가. 청구인은 OOOOO OOO OOO OOOO OOOOOOOO OOOO OOO호(전용면적 111.32㎡이며, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2003.9.21. 양도하고 이에 대한 양도소득세 31,381,150원을 신고납부한 후 2004.1.15. 처분청의 경정결정에 의하여 6,161,180원을 환급받고 남은 25,219,970원에 대하여 쟁점아파트의 양도가 조세특례제한법 제99조의3 제1항제2호에 의한 신축주택의 취득자에 대한 과세특례에 해당한다하여 2006.5.29. 이의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 이에 처분청은 쟁점아파트의 사용승인일인 2003.5.10. 현재 쟁점아파트는 실지 양도가액이 6억원이 초과하여 고가주택에 해당하여 조세특례제한법 제99조의 3 제1항제2호에 의한 신축주택에 대한 감면대상에 해당되지 않는다 하여 감면적용을 배제하고 2006.8.22. 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2006.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점아파트는 국세심판결정례(국심 2004서1785, 2005.3.31. 외)에도 있듯이 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조제2항에서 “종전규정을 적용한다”의 의미는 개정 시행 전일(2002.12.31.) 시점의 고급주택의 개념(양도가액 6억원 초과 및 전용면적 149㎡이상)을 적용하여야 하는 바, 쟁점아파트는 양도가액은 6억원을 초과하지만 전용면적은 111.32㎡로서 149㎡(45평) 미만이고 2000.3.16. 신축공사에 착수하여 2003.5.10. 사용승인을 득하였으므로 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 따라 종전규정에 의하여 고급주택에 해당되지 아니하므로 신축주택의 감면규정을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 양도한 쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사를 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우로 당해 주택의 실지 양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하므로 조세특례제한법 부칙 제29조제2항(2002.12.11. 법률 제6762호)이 적용되지 아니하는 것이므로 당해 고가주택은 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세과세특례가 적용되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

전용면적 111.32㎡의 재건축아파트가 2002.12.31. 이전에 착공되어 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받았으나 그 양도가액이 6억원을 초과한 경우 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 따라 신축주택에 대한 양도소득세 감면대상이 되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 후의 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 후의 것) 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(4) 조세특례제한법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】③ 법 제99조의 3 제1항제1호에서 대통령령이 정하는 주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. (생 략)

2. 조합원( 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업시행의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(5) 조세특례제한법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】③ 법 제99조의 3 제1항제1호에서 대통령령이 정하는 주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 조합원( 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업시행의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항제2호에서 대통령령이 정하는 조합원 이라 함은 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

(6) 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조【고급주택의 범위】① 법 제89조제3호에서 거주용건물의 연면적·가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원이상일 것

(7) 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 후의 것) 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조제3호에서 가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택 이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 관련 기록 및 집합건축물대장에 의하면, 쟁점아파트(전용면적 111.32㎡)는 청구인이 1998.9.22. 취득하여 보유하던 극동아파트 18동 202호가 재건축되었고 청구인은 쟁점아파트를 1999.6.3. 서초구청장으로부터 재건축사업계획 승인을 받아 2000.3.16. 착공하였고 2003.5.10. 사용승인을 받은 후 2003.9.21. 신OO에게 860백만원에 양도하였다. 쟁점아파트는 2003.1.1. 이후 양도한 것이므로 2002.12.30. 개정되어 2003.1.1.부터 시행된 소득세법시행령 제156조 소정의 고가주택에는 해당하게 되었으나 개정이전의 고급주택에는 해당하지 아니한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점아파트가 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로 2002.12.31. 이전에 공사에 착수하여 2003.5.10. 사용승인을 받았고, 고가주택이라는 점만 제외하고는 양도소득세를 감면 받는데 필요한 요건을 모두 충족하고 있음에도 처분청이 고가주택으로 보아 양도소득세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 조세특례제한법 제99조의 3을 살펴보면, 거주자가 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지 주택건설업자로부터 최초로 매매계약을 체결하고 취득한 신축주택, 주택조합 또는 재개발조합을 통하여 취득한 주택을 사용승인 또는 사용검사를 받은 후 신축주택을 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 신축주택이 고급주택(2003.1.1.부터는 고가주택)에 해당하는 경우에는 감면을 배제하도록 규정하고 있으며, 같은 법 부칙 제29조 제2항에서는 법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정되어 있으며, 2001.12.31. 같은 법시행령 제99조의 3 제5항을 신설하여 조합원의 범위를 관리처분계획의 인가일 또는 사업계획의 승인일 현재의 조합원으로 규정하였다.

또한, 2002.12.30. 소득세법시행령 제156조가 개정되면서, 종전의 “고급주택”의 범위를 “공동주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원 이상인 경우”에서 “고가주택”으로 그 명칭을 변경하면서 그 범위를 “주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 경우”로 하였다.

(4)이 건의 경우, 2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호 및 같은 법 부칙 제29조 제2항의 규정을 모아보면, 쟁점아파트와 같이 자기가 건설한 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우에는 개정이전의 같은 법 규정이 적용되는 것으로 해석되고, 그 단서규정에 따라 양도소득세의 감면적용대상에서 제외되는 주택은 2002.12.18 개정전의 소득세법 제89조 제3호에서 정한 고급주택에 한하는 것이므로 쟁점아파트는 신축주택에 대한 특례규정을 충족한 것으로 보아야 한다(국심 2004서1872, 2005.3.17. 외 다수 같은 뜻임).

따라서 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니하는 것으로 보아 청구인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.