가. 청구법인은 2016.10.12. OOO에 4․5동 공장건물(이하 “쟁점1부동산”이라 한다)을, 2017.1.16. 위 지번에 1동 공장건물(이하 “쟁점2부동산”이라 하고, 쟁점1부동산과 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 각각 신축․취득한 후 취득가액 합계 OOO대한 취득세 등 합계 OOO신고․납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2020.2.19. 쟁점부동산은 그 착공 당시(2016.1.11.)에 시행 중이던 구「경기도 도세 감면 조례」(2015.3.3. 조례 제4859호로 제정된 것으로, 이하 “종전 조례”라 한다) 제4조 제1항 제2호에 따른 취득세 감면대상이라는 이유로 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 2020.4.14. 취득세의 감면 여부는 쟁점부동산의 사용승인 당시에 시행 중이던 「경기도 도세 감면 조례」(2016.5.17. 조례 제5196호로 개정된 것으로, 이하 “개정 조례”라 한다)에 따라야 하고, 개정 조례에 추가된 지역제한을 충족하지 못하는 쟁점부동산은 감면대상이 아니라는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.22. 이의신청을 거쳐 2020.10.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점부동산의 건축허가를 받은 2015.12.2.과 착공을 한 2016.1.12. 당시에 시행되고 있던 종전 조례에서는 농산물가공업자가 취득하는 부동산에 대해서는 2017.12.31.까지 취득세를 감면한다고 규정하고 있었다.

(2) 청구법인은 그 당시에 감면기한을 정하여 규정한 종전 조례를 신뢰하여 취득의 원인행위인 착공을 하였으므로 착공 당시에 시행되고 있던 종전 조례가 적용되어야 하고, 쟁점부동산은 2017.12.31. 전에 사용승인된바, 취득세 감면요건을 충족한다.

(3) 또한 「지방세기본법」 및 「국세기본법」 등에서 신의성실의 원칙을 규정하고 있는데, 이 건의 경우 아래 ＜표＞의 내용과 같이 요건을 충족하므로 종전 조례에 따라 감면이 적용되어야 한다.

＜표＞ 청구법인이 제시한 신의성실의 요건 충족 사유

(4) 다수의 조세심판 결정례(조심 2015지423, 2015.8.12., 조심 2016지402, 2016.12.12., 조심 2015지1864, 2016.1.29., 조심 2016지553, 2016.11.30.)에서 건축공사중인 건축물에 대하여 종전 규정을 적용하도록 판단하였다.

나. 처분청 의견

아래의 이유로 취득세 납세의무 성립(2016.10.12. 및 2017.1.16.) 당시에 시행되던 개정 조례에 따라 쟁점부동산은 취득세 감면대상에 해당하지 아니하므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 종전 조례에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는다면,

법률불소급의 원칙상 납세의무가 성립한 당시의 법령에 따라 지방세 감면이 적용되어야 할 것(대법원 2010.11.11. 선고 2008두5773 판결 참조)이다.

(2) 청구법인은 2016.1.11. 쟁점부동산을 착공하였으나, 취득의 원인행위로서 ‘착공’하는 행위 자체만으로 과세요건의 충족과 밀접하게 관련되어 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다고 볼 수는 없다 할 것(지방세특례제도과-941, 2019.10.16.)이다.

(3) 따라서 쟁점부동산이 감면대상인지는 취득세 납세의무가 성립하는 사용승인 시점에 시행 중이던 개정 조례에 따라 판단하여야 한다.

(4) 개정 조례에서는 「농업·농촌 및 식품산업기본법」제50조 제1항에 따른 지역특산물 생산단지 내의 취득을 감면요건으로 하고 있으나, 쟁점부동산은 동 법령상의 생산단지 내에 있지 아니하므로 취득세 감면요건을 충족하지 못한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

착공 당시에 시행 중이던 종전 조례에 따라 쟁점부동산에 대한 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 구「경기도 도세 감면 조례」(종전 조례로서 2015.3.3. 조례 제4859호로 일부개정 된 것)

제4조(지역특산품생산단지 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(괄호 생략)에 대해서는 취득세를 2017년 12월 31일까지 「지방세법」 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하여 과세한다.

1. 「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」제50조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지의 지정을 받은 자

2. 「식품산업진흥법」제19조의3 제1항에 따른 농산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하려는 자

3. 「식품산업진흥법」제19조의4 제1항 제1호에 따른 수산가공품의 생산·개발·수출 촉진 및 수산가공품 전문판매점의 설치·운영을 하려는 자

(2) 「경기도 도세 감면 조례」(개정 조례로서, 2016.5.17. 조례 제5196호로 전부개정 된 것)

제4조(지역특산품 생산단지 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제50조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지에서 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(괄호 생략)에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2017년 12월 31일까지 경감한다.

1. 「식품산업진흥법」 제19조의3 제1항에 따른 농산물가공품 생산을 업으로 하거나 하려는 자

2. 「식품산업진흥법」 제19조의4 제1항 제1호에 따른 수산가공품의 생산·개발·수출촉진 및 수산가공품 전문판매점 설치·운영을 하려는 자

＜부칙＞

제1조(시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 조례는 2016년 1월 1일 이후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.

제3조(일반적 경과조치) 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 납세의무가 성립하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(3) 식품산업진흥법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.(중략)

2의3. “농수산물”이란 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제6호 가목에 따른 농산물과 「수산업·어촌 발전 기본법」 제3조 제1호 가목에 따른 어업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.

제19조의3(농산물가공품 생산 등의 지원) ① 농림축산식품부장관은 농산물을 세척·박피(薄皮)·절단 등 단순가공하거나 농산물을 원료 또는 재료로 하여 가공한 식품 및 민속예술품(이하 "농산물가공품"이라 한다) 생산을 업으로 하거나 하려는 자에 대하여 농산물가공품의 생산 및 개발, 전문판매점의 설치·운영, 수출의 촉진, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항에 대하여 필요한 자금을 지원할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 종전 조례 제4조 제2항 제1호의 요건에 관한 심리자료의 내용은 아래와 같다.

(가) 등기사항전부증명서에는 농산물 가공사업, 절임식품 제조업 등이 청구법인의 목적사업으로 열거되어 있고, OOO세무서장이 발행한 표준재무제표증명에는 청구법인의 업태는 제조로, 종목은 김치, 절임식품, 농산물로 적혀 있다.

(나) OOO2019.10.18. 청구법인에게 발행한 OOO인증서에는, 식품종류는 김치(배추김치, 기타김치 등)로, 최초인증일은 2007.12.18.로 적혀 있다.

(다) 처분청의 공무원이 청구법인의 경정청구에 관한 현황확인을 목적으로 작성한 2020.4.13.자 출장보고서에는, 쟁점부동산은 농산물을 재료로 사용한 야채죽 등의 생산시설이나 각종 원자재 농산물과 김치 등의 보관장소로 이용되고 있다고 적혀 있다.

(2) 쟁점부동산의 착공시기에 관한 심리자료의 내용은 아래와 같다.

(가)　일반건축물대장에 따르면, 청구법인은 2015.12.2. 쟁점부동산의 건축허가를 받아 2016.1.11. 착공신고를 한 후 쟁점1부동산은 2016.10.12.에 쟁점2부동산은 2017.1.16.에 사용승인을 받은 것으로 나타난다.

(나) 청구법인이 쟁점부동산의 시공계약이라며 OOO주식회사와 2016년 1월 체결한 민간건설공사 표준도급계약서에는 공사명이 “OOO공장 증축공사”로 되어 있고, 계약금액은 OOO백만원으로 나타난다.

(다) 개정 조례의 입법예고일(2016.1.19.) 전까지 기간에 대한 청구법인의 출금내역을 보면, 4회에 걸쳐 합계 OOO 주식회사로, 그 밖에 설계비, 감리비, 장비사용료 등의 합계 OOO등에게 송금된 것으로 나타난다.

(3) 개정 조례에 관한 OOO2016.1.19.자 입법예고에는, 그 제안이유가 “기업도시 및 지역개발사업구역 내 창업기업 등에 대한 감면율을 정하고, 지방세 감면 특례의 제한, 감면된 취득세의 추징 및 감면기한의 특례 등을 정하려는 것임”으로 적혀 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가) 처분청은 ‘착공’하는 행위 자체만으로 과세요건의 충족과 밀접하게 관련되어 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다고 볼 수 없으므로 취득세가 감면되는지는 납세의무의 성립 당시에 시행되던 개정 조례에 따라 판단하여야 한다는 의견이다.

(나) 그러나, 아래의 사정을 감안하면, 쟁점부동산의 취득에 대하여 신뢰보호의 원칙 등에 따라 종전 조례를 적용하여 취득세를 감면하는 것이 타당하다 할 것이므로, 쟁점부동산이 취득세 감면대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

1) 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 적용되던 종전 조례에서는 일정한 요건을 충족하면 2017.12.31.까지 취득세를 감면한다고 명시적으로 그 감면의 기한을 한정하고 있었다.

따라서 종전 조례에 따라 취득세가 감면될 것이라는 청구법인의 신뢰는 단순히 감면의 기한이 정하여 있지 아니하여 막연한 기대에 불과한 경우와 달리 기득권에 갈음하여 마땅히 보호되어야 할 정도의 것이라고 보인다.

2) 종전 조례에서는 취득세 감면의 요건으로 부동산 취득자의 업종의 제한과 부동산의 용도에 대한 제한만을 두면서 그 감면기한을 2017.12.31.로 명시하고 있다가 2016.5.17. 개정 조례가 시행되면서 부동산의 소재지에 대한 제한요건이 추가되었다.

3) 청구법인은 쟁점부동산의 착공 당시에 종전 조례의 요건만을 충족하면 취득세에 대한 감면을 적용받는다고 신뢰하였고, 그에 따라 쟁점부동산을 착공한 것으로 보이는 사정이 있다.

4) 쟁점부동산의 경우 개정 조례에 대한 입법예고일(2016.1.19.) 이전에 공부상 및 사실상 착공(2016.1.11.)을 하였고, 종전 조례에서 정한 감면기한 이전인 2016.10.12.과 2017.1.16.에 각각 준공된 것으로 나타나 종전 조례의 감면 요건을 충족한다고 보인다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.