조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1944년경 화성군 ○○면 ○○면 ○○리 249에서 출생하여 그 곳에서 거주하다가 1981. 2. 9. 주소지를 서울 ○○구 ○○동(현재 서울 ○○구 ○○동) ○○○-1로 이전한 이래 서울 ○○구 ○○동에 주소지를 두고 있다가 2006. 6. 22. 수원시 ○○구 ○○동 ○○○-6 ○○하우스 305호로 주소지를 이전하여 현재까지 거주하고 있다.

나. 원고는 2006. 7. 3. 및 같은 달 10. 그 소유의 별지 '목록'기재 각 농지(이하 '이 사건 농지'라고 하고, 각각의 농지에 대하여는 위 목록의 순법에 따라 '이 사건 제1 농지' 등이라고 한다)를 소외 당○증 등에게 양도한 후, 2006. 9. 29. 피고에게 2006년 귀속 양도소득세 107,827,814원을 신고하고, 같은 날 및 2006. 11. 14. 위 양도소득세를 분할하여 납부하였다.

다. 원고는 2007. 4. 19. 피고에게 이 사건 각 농지를 8년 이상 자경하였으므로 양도소득세가 비과세되어야 한다고 주장하면서 원고가 신고ㆍ납부한 2006년 귀속 양도소득세의 과세표준 및 세액을 경정하여 줄 것을 청구하였고(이하 '1차 경정청구'라고 한다), 이에 대하여 피고는 2007. 5. 7. 원고가 이 사건 각 농지를 서울 ○○구 ○○동 ○○○-1로 전입한 뒤인 1981. 8. 19. 취득하여 조세특례제한법 제69조의 양도소득세 비과세 규정에 해당되지 아니한다는 이유로 양도소득세의 환급청구는 불가능하다는 통지를 하였다(이하 '당초 거부처분'이라고 한다).

라. 원고는 2008. 2. 14. 다시 피고에게 2006년도 귀속 양도소득세의 과세표준 및 세액을 경정하여 줄 것을 청구하였고(이하 '2차 경정청구'라고 한다). 이에 대하여 피고는 2008. 3. 5. 이 사건 제1, 2, 3, 6농지의 취득시기는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호에 의거 등기부등본상 등기접수일인 1981. 8. 19.이고, 이 사건 제4, 5농지는 1975년 취득하여 농지소재지에 거주하다가 1981년 서울 ○○구 ○○동 ○○○-1로 전입하여 조세제한특례법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 의거 '농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자'에 해당하지 아니한다는 이유로 양도소득세의 과세표준 및 세액의 경정이 불가능하다는 통지를 하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라고 한다)

마. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2008. 3. 17. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 위 심사청구는 2008. 5. 19. 불복청구대상이 아니라는 이유로 각하되었다.

바. 한편, 원고는 2007. 7. 9. 이 법원에 전심절차를 거치지 아니한 채 당초 거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다가, 2008. 5. 28. 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제5, 6, 7호증, 갑 제9호증의 1 내지 10, 갑 제10, 11호증, 갑 제12호증의 1, 2, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

국세기본법 제45조의2 (경정등의 청구)

조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

조세특례제한법 시행령 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

소득세법 제98조 제98조 (양도 또는 취득의 시기)

소득세법 제5조 (비과세소득)

소득세법 시행령 제14조 (환지등의 정의)

3. 본안전 항변에 대한 판단

가. 본안전 항변

피고는, 1차 경정청구에 대한 거부처분이 있은 후 동일한 내용으로 다시 2차 경정청구를 하는 것은 허용될 수 없고, 2차 경정청구에 대한 거부는 행정소송의 대상이 되는 새로운 처분으로 볼 수 없으므로, 당초 가부처분을 다투지 아니한 채 이 사건 거부처분을 다툴 수는 없다고 할 것이고, 따라서 이 사건 소는 각하되어야 한다고 주장한다.

나. 판단

국세기본법 제45조의2 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있을 뿐, 위 경정청구 기간 내라고 하더라도 동일한 사유에 기하여는 재차 경정청구를 할 수 없다는 취지의 규정을 두고 있지 아니하고, 통상 거부처분은 관할 행정청이 국민의 처분신청에 대하여 거절의 의사표시를 함으로써 성립되고, 그 이후 동일한 내용의 새로운 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 한 경우에도 새로운 거부처분이 있는 것으로 볼 수 있으므로, 원고가 1차 경정청구를 하였다가 피고에 의하여 거부되었다고 하더라도 경정청구 기간 내라면 다시 경정청구를 할 수 있는 것이고, 이에 대하여 피고가 다시 거절의 의사표시를 하면 이를 새로운 거부처분으로 보아 그에 대한 취소소송을 제기할 수 있다고 할 것이므로, 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

4. 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 원고는 1970. 3. 5. 자신의 친형인 소외 홍○선으로부터 이 사건 제1, 2, 3, 6농지를 매수하여 소유권이전등기를 경료하지 아니한 채 경작하다가 1981. 8. 19. 구 부동산소유권이전등기등에관한특별조치법(1982. 4. 3. 법률 제3562호로 개정된 것, 이하 '특별조치법'이라고만 한다)에 의하여 소유권이전등기를 경료한 후 2007. 7. 3. 소외 당○중에게 매도하였는바, 위 각 농지의 취득일자는 등기부상의 등기원인일자인 1970. 3. 5.로 보아야 하고, 따라서 원고가 서울로 주민등록을 이전한 1981. 8. 19.까지 위 각 농지의 소재지에 거주하면서 8년 이상 직접 위 각 농지를 경작한 것이므로, 위 각 농지의 양도에 따른 양도소득세는 면제되어야 한다.

(2) 가사, 이 사건 제1, 2, 3, 6농지의 취득시기를 등기접수일인 1981. 8. 19.로 본다고 하더라도, 원고는 '농지소재지에 거주하면서 경작할 것'을 비과세 요건으로 규정하고 있지 않던 구 소득세법(1983. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전의 것) 제5조 제6호 (라)목, 구 소득세법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 13194호로 개정되기 전의 것) 제14조 제3항에 의하여 위 등기접수일로부터 8년이 지난 1989. 8. 18. 면제 요건을 충족하였다고 할 것이므로, 그 이후 새로이 '농지소재지에 거주하면서 자경할 것'을 비과세 요건으로 규정한 조세특례제한법에 의하여 면제 혜택을 박탈할 수는 없다.

(3) 조세특례제한법 및 같은 법 시행령에 의하더라도, 계속하여 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작하였을 필요는 없고, 통산하여 8년 이상 농지소재지에서 거주하고, 8년 이상 농지를 자경하였다면 면제 요건을 충족한다고 할 것이므로, 이 사건 각 농지의 양도에 따른 양도소득세는 면제되어야 한다.

나. 판단

(1) 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하고, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 하여야 한다.

그러므로, 우선, 원고가 이 사건 제1, 2, 3, 6농지의 등기부에 등기원인일자로 기재되어 있는 1970. 3. 5. 위 각 농지의 대금을 청산하였는지 여부에 관하여 살피건대, 갑 제9호증의 16, 18, 20, 갑 제13호증의 각 기재와 위 각 농지의 등기부 '원인등기'란에 '1970. 3. 5. 매매'라고 기재돠어 있고, 위 각 등기가 특별조치법에 의하여 이루어졌다는 사정만으로는 위 각 농지의 대금이 위 등기원인일 무렵 청산되었다고 단정할 수는 없고, 달리 그와 같이 볼 만한 뚜렷한 증거도 없으므로, 원고가 위 각 농지를 취득한 시기는 등기부에 기재된 등기접수일인 1981. 8. 19.로 보아야 할 것인데, 위 날짜는 원고가 서울 ○○구 ○○동 ○○○-1로 주민등록을 이전한 1981. 2. 9. 이후이어서 원고가 위 각 농지 소재지에 거주하면서 8년 이상 위 각 농지를 직접 경작하였다고 할 수는 없다.

한편, 이 사건 제4, 5농지는 1975. 3.경 취득하였다고 할 것인데(등기원인일자와 등기접수일자 모두 1975. 3.경임). 그 때로부터 원고가 서울로 주민등록을 이전한 1981. 2. 9.까지는 8년이 되지 아니하므로, 원고가 위 각 농지 소재지에 거주하면서 8년 이상 위 각 농지를 직접 경작하였다고 할 수 없고, 원고가 2006. 6. 22. 위 각 농지의 소재지와 인접한 수원시 ○○구 ○○동 ○○○-6 ○○하우스 305호로 이전하여 위 각 토지를 양도한 같은 해 7. 3.까지 경작하였다고 보고 위 기간을 더해 보더라도 농지소재지에서 거주하면서 자경한 기간은 8년이 되지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 양도소득세의 과세 또는 면제에 관한 법률이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 법률을 적용하도록 하고 있는 경우에는 종전 법률을 적용해야 할 것이지만, 그러한 경과규정을 두지 아니한 이상, 다른 특별한 사정이 없는 한 법률불소급의 원칙상 개정 전후의 법률 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 법률을 적용하여야 할 것이고(대법원 1999. 9. 3. 선고 98두15788 판결 등 참조), 한편 양도소득세의 납세의무는 과세기간이 종료한 때에 성립한다고 할 것인바, 이 사건 각 농지의 양도에 따른 양도소득세의 납세의무가 성립한 2006. 12. 31. 당시에 시행되던 조세특례제한법 및 같은 법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 부칙에서 종전의 규정을 개정 법률 시행 후에도 계속 적용한다는 경과규정을 두고 있지 아니하므로{농지소재지에 거주하면서 경작할 것'이라는 요건을 처음 추가한 구 소득세법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13194호로 개정된 것)의 경우도 마찬가지이다} 위 조세특례제한법 및 그 시행령을 적용하여 양도솓그세의 감면 여부를 판단하여야 할 것이고, 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 조세특례제한법 제69조, 같은 법 시행령 제66조 제1항, 제4항의 각 규정에 의하면, 자경농지에 대한 양도솓그세가 감면되기 위해서는 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지 사이에 통산하여 8년 이상 자기가 직접 경작하는 것을 그 요건으로 하고 있을 뿐이므로 계속하여 8년 이상 자정하여야 하는 것은 아니지만, 위 8년의 기간은 농지소재지에서 거주하면서 직접 경작한 기간만을 의미한다고 할 것이므로, 통산하여 8년 이상 농지소재지에서 거주하고 8년 이상 농지를 자경하였다고 하더라도, 농지소재지에서 거주하면서 자경한 기간이 8년이 되지 않는다면 위 감면 요건을 충족하지 못하였다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례