2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/7은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 3. 21. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 법인세 3,654,313,180원(과소신고가산세 221,241,214원, 납부불성실가산세 1,210,731,234원 포함)의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 국내ㆍ외 여행알선, 국제회의 용역서비스, 드라마 및 영상 콘텐츠 제작등을 영위하는 상장법인으로, 2008. 6. 30. 주식회사 비티앤아이여행사(이하 '비티앤아이'라 한다)를 흡수합병하였다.

나. 한편 비티앤아이는 여행대리점업 등을 영위하는 비상장법인으로, 2007. 10. 25. 국내ㆍ외 일반 여행업 등을 영위하던 비상장법인인 주식회사 투어익스프레스(이하 '투어익스프레스'라 한다)를 흡수합병하고 같은 날 합병등기를 마쳤다(이하 '이 사건 합병'이라 한다).

다. 비티앤아이는 이 사건 합병 당시 미래에 기대되는 현금흐름을 일정한 할인율로 할인하여 주식가치를 산정하는 현금흐름할인법(Discounted Cash Flow, 이하 'DCF법'이라 한다)에 따라 비티앤아이 및 투어익스프레스의 1주당 주식가치를 산정하여 합병비율을 결정하고, 이에 따라 합병기일 현재 투어익스프레스의 보통주 1주당 비티앤아이의 보통주 0.015465주, 총 4,750주를 교부하였다.

라. 비티앤아이가 이 사건 합병을 통해 투어익스프레스로부터 승계한 순자산의 장부가액은 4,800만 원, 공정가액은 약 15억 2,600만 원이었고, 비티앤아이가 투어익스프레스의 주주들에게 합병대가로 교부한 합병신주의 가액은 95억 원이었는데, 비티앤아이는 투어익스프레스의 순자산을 공정가액으로 승계하면서 순자산 약 15억 2,600만 원과 합병신주의 발행가액인 95억 원의 차액인 약 79억 7,400만 원을 영업권(이하 '이 사건 영업권'이라 한다)으로 회계장부에 계상하는 등 다음과 같이 회계처리를 하였다.

(단위 : 백만 원)

차변

금액

대변

금액

자산

3,636

부채

3,609

영업권

7,974

자본금

48

이연법인세자산

1,499

주식발행초과금

9,452

마. 비티앤아이는 이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다) 제24조 제4항에서 정한 감가상각자산에 해당하지 않는 것으로 보아 영업권으로 계상한 금액을 익금산입과 동시에 익금불산입하고 감가상각비로 손금 처리하지 않는 것으로 세무조정하여 다음 표와 같이 법인세를 신고하였다.

(단위 : 백만 원)

사업연도

익금산입 및 손금불산입

손금산입 및 익금불산입

회계상 영업권 잔액

과목

금액

처분

과목

금액

처분

2007.1.1.~2007.12.31

영업권

7,974

기타

영업권

7,974

△유보

7,575

영업권상각

399

유보

2008.1.1.~2008.6.30.

영업권상각

797

유보

6,778

2008.7.1.~2008.12.31.

영업권

6,778

기타

영업권

6,778

△유보

5,980

영업권상각

797

유보

2009.1.1.~2009.12.31

영업권상각

1,595

유보

4,385

2010.1.1.~2010.12.31.

영업권

1,595

기타

영업권

1,595

△유보

5,980

2011.1.1.~2011.12.31.

5,980

2012.1.1.~2012.12.31.

영업권상각

5,980

유보

0

또한, 비티앤아이는 투어익스프레스로부터 세무상 이월결손금을 승계하여 2007 사업연도 법인세 신고 시에는 약 13억 1,400만 원, 2008 사업연도 법인세 신고 시에는 약 4억 600만 원을 각 과세표준에서 공제하였다.

바. 피고는 다음 표와 같이 이 사건 영업권이 법인세법 제24조 제4항에서 정하는 감가상각자산에 해당한다고 보아 2007 사업연도에 원고가 손금산입한 이 사건 영업권 전액인 약 79억 7,400만 원을 합병평가차익으로 익금산입하고, 2007 ~ 2009 사업연도 영업권 상각 부인액 약 35억 8,900만 원을 손금추인하며, 2007 사업연도에 비티앤아이가 투어익스프레스로부터 승계하여 공제한 이월결손금 약 13억 1,400만 원 및 2008사업연도에 같은 이유로 공제한 이월결손금 약 4억 600만 원(이하 위 각 이월결손금을 합하여 '이 사건 이월결손금'이라 한다)에 대한 공제를 부인하여, 2013. 3. 21. 비티앤아이의 납세의무를 승계한 원고에게 2007 사업연도 법인세 3,654,313,180원(가산세 포함)을 경정・고지하였고(이하 '이 사건 처분'이라 한다), 2008 사업연도 법인세 97,798,120원을 환급하기로 결정하였다.

(단위 : 백만 원)

사업연도

경정내역

세목

고지금액

경정내용

2007.1.1.~2007.12.31.

법인세

3,654

° 영업권 7,976백만 원 익금산입

° 영업권 상각액 399백만 원 손금산입

° 이월결손금 1,314백만 원 공제부인

2008.1.1.~2008.6.30.

법인세

△98

° 영업권 상각액 797백만 원 손금산입

° 이월결손금 406백만 원 공제부인

2008.7.1.~2008.12.31.

법인세

0

° 영업권 상각액 797백만 원 손금산입

2009.1.1.~2009.12.31.

법인세

0

° 영업권 상각액 1,595백만 원 손금산입

사. 원고는 2013. 5. 10. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 2. 9. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제5, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 주위적 주장

피고가 이 사건 영업권을 감가상각자산으로 보아 합병평가차익으로 익금에 산입하여 한 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

① 이 사건 합병에는 합병차익이 없고 합병차손만이 존재하므로, 합병차익의 한도에서 익금에 산입되는 합병평가차익도 존재할 수 없다.

② 이 사건 영업권은 DCF법으로 산정한 합병대가와 승계한 순자산의 공정가액을 회계처리하는 과정에서 발생한 대차차액을 조정하기 위하여 계상한 금액일 뿐이고, 비티앤아이가 투어익스프레스의 무형자산(영업권)을 별도로 평가하여 승계한 바 없으므로, 이 사건 영업권을 구 법인세법 시행령 제24조 제4항에서 정한 감가상각대상자산인 영업권이라고 볼 수 없다.

③ DCF법을 사용하여 투어익스프레스의 주식을 평가한 것은 피합병법인의 자산 평가를 위한 것이 아니라 공정한 합병비율을 정하기 위한 것인바, DCF법에 따라 산정된 1주당 가액은 영업권을 포함한 피합병법인의 자산을 객관적으로 공정하게 평가하여 산정된 것이 아니다.

④ 투어익스프레스는 2003 사업연도부터 2007 사업연도까지 큰 규모의 영업손실 및 당기순손실을 기록하였고, 합병 이후에도 온라인 여행사업 부분에서는 지속적으로 영업손실이 발생하는 등 동종회사들에 비하여 영업권으로 인정할 만한 초과수익력이 존재하였다고 보기 어렵다.

⑤ 비티앤아이는 피합병법인인 투어익스프레스의 대표대조표에 계상되어 있던 자산을 장부가액 그대로 승계하였으므로, 투어익스프레스로부터 승계한 이 사건 이월결손금을 공제할 수 있다.

2) 예비적 주장

과세관청은 이 사건 처분 이전까지는 합병법인이 회계상 대차차액 조정을 위하여 계상한 영업권에 대하여는 법인세법상 감가상각자산에 해당하지 않는다고 해석하여 왔으나, 2013년 3월경 갑자기 기존의 입장을 변경하여 이 사건 처분을 하였다. 따라서 비티앤아이에게 이 사건 영업권에 관하여 법인세를 신고・납부할 의무를 이행할 것을 기대하기 어려웠으므로, 원고에게는 가산세 면제의 정당한 사유가 존재한다.

나. 관계 법령

별지 1 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 합병 이전의 투어익스프레스의 손익 상황은 다음 표와 같다.

(단위 : 백만 원)

구분

2003

2004

2005

2006

영업수익

3,402

4,037

5,006

5,962

영업이익(손실)

(782)

(3,564)

(1,806)

(438)

당기순이익(손실)

(709)

(3,411)

(1,675)

(295)

2) 이 사건 합병 이전의 투어익스프레스의 자본현황은 다음 표와 같다.

(단위 : 백만 원)

구분

2000

2001

2002

2003

2004

2005

2006

자본금

429

562

833

1,477

1,495

1,536

1,525

자본총계)

(850)

(945)

267

5,833

2,439

793

508

3) 한국여행업협회에서 공시하는 회원사 실적에 따르면, 투어익스프레스는 2006년, 2007년 상반기 항공권 판매실적 순위에서 각 15, 16위를 하였고, 내국인 관광객 송출실적은 2006년에는 26위, 2007년 상반기 24위였다(이상 각 인원수 기준).

4) 이 사건 합병 이후 투어익스프레스로부터 승계한 원고(이 사건 합병 이전까지는 비티앤아이)의 온라인 여행사업 부문에서의 손익상황은 다음 표와 같다.

(단위 : 백만 원)

구분

2007

2008

2009

2010

2011

2012

2013

2014

영업수익

5,576

4,430

3,956

4,804

4,318

3,784

1,927

1,398

영업이익(손실)

(771)

(1,298)

(515)

2

(177)

(1,274)

(1,017)

(1,283)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 8, 13, 14호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 영업권이 합병평가차익에 해당하는지 여부

가) 관련 개념 및 관련 법리

(1) 합병차익과 합병차손

합병차익 = 피합병법인의 순자산가액(승계한 자산의 총액 - 승계한 부채의 총액) - (주주에게 교부한 주식의 액면총액 + 합병교부금총액)

구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라 한다) 제17조 제1항 제3호에 의하면, 합병차익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금불산입하게 되어 있는데, 합병차익은 일반적으로 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액(합병교부금)과 합병 후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과하는 경우의 그 초과금액으로 정의되고 있고, 이는 자본거래로 인한 수익이므로 익금불산입하는 것으로 이해되고 있다. 즉, 합병차익은 피합병법인 순자산가액 중 자본금으로 이입되지 않은 그 잔액을 의미하므로 그 산식은 다음과 같다.

한편, 합병차손은 일반적으로 합병차익과 반대되는 개념으로 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액이 피합병법인의 주주에게 지급한 합병교부금과 교부한 합병신주의 액면가액의 합계액(즉, 합병대가)보다 적은 경우 그 차액을 의미하는 것으로 이해되고 있다. 즉, 이에 대한 산식은 다음과 같다.

합병차손 = 합병대가(합병교부금 + 합병신주의 액면총액) - 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액

(2) 합병차손과 영업권

구 기업인수・합병 등에 대한 회계준칙(2009. 8. 28. 개정되기 전의 것, 이하 '구 결합회계준칙'이라 한다) §9 가.는, 영업권을 '매수원가 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산・부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분'이라고 규정하고 있어, 위 구 결합회계준칙상의 영업권은 합병대가를 합병신주의 액면총액으로 보는 합병차손과는 개념에 있어서 차이가 있을 뿐만 아니라, 구 결합회계준칙의 영업권은 자산을 평가하여 승계하는 매수법(기업합병에 대한 회계처리를 위하여 합병법인에 승계되는 피합병법인의 순자산을 어떻게 평가할 것인가 하는 논의가 있다. 합병을 합병당사회사의 지분의 결합으로 보아 소멸회사의 순자산의 장부가액을 존속회사가 그대로 승계하여야 한다는 지분통합법, 합병을 소멸회사의 순자산을 매수하는 거래로 인식하는 입장에서 소멸회사의 순자산을 매수시점의 시가로 평가하여 승계하여야 한다는 매수법의 두 가지 견해로 나뉜다)에만 인정되는 반면, 합병차손은 자산을 장부가액으로 승계하는 경우(지분통합법)에도 인정된다는 점에서 차이가 있으므로 이하에서는 합병차손, 합병대가가 피합병법인의 순자산의 공정가액을 초과하는 부분을 의미하는 결합회계준칙의 영업권(이하 '회계상 영업권'이라 한다) 및 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 영업권(이하 '세법상 영업권'이라 한다)을 구분한다.

(3) 합병평가차익

구 법인세법 시행령 제12조 제1항은 피합병법인으로부터 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상법'이라 한다) 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(합병차익)에 달할 때까지 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 금액을 합병평가차익으로 규정하고 있다. 합병평가차익은 피합병법인으로부터 승계한 순자산의 가액에서 자본금증가액을 공제한 액수를 의미하는 합병차익과는 구별된다

합병평가차익 = 승계한 자산의 평가가액(시가) - 승계한 자산의 장부가액

구 법인세법 제17조 제1항 제3호는 합병차익은 자본거래로 인한 수익으로 보아 익금에 산입하지 않으면서도, 단서 규정에 의하여 합병평가차익을 익금에 산입하고 있는데, 이는 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가증하여 승계한 후 감가상각비 또는 자산처분손실 처리를 하는 경우 소득금액이 감소하게 되므로, 합병시점에서 과세하도록 한 것이다. 다만, 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호에 따르면, 합병평가차익은 구 상법 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 합병차익을 초과할 수 없고, 합병에 따른 구 법인세법 제80조 제1항에 의한 청산소득의 과세가 있는 경우 이를 공제하도록 되어 있다.

(4) 영업권

구 결합회계준칙에 따르면 영업권은 매수법에 의한 기업결합의 경우에만 인식되는 데, 매수원가(구 결합회계준칙 §6 가.에 의하면, 매수원가는 다른 회사의 순자산 및 영업활동을 지배하기 위하여 지급하는 현금이나 현금등가물 또는 기타 매수대가의 공정가액을 말한다) 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 순자산의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분이다(구 결합회계준칙 §9 가.). 이러한 영업권은 미래에 경제적 효익이유입될 것으로 기대되는 기간으로 내용연수를 정하여 정액법으로 상각하되, 20년을 초과하지 못한다(구 결합회계준칙 §9 나. 다.). 즉, 결합회계준칙 상의 영업권은 다음과 같이 합병법인이 합병시 피합병법인의 주주에게 합병대가로서 교부하는 합병신주의 발행일 또는 합병기일의 시가(합병교부금이 있는 경우 포함)에서 피합병법인으로부터 승계하는 순자산가액을 공제하는 금액으로 규정하여 차액개념에 의하여 인식되고 있다.

회계상 영업권 = 매수원가 - 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산・부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분

또한, 매수일에 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산・부채의 공정가액 중 매수회사의 지분이 매수원가를 초과하는 경우에는 그 초과액을 부의 영업권으로 계상한다(결합회계준칙 §10).

한편, 구 법인세법 시행령 제24조 제1항은 감가상각자산을 규정하면서 제2호 가목에 서 영업권을 열거하고 있고, 제4항은 '제1항 제2호 가목의 영업권 중 합병 또는 분할의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호・거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다', 구 법인세법 시행규칙(2009. 3. 30. 기획재정부령 제66호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행규칙'이라 한다) 제12조는 '위 영업권에는 ① 사업의 양도・양수과정에서 양도・양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가・인가등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용・명성・거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액, ② 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시 등과 관련하여 부담한 기금・입회금 등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금 등의 금액을 포함하는 것으로 한다'고 각 규정하고 있다.

위와 같은 관련 규정들을 종합하면, 기업합병에 있어서 구 법인세법상 영업권으로 인정되는 것은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호・거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한정되고 그러한 자산성 있는 영업권에 한하여 이를 감가상각자산으로 보고 있다. 여기서 사업상 가치가 있는 영업권으로 평가받기 위해서는 어떤 기업이 특수한 기술과 사회적 신용 및 거래관계 등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치가 있어야 할 것이고, 한 회사가 다른 회사를 흡수합병하여 그 영업상 기능 내지 특성을 흡수함으로써 합병 전의 통상수익보다 높은 초과수익을 갖게 된다면 합병 후 높은 수익률을 가져올 수 있는 피흡수회사의 무형적 가치는 영업권이라 보아도 무방하다(대법원 1986. 2. 11. 선고 85누592 판결 등 참조).

한편, 자산을 평가하여 승계함으로 인하여 발생한 합병평가차익은 합병 당해 사업연도 익금에 산입되는데, 여기서의 자산은 유형자산뿐만 아니라 무형자산도 해당할 수 있는 것이어서 피합병법인에 무형의 사업상 가치(초과수익력)가 존재하는 경우 합병법인이 그것을 평가하여 승계하였다면 영업권이라는 자산이 평가증되어(피합병법인의 영업권 장부가액은 0원이었으므로) 합병법인에게 승계된 것이므로, 영업권은 동시에 합병평가차익이 될 수 있다.

나) 이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령 제24조 제4항 소정의 세법상 영업권에 해당하는지 여부

위 인정사실에다가 앞서 본 각 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정들을 종합하면, 원고가 합병과정에서 회계장부에 계상한 이 사건 영업권은 회계상 영업권일 뿐 자산을 평가하여 승계한 세법상 영업권이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 처분 중 원고가 계상한 이 사건 영업권이 세법상 영업권임을 전제로 위 영업권 상당 금액을 합병평가차익으로 익금에 산입한 후 감가상각자산으로 손금추인한 부분은 위법하다(이 사건 영업권에 관한 원고의 주위적 주장이 이유 있어 이를 인용하므로 가산세 면제에 관한 정당한 사유가 있다는 예비적 주장은 나아가 살펴보지 아니한다).

① 앞서 본 바와 같이, 구 법인세법 시행령 제24조 제4항, 구 법인세법 시행규칙 제12조 제1항 제1호에 의하면, 세법상 영업권은 합병법인이 합병과정에서 구 결합회계준칙에 따라 계상한 영업권(매수원가 중 피합병법인의 순자산가액을 초과하는 부분) 전부가 아니라, 그 중에서도 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계, 특히 영업권 자체의 가치를 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호・거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한정된다. 반면 회계상 영업권은 합병법인이 피합병법인의 주주에게 교부하는 합병신주의 공정가액과 순자산가액의 차액으로 산정된다(구 결합회계준칙 §9 가.).

즉 회계상 영업권은 구 결합회계준칙에 따라 산정한 합병신주의 공정가치가 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액과 일치하지 않는다면 자산성 유무와 관계 없이 회계상 대차차액을 조정하기 위하여 항상 발생하는 것이고, 세법상 영업권 및 합병평가차익과는 그 개념 및 성격상 많은 차이가 있다. 만약 회계상 영업권을 무조건 세법상 영업권으로 본다면 합병신주의 공정가치가 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액보다 큰 경우에는 사업상 가치 유무가 있는 경우에만 세법상 영업권을 인정하겠다는 구 법인세법 제24조 제4항, 구 법인세법 시행규칙 제12조 제1항의 취지가 몰각될 우려가 있다.

따라서 합병 과정에서 필연적으로 발생하는 회계상 영업권을 구 법인세법상 제17조 제1항 제3호에 의한 합병평가차익으로 보아 익금에 산입하려면, 구 법인세법 제24조 제4항, 구 법인세법 시행규칙 제12조 제1항의 감가상각자산에 해당하여야 한다.

② 기업가치를 평가하는 방법에는 기업이 현재 보유하고 있는 순자산(총자산－부채)의 가치를 기업의 가치로 평가하는 순자산가치(Net Asset Value) 평가방법, 미래의 수익창출능력을 기업의 가치로 평가하는 수익가치(Revenue Value) 평가방법(이는 기업의 현재의 재무상황보다는 기업이 보유한 유・무형의 자산을 가지고 향후에 얼마만큼의 수익 또는 현금흐름 수입을 실현시킬 수 있는가를 평가한다), 기업의 현 재무상황이나 미래의 수익창출 능력을 직접 평가하는 것이 아니라 시장원리에 따라 형성되는 기업의 가치, 즉 기업의 주식을 사려는 자와 팔려는 자 간의 균형에 의해 형성되는 시가를 기업의 가치로 평가하는 시장가치(Market Value) 평가방법 등이 있고, 이 사건 합병에서 사용된 DCF법은 수익가치 평가방법에 해당한다.

이 사건 합병은 비상장법인 사이에 이루어졌는데, 상장법인간의 합병의 경우에는 합병법인과 피합병법인의 거래소 주가를 기준으로 합병가액을 산정한 후 그 가액으로 합병비율을 정하도록 강제하고 있지만, 비상장법인 사이의 합병의 경우에는 합병비율의 산정기준이 될 만한 거래소 주가는 존재하지 않지만, 주주들에 대하여 합병 전 법인에 대하여 가지고 있던 지분비율을 그대로 유지시켜줄 필요성이 있고, 이와 같은 주식가치의 비율을 산정하기 위한 방법으로 이 사건 합병에서는 DCF법이 활용된 것이다.

그런데, DCF법은 외부 시장상황 등을 반영하여 회사가 창출한 미래의 예상 현금흐름(Free Cash Flow)을 산정하고 물가상승률, 시장위험 등 외부적인 위험요소 등을 감안한 할인율로 할인하여 평가기준일 현재 주주 입장에서의 합병당사법인의 주식가치를 산정하는 방법인데, 위 방법에서의 현금흐름(Free Case Flow)이란 기업의 영업활동으로부터 창출되는 현금흐름을 말하며 이자비용이나 배당금 지급액과 같은 자금조달 관련 현금흐름과 비업무용자산에서 발생하는 이자수익이나 배당수익은 위 현금흐름 산정시 배제되는 점, 또한 위 현금흐름(Free Cash Flow)이란 자산가치를 고려하지 않은 개념이라는 점, 위 방법의 할인율이 지나치게 주관적일 수 있어 평가자의 자의가 개입될 여지가 있다는 점 등의 문제점이 있고, 이 사건에서의 합병비율 평가보고서(을 제5호증)에서도 다산회계법인은 '본 법인은 합병 당사회사에서 제시한 과거자료 및 미래추정자료, 담당자와의 인터뷰 등을 바탕으로 본 업무를 수행하였으므로 본 업무에서 산정된 평가결과가 합병 당사회사 주식의 절대적인 가치를 제시하는 것은 아니다. 또한, 본 업무는 불확실한 미래의 경영성과에 대한 추정을 전제로 하는 것으로서 장래예측이 정확하다는 것을 보증하는 것은 아니며, 합병 당사회사 주식의 시장가격을 보증하는 것도 아니다. 따라서 향후 추정실적, 금융기관의 이자율, 관련 시장상황 및 국내외 경제환경 등 당사회사에서 제시한 자료 및 제반 가정에 변경이 발생할 경우에는 그에 따라 평가결과가 달라질 수 있으며, 그 결과가 중요할 수도 있다'라고 밝히고 있다.

이 사건에서 DCF법은 비티앤아이와 투어익스프레스 사이의 상대적인 주식가치 비교를 통하여 공정한 합병비율을 산정하기 위하여 사용된 것일 뿐, 위 방법을 통하여 피합병법인인 투어익스프레스의 객관적인 자산가치가 평가된 바 없다. 주식가치의 상대적 비율로 교부한 합병신주의 가액은 승계한 순자산가액과 당연히 일치하지 않게 되므로, DCF법에 따라 주식가치를 평가하여 합병비율을 산정한 경우에는 합병법인이 피합병법인의 무형의 자산적 가치를 인정하여 그에 대한 대가를 지급하였는지 여부와 무관하게 회계상 영업권(합병차손) 또는 부의 영업권(합병차익)이 필연적으로 발생하게 된다.

따라서 비티앤아이가 DCF법에 따라 평가한 비티앤아이의 주식(주당 2,000,000원)에 투어익스프레스에게 교부한 주식 수(4,750주)를 곱하여 매수원가를 산정하고 구 결합회계준칙 §9. 가.에 따라 위 매수원가에서 투어익스프레스의 순자산가치 상당액을 차감한 금액인 회계상 영업권은 투어익스프레스의 순자산가치라고 보기 어렵다.

③ 피고는, 이 사건 회계상 영업권이 단순히 합병회계처리를 하는 과정에서 대차차액을 조정하기 위하여 계상한 금액이라면 비티앤아이는 합병 이후 이 사건 회계상 영업권을 전액 손상차손으로 인식하였어야 할 것인데, 그러지 아니한 점에 비추어 보더라도 이 사건 회계상 영업권에는 자산성이 인정된다고 주장한다. 그러나 구 결합회계준칙은 회계상 영업권에 대하여 그 내용연수에 걸쳐 정액법으로 상각하는 것을 원칙으로 하고 있고(구 결합회계준칙 §9. 나.), 회수가능가액이 장부가액에 미달하고 그 미달액이 중요한 경우와 같은 특별한 사정이 발생한 경우에 한하여 예외적으로 회계상 영업권의 손상차손을 인식하도록 하고 있다(구 결합회계준칙 §9. 라.). 한편 이 사건 합병이후 비티앤아이가 승계한 투어익스프레스의 사업부문에 손상차손을 인식할 만한 특별한 사정이 발생하지 아니하여 비티앤아이는 이미 계상한 회계상 영업권에 대하여 손상차손을 인식하지 않고 정액법에 따라 이 사건 회계상 영업권을 감가상각하여 온 것일 뿐이고, 이 사건 회계상 영업권의 사업상 가치를 인정하여 감액손실을 인식하지 않은 것은 아니다(실제로 원고는 구 결합회계준칙에 따라 계상한 이 사건 회계상 영업권을 세무조정을 통하여 익금불산입하였고, 영업권 상각액도 손금불산입하였으므로, 이 사건 회계상 영업권의 인식 여부는 장기적으로 보아서는 세법상 과세소득에는 아무런 영향을 미치지 아니하였다).

④ 피고는 세법상 영업권에 관하여 신뢰성 있는 평가방법이 존재한다고 보기 어려우므로, 합병대가인 자기자본(순자산)가치에서 개별자산의 공정가치를 차감하여 계산한 금액을 영업권으로 보는 것이 합리적이라고 주장한다. 그러나 구 법인세법 시행령 제72조, 제89조 제2항, 구 상속세 및 증여세법 제64조 제2항 및 그 위임을 받은 구 상속세 및 증여세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25195호로 개정되기 전의 것) 제59조 제2항은 시가가 불분명한 경우의 세법상 영업권의 가액을 '최근 3년간의 순손익액을 기준으로 하여 계산한 초과수익금액을 영업권지속연수를 감안하여 환산한 가액'으로 평가하도록 규정[ ~최근 3년간의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액 - (평가기준일 현재의 자기자본 × 1년 만기 정기예금 이자율을 감안하여 재정경제부령이 정하는 율) × 평가기준일 이후의 영업권지속연수]하고 있고, 앞서 본 인정사실에 의하면 이 사건 합병 이전 3년간 투어익스프레스는 순손실을 기록하고 있으므로 위 평가방법에 의하면 영업권은 0원에 해당되고, 한편 위와 같이 영업권 평가방법에 관한 상속세 및 증여세법상 명문의 규정에도 불구하고 피고 주장과 같이 자기자본(순자산)가치에서 개별자산의 공정가치를 차감하여 계산한 금액을 세법상 영업권의 평가방법으로 인정하여야 할 아무런 합리적인 근거가 없다.

⑤ 피합병법인인 투어익스프레스는 이 사건 합병 이전까지 사업실적 부진 등의 이유로 2003 사업연도부터 이 사건 합병이 이루어진 2007 사업연도 이전까지 큰 규모의 누적손실을 기록하여 왔고, 이와 같은 지속적인 손실로 인하여 투어익스프레스는 이 사건 합병 이전에 이미 이익잉여금이 존재하지 아니하고 거의 모든 사업연도에 자본금이 잠식될 정도로 어려운 상황에 처해 있었으며, 2006년, 2007년 상반기 항공권 판매실적 순위에서 각 15, 16위를 하였고, 내국인 관광객 송출 실적은 2006년에는 26위, 2007년 상반기 24위에 그칠 정도로 실적이 좋지 않았다. 이와 같은 사정에 비추어 보더라도, 투어익스프레스가 이 사건 합병 당시 동종기업에 비하여 높은 수익을 누릴 수 있을 만한 초과수익력을 보유하고 있었다고는 보기 어렵다.

또한 합병 당시 피합병법인이 무형자산을 보유하고 있었다는 사정만으로 피합병법인에게 세법상 영업권으로 인정될만한 무형의 사업상 가치가 있었다고 판단할 수는 없고, 세법상 영업권으로 인정되기 위해서는 실제로 피합병법인이 장기간 경상이익을 실현하고, 동종사업을 영위하고 있는 기업들에 비하여 초과수익을 올리는 등 피합병법인에게 초과수익력이 있다고 인정될 만한 사정이 있어야 한다고 할 것이다.

피고가 이 사건 합병 당시 투어익스프레스의 핵심적인 무형자산이라고 주장하는 '해모수 프로그램'은 단지 투어익스프레스가 보유하고 있던 무형자산에 불과할 뿐이었고, 이 사건 합병 무렵에야 비로소 베타테스트를 시행하고 있었을 정도였으며, 2008년까지도 상용화되지 않았을 뿐 아니라, 매출액 및 영업이익과의 연관성도 검증된 바 없다.

특히 해모수 프로그램이 초과수익력을 창출할 수 있을 만한 사업상 가치가 있는 무형자산에 해당한다면 실제 해모수 프로그램으로 인하여 피합병법인에 수익이 발생하였어야 할 것인데, 이 사건 합병 이전의 투어익스프레스는 물론 이 사건 합병 이후 비티앤아이가 승계한 온라인 사업부문에서도 앞서 본 바와 같이 지속적인 손실이 발생하였는바, 이러한 점에 비추어 보면 해모수 프로그램에 초과수익력을 창출할 만한 사업상 가치가 인정된다고 보기는 어렵다.

⑥ 피고는, 이 사건 합병 계약일과 같은 날 피합병법인의 주주가 피합병법인의 주식10,000주를 제3자에게 1주당 30,930원에 양도한 점(매수원가 95억 원을 피합병법인의발행주식 총수 307,152주로 나누면 주당 30,930원이 된다)을 들어, 이 사건 합병 당시 비티앤아이는 투어익스프레스의 주식가치를 평가하여 피합병법인에게 95억 원을 실제로 지급한 것이라고 주장하나, 위와 같은 주당 30,930원의 가격은 개별 주주들간의 주식거래가격에 해당하는바, 합병법인이 피합병법인을 인수하고 그 합병대가를 지급하는 경우와는 달리, 개인간의 주식거래가격은 해당 시점의 기업의 순자산가치 이외에도 시장 및 경제상황, 당해 주식에 대한 수급, 해당 주식의 일시적인 선호도 등 여러 사정이 반영되어 결정되는 것이므로, 피고의 주장과 같이 개별 주주간의 주식양도가격을 기준으로 산정한 금액이 곧 합병법인이 피합병법인에 지급하는 합병대가와 같은 의미라고 볼 수는 없다.

⑦ 국세청은 2003. 9.경 최초로 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 규정에 따른 세법상 영업권은 개정 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호에서 규정하는 '합병평가차익'에 해당하여 익금에 산입된다는 유권해석을 하였고(2003. 9. 27. 서이 46012-11717, 이하 '2003년 유권해석'이라 한다), 기획재정부 및 조세심판원에서도 세법상 영업권을 합병평가차익으로 익금에 산입할 수 있다는 점을 확인하였다(2005. 2. 4. 재법인-111, 조세심판원 2010. 4. 19.자 2009부2804 결정). 이와 같은 2003년 유권해석이 있기 전에는, 과세관청에서는 영업권이 발생한 경우에도 합병평가차익으로 익금에 산입하지 아니하였고, 2003년 유권해석 이후에도 구 기업결합준칙에 따라 계상된 회계상 영업권에 관하여는 법인세법 시행령 소정의 감가상각자산에 해당하지 아니하는 것으로 해석하여 왔으며(2009. 3. 12. 법인세과-1020, 2008. 12. 16. 법인세과-4006 등), 최근까지 도 국세청은 '합병 당시 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하면서 승계자산 이외에 당해 피합병법인의 사업상 초과수익을 창출할 수 있는 가치를 별도로 평가하여 대가를 지급한 경우에 한하여 세법상 영업권으로 보는 것'이라는 취지로 유권해석을 한 바 있다(2010. 4. 21. 법인세과-397).

⑧ 그러다가 국세청은 2013. 3.경 위와 같은 기존 입장을 바꾸어서 이 사건 처분과 같이 부과제척기간 5년이 경과하지 아니한 2007 사업연도에 계상된 회계상 영업권을 일괄적으로 합병평가차익으로 보아 법인세를 과세하였다. 위와 같은 법인세 과세는 원고와 같이 그동안 과세관청의 일관적인 유권해석을 신뢰하여 회계상 영업권은 감가상각자산인 세법상 영업권에 해당하지 않는다고 보아 해당 금액을 익금에 산입하지 아니하고 감가상각비로 손금에 산입하지도 않은 법인에 대하여 일률적으로 회계상 영업권 가액을 합병등기일이 속하는 사업연도에 먼저 과세하고 향후 감가상각비로 손금산입하겠다는 내용인데, 합병기업의 입장과 과세관청의 변화된 입장의 차이는 결국 가산세 부분의 징수 가능 여부로 보인다.

2) 이월결손금 공제 가능 여부

가) 이월결손금의 공제 요건

구 법인세법 제45조 제1항, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제81조 제2항에 의하면, 일정한 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 이월결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액(중소기업간 또는 동일사업을 영위하는 법인간 합병의 경우는 구분경리하지 아니할 수 있는데, 위 합병법인의 경우에는 그 소득금액을 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율로 안분계산한 금액)의 범위 안에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에서 이를 공제할 수 있다. 따라서 합병법인이 피합병법인의 이월결손금을 공제하려면 위와 같은 요건을 갖추어야 한다.

나) 비티앤아이가 투어익스프레스의 자산을 장부가액으로 승계하였는지 여부

우선, 비티앤아이가 투어익스프레스의 자산을 장부가액으로 승계하였는지 여부를 본다.

살피건대, 매수법에 의한 합병의 경우에는 피합병법인의 자산을 시가로 평가하여 공정가액으로 합병법인에게 승계되고, 이 사건 합병이 매수법에 의하였던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 위 법리 및 위 인정사실에 의하면 매수법에 의한 이 사건 합병에서는 비티앤아이가 투어익스프레스의 자산을 장부가액으로 승계한 것이 아니라 시가로 평가하여 공정가액으로 승계하였다고 판단된다(또한, 사실상 매수법에 의한 공정가액으로 합병하면서 피합병법인의 청산소득 및 피합병법인 주주의 의제배당에 대한 과세를 회피하기 위하여 형식상 지분통합법에 의한 장부가액으로 합병하는 경우가 있으나, 비티앤아이는 투어익스프레스의 개발비, 이연법인세자산을 시가로 승계하였으므로, 비티앤아이가 투어익스프레스의 자산을 장부가액 그대로 승계하였다고 보기는 어렵다).

다) 소결론

따라서 비티앤아이가 투어익스프레스의 자산을 장부가액으로 승계하였음을 전제로 하는 원고의 이 사건 이월결손금에 관한 공제 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다(더구나, 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 합병 당시 비티앤아이의 사업용 고정자산가액을 특정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로 어느 모로 보나 원고의 이 사건 이월결손금에 관한 공제 주장은 이유 없다).

3) 정당한 세액

과세처분취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누19496 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 이 사건 처분 중 이 사건 영업권을 감가상각자산으로 보아 익금산입한 부분은 위법하고, 이 사건 이월결손금 공제를 부인한 부분은 적법하므로, 정당한 세액은 별지 2 기재와 같은 계산과정을 거쳐서 536,662,064원이 된다.

따라서, 이 사건 처분 중 정당한 세액인 536,662,064원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.