2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2003. 3.경부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○○-○ 소재 ○○○○에서 '○○쥬얼리'라는 상호로 준보석을 판매하여 온 사업자로서, 2003년 제1기부터 2004년 제2기까지의 과세기간 중에 주식회사 ○○골드(이하 '○○골드'라한다)로부터 아래 표 기재와 같은 공급가액 합계액의 매입세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받고, 과세기간별로 그 공급가액에 대한 부가가치세의 합계액을 매입세액으로 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.

구분

과세기간

매입세금계산서의 공급가액(합계)

1

2003년 제1기

66,181,000원

2

2003년 제2기

118,804,000원

3

2004년 제1기

63,637,000원

4

2004년 제2기

105,673,000원

나. 그런데 피고는 ○○골드가 이른바 자료상에 해당하여 이 사건 세금계산서가 모두 실물거래 없이 발행된 허위의 것으로 보고, 2005. 10.10. 그 각 매입세액을 불공제하여 가산세를 포함한 각 해당 과세기간의 부가가치세의 총결정세액을 결정한 다음 위 총결정세액에서 기납부세액을 공제한 나머지 세액의 부가가치세를 추가로 고지하였는데, 그 추가고지세액 등은 아래 표 기재와 같다.

구분

① 가산세(원)

② 총결정세액(원)

③ 기납부세액(원)

④ 추가고지세액(원)

2003년 제1기

3,154,186

9,864,263

91,979

9,772,280

2003년 제2기

5,006,400

17,124,650

237,854

16,886,790

2004년 제1기

2,334,205

8,629,678

-68,224

8,697,900

2004년 제2기

3,292,770

15,029,355

1,169,294

13,860,060

다. 따라서 이 사건 각 부과처분은 2005. 10. 10.자 위 표의 ②란 기재 각 부가가치세의 부과처분이라 할 것이나, 원고는 이들 부과처분10 중 위 표 ③란 기재 각 액수를 초과하는 위 표 ④란 기재 각 추가고지액 부분만의 취소를 구하므로 이하 그 각 추가고지액 부과처분 부분을 이 사건 각 부과처분이라고 한다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑2-1～4, 을 1-1～4, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고가 위 처분사유와 관계법령을 들어 이 사건 각 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 ○○골드로부터 지금을 매입하면서 그 대금을 모두 지급하고 이 사건 세금계산서를 수취한 것임에도 실물 거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취하였다는 전제에서 그 매입세액 공제를 부인한 이 사건 각 부과처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

[부가가치세법]

제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 이하 생략

다. 판단

(1) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 한다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결, 1987. 3. 24. 선고 85누515 판결 등 참조).

그러므로 이 사건 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 허위의 세금계산서인지에 관하여 살피건대, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제4호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 오히려 갑 제3호증, 제4호증의 각 기재에 의하면, ○○세무서장은 ○○골드에 대한 자료상 조사를 실시한 결과 ○○골드가 2001년 제1기부터 2004년 제1기까지의 과세기간 동안 총매출액 377억 5,600만 원과 총매입액 376억 3,100만 원 전액에 대하여 실물거래 없이 허위세금계산서를 수취하거나 발행하는 등 자료상 행위를 하였다는 혐의로 ○○골드와 ○○골드의 대표이사 김○○을 ○○경찰서에 고발하였으나, ○○지방검찰청은 2005. 12. 23. ○○골드와 김○○에 대한 조세범처벌법위반 피의사건에 관하여 각 혐의 없음(증거 불충분) 결정을 한 사실이 인정될 뿐이다.

(2) 따라서 원고가 실물 거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취하였다는 전제에서 이 사건 세금계산서의 매입세액 공제를 부인한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 각 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.