2. 피고 CCC세무서장의 항소를 기각한다.

3. 원고와 피고 CCC세무서장 사이에 생긴 항소비용은 피고 CCC세무서장이 부담하고, 원고와 피고 BB세무서장 사이에 생긴 소송 총 비용은 원고가 부담한다.

피고 CCC세무서장이 2008. 12. 5. 원고에게 한, 2006년 귀속 종합소득세 등 97,672,540원의 부과처분과 2007년 귀속 종합소득세 등 67,394,500원의 부과처분을 각 취소하고, 피고 BB세무서장이 2008. 12. 5. 원고에게 한, 2006년 2기분 귀속 부가가치세 25,532,820원의 부과처분과 2007년 1기분 귀속 부가가치세 12,397,300원의 부과 처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결 중 피고들 패소부분을 모두 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구 를 기각한다.

가. 원고는 2005. 6. 1.부터 서울 DD구 EE동 26-63에서 'FF주유소'라는 상호로 석유 소매업을 운영하는 개인사업자이다.

나. 원고는 2006년 2기 과세기간 중 주식회사 GG에너지(이하 'GG에너지'라 한다) 명의의 공급가액 합계 150,854,546원의 매입세금계산서 5장, 2007년 1기 과세기간 중 GG에너지 명의의 71,854,545원의 매입세금계산서 1장(이하, 위 매입세금계산서 6장을 합하여 '이 사건 각 세금계산서'라고 한다)을 교부받아 매출세액에서 이에 대한 매입세액을 공제하거나, 사업소득 총수입금액에서 필요경비로 산입하여 부가가치세와 종합소득세를 신고하였다.

다. 중부지방국세청장은 2007. 9. 18.부터 2007. 11. 16.까지 GG에너지에 대한 세무 조사를 한 결과, GG에너지가 2006. 2 - 2007. 1기 과세기간 중에 출하전표를 위조하는 등의 수법으로 원고 등 매출 거래처에 실제 유류를 공급하지 아니하고 부가가치세 매출과세표준 714억 255만 원의 약 99.5%에 해당하는 710억 3,247만 원의 세금계산서를 교부하였다고 보아 각 관할세무서장에게 이를 통보하였다.

라. 서울지방국세청장은 2008. 10. 21.부터 2008. 11. 24.까지 원고에 대한 세무조사를 한 결과, 원고가 GG에너지로부터 실제 유류를 공급받지 아니하고 이 사건 각 세금계산서를 교부받았고, 2005 - 2007년 동안 매출액(부가가치세 제외)이 14,560,687,712원(2005년 3,110,705,582원,2006년 5,669,615,835원,2007년 5,780,366,295원)임 에도종합소득세 신고 시 매출액을 14,426,107,108원(2005년 3,080,251,036원, 2006년 5,619,615,836원, 2007년 5,726,240,236원)으로 과소 신고하여 합계 134,580,604원(2005년 30,454,546원, 2006년 49,999,999원, 2007년 54,126,059원) 을 누락하였음을 전제로 계산한 부가가치세, 종합소득세의 세액경정(안)을 피고들에게 각 통보하였다.

마. 이에 피고들은 이 사건 각 세금계산서를 실물 거래 없이 수취한 허위세금계산서 로 보고 그밖에 현금매출분의 일부 누락, 필요경비 과다계상 등의 이유로 원고에게, 피고 BB세무서장은 2008. 12. 5. 2006년 2기분 귀속 부가가치세 25,532,820원의 경정부과처분과 2007년 ℓ기분 귀속 부가가치세 12,397,300원의 경정부과처분(이하 '이 사건 각 부가가치세 부과처분'이라 한다)을, 피고 CCC세무서장은 같은 날 2006년 귀속 종합소득세 97,672,540원의 경정부과처분과 2007년 귀속 종합소득세 67,394,500원의 경정부과처분(이하 '이 사건 각 종합소득세 부과처분'이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 4, 6, 7호증(각 가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 2006. 11.경부터 2007. 1.경까지 GG에너지 영업이사 심HH으로부터 부정 유통되는 면세유 합계 240,000 ℓ를 구입하고, 그 대금 합계 244,980,000원을 GG에너지 법인계좌로 송금하여 지급하였음에도 위 거래가 모두 가공임을 전제로 한 피고들의 이 사건 각 처분은 위법하다.

3. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 적법여부

"1) 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제 17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조). 그리고 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 ",공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2009두1808 판결 참조).

2) 갑 제3호증, 을 제3, 4, 9, 11, 12호증(가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, ① 원고의 남편인 이JJ은 2008. 11. 17. 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로써 관련 부가가치세를 누락하였음을 확인한다는 내용의 확인서를 작성한 사실, ② 원고가 유류를 공급받았다고 주장하는 GG에너지는 2004. 9.경부터 KKKK터미널 주식회사 ℓℓℓℓℓ로부터 유류보관 탱크 1기(1,000kℓ)를 임차하여 사용하여 왔는데 2006년 이후에는 여기에서 석유를 입 ・ 출고한 적은 없고, MM에너지 주식회사에 수송장비별 출하현황을 조회한 결과 원고 주장의 차량과 기사가 해당날짜에는 출하내역이 없거나 도착지 등이 서로 다르게 기재되어 있는 사실, ③ 2006. 2 ~ 2007. 1기 과세기간 중 유류 무자료 중간상을 하는 개인사업자가 거래처에 무자료 유류를 공급하고 GG에너지 명의로 허위 세금계산서를 발행, 교부하여 GG에너지 명의로 매출을 발생시켜 왔던 사실, ④ GG에너지는 위 과세기간 중 주식회사 ZZZ에너지, YY에너지, 주식회사 XXXX마트 등으로부터 가공 매입세금계산서를 수취하고 출하전표를 위조하는 등의 수법으로 원고 등 매출 거래처에 자신이 실질적으로 유류를 공급하지 아니하고 부가가치세 매출과세표준 714억 255만 원의 약 99.5%에 해당하는 710억 3,247만 원의 허위세금계산서를 교부하는 등으로 비정상적인 영업을 한 사실, ⑤ 중부지방국세청장은 2007. 11.경 GG에너지에 대한 세무조사 후 의정부지방검찰청 고양지청에 GG에너지 및 그 대표이사 최PP, 김QQ, 천RR이 이 사건 각 세금계산서를 허위로 발행 ・ 교부하였다는 등의 내용으로 고발한 사실 등을 인정할 수 있고, 이러한 사실을 종합하면 GG에너지는 실물거래를 하지 않은 채 비과세 기름 등을 보유한 개인사업자와 원고 등 주유소업을 하는 자 사이에 실물 거래가 이루어지도록 하면서 GG에너지 명의의 세금계산서 등을 발행하여 마치 GG에너지가 직접 실물거래를 한 것처럼 가장한 것으로 보이므로, 원고가 수취한 이 사건 각 세금계산서는 GG에너지가 실질적으로 유류를 공급하지 않았음에도 그가 유류를 공급한 것처럼 작성된 허위 또는 가공의 세금계산서에 해당한다.

3) 나아가, 원고가 이 사건 각 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없었는지 여부에 관하여 본다.

"갑 제6호증 내지 갑 제8호증의 12의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 GG에너지의 영업이사라는 심HH으로부터 정상가격보다 20,000ℓ당(탱크로리 1대) 30만 원 정도 저렴한 가격으로 유류를 공급하여준다는 제의를 받고 2006. 11.부터 2007. 1.까지 12회에 걸쳐 240,000 ℓ의 유류(이하이 사건 경유'라 한다)를 공급받은 사실을 인정할 수 있다. 그런데 ① 을 제8호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 심HH은 2006년도와 2007년도에 GG에너지로부터 직원으로서 급여를 지급받은 적이 없는 사실이 인정되는바, 원고는 이 사건 경유를 공급받음에 있어 심HH이 GG에너지의 직원인지 그 신분을 확인하거나 계약서를 작성하는 등의 방법에 의하여 실제로 경유를 공급하는 자가 누구인지 거래상대방을 확인하는 절차를 소홀히 하였던 것으로 보이는 점, ② 원고는 처음으로 GG에너지와 거래하고 그로부터 정상가격 보다 1 ℓ당 15원 정도의 저렴한 가격으로 계속적 ・ 반복적으로 유류를 공급받았으면서도 GG에너지와 심HH의 실체에 대하여 제대로 확인하여 보지 아니하였던 점, ③ GG에너지는 여러 유류공급업체들과 함께 조직적으로 실제 거래와 달리 자신이 직접 실물거래를 하는 것처럼 가장하여 다량의 허위 세금계산서를 발행 ・ 교부하는 범행을 저질렀던 것으로 보이는 점에 비추어 볼 때, 원고로서는 GG에너지와 유류거래를 하면서 좀 더 주의를 기울였더라면 GG에너지가 실제로 이 사건 경유를 공급하는 것이 아니고 이 사건 각 세금계산서가 실제 거래와 달리 작성된 허위 또는 가공의 세금계산서라는 것을 알 수 있었을 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, GG에너지가 원고에게 위조 내지 허위 내용의 출하전표를 교부하여 원고가 공급자를 GG에너지라고 알고 있었던 사정이 있다고 하더라도 그러한 사정 및 갑 제6호증 내지 갑 제8호증의 12의 각 기재만으로는 원고가 이 사건 경유 거래 당시 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 보기 어렵고, 달리 원고가 이 사건 각 세금계산서의 명의자인 GG에너지가 실제로 이 사건 경유를 공급하지 않는다는 사실을 알지 못한 데에 과실이 없었음을 인정할 증거가 없다.",따라서 피고 BB세무서장의 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 적법하다.

나. 이 사건 각 종합소득세 부과처분의 적법여부

1) 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192판결 참조).

2) 원고가 수취한 이 사건 각 세금계산서는 GG에너지가 실제 거래와 달리 허위로 작성한 것임은 앞의 가.2)항에서 본 바와 같다. 그러나, 갑 제5호증의 1 내지 갑 제12 호증, 을 제4호증의 2, 을 제7호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 이JJ이 세무조사 당시 이 사건 각 세금계산서가 경유의 실제 거래와 관련 없는 허위세금계산서라는 내용의 확인서를 작성하기는 하였으나, 이는 실제로는 GG에너지로부터 이 사건 경유를 공급받지 않았음에도 그 명의 세금계산서를 교부받았다는 의미 로 해석될 수 있고 아래 여러 사정에 비추어 보면 이SS이 이 사건 경유를 GG에너지가 아닌 다른 업체로부터도 전혀 공급받지 않았다는 의미로 위 확인서를 작성하여 주었다고 볼 수 없는 점, ② 원고는 2006. 11.경부터 2007. 1.경까지 GG에너지의 영업이사라고 칭하는 심HH으로부터 부정 유통되는 면세유 합계 240,000 ℓ를 구입한 것으로 하여 2006. 11. 7.부터 2007. 1. 30.까지 12회에 걸쳐 그 대금 합계 244,980,000 원을 자신의 TT은행 계좌(073001-04-076761)에서 GG에너지 법인계좌(◆◆ 강서지 점 100090-55-0002282 및 계양◆◆ 변방지점 계좌)로 각 송금하였고, 이에 대하여 피고 CCC세무서장은 GG에너지가 원고로부터 위 대금을 각 송금받은 날 ◆◆ 강서지 점으로 송금받은 79,000,000원(부가가치세 포함) 상당은 곧바로 주식회사 ZZZ에너지 로 인터넷 출금되었고, 계양◆◆ 변방지점 계좌로 송금받은 166,000,000원(부가가치세 포함) 상당은 직접 현금 인출되었음을 이유로 허위의 세금계산서 수수를 은폐하기 위 한 금융거래조작에 불과하다고 하면서도 위와 같이 송금된 돈이 다시 원고에게 반환되었는지 여부에 관하여는 이를 조사하지 않았거나 밝히지 못하고 있는 점, ③ 원고는 MM주유소 대리점을 운영하므로 POS(point of saℓes management, 판매시점관리) 시스템을 통하여 유류의 입 ・ 출고 및 재고가 관리되는데, 만약 원고가 위 기간 중 경유를 공급받지 않았다면 POS 시스템상 유류의 재고가 (-)가 되는 상태에서 판매가 이루어졌다는 모순이 생기게 되는 점, ④ MM에너지 주식회사의 유류를 운송하는 차량기사 이UU은 2006. 11. 6., 같은 달 20., 2006. 12. 19. 및 2007. 1. 9. 총 4회 , 같은 차량기사 정WW은 2006. 11. 27., 2006. 12. 6., 같은 달 10., 같은 달 22., 같은 달 28., 2007. 1. 16. 및 같은 달 23. 총 7회, 같은 차량기사 전VV는 2007. 1. 9. 각 원고에게 유류를 실제로 운송하였다는 내용의 확인서를 원고에게 작성해 주고, 당시 원고는 위 차량기사들로부터 MM GG에너지주식회사 발행의 출하지가 인천저유소로 되어 있는 출하전표(갑 제8호증의 1 내지 12)를 수령한 것으로 보이는 점 등을 인정할 수 있고, 여기에 ⑤ 앞서 본 바와 같이 무자료 유류거래상이 거래처에 불법유류 등을 공급하고 GG에너지 상호로 허위세금계산서를 발행 ・ 교부하여 GG에너지 명의로 매출을 발생시켜 왔던 사정을 보태어 보면, 원고는 2006. 11.경부터 2007. 1.경까지 무자료 유류거래상이 GG에너지 명의를 이용하여 부정 유통시킨 이 사건 경유 합계 240,000 ℓ를 실제로 공급받아 GG에너지 법인계좌를 통하여 그 대금을 모두 지급하였다고 인정된다.

따라서 이 사건 각 종합소득세 부과처분 중 이 사건 경유 거래대금이 실제 필요경비로 지출되지 않았음을 전제로 한 부분은 위법하다.

3) 정당한 세액

피고 CCC세무서장의 이 사건 각 종합소득세 부과처분 중 이 사건 경유 거래대금을 필요경비 과다계상이라고 본 부분을 제외하고 원고가 경정에 의하여 추가 납부하여야 할 정당한 세액을 별지 2006년 및 2007년 종합소득세 재계산 기재와 같이 산정하면, ① 2006년 귀속 종합소득세는 26,361,667원, ② 2007년 귀속 종합소득세는 32,344,880원이 되므로, 이 사건 각 종합소득세 부과처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

5. 결론

원고의 청구는 피고 CCC세무서장의 이 사건 각 종합소득세 부과처분 중 위 정당 한 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 피고 CCC세무서장에 대한 나머지 청구 및 피고 BB세무서장에 대한 청구는 모두 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 피고 BB세무서장에 대한 청구에 관하여 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 피고 BB세무서장의 항소를 받아들여 제1심 판결 중 피고 BB세무서장의 패소부분을 취소하고 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 피고 CCC세무서장의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.