한편 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제2호 (가)목 및 그 위임을 받은 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제2호 , 제103조 제1항 제1호 는 재산세 별도합산과세대상 토지의 하나로 ‘과세기준일 현재 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월이 지나지 아니한 건축물의 부속토지 중 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지’를 들고 있고, 여기서 건축물이란 ‘토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 건축물이나 이와 유사한 형태의 건축물’ 등을 말한다( 구 지방세법 제104조 제2호 및 제6조 제4호 , 건축법 제2조 제1항 제2호 참조).

이와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 구 소득세법에서 양도소득금액 산정과 관련하여 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’의 소유기간 동안을 비사업용 토지로 이용된 기간으로 보지 않는 취지 등을 종합하면, 건축물의 부속토지 중 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호 에 정한 면적의 토지는 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월 동안 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’로서 그 기간을 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하여 구 소득세법 시행령 제168조의6 각호 의 기간 요건을 모두 충족하였는지 여부에 따라 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항 이 정한 비사업용 토지인지 여부를 판정하여야 한다고 봄이 타당하다.

1. 가. 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항 , 제104조의3 제1항 제4호 , 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호 는 양도로 인한 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 ‘비사업용 토지’에 관하여 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 및 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간의 모두에 해당하는 기간 동안 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’에 해당하는 토지는 원칙적으로 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 적용 대상에서 배제하되, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 (나)목 은 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호 에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지에 해당하는 기간은 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하도록 정하고 있다 .

한편 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제2호 (가)목 및 그 위임을 받은 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제2호 , 제103조 제1항 제1호 는 재산세 별도합산과세대상 토지의 하나로 ‘과세기준일 현재 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월이 지나지 아니한 건축물의 부속토지 중 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지’를 들고 있고, 여기서 건축물이란 ‘토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 건축물이나 이와 유사한 형태의 건축물’ 등을 말한다( 구 지방세법 제104조 제2호 및 제6조 제4호 , 건축법 제2조 제1항 제2호 참조 ).

나. 이와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 구 소득세법에서 양도소득금액 산정과 관련하여 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’의 소유기간 동안을 비사업용 토지로 이용된 기간으로 보지 않는 취지 등을 종합하면, 건축물의 부속토지 중 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호 에 정한 면적의 토지는 그 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월 동안 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’로서 그 기간을 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하여 구 소득세법 시행령 제168조의6 각호 의 기간 요건을 모두 충족하였는지 여부에 따라 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항 이 정한 비사업용 토지인지 여부를 판정하여야 한다고 봄이 타당하다 .

2. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 소외 1과 함께 2005. 10. 21. 서울 강남구 (주소 1 생략) 대 396.5㎡ 및 (주소 2 생략) 대 210.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)와 그 지상 철골조 평슬래브 3층 근린생활시설 건물(이하 ‘종전 건물’이라고 한다)의 각 1/2지분을 취득하였고, 그 무렵부터 종전 건물에 대한 임대사업을 영위하였다.

나. 원고와 소외 1은 2010. 3. 10. 종전 건물을 철거하였고, 그로부터 2년 이내인 2011. 11. 18. 이 사건 토지 지상에 관할관청의 허가를 받은 모델하우스(이하 ‘이 사건 건축물’이라고 한다)가 신축되었다가 2012. 11. 17. 철거되었다.

다. 원고와 소외 1은 2014. 12. 4. 이 사건 토지를 소외 2에게 양도하였고, 원고는 2015. 2. 28. 피고에게 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 토지가 비사업용 토지임을 전제로 이 사건 토지의 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하지 아니한 채 양도소득세를 신고·납부하였다.

라. 이후 원고는 2016. 6. 1. 피고에게 ‘이 사건 토지는 이 사건 건축물이 철거된 2012. 11. 17.부터 6개월이 경과하기 전 날인 2013. 5. 16.까지(이하 ‘이 사건 기간’이라고 한다) 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지로서 이 사건 기간 동안 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외되고, 결국 비사업용 토지의 기간 요건을 충족하지 못하여 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항 에서 정한 비사업용 토지에 해당하지 않는다’는 이유로 이 사건 토지의 양도차익에서 장기보유특별공제액이 공제되어야 한다고 주장하면서 양도소득세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 하였다.

마. 이에 대하여 피고는 2016. 12. 15. 이 사건 토지의 경우 이 사건 기간 동안 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외된다고 볼 수 없어 결국 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 위 거부처분 중 원고가 구하는 548,502,326원에 대한 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

3. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 토지 중 이 사건 건축물의 부속토지로서 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호 에 정한 면적의 토지는 이 사건 건축물이 철거된 날부터 6개월이 경과하기 전날까지의 기간인 이 사건 기간 동안 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’로서 그 기간을 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하여 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 각 목 의 기간 요건을 모두 충족하였는지 여부에 따라 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항 이 정한 비사업용 토지인지 여부를 판정하여야 한다.

그럼에도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 기간은 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외할 수 없다는 잘못된 전제에서, 이 사건 기간을 제외할 경우 이 사건 토지 중 이 사건 건축물의 부속토지로서 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호 에 정한 면적의 토지가 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 각 목 의 기간 요건을 모두 충족하였는지 여부를 심리하지도 아니한 채 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 (나)목 의 ‘재산세 별도합산과세대상이 되는 토지’의 해석 등에 관한 법리를 오해하고 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.