 물건에 대하여는 이전에 필요한 비용(이하 “이전비”라고 한다)으로 보상하여야 한다. 단, 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우에는 물건의 가격으로 보상하여야 한다.’라는 규정에 따라 쟁점보상금을 수목이전비로 보아야 한다는 입장이나, 이는 감정평가법인의 평가보고서상 보상물의 평가금액과 이전비를 비교하여 적은 금액으로 보상하여야 한다는 의미일 뿐 쟁점보상금은 수목이 이전됨이 없이 폐기(철거)되어 수목에 대한 보상금이 명백함에도 법 문구에 얽매어 수목이전비로 보아야 한다는 처분청의 주장은 납득이 되지 않는다.

(5) 또한 사업시행자가 작성한 OOO조성사업과 관련하여 청구인에 지급한 보상금의 세부명세에도 토지, 지장물, 수목, 지연손해금으로 구분되어 있어 수목에 대한 보상금임을 분명히 하고 있고, 쟁점보상금과 관련된 수목도 결과적으로 쟁점사업장에서 이전되지 못하고 폐기되었는바, 쟁점보상금은 그 실질이 토지 등 수용에 따른 손실보상금의 한 유형인 수목보상비로 보는 것이 「국세기본법」제14조의 실질과세원칙에도 부합하는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 공익사업법 제75조 제1항에서는 ‘입목과 그 밖에 토지에 정착한 물건에 대하여는 이전에 필요한 비용으로 보상하여야 한다. 단, 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우에는 물건의 가격으로 보상하여야 한다.’라고 규정하고 있고, OOO주식회사(이하 “감정평가법인”이라 한다)의 2016.3.21.자 감정보고서에서는 ‘수목이전비는 수목이식비에 고손율을 포함한 개념이며, 수목이식비는 수종에 따라 근원직경, 흉고직경, 수고, 수관폭 등을 기준으로 산정하며, 굴취비, 운반비, 상하차비, 식재비, 재료비, 부대비용 등을 포함한다.’고 명시되어 있다.

(2) 상기 법률과 감정보고서 등에 의하면 공익사업법에서 수목에 대한 가액산정은 수목을 이전하는 비용과 수목을 매입하는 비용을 비교하여 낮은 가액으로 결정하라는 것이고, 감정평가법인에서도 관련 규정에 따라 굴취비, 운반비, 식재비, 상하차비 등 수목이전에 소요되는 비용으로 수목가액을 산정한 것으로 확인되는바, OOO에서 청구인 소유의 수목과 관련하여 지급한 쟁점보상금은 수목을 매입하기 위한 금액이 아닌, 청구인이 수목을 다른 곳으로 이전하는 데 소요되는 비용을 보전해 준 것이라는 사실을 알 수 있다.

(3) 따라서 수목이전비 지급이후에도 수목이전이 완료될 동안은 수목에 대한 소유권은 여전히 청구인에게 있으므로 언제든지 수목을 처분할 권리를 가지고 있었으며, 2016.3.21.자 감정평가법인의 감정보고서의 수목상황에서도 당초 수목 목록 중 일부는 청구인이 이전하여 현장에서 확인이 불가한 경우도 있다고 기재되어 있음을 볼 때 쟁점보상금의 성격은 수목보상비가 아닌 수목이전비로 봄이 타당하다.

(4) 청구인은 감정평가법인의 최종실사가 마무리된 이후 2016.3.25. 쟁점사업장의 지장물을 2016.5.31.까지 자진이전(철거)하기로 OOO합의하고 이에 따른 확약서를 작성하였으나 이를 이행하지 않았고, 이후에도 OOO편입부지 내의 지장물(수목)을 자진하여 이전 또는 철거해 줄 것을 요구하는 공문을 청구인을 포함한 수인에게 수차례에 걸쳐 공문을 발송한 것으로 확인되는바, 이는 쟁점보상금이 수목의 이전과 관련된 것임을 보여준다 할 것이다.

(5) 따라서 청구인이 사업시행자로부터 수령한 쟁점보상금은 수목 이전에 소용되는 비용을 보상받은 것으로 봄이 타당하고, 국세청에서도 ‘조경수에 대한 이전보상금은 당해 조경수를 이전한 과세기간의 총수입금액에 산입하고 그 이전에 소요된 비용을 필요경비에 산입한다(소득46011-4029, 1998.12.22.).’라고 해석하고 있음을 볼 때 처분청이 청구인이 수령한 수목보상금 전액을 청구인이 수목이전을 포기하고 철거에 합의함으로써 실제 철거가 이루어진 2016년도에 귀속된 수입금액으로 보아 종합소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

토지수용과 관련하여 수령한 수목보상금의 수입시기를 수목보상금 공탁일로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 소득세법

제12조(비과세소득) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

2. 사업소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

바. 대통령령으로 정하는 작물재배업에서 발생하는 소득

제19조(사업소득) ① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 농업(작물재배업 중 곡물 및 기타 식량작물 재배업은 제외한다. 이하 같다)·임업 및 어업에서 발생하는 소득

제24조(총수입금액의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

제39조(총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등) ① 거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.

(3) 소득세법 시행령

제9조4(비과세되는 작물재배업의 범위) ① 법 제12조 제2호 바목에서 "대통령령으로 정하는 작물재배업에서 발생하는 소득"이란 작물재배업에서 발생하는 소득으로서 해당 과세기간의 수입금액의 합계액이 10억원 이하인 것을 말한다.

② 제1항을 적용할 때 작물재배업에서 발생하는 소득의 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

소득세법 시행령 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제55조 제1항 제10호의3의 개정규정은 2014년 7월 22일부터 시행하고, 제9조의4, 제16조 제1항 제2호, 제38조 제1항 제19호 및 제81조 제3항 단서의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

※ 소득세법 기본통칙

19-0…1(농업 등에서 발생한 소득의 구분) ① 「통계법」제22조의 규정에 의하여 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류상의 농업 중 작물재배업에서 발생한 소득은 법에서 규정하는 과세소득에 해당되지 아니한다.

39-0…7(토지 등 수용에 따른 손실보상금의 귀속연도) 토지 등의 수용에 따른 손실보상금의 귀속연도는 이를 지급하거나 기업자가 대금을 공탁한 날이 속하는 과세기간으로 한다. 다만, 재결에 대한 이의신청 등으로 손실보상금이 조정된 경우 그 조정된 차액의 귀속연도는 조정액이 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.

(4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

제43조(토지 또는 물건의 인도 등한 보상) 토지소유자 및 관계인과 그 밖에 토지소유자나 관계인에 포함되지 아니하는 자로서 수용하거나 사용할 토지나 그 토지에 있는 물건에 관한 권리를 가진 자는 수용 또는 사용의 개시일까지 그 토지나 물건을 사업시행자에게 인도하거나 이전하여야 한다.

제50조(재결사항) ① 토지수용위원회의 재결사항은 다음 각 호와 같다.

1. 수용하거나 사용할 토지의 구역 및 사용방법

2. 손실보상

3. 수용 또는 사용의 개시일과 기간

4. 그 밖에 이 법 및 다른 법률에서 규정한 사항

② 토지수용위원회는 사업시행자, 토지소유자 또는 관계인이 신청한 범위에서 재결하여야 한다. 다만, 제1항 제2호의 손실보상의 경우에는 증액재결(增額裁決)을 할 수 있다.

제75조(건축물 등 물건에 대한 보상) ① 건축물ㆍ입목ㆍ공작물과 그 밖에 토지에 정착한 물건(이하 "건축물 등"이라 한다)에 대하여는 이전에 필요한 비용(이하 "이전비"라 한다)으로 보상하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 물건의 가격으로 보상하여야 한다.

1. 건축물 등을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우

2. 건축물 등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우

3. 사업시행자가 공익사업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2013.11.26. 제6차 OOO수용재결서를 제출하였는바, 수용재결서의 주문내용에는 다음과 같이 토지를 제외하고 별지목록 기재물건(청구인의 수목 포함)을 이전하는 대가로 손실보상금을 지급한다는 내용이 나타난다.

(2) 조사청이 OOO쟁점사업장 수용과 관련하여 청구인에게 지급한 보상금 지급내역을 회신해 달라는 요청공문에 대하여 2019.7.23. 조사청에 회신한 공문 내용에는 청주지방법원에 공탁된 청구인의 쟁점보상금을 포함한 보상금 수령내용이 확인되는바, 그 세부내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 청구인의 쟁점사업장 관련 보상금 수령내역

(단위 : 원)

(3) 청구인이 제출한 “금전공탁서(변제 등)”(공탁번호 2014년 금 제166호)에 따르면 상기 ＜표1＞의 지장물과 수목대금 OOO2014.1.24. 사업시행자가 공탁하였고, 2014.1.28. 청구인은 공탁금 전액을 수령한 것으로 나타난다.

(4) 청구인과 OOO작성한 2016.3.25.자 합의서에는 다음과 같은 합의내용이 나타난다.

(5) 상기 합의서와 관련한 확약서에는 다음과 같은 확약내용이 나타난다.

(6) 처분청은 ‘수목이전비는 수목이식비에 고손율을 포함한 개념이며, 수목이식비는 수종에 따라 근원직경, 흉고직경, 수고, 수관폭 등을 기준으로 산정하며, 굴취비, 운반비, 상하차비, 식재비, 재료비, 부대비용 등을 포함한다.’라는 내용이 기재된 감정평가법인의 2016.3.21.자 감정보고서를 제출하였다.

(7) 처분청은 OOO청구인에게 편입부지 내의 지장물(수목)을 자진하여 이전 또는 철거해 줄 것을 요청하는 공문을 청구인 등에게 수차례에 걸쳐 발송했다는 사실을 입증하는 자료로 OOO청구인 등에게 발송한 OOO협의 및 수용대상 지장물(수목) 자진이전 및 철거 협조요청(1차∼3차 및 최종)’ 공문사본을 제출하였다.

(8) 처분청은 청구인이 지장물(수목)을 2016.5.31.까지 자진철거 하지 아니하여 OOO철거(폐기)하였다는 사실을 입증하는 자료로 폐기물처리확인서(폐기물처리자 : 주식회사 OOO)를 제출하였다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점보상금 중 1차 수령보상금은 공익사업법 제50조의 재결사항에 따라 공탁된 것으로 사업시행자는 동 법률에 따라 공탁일 이후부터는 청구인의 의사와 무관하게 사업을 진행할 수 있어 수목에 대한 소유권이 실질적으로 청구인에게 있었다고 보기 어려운 점, 쟁점보상금은 토지 등 수용에 따른 손실보상금의 성격으로 사업시행자가 쟁점보상금 중 1차 수령보상금을 법원에 공탁한 날을 1차 수령보상금의 수입시기로 보는 것이 총수입금액의 수입시기를 규정하고 있는 「소득세법」 제39조에도 부합해 보이는 점, 사업시행자가 청구인에게 지급한 1차 수령보상금의 세부명세에도 토지, 지장물, 수목, 지연손해금으로 구분되어 있어 1차 수령보상금이 수목에 대한 보상금임을 분명히 하고 있고, 쟁점보상금과 관련된 수목도 결과적으로 폐기되어 수목이전비용이라기 보다는 수목보상금으로 보는 것이 「국세기본법」 제14조의 실질과세원칙에도 부합해 보이는 점 등으로 비추어 볼 때 처분청이 1차 수령보상금의 수입시기를 쟁점합의서에 의하여 2016년으로 보아 과세한 당초 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.