1. 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제1항은 "세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다"라고 규정하고, 제2항은 "세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다"라고 규정하면서, 제3호에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우 중 하나로 '2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우'를 들고 있다.

구 국세기본법 제81조의4 제1항은 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 함을 규정한 것이고, 제2항은 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 재조사를 원칙적으로 금지하는 한편, 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 등의 예외적인 경우에는 재조사를 할 수 있도록 규정한 것이다.

위와 같이 위법한 세무조사를 금지하고 세무조사권의 남용을 방지하고자 하는 구 국세기본법 제81조의4의 규정 취지에 비추어 보면, 재조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시 당시에 구비되어야 할 것이므로, 과세관청이 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시한 경우에 비로소 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 적법한 재조사에 해당한다고 할 것이다(대법원 2017. 4. 27. 선고 2014두6562 판결 참조).

2. 가. 원심은 제1심 판결을 인용하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.

1) 원고는 20OO 사업연도부터 20OO 사업연도까지 원고의 등기이사 겸 이사회의장이자 원고의 주식 OO.OO%를 보유한 신선호에게 성과상여금 명목으로 각각 O억 원, OO억원, OO억 원, OO억 원, OO억 원(이하 이를 통틀어 '이 사건 성과상여금'이라 한다)을 지급하였다.

2) AA지방국세청장은 20OO. O. OO.부터 20OO. O. O.까지 원고에 대한 20OO 사업연도 법인사업자통합조사(이하 '제1차 세무조사'라 한다)를 하였는데, 당시 원고가 작성한 '세무조사반 요청서류'에 의하면 임원보수와 관련하여 20OO 사업연도부터 20OO 사업연도까지의 이사회회의록, 임원성과급규정 등이 제출된 것으로 기재되어 있다.

3) 이후 AA지방국세청장은 20OO. O. O. 원고에게 20OO 내지 20OO 사업연도 법인세 항목이 적출된 제1차 세무조사 결과를 통지하였으나, 이 사건 성과상여금 중 20OO, 20OO 각 사업연도에 OOO에게 지급된 부분에 대해서는 별다른 조치를 취하지 아니하였다.

4) AA지방국세청장은 20OO. OO. O. 원고에 대한 20OO 내지 20OO 사업연도 법인제세 통합조사를 개시한 다음, 20OO. O. OO. 원고에게 그 조사범위에 20OO 사업연도 중 일부를 포함하는 내용의 조사범위확대통지를 하고 20OO 사업연도 법인제세 부분조사를 개시하였다(이하 위와 같이 이루어진 세무조사 가운데 이 사건 성과상여금 중 20OO, 20OO 각 사업연도에 OOO에게 지급된 부분에 관한 조사를 '제2차 세무조사'라 한다).

5) AA지방국세청장은 20OO. O. OO. 원고에게, 이 사건 성과상여금은 지급기준 없이 지급된 잉여금 처분이므로 손금에 산입될 수 없다는 내용이 포함된 조사결과를 통지하였고, 이에 피고는 이 사건 성과상여금을 손금에 불산입하는 등 그 조사결과에 따른 내용을 반영하여 원고의 20OO 내지 20OO 사업연도의 법인세를 각각 증액경정하였다.

나. 그런 다음 원심은 그 판시와 같은 사정에 비추어, 제2차 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 원칙적으로 금지하고 있는 재조사에 해당하나, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 예외적으로 허용하고 있는 재조사에 해당한다고 봄이 타당하다고 판단하였다. 이어 제2차 세무조사가 재조사의 예외적 허용사유에 해당하지 않아 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다.

3. 그러나 위와 같은 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

기록에 의하면, 원고는 원심 제O차 변론기일에서 'AA지방국세청장은 재조사의 예외적 허용사유를 뒷받침하는 구체적인 자료가 없었음에도 재조사에 해당하는 제2차 세무조사를 개시하였는데, 이는 위법한 세무조사에 해당한다'는 취지의 주장을 한 사실을 알 수 있다. 그렇다면 원심으로서는 앞서 본 법리에 따라 재조사에 해당하는 제2차 세무조사가 20OO 사업연도에 관하여는 그 개시 당시에, 20OO 사업연도에 관하여는 조사범위확대 당시에 각각 재조사의 예외적인 허용사유인 '하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우'임을 뒷받침할 만한 구체적인 자료가 있었는지 여부에 관하여 심리ㆍ판단하였어야 할 것이다. 그럼에도 이러한 심리ㆍ판단을 하지 아니한 채 제2차 세무조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 예외적으로 허용하고 있는 재조사에 해당하여 적법하다고 판단한 원심판결에는 필요한 심리를 다하지 아니하거나 판단을 누락하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 따라서 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결의 원고 패소 부분 중 20OO, 20OO 각 사업연도 법인세 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.