가. 청구인은 1986.8.4. OOO아파트 22-708(이하 “OOO주택”이라 한다)을 취득하였고, 2001.8.12. OOOOO OOO OO동5가 19-239 소재 무허가건물(이하 “무허가건물”이라 한다)을 취득한 뒤2005.3.16. 무허가건물에 대한「도시 및 주거환경정비법」에 의한관리처분계획인가및 그로 인한 주택재개발사업 시행에 따라2009.5.29. OOOOOOOO OOOOO OOOO 103-3603(이하 “OOO주택”이라 한다)을취득하였으며, 2011.2.28. OOO주택을 OOO원에 양도하고 2011.5.2.1세대 2주택으로 하여 양도소득세 OOO백만원을 신고·납부하였다.

나. 그 후 청구인은 무허가건물은 주택에 해당되지 않고 조합원입주권을취득한 것에 불과하므로 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여 달라는경정청구를 하였으나, 처분청은 2011.9.11. 이에 대하여 거부처분하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 양도소득세를 자진신고·납부한 것은 법리의 무지 등에 의한 착오로 인한 것으로, 처분청이 경정청구에 대하여 적극적으로 살펴야 함에도 거부처분을 한 것은 신뢰보호의 원칙에 위배된 것이고, 청구인은 당시 재개발 추진중인 상황에서 전기·수도·도시가스시설 등이 모두 철거된 공가·폐가상태의 무허가건물을 취득하였으므로 이를 주택으로 볼 수 없으며, 청구인이 취득한 것은 주택이 아닌 OOO주택을 취득할 수 있는 조합원입주권으로 보아야 하는 것이어서 청구인이 OOO주택의 준공일인 2009.5.15.부터 2년 이내인 2011.2.28. OOO주택을 양도한 이상 「소득세법 시행령」제156조의2에서 규정하고 있는 1세대 1주택 비과세 특례적용대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

청구인이 2001년 취득한 무허가건물은 취득 당시 항공사진 등에서 주택의 형태를 갖추고 있음이 확인되고, 분양계약서 등에서 주택 부분에 대한 평가내역이 있으므로 주택에 해당하며,가사 무허가건물을 주택이 아닌 조합원입주권으로 보더라도 OOO주택 신축 관련 관리처분계획인가일은 2005.3.16.이므로 2005.12.31. 신설된 「소득세법 시행령」제156조의2의 적용대상이 될 수 없어 처분청의 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 취득한 무허가건물이 주택으로 볼 수 없는 “폐가”에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

② 대통령령으로 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만,「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 소득세법 부칙 <제7837호, 2005.12.31.>제12조 (조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례) ① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

② 2006년 1월 1일 전에 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가되어 취득된 입주자로 선정된 지위 또는「주택건설촉진법」(법률 제6852호「도시 및 주거환경정비법」으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제33조의 규정에 따라 주택재건축 사업계획승인을 얻어 취득된 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후에 매매·상속 등으로 인하여 승계취득하는 자에 대하여는 그 승계취득한 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아서 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다.

(3) 소득세법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」제3조에 따라 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. (이하 생략)

제155조【1세대 1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(괄호 생략)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(괄호 생략)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (이하 생략)

제156조의2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례】① 법 제89조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 1세대”란 제154조에 따른 1세대를 말한다.

② 법 제89조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 2년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업(이하 “주택재개발사업”이라 한다) 또는 동법에 따른 주택재건축사업(이하 “주택재건축사업”이라 한다)의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 거주할 것

2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 경정청구 검토서(2011년 8월)에 의하면, 청구인이 취득한 OOO소재 구주택(무허가건물)은 입주권이 아니라 주택이었고[취득시점에 주택의 형태를 갖추고 있었고, 관리처분계획인가일(2005.3.16.)에 구주택 평가내역에주택부분이 있으며, 청구인은 종전 재개발 사업시행인가 폐지(1999.10.28.) 후 무허가건물을 취득함],청구인이 취득한 것을 조합원입주권으로 보더라도, 무허가건물의 관리처분계획인가일이 2005년 3월이므로 「소득세법」제89조 제2항 및 동법 시행령 제156조의2에 따른 조합원입주권이 아니라 2005.12.31. 개정 전인 종전 규정에 따른 입주권이므로 위 시행령 규정의 적용대상이 될 수 없고,무허가건물을 취득하고 멸실한 후 재개발로 신축완성된 주택(OOO주택)은 환지이므로 기존 주택(무허가건물)을 취득한 때(2001.8.12.)가 신축주택의 취득시기인바, OOO주택 양도시기는 OOO주택 취득일로부터 2년이 경과하였으므로 「소득세법 시행령」제155조 제1항에 따른 일시적 2주택 비과세 규정 적용이 불가하여 경정청구 거부처분하고자 한다고 기재되어 있다.

(2) OOO구청 도시개발 홈페이지에 게시된 내용에 의하면, OOO공원 남측 도시환경정비사업의 위치는 OOO동 5가 19 일대(무허가건물 소재지)이고, 추진사항으로는 “2003.5.10. 도심재개발구역 결정OOO, 2003.11.28. 사업시행인가OOO, 2005.3.16. 관리처분계획인가, 2007.3.17. 공사착공, 2008.10.31. 건축물준공인가, 2009.5.13. 도시환경정비사업 공사완료”라고 되어 있다.

(3) 제출된 구주택평가내역(조합원 성명 : 청구인)은 다음과 같다.

(단위 : 원)

(4) 제출된 매매계약서(2001년 7월)에 의하면, 거래대상구분은 토지·무허가건물, 소재지는 OOO동 5가 19 239호, 토지의 지목은 대, 현황은 도심재개발사업(면적 34㎡), 건물은 세멘조, 주택(면적 21.84㎡), 매도인은 김OOO, 매수인은 청구인, 매매대금은 OOO원, 특약사항으로 “현상태 공가임”이라고 기재되어 있다.

(5) 청구인이 제출한 무허가건물 확인원서(2001.7.31.)를 보면, “주소는 OOO동5가 19-239, 소유자는 김OOO, 건물번호는 주택OOO(1994.8.12.)호, 위에 기재한 건축물은 1982.4.8. 이전에 건립된 무허가건물임을 확인하여 주시기 바람”이라고 기재되어 있다.

(6) 청구인에 대한 행정정보공개청구 결정통보(행정정보 공개내역) 내용은 다음과 같다.

(7) 제출된 등기부등본에 의하면, 청구인은 OOO동 5가 19-239 대 34㎡를 2001.7.20. 매매를 원인으로 하여 2001.8.27. 소유권이전등기하였고, OOO주택을 2011.2.28. 양도하였음이 확인된다.

(8) 청구인이 제출한 OOO공원남측 도심재개발사업 추진내역 보고내역(작성일자 및 작성자 미기재)을 보면, “1996.7.25. 조합설립 및 사업시행인가OOO, 1999.10.5. OOO지역 19번지 일대(무허가건물 소재지) 상세계획 구역 포함 도심재개발로 추가 지정(OOO시 공청회), 1999.10.28. 주택재개발 사업인가 폐지(OOO구청장), 2001.5.9. OOO구역 주택재개발조합 청산등기, 2001.6.20. 주택개량재개발조합 설립 및 사업시행인가 처분취소(대법원판결), 2001.7.25. OOO구역 주택재개발 청산종결 등기, 2003.5.30. 조합설립인가OOO”라고 기재되어 있다.

(9) 제출된 주민등록등본에 의하면,청구인은 1984.5.26. OOO주택에 전입하여 2011.3.25. 현재까지 주민등록이 되어 있었고,2011.4.21. OOO주택으로 전입하였음이 확인되며, 그 외에 청구인은 양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서 및 재개발 관련 자료로서 조합측이 내부적으로 작성한 대의원회의(의결) 상황보고, 개회사, 인사말씀(2003.6.10.), OOO공원남측 도시환경정비사업 추진내역보고(2003.6.10.∼2004.11.16.) 등의 참고자료를 제출하였다.

(10) 살피건대, 청구인은 무허가건물이 폐가였다고 주장하나, 행정정보공개내역에 의하면 무허가건물의 용도는 주거로 되어 있고, 매매계약서상에도 “주택”으로 기재되어 있으며,관리처분계획인가일(2005.3.16.) 당시 구주택 평가내역에 건축물평가액이 기재되어 있는 점 및

대법원은「도시 및 주거환경정비법」에 의한 재건축으로 인하여철거를 앞둔 건물로 부설된 도시가스ㆍ수도ㆍ전기 등의 시설이 모두 철거되었다 하더라도 「소득세법」제89조 제1항 제3호에서의 “주택”에 해당할 수 있다고 판시하고 있는 점(대법원 2008두11310, 2009.11.26.) 등을 고려하여 보면, 청구인이 위 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

또한, 청구인은 주택이 아닌 조합원입주권을 취득한 것이라고 하면서 OOO주택의 준공일인 2009.5.15.부터 2년 이내인 2011.2.28. OOO주택을 양도한 이상 「소득세법 시행령」제156조의2에서 규정하고 있는 1세대 1주택 비과세 특례적용대상에 해당한다는 취지로 주장하나, OOO주택 신축관련 관리처분계획인가일은 2005.3.16.이고, 「소득세법 시행령」제156조의2는 2005.12.31. 신설된 점, OOO주택의 준공일은 2008.10.31.(이 부분은 청구인의 주장과 다르다)로 청구인은 그로부터 2년이 지난 2011.2.28.에 OOO주택을 양도한 점 등을 종합하면, 위 주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

결국, 청구인이 2011.2.28. OOO주택을 양도할 당시, OOO주택을 보유하고 있었으므로, 처분청이 1세대 1주택 비과세 적용을 거부한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.