청구법인은 부동산 임대업을 영위하는 법인으로 보유하던 (주)OOOOOOO(이하 “청구외법인” 이라 한다)의 주식 107,125주(이하 “쟁점주식” 이라 한다)를 1994.5.28. 청구외 (주)OO항공(이하 “OO항공” 이라 한다)에 1,606,500,000원에 양도하였다.

처분청은 쟁점주식의 양도가 창고시설물이용권이 포함된 주식의 양도에 해당한다 하여 1999.7.20. 쟁점주식의 양도가액중 1,070,875,000원(공급대가)을 창고시설물이용권에 OO 대가로 보아 1994년 제1기분 부가가치세 126,557,950원을 경정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.10.13. 심사청구를 거쳐 2001.1.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구외법인은 항공화물의 취급 및 보관업, 항공화물 보세장치업을 목적으로 항공화물회사 32개사가 1987.11.19. 설립한 법인으로 기부체납한 창고를 한국공항관리공단으로부터 국유재산 사용허가를 득하여 사용하고 있는 바 OO항공이 청구외법인의 주식을 취득하여 경영권을 확보하고 OO그룹에 편입하고자 하였으나, 계열기업군에 OO 여신관리 시행세칙 제12조 제1항 제2호에서 자기자본 지도비율에 미달한 업체에 대하여 계열기업군 이외의 기업체에 OO 투자승인을 금지하고 있어 자기자본 지도비율에 미달한 OO항공은 쟁점주식을 취득할 수 없어 부득이 자기자본 지도비율을 달성한 청구법인이 쟁점주식을 취득한 후 1994.5.28. OO항공에 취득가액으로 양도한 것으로서 청구외법인을 설립한 32개 항공화물회사는 청구외법인의 정관 제15조의 규정에 의하여 창고시설을 배타적으로 사용할 수 있는 권리가 있었으나 OO그룹이 청구외법인의 주식을 인수한 후 1994.2.16. 정관 제15조를 삭제하여 쟁점주식 양도당시에는 주주가 아닌 화물운송업자나 수출업자들이 사용할 수 있었으므로 주주로서 배타적 사용권이 없을 뿐만 아니라 청구법인이나 OO항공이 창고시설을 이용하고 있지 아니하므로 쟁점주식의 양도가액에 창고시설이용권이 포함된 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

또한, 청구법인은 부동산 임대업을 영위하고 있을 뿐 항공화물 운송주선업을 영위하지도 아니하고 창고시설물이용권과 같은 권리를 공급하는 사업을 하는 것도 아니고 부득이 쟁점주식을 취득하여 1회 양도한 것에 불과하므로 설사 쟁점주식에 창고시설물이용권이 부착되어 있다 하더라도 부가가치세법상 독립적으로 재화를 공급한 경우나 주된 거래인 재화나 용역에 필수적으로 부수되는 재화에 해당되지 아니하므로 쟁점주식의 양도를 부가가치세 과세대상으로 보아 부가가치세를 부과함은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구외법인은 항공법상 항공운송주선업자의 경우 국제공항이 위치한 지역에 면적 165㎡ 이상의 창고를 보유하여야 하는 등록기준을 충족하기 위하여 청구법인을 비롯한 32개 항공운송법인이 균등출자하여 설립된 법인으로 창고건물 6,376.3㎡를 신축하여 청구법인을 비롯한 32개 법인주주들이 각각 166.05㎡를 임차하여 사용하고 있는바, 청구외법인의 정관 제15조와 동법인과 주주들간에 작성한 약정서 제6조에서 청구외법인의 주식을 소유하고 있는 경우 창고시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리를 갖도록 규정되어 있으므로 창고시설이용권은 청구외법인의 주식과 불가분적으로 결합되어 있어 주식과 창고시설물이용권을 분리하여 양도할 수 없도록 되어 있고, 1994.5.28. 청구법인과 OO항공이 작성한 쟁점주식에 OO 주식매매계약서에 의하면 쟁점주식의 양도가액은 1,606,500,000원으로 1주당 14,997원으로 양도되었으나 청구외법인은 설립이후 계속적인 손실발생으로 1주당 평가액이 액면가액인 5,000원에 미치지 못하는데도 쟁점주식을 1주당 14,997원으로 거래된 점을 볼 때 양도가액에는 창고시설물이용권 가액이 포함된 것으로 보아야 하고 OO항공이 청구외법인의 주식을 모두 취득하여 창고시설의 독점적 이용권을 확보하게된 점등으로 미루어 보면 쟁점주식의 양도는 주식 그 자체뿐만 아니라 그 주식에 부착된 창고시설물이용권도 함께 양도된 것으로 인정되고, OO항공이 쟁점주식을 취득하려 하였으나 관련법규의 제한으로 부득이 청구법인이 취득하여 양도하였다 하더라도 쟁점주식 취득목적이 화물창고의 공급능력확대를 통하여 물동량 증가에 대비하고 항공관련 창고사업을 확대할 목적이었으며, 쟁점주식취득계약서 제4조에서 갑(양도자)이 보관하고 있는 권리, 의무 및 이에 수반되는 일체의 권리(창고시설물이용권포함)를 이전 받는 것으로 계약되어 있어 쟁점주식에 창고시설물이용권이 부착되어 있음을 알 수 있고, 쟁점주식을 취득하여 양도시까지 청구법인의 지분율에 해당하는 창고시설이용권을 배타적으로 행사하였을 것이므로 청구법인의 주된 사업인 부동산임대용 자산에 해당한다 할 것이고 일시적 거래라 하더라도 주된 사업에 부수 하여 거래한 부수 재화의 공급에 해당하므로 부가가치세 과세 대상이다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 양도한 쟁점주식의 양도대금에 시설물이용권이 포함되었다 하여 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(1994.12.22. 법률 제4808호로 개정되기 전의 것)

제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

제2조 【납세의무자】

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 사업자 라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

(2) 부가가치세법시행령(1994.12.31.대통령령 제14471호로 개정되기 전의 것)

제1조 【재화의 범위】

① 부가가치세법(이하“법 이라 한다) 제1조 제2항에 규정하는 유체물에는 상품·제품·원료·기계 건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다.

② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력·열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다. (1992.12.31 개정)

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 쟁점주식을 양도할 당시 청구외법인의 정관 제15조를 삭제하여 주주들이 청구외법인의 창고를 배타적으로 이용할 수 있는 권리가 없었으므로 쟁점주식의 양도가액에 창고시설물이용권 가액이 포함되어 있지 아니하므로 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 청구법인이 쟁점주식을 1992.9.2～1993.7.5.까지 (주)OO항공해운외 7개법인으로부터 1,606,500,000원(주당14,996.5원)에 취득하여 1994.5.28. OO항공에 취득가액으로 양도한 사실과 처분청이 쟁점주식의 양도를 창고시설물 이용권이 포함된 주식으로 보아 쟁점주식의 양도가액 1,606,500,000원에서 액면가액 535,625,000원(주당5,000원)을 제외한 1,070,875,000원을 시설물이용권의 공급대가로 보아 부가가치세를 부과한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.

(2) 청구외법인은 항공운송주선업자의 경우 국제공항이 위치하고 있는 지역에 건축법 규정에 의한 창고 165㎡이상을 보유하여야 하는 등록기준에 따라 32개 항공화물운송법인이 출자하여 1987.11.19.설립된 법인으로 6,376.3㎡의 창고를 신축하여 국가에 기부채납후 건설교통부장관으로부터 무상으로 임차 사용하고 있고 청구외법인의 정관 제15조에서 주주는 회사설립과정에 참여한 회원으로 제한하고, 창고시설이용권의 지분은 회사설립에 참여한 주주로서 주주지분율에 따라 결정되고 주주의 자격을 상실 한 때에는 창고시설이용권의 지분도 상실하고, 주식 및 이용권지분을 주주가 아닌 제3자에게 양도할 경우에는 이사회의 동의를 얻도록 규정함으로서 창고시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리를 부여하였으나 OO그룹이 경영권을 확보한 이후인 1994.2.16. 정관 제15조 규정을 삭제하여 주주가 아닌 모든 항공운송회사나 화주들이 창고를 이용할 수 있도록 한 사실이 청구외 법인의 정관에 나타난다.

(3) 쟁점주식의 취득·양도 및 부가가치세 과세경위를 보면, 처분청은 청구법인이 청구외법인의 설립시부터 출자한 것으로 보았으나 청구법인은 부동산임대 및 관리가 주업으로 항공화물운송 및 주선업을 영위하는 법인이 아닌 관계로 청구외법인의 설립시부터 출자한 법인이 아니고 OO항공이 경영상 청구외법인의 주식을 취득코자 하였으나 OO항공이 여신관리시행세칙 제12조에서 자기자본지도비율에 미달한 관계로 계열기업군 이외의 기업체의 주식을 취득할 수 없어 그룹의 방침에 따라 청구법인이 1992.9.4～1993.7.5. (주)OO항공해운외 9개법인으로부터 107,125주를 1,606,500,000원에 취득한후 1994.3.8.공정거래위원회와 주거래은행에 주식취득신고를 한 것으로 확인되고 있으며, 쟁점주식을 취득한 청구법인이 1994.5.28. OO항공에 1,606,500,000원에 양도한 사실에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없으나 처분청은 쟁점주식에는 정관에 의하여 창고시설을 배타적으로 사용할 수 있는 권리가 부여되어 있고 창고시설이용권을 주식과 분리하여 양도할 수 없도록 제한하고 있었으며, 청구외법인은 설립이후 계속적인 손실발생으로 상속세법에 의한 1주당 평가액이 부수(負數)로 나타나고 있는데도 1주당 14,996.5원에 양도한 점등으로 볼 때 쟁점주식의 양도가액에 창고시설이용권의 가액이 포함되어 있다하여 양도가액에서 설립시 출자한 액면가액을 공제한 금액을 시설물이용권의 공급대가로 보아 부가가치세를 부과한 것으로 확인된다.

(4) 청구외법인은 법인 설립시 정관 제15조(주식 및 이용권양도 제한)에 주주의 자격을 회사설립과정에 참여한 회원으로 제한하고 이사회의 동의 없이 주식양도를 금지하는 제한 규정을 두었으나, OO그룹은 주식취득과정에서 주식자격제한 및 양도시 이사회의 결의를 요한다는 정관규정은 정관에 의하여 주식의 양도를 금지하거나 제한하지 못한다는 상법 제335조에 위배되어 무효조항이고 OO그룹의 주식인수를 제한하는 조항이므로 삭제하여야 한다는 내용의 개정안이 1994.1.그룹운영위원회의 ‘OOOOOOO 현황 및 향후 업무추진 방향보고서’ 에서 검토된 후 1994.2.16. 제7기 정기주주총회의 결의에 따라 삭제한 사실이 확인되고, 1994년말 현재 청구외법인 발행주식의 98.9%를 OO항공이 소유하고 있으며, 1995년 1기 부가가치세 신고서에 청구외법인의 주주가 아닌 일반기업들이 이용하고 지급한 대가를 수입금액으로 신고한 사실이 나타나 있어 정관 제15조를 삭제한 1994.2.16.이후에는 청구외법인의 주식에 시설물이용권이 포함되었다고 보기는 어렵다고 인정된다.

(5) 위 사실관계에 나타난바와 같이 OO항공이 쟁점주식을 청구법인을 통하여 우회취득 한 후 창고시설물을 배타적으로 사용할 수 있는 권리와 주식양도를 제한하고 있는 정관 제15조를 삭제한 이후에 청구법인의 쟁점주식을 취득가액에 양도한 사실이 확인되고, 정관 개정이후에 창고시설을 청구외법인의 주주가 아닌 항공화물운송주선업자나 화주들에게 이용하게 하고 그 대가를 수입금액의 원천으로 하고 있는 점을 볼 때 청구외법인의 쟁점주식 양도가액에 창고시설물 이용권이 포함된 것으로 보기는 어렵고 청구외법인의 영업권이나 수익력등이 반영된 유가증권인 주식의 양도대금으로 보는 것이 타당하고 인정된다.

따라서 쟁점주식의 양도가액에서 쟁점주식의 액면가액 상당액을 공제한 금액을 창고시설물 이용대가로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 사실관계를 오인한데서 기인한 것으로 잘못이라고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.