가.청구인은 1991.2.21. 취득(1978.6.15. OOOOOO에 매매대금 25,324천원 지급)한 OOOOO OOO OOO OO OOOOO OOOO OOOO(이하 일반주택 이라 한다)를 2007.10.17. 양도하였으나, 거주요건 미충족으로 인하여 양도차익을 실지거래가액으로 산출하면서 장기보유특별공제율을 45%로 적용하여 2008.5.31. 2007년 귀속 양도소득세 131,932,100원을 자진신고 납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 일반주택 양도일 현재 OOOO OOO OOO OOO OOOOO 소재약 90㎡의 미등기 주택(이하 상속주택 이라 한다)을 청구인과 동일세대원인 청구인의 모 OO으로부터 상속받아 보유하고 있다 하여 일반주택의 양도에 대하여 1세대2주택에 해당됨을 이유로 장기보유특별공제율을 30%로 적용하고, 양도가액 및 취득가액을 추계결정하여 2009.2.9. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 156,150,567원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.3.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

1세대 1주택 비과세 규정을 두면서 1주택을 보유하다가 부득이하게 다른 주택을 취득하거나 보유한 경우 투기목적이 아닌 경우 1세대 1주택 특례 규정을 두어 2주택으로 보지 아니하고, 1주택으로 비과세하거나 장기보유특별공제 등을 적용하고 있는 바, 청구인이 상속받은 주택의 경우 소득세법시행령 제155조 제7항의 규정에 의한 농어촌상속주택에 해당되므로일반주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제율45%를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

일반주택과 상속주택을 각각 보유하다가 일반주택을 양도하는 경우에는 일반주택을 1채 소유한 것으로 보아 1세대1주택비과세규정을 적용하나, 동일세대원으로부터 상속받은 주택은 소득세법시행령 제155조 제7항의 규정에 의한 농어촌상속주택에 해당되지 아니하므로 장기보유특별공제율을 30% 적용하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

상속받은 농어촌주택이 있는 경우, 1세대1주택 비과세요건 중 거주요건을 충족하지 못한 일반주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제액을 양도차익의 100분의 45를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 ① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제95조 【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45

(2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

제155조 【1세대 1주택의 특례】 ② 상속받은 주택(피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 다음 각호의 순위에 따른 1주택을 말한다)과 그 밖의 주택(이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. (2002. 12. 30. 개정)

1. 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택 (1997. 12. 31. 개정)

2. 피상속인이 소유한 기간이 같은 주택이 2 이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택 (1997. 12. 31. 개정)

3. 피상속인이 소유한 기간 및 거주한 기간이 모두 같은 주택이 2 이상일 경우에는 피상속인이 상속개시당시 거주한 1주택

4. 피상속인이 거주한 사실이 없는 주택으로서 소유한 기간이 같은 주택이 2 이상일 경우에는 기준시가가 가장 높은 1주택(기준시가가 같은 경우에는 상속인이 선택하는 1주택)

⑦ 다음 각호의 1에 해당하는 주택으로서 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 규정된 수도권 외의 지역 중 읍지역(도시지역안의 지역을 제외한다) 또는 면지역에 소재하는 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택" 이라 한다)과 그 외의 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.

1. 상속받은 주택(피상속인이 취득후 5년 이상 거주한 사실이 있는 경우에 한한다)

2. 이농인(어업에서 떠난 자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 취득일후 5년 이상 거주한 사실이 있는 이농주택

3. 영농 또는 영어의 목적으로 취득한 귀농주택

제159조의 2【15년 이상 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택】 법 제95조 제2항 제3호 단서에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)이 건 과세경위를 보면,청구인은1991.2.21. 취득한 일반주택을 2007.10.17. 양도하고 1세대1주택 비과세요건 중 거주요건 미충족으로 인하여 장기보유특별공제율을 45%로 적용하여 2007년 귀속 양도소득세를 확정신고 납부하였으나, 처분청은 청구인의 일반주택 양도일 현재 상속주택을 청구인과 동일세대원인 청구인의 모 OO으로부터 상속받았다 하여 일반주택의 양도에 대하여 1세대2주택에 해당됨을 이유로 장기보유특별공제율을 30% 적용하여 이 건 경정고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 상속주택의 등기부등본 등에 의하면 상속주택이 수도권 외의 읍지역에 소재하는 사실과 청구인과 피상속인인 청구인의 모 OO이 일반주택의 양도일 현재까지 5년이상 상속주택에 거주한 사실이 확인된다.

(3) 소득세법 시행령 제155조 제7항에 의하면, 상속받은 농어촌주택과 일반주택을 각각 1개씩 소유한 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 1개의 주택을 소유한 것으로 보아 비과세 여부를 판단하도록 규정하여, 일반주택 양도시 1세대 1주택을 판단함에 있어 상속받은 농어촌주택은 주택수에 포함하지 아니하여 고향과의 지속적인 유대관계 유지 및 도시와 농촌간의 교류를 촉진하여 농어촌주택에 관한 수요를 유지하고 농어촌주택의 정비를 유도함에 있다고 보인다.

(4) 종합하건대, 청구인이 일반주택을 양도할 당시 보유한 상속주택은 청구인과 피상속인이 동일세대원이었는지에 관계없이 당해주택은 소득세법시행령 제155조 제7항의 상속받은 농어촌주택에 해당되어 동법시행령 제159조 2의 규정에 의하여 1세대 1주택에 해당되는 것으로 판단된다.

따라서, 청구인이 일반주택을 양도할 당시 쟁점주택을 소유하고 있었다 하여 1세대 2주택으로 보아 장기보유공제율을 30% 적용하여 이 건 경정고지한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2조와제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.