가. OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 2009.12.30. 주택사업부문을 물적분할(이하 “쟁점분할”이라 한다)하여 청구법인을 설립하면서 청구법인의 지분 100%를 취득하였고, 청구법인은 모회사인 OOO으로부터 분할대상 주택사업부문의 자산과 부채를 포괄승계하면서 5년 공공임대주택 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 구「임대주택법」(이하 “임대주택법”이라 한다)상 표준건축비를 기준으로 산정한 분양전환가격으로 평가하여 OOO에 승계하였으며, 이를 기준으로 감가상각비를 손금에 산입하고 분양전환에 따른 차익을 익금산입하여 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 2016.10.17.부터 2016.11.30.까지 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시하여, 청구법인이 쟁점주택의 시가가 실제건축비를 적용하여 산정한 OOO임에도 표준건축비를 적용하여 산정한 OOO으로 승계함으로서 쟁점주택을 OOO만큼 과다하게 계상한 사실을 확인한 후, 분할 이후 2015년부터 2018년까지 분양전환된 주택의 과소계상 분양차익 OOO을 익금에 산입하고, 감가상각비 과대계상액 OOO을 손금불산입하여, 2019.10.1. 청구법인에게 법인세 2015사업연도분 OOO, 2016사업연도분 OOO, 2017사업연도분 OOO, 2018사업연도분 OOO 합계 OOO을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점분할로 취득한 쟁점주택에 대하여 분할 당시 관련 법령에 따라 임차인 등에게 매각시 적용되는 분양전환가격 계산방법{[(표준건축비+택지비+자기자금이자-감가상각비)+감정가액평균가] x 1/2}을 적용하였는바, 이는 분양전환가격 산정에 관한「임대주택법 시행규칙」별표1 제1호 나목 및 이에 관한 국토해양부 유권해석(임대주택관리과-957, 2008.10.15)과 국세청의 사전답변에 따른 것으로서 시가에 해당하고, 다음과 같은 이유로 처분청이 쟁점주택 취득 당시 분양전환가격(시가)을 실제건축비 기준으로 산정한 것은 부당하다.

(1) 쟁점분할 당시 청구법인의 쟁점주택 취득가액이 시가를 초과한다고 볼 수 없다.

(가)「법인세법」상 시가는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격이고( 「법인세법」제52조 제2항), 같은 법 시행령에서는 시가를 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격이라고 정의하고 있으며, 그 시가가 불분명한 경우 감정가액, 상속세 및 증여세법에 의한 보충적 평가방법에 의한 평가액으로 규정하고 있는바( 「법인세법 시행령」제89조), 이 때 시가는 해당거래가 이루어진 당시에 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 가격이므로 당연히 해당거래가 이루어진 거래당시를 기준으로 판단해야 하고, 그 거래되는 가격이 「법인세법」제52조 제2항의 시가로 볼 수 있는지의 여부는 당해 거래가 정상적인 방법에 의하여 이루어진 것으로서 거래 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하였다고 인정되는지의 여부 등에 따라 결정된다 할 것이다(국세청 서이 46012-10189, 2001.9.18.,국세청 서이 46012-11507, 2002.8.12.).

(나) 위에서 언급한 바와 같이 쟁점주택 취득가액의 시가는 쟁점분할 당시 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이라 할 것인데, 임대주택의 경우 임차인에 대하여 분양전환방식으로 양도하고 있으므로 물적분할 당시의 임대주택에 적용되는 분양전환가액이 곧 제3자간에 일반적으로 거래되는 가격으로 볼 수 있는 것이다.

쟁점분할 당시 민간임대주택사업자의 5년 공공임대주택의 경우 분양전환가격은 지방자치단체장의 승인을 얻어 그 승인받은 가액으로 거래되고 있었고, 그 임대주택의 분양전환가격은 표준건축비를 기준으로 산정·승인되고 있었기 때문에 그것이 당시의 상관행에 따라 제3자간에 일반적이고 정상적인 거래에서 적용되던 가격에 해당하는데, 쟁점분할 당시 쟁점주택을 특수관계 없는 제3자들인 임차인들에게 매각할 때 적용하던 가격은 {[(표준건축비+택지비+자기자금이자-감가상각비)+감정가액평균가] x 1/2}로 결정되고 있었고, 그것이 정상적인 거래가격이었으므로 취득가액 산정을 위한 시가는 당시의 분양전환가격이 되어야 한다.

당시 유관기관인 국토해양부도 유권해석(임대주택관리과-957, 2008.10.15.)에서 공공임대주택의 분양전환시 건설원가는 최초 입주자 모집 당시의 주택가격에 자기자금이자를 더하고 감가상각비를 공제한 금액이며, 주택가격은 입주자 모집 시점에서 해당연도의 표준건축비(국토해양부장관 고시)를 기준으로 산정한 건축비와 택지비를 말하는 것이라고 하였는데, 동 유권해석은 쟁점분할 당시에도 유효하게 적용되고 있었으므로 분할 당시의 정당한 상관행은 표준건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정하였음을 확인할 수 있다.

또한, 쟁점주택의 입주자모집 공고에 분양전환가액의 기초가 되는 임대주택 분양가격으로 표준건축비를 기준으로 산정한 금액이 기재되어 있었고[OOO], 실제 그 금액을 기준으로 분양전환가격이 결정되어 관할 행정청의 승인을 받았으며, 분양자들과 체결한 임대차계약서에는 분양전환가격의 산정방법에 대하여 입주자공고안에서 정한 바에 따른다고 명시하는 등 표준건축비를 적용하여 분양전환가격을 산정하는 것이 계약서 등에도 반영되어 있었는바, 청구법인이 표준건축비를 적용하여 분양전환가격을 산정한 것은 불특정다수인 쟁점주택 수분양자들과의 계약 내용이었으므로 쟁점분할 당시 표준건축비를 적용하는 것이 제3자간에 일반적으로 거래된 가격임은 분명하다.

(다) “국세법령사무처리규정” 제25조(답변의 구속력)에서는 신청인이 답변의 내용을 정당하게 신뢰하고 신청한 사실대로 특정한 거래 등을 이행한 경우에는 관할 지방국세청장 또는 세무서장은 해당 거래에 대하여 경정 또는 결정을 할 때에 그 답변내용에 따라야 한다고 규정하고 있는데, OOO은 쟁점분할 전인 2009.10.16. 이 건과 같이 물적분할로 승계하는 공공임대주택 공정가액의 분양전환가격 적용 여부에 대하여 국세청장에게 세법해석 사전답변을 신청하였고, 국세청장은 2009.11.19. 신청법인이 주택사업부문과 해외사업부분의 물적분할로 인한 자산양도차익을 계산함에 있어서 분할사업부분의 자산 중 임대 중에 있는 공공건설임대주택에 대하여「임대주택법 시행규칙」별표1 제1호 나목에 따라 산정한 분양전환가격을 적용한 경우에는 법인세법 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 것이라고 회신하였는바, 이에 따르면, 물적분할시「임대주택법」에 따른 분양전환가격은 시가에 해당한다는 것이므로 이 건에 있어 표준건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정하여 물적분할하는 자산가격을 결정한 것은 사전답변제도의 취지에 따라 보호받아야 한다.

(라) 처분청은 쟁점분할 이후의 대법원 판결(대법원 2011.4.21. 선고 2009다97079 전원합의체 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)에 따라 실제 투입된 건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정해야 한다고 판단하였으나, 대법원이 판단한 실제건축비 기준의 분양전환가격은 거래 당시에 실제 적용되지 않았던 가상적인 단위 가격으로 당시 현실에서는 적용되지 않았기 때문에 시가가 될 수 없고, 이를 소급하여 쟁점분할 당시의 상관행이나 비특수관계자들의 거래가격을 판단할 수도 없으며, 동 판례가 당시 거래당사자간에 분양전환가격을 돌려주라고 주장할 수 있는 새로운 근거가 될 수는 있어도 당시 그런 가격으로 관행적으로 거래되었다는 사실을 바꿀 수는 없는 것이고, 실제로 쟁점판결 이전인 쟁점분할 당시에는 정상적인 거래에서 분양전환가격이 표준건축비로 산정되고 있었기 때문에 위 판결 이후 실제 투입된 건축비를 초과하는 금액에 대해서는 부당이득금으로 반환을 구하는 소가 제기되었던 것이다.

결국, 시가는 거래당시에 불특정다수인간에 일반적으로 거래되는 가격으로 판단되어야 하고, 그 후 거래가격을 조정하는 법령이 도입되거나 법원 판결이 선고된다고 하여 시가가 달라질 수 없으며, 예를 들어 법령상 OOO 이하로 거래해야 하는 제한이 있는 물건이 실제 시장에서 일반적으로 OOO 이상으로 거래되었다면 시가를 OOO으로 볼 수 없고, 동일한 논리로 OOO 이상으로 일반적으로 거래되고 있는 물건이 거래 이후 OOO 이하로 거래되어야 한다는 규제가 도입되거나 법원 판결이 선고 되었다고 하여 실제 OOO에 거래된 물건의 시가가 소급하여 OOO으로 변경될 수는 없는 것이다.

더욱이 쟁점분할 당시까지만 해도 대법원은「임대주택법」상 분양전환가격에 관한 규정을 단속규정으로 보아「임대주택법 시행규칙」에서 산정기준에 위배한 분양전환가격으로 분양계약을 체결하더라도 사법상 유효하다는 입장을 유지하고 있었으므로(대법원 2004.12.10. 선고 2004다33605 판결), 이에 의하면 표준건축비를 적용한 분양전환가격은 사법상 유효한 것이었고, 쟁점분할 이후 2011년 4월의 쟁점판결을 통해 사후적으로 분양전환가격이 변경된 것이므로 거래당시 이후의 법원의 견해 변경을 이유로 시가를 달리 볼 수는 없는 것이다.

(마) 쟁점분할은 회사와 수분양자와의 거래가 아닌 임대사업자간의 거래이므로 즉, 임대사업자인 OOO이 임대사업자인 청구법인에게 쟁점주택을 양도하고 청구법인의 주식을 그 대가로 지급받은 것이므로 쟁점판결에 따라 거래가액이 조정될 수 없다고 보아야 하는바, 쟁점판결은 국민주거생활 안정 목적의「임대주택법」상 임대사업자와 수분양자와의 관계에서 분양전환가격의 산정기준을 제시한 것으로서 수분양자 보호를 위해 분양전환가격 관련 규정을 공익적 성격의 강행규정으로 보아 소급적 효력까지도 인정되는 취지로 결정하였으나, 이러한 법 논리가「임대주택법」의 적용을 받지 않는 임대사업자간 거래에 대해서도 그대로 적용될 수는 없는 것이다.

예를 들어, 쟁점판결이 선고되기 이전에 임대사업자가 다른 임대사업자에게 분양주택을 양도하면서 분양전환가격을 기준으로 양수도 대금을 산정하였다면 당연히 표준건축비를 적용하였을 것인데, 그 후 쟁점판결이 선고되었더라도 이는 임대사업자와 수분양자간의 분양전환가격에 관한 것일 뿐 사후적으로 임대사업자간 거래대금을 조정하는 근거는 될 수 없다(양수인의 입장에서 어느 금액 이상으로 팔수 있다는 기대하에 양수도대금을 정하였지만 법령 변경 등으로 그 금액으로 팔 수 없다고 하더라도 이는 양수인이 부담하는 위험일 뿐 이를 근거로 대금을 조정할 수 없는 것이다).

(바) 대법원이 쟁점판결에서 실제건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정한 배경은 사안이 민간임대사업자가 아닌 OOO에 관한 것이었고, OOO는「임대주택법 시행규칙」별표1에도 불구하고 민간사업자와 달리 입주자모집 승인권자의 건축비 산정 없이 스스로 건축비를 산정한 것으로 나타나는바, 이 건에서 분양전환가격은 승인권자인 지방자치단체장의 승인을 받은 것이므로 쟁점판결을 그대로 적용할 수는 없고, 분양전환가격에 대해 관련 행정청의 승인을 받아야 하므로 쟁점판결과는 본질적인 차이가 있으며, 행정청의 분양전환가격 승인은 임대의무기간이 끝나 매각 금지가 해제된 뒤에 사인 간에 행해지는 법률행위(분양계약)의 효력을 완성시켜 주는 인가 혹은 독립된 행정처분이므로 행정행위로서의 공정력을 가지고 있어 행정청이 승인한 가격을 받더라도 부당이득으로 보기는 어려우므로 행정청의 승인금액은 행정행위에 따라 정해진 것으로서 적법하고 유효한 거래가격이며 일반적으로 거래되는 가격으로서 시가로 인정되는 것이다.

아울러,「임대주택법 시행규칙」상 최초 입주모집 당시의 주택가격은 건축비와 택지비를 기준으로 입주자 모집 승인권자인 시장·군수·구청장이 결정하여야 하는데, 선 모집, 후 입주 방식의 임대주택 건설에 있어서 입주자 모집 당시에 실제건축비가 존재할 수 없고, 단지 추정된 건축비 혹은 표준건축비만이 가능하므로 이때에도 실제 건축비가 적용되는 것은 불가능하고, 결국 입주자 모집 당시 분양전환가격에 대한 승인이 필요한 이 건에서는 쟁점판결의 법리가 적용될 수 없다고 할 것이다.

(2) 정부는 관련 쟁점판결 이후에도 표준건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정하고 있고, 행정청 역시 여전히 표준건축비를 기준으로 전환가격을 승인하고 있음에도 과세관청에서 다른 기준을 적용하는 것은 부당하다.

(가) 쟁점판결 이후인 2014.7.16. 국토교통부는「임대주택법 시행규칙」별표1에서 ‘최초 입주자 모집 당시의 주택가격’을 ‘최초 입주자 모집 공고 당시의 주택가격’으로 개정하면서 그 근거를 아래 ＜표1＞과 같이 설명하였고, 이러한 관련 법령에 따라 최근에도 표준건축비를 기준으로 분양전환가격이 산정되어 지방자체단체의 승인을 받고 있는 등(OOO), 정부에서는 쟁점판결에도 불구하고 여전히 표준건축비를 적용하고 있는바, 이는 표준건축비를 기준으로 하는 것이 제도의 취지에 맞고 현실에 부합하기 때문이고, 정부가 표준건축비를 공시한 것은 총비용은 유동적인 상황에서 기업이 검토하여 표준건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정하더라도 이익을 남길 수 있다고 판단하면 사업을 진행하도록 판단 기준을 제시하는 것으로, 정부가 표준건축비를 공시한 이상 열심히 원가를 줄인 임대사업자에게 판단기준인 표준건축비를 적용하지 않는 것은 정부가 약속을 어긴 것이므로 불합리하다.

＜표1＞「임대주택법 시행규칙」제113호 개정이유 등

또한, 실제건축비로는 임대사업자가 지출한 비용조차 보전받지 못하는 경우가 발생하는데, 예를 들어 건축물대장에 들어가지 않은 공사비(인근 도로 포장비 등)는 실제건축비에 포함되지 않고 홍보비용 등 간접비도 배제되며, 현행 표준건축비가 너무 낮아서 임대사업에 참여하는 건설사가 거의 없는 상황에서(표준건축비가 너무 낮아 최근 8년 만에 높아졌음) 실제건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정하는 것은 현실에 반하므로 정부는 관련 쟁점판결에도 불구하고 여전히 표준건축비를 적용하고 있으며, 만약 지금 분할을 하더라도 이러한 관련 법령에 따라 표준건축비를 시가로 보아 취득가액을 산정할 수밖에 없는 것이다.

이런 점을 고려하여 정부가 표준건축비를 그대로 유지하고 있음에도 과세관청에서 정부의 일관된 시책에 따라 정해진 가격이 시가가 아니라고 보아 거액의 과세를 하는 것은 정부 시책에 따라야 하는 기업들에게 가혹하고 정부 정책의 일관성 측면에서도 문제가 크다고 할 것이다.

(나) 쟁점판결은 분양전환가격 산정의 기초가 되는 건축비는 특별한 사정이 없는 한 표준건축비의 범위 내에서 실제로 투입된 건축비를 의미한다고 판단하였는데,「임대주택법 시행규칙」별표1 제2호 가목에 의하면 최초 입주자 모집당시의 주택가격을 건축비와 택지비를 기준으로 입주자 모집 승인권자가 산정하도록 규정하고 있고, 입주자 모집 당시에는 확정적인 가격 개념인 최초 입주자 모집 당시의 주택가격을 정하고 이를 기준으로 임대의무기간 경과에 따라 자기자금이자와 감가상각비가 변동되도록 건설원가가 구성되어 있으며, 공공건설임대주택의 입주자 모집을 공고할 경우에는 반드시 별표1의 공공건설임대주택의 분양전환가격의 산정기준에 따라 산정한 입주자 모집 공고 당시의 주택가격을 포함하여 공고하도록 규정하고 있으므로, 건설원가의 기준이 되는 최초 입주자 모집 당시의 주택가격은 입주자 공고시에 이미 확정되어 있는 상황이었다.

또한, 쟁점주택에 대하여는 분양공고에 대해 승인 받았을 뿐만 아니라 분양전환에 대하여도 분양전환가격을 특정하여 관할 행정청의 승인을 받았는바, 쟁점판결과 달리 관할 행정청에 의해 승인받은 분양전환가격이 표준건축비를 기준으로 산정된 이상 행정청의 승인을 받은 가격은 세법상으로도 존중되어야 할 것이다.

(3) 양도가액 산정과 취득가액 산정은 동일한 법리가 적용되어야 하는바, 만약 취득당시 시가를 산정함에 있어서 투입된 건축비를 기준으로 산정한 분양전환가격이 적용된다면 양도가액을 산정함에 있어서도 동일한 기준이 적용됨이 타당하고, 이 건과 같이 취득 당시 제3자간 거래가격이 있었음에도 법원 판결에 따라 거래가격이 부인된다면 양도가액 산정시에도 동일한 기준이 적용되어야 함에도 취득가액만 부인하는 것이 되어 부당하다.

처분청 과세논리대로 시가를 산정하기 위한 분양전환가격을 실제건축비를 기준으로 한다는 것은, 실제 분양전환을 하더라도 투입된 건축비 이상의 가격을 지급받지 못하고 그러한 권리관계가 취득 당시 이미 확정되어 있다는 것을 전제로 한 것이므로 실제건축비 이상의 가격을 양도가액으로 포함시키는 것은 처분청 논리에 반하는 것인바, 즉 쟁점분할 당시에도 쟁점판결이 제시한 실제 투입된 건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정한다는 기준이 적용되어 취득가액을 산정해야 한다면 취득한 임대주택을 분양전환하여 양도하더라도 실제 투입된 건축비를 초과하여 받을 수 없다는 점이 이미 확정되어 있고, 그 이상을 받는다면 이는 애당초 지급받을 계약이나 법률상 원인 없이 지급받는 것이어서 그 반환이 예정되어 있으므로 익금에 산입할 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 청구법인이 쟁점주택을 쟁점분할로 취득하는 과정에서 그 취득가액을 시가로 산정하면서 쟁점판결에 반하여 시가를 표준건축비로 계산하였기에 「법인세법 시행령」제72조 제1항 제3호 단서에 따라 시가를 실제건축비로 재계산하고, 시가를 초과하여 계상한 부분에 대하여 과세를 한 것인바, 청구법인은 쟁점주택의 취득가격(시가)을 표준건축비 기준 분양전환가격으로 보아야 한다는 주장이지만, 다음과 같은 이유로 실제 건축비 기준 분양전환가격이 그 시가로서 정당한 취득가격이 된다.

(가) 청구법인이 계산한 시가(표준건축비 기준 분양전환가격)는「임대주택법」을 위반하여 명백히 과다하게 잘못 계산된 가액으로 이는「임대주택법」에 따른 정당한 분양전환가격을 초과하고 있어 그 초과한 부분은 무효에 해당되는바,「임대주택법」에서는 분양전환가격을 산정할 때의 건축비는 주무장관이 고시한 건축비의 상한가격(표준건축비 기준)을 초과할 수 없다고 명문으로 규정하고 있을 뿐이며, 관련 규정을 해석한 쟁점판결에 의하면 분양전환가격 산정요소 중 하나인 건축비는 표준건축비의 범위내에서 실제로 투입된 건축비를 적용하여야 한다고 설시한 바 있고, 아울러 이와 같은 분양전환가격 산정기준에 관한「임대주택법」등 관련 규정들은 강행법규에 해당되는 것이므로 그 규정들에서 정한 산정기준에 의한 금액(실제건축비 기준)을 초과한 분양전환가격(입주자 모집승인권자로부터 승인받은 가격으로 실제투입된 건축비가 아닌 표준건축비 기준 분양전환가격)으로 체결된 분양계약은 초과하는 범위내에서 당연무효라고 판시한 사실이 있다.

이처럼 분양계약이 당연무효인 이상 표준건축비 기준 분양전환가격이 지방자치단체장의 승인을 얻어 제3자간에 일반적으로 거래되는 가격이라는 청구법인의 주장은 이유가 없다 할 것이고, 청구법인이 「임대주택법」을 위반하여 계산한 분양전환가격(표준건축비 기준)은 명백히 과다하게 잘못 산출된 가액이므로 사회통념상 일반적으로 인정되는 가액이라고 할 수 없고, 따라서 표준건축비 기준 분양전환가격은「법인세법」상 시가로 볼 수 없으며, 관련법령에 의하여 처분청이 정당하게 계산한 실제건축비 기준 분양전환가격을 시가로 보아야 한다.

(나) 설령,「임대주택법」을 위반하여 과다하게 산출된 가액으로 분양전환된 매매사례가 일부 있다고 하더라도 다음과 같은 사정으로 미루어 볼 때, 그 매매사례가액(정당한 분양전환가액을 초과하여 거래된 분양전환가액, 표준건축비 기준)을 시가로 볼 수 없음은 명백하다.

1) 그 매매사례가액은 정당한 분양전환가액을 초과한 금액으로 법률상 원천적으로 무효(쟁점판결)에 해당되어 이를 일반적인 거래가액이라 할 수 없다.

2) 분양전환가격 산정기준에 관한「임대주택법」등 관련법령의 규정들은 강행법규에 해당(쟁점판결)되는 것인바, 강행법규라 함은 법률행위 당사자의 의사여부와 관계없이 강제적으로 적용되는 법규이므로, 입주자 모집승인권자인 행정청이 분양전환가격이 명시된 입주자 모집공고를 승인하였다고 하더라도 이는 모집 당시 실제 투입한 건축비 등이 확정되지 않은 시점에서 입주자 모집이라는 절차에 관하여 이루어진 행위일 뿐 이후 분양전환가격을 산정하고 분양대금을 결정하여 체결될 계약의 효력과는 무관한 점 등을 고려한다면 행정처분의 공정력에 의하여 분양전환가격의 효력을 부인하여서는 아니된다는 청구법인의 주장은 이유 없는 것이다(OOO).

실제로 청구법인이 표준건축비 기준 분양전환가격으로 행정청의 승인을 받아 분양계약을 체결한 사안에 있어 계약당사자인 수분양자들이 표준건축비 기준 분양전환가격은 과다하게 잘못 산정되었으므로 그에 상당하는 부당이득을 반환해 줄 것을 취지로 민사소송을 제기하였고 대부분의 하급심에서는 수분양자들이 승소하였던 사실을 알 수 있는바, 따라서 강행법규인「임대주택법」을 위반하여 과다하게 잘못 계산된 분양전환가격은 법에 의하여 강제적으로 무효에 해당될 뿐 아니라 사회통념상 용인 될 수 없다 할 것이므로 이를 매매사례가액(시가)로 인정할 수는 없다.

3) 정당한 분양전환가액을 초과하여 거래가 이루어진 분양 건에 대해 상당수의 수분양자들이 분양사업자인 청구법인을 상대로 부당이득금 반환소송을 제기하였으며, 그 결과 대부분의 소송에서 청구법인이 정당한 분양전환가액을 초과하여 부당이득을 가득하였다는 취지로 판결된 점을 감안해 볼 때,「임대주택법」을 위반하여 과다하게 산출된 가액은 건전한 사회 통념상 및 상거래 관행에 부합하지 아니하므로 세법상 시가로 인정하기 어렵다.

(다) 청구법인은 취득가액 산정을 위한 시가는 취득당시의 시가를 기준으로 하여야 한다면서 쟁점판결 이전에 유효하게 적용되어 온 표준건축비를 적용하여야 한다는 국토해양부의 유권해석(임대주택관리과-957, 2008.10.15.)에 따라 분양전환가격을 산정하였으며, 쟁점분할 당시까지만 해도 대법원은「임대주택법」상 분양전환가격에 관한 규정을 단속규정으로 보아「임대주택법 시행규칙」에서 산정기준에 위배한 분양전환가격으로 분양계약을 체결하더라도 사법상 유효하다는 입장(대법원 2004.12.10. 선고 2004다33065 판결)을 유지하고 있었으므로 거래 이후 발생한 사정을 근거로 시가를 달리 판단할 수 없다고 주장하고 있으나, 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

1) 쟁점판결 이전에 표준건축비 기준 분양전환가격으로 분양계약이 체결된 건에 대해서도 법원에서는 실제건축비 기준 분양전환가격을 초과한 부분은 무효라는 취지로 판결하여 분양업자가 그만큼 부당이득을 취했다고 판시(OOO)한 사실이 있는바, 이와 같은 판례로 미루어 볼 때 최소한 분양전환가격을 표준건축비를 기준으로 산정하는 방법 자체와 쟁점판결 이전의 표준건축비 기준 분양전환가격이 지지될 수 없는 상황이므로 설령 분할당시는 표준건축비를 적용하여 분양전환가격을 산정하였다고 하더라도 쟁점판결에 따라 실제건축비를 기준으로 평가한 후 사후에 정산해야 하는 것이 합리적인 거래라고 할 수 있고, 고등법원의 판결에도 불구하고 일방적으로 OOO에게 유리한 가액으로 분할한 것은 과세이연제도를 이용한 것으로 밖에 볼 수 없으며, 즉 쟁점분할 당시 이미 고등법원판결에 의하여 실제건축비 기준 분양전환가격이 정당한 분양전환가격이 될 것이라는 예측이 충분히 가능한 상황에서 쟁점판결에 따라 거래대금을 합리적으로 재정산하도록 하지 않고 일방적으로 OOO이 이익을 많이 가져갈 수 있도록 분할승계 하는 것은 경제적 합리성을 무시한 행위이고, 이는 청구법인이 비싼 가격(즉 표준건축비 기준 분양전환가격)에 매수하여 OOO에게 이익을 몰아주어 세부담을 회피하고자 하는 의도 외에는 달리 다른 목적이 없어 보인다.

2) 쟁점판결이 OOO과 청구법인간의 법률적 행위를 직접적으로 기속하는 것은 아니지만, 특수관계 없는 합리적 경제인들간의 거래행위에 절대적 영향을 미칠 수밖에 없는 것인바, 이를 무시하고 일방적으로 OOO에 이익을 몰아주는 방향으로 분할승계를 하였던 OOO과 청구법인간의 거래는 세부담 회피목적 외에 달리 설명할 수 없는 비정상적인 경제행위라고 할 수 있는 것이므로 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세권을 행사할 수도 있을 것이다.

(라) 청구법인은 쟁점분할이 임대사업자간 거래이므로 임대사업자와 수분양자간의 분양전환가격 산정에 대한 쟁점판결의 법리를 적용할 수 없고, 사후적으로 임대사업자간 거래대금을 조정하는 근거가 될 수 없다고 주장하고 있으나, 합리적인 수준에서 살펴볼 때 수분양자에게 실제건축비 기준 분양전환가격으로 분양해야 하는 상황에서 임대ㆍ분양업자 간에 표준건축비 기준 분양전환가격으로 거래를 할 것이라고는 기대할 수는 없다 할 것이고, 당시 관련 법령의 미비로 분할법인인 OOO에게 이익을 몰아줄 경우 사실상 영구적인 과세이연을 통해 그 이익이 차후 실현되더라도 과세되지 아니하였던 상황임을 고려하면 청구법인이 OOO에게 이익을 몰아주어 그 부분만큼 세부담을 회피하려 한 것으로밖에 설명되지 아니한다.

(마) OOO를 소송 당사자로 한 대법원 전원합의체 판결을 모든 임대주택분양 시행사에 일괄 적용할 수 없다는 청구법인 주장에 대해 살펴보면, 쟁점판결은 분양전환가격 산정요소인 건축비를 실제 투입된 건축비로 보아야 한다고 명확히 하면서 분양전환가격 산정요소인 건축비를 법률적으로 명확히 정의한 최초의 판결인바, 비록 OOO를 당사자로 한 대법원 판결이지만 OOO가 건축비를 표준건축비로 하여 산정함에 따라 민간기업들도 같은 방식으로 임대아파트의 분양전환가격을 정하게 됨으로써 공공임대아파트 전체의 분양전환가격이 부당하게 높아지는 직접적 원인을 제공하였다는 원심(고등법원 판결)의 판단을 정당하다고 인정한 만큼 대법원 전원합의체에서 분양전환가격 산정요소인 건축비를 실제 투입된 건축비로 보야야 한다는 판단은 비단 OOO에 국한된 것이 아니고 OOO과 청구법인과 같은 민간기업 전체에도 그대로 적용된다고 할 수 있고, 뿐만 아니라 청구법인은 국토교통부 유권해석을 근거로 표준건축비 기준 분양전환가격이 정당하다고 주장하고 있는데, 동 유권해석은 청구법인이 아닌 OOO의 질의ㆍ회신에 대한 답변사항으로 청구법인은 OOO가 당사자인 쟁점판결의 내용은 배척하면서도 자신에게 유리한 유권해석은 적용하여야 한다는 것이므로 이는 모순이고, 더욱이 청구법인을 당사자로 한 부당이득금 반환청구 소송에서 대부분의 하급심 재판부에서는 청구법인의 분양전환가격 산정요소인 건축비 역시 대법원 전원합의체 판결의 취지와 같이 실제 투입된 건축비로 봄이 타당하다는 취지로 판결하고 있어 이를 간과하여서는 아니된다.

(바) 쟁점판결 이전에 이루어진 쟁점분할과 관련된 쟁점주택 분양전환가격은 분할당시 경제적 합리성에 비추어 볼 때 그 부당성이 인정되지 않으므로 표준건축비를 기준으로 산정되어야 한다고 주장하고 있으나, 이러한 주장은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

1) 이 건 쟁점은 분할당시 청구법인의 쟁점주택의 취득가액 적정여부를 따지는 것이므로 부당행위계산 부인규정 적용을 전제로 한 경제적 합리성 여부는 취득가액 적용시 고려의 대상이 아니라고 할 것인바, 따라서 시가의 적정여부와 경제적 합리성 여부는 별개의 사안이므로 각각 달리 판단되어야 하는 것이므로 청구법인이 당초 계상한 쟁점주택의 승계가액에 경제적 합리성이 있다 하더라도(실제로는 후술하는 바와 같이 경제적 합리성이 있다고 볼 수도 없는 사안임) 이를 시가라고 할 수는 없다.

2) 설령, 이 건 부과처분에 있어서 경제적 합리성 여부가 고려되어야 한다고 하더라도 쟁점판결의 전심인 고등법원 판결은 쟁점분할 전에 이미 이루어졌으므로 청구법인이 당초 계상한 쟁점주택의 승계가액(표준건축비를 기초로 한 분양전환가격)이 경제적 합리성을 갖추었다고 보기 어렵고, 더욱이 분양전환가격 산정요소인 건축비를 표준건축비로 하여야 한다는 법적근거로는 OOO가 질의 회신 받은 주무부서의 유권해석(2008.10.15.)이 유일하므로 일방적으로 분할법인 OOO에게만 유리한 승계가액(표준건축비 기준 분양전환가격)은 경제적 합리성을 결여하였다고 봄이 상당하며, 대법원 확정판결이 나온 이상 합리적인 거래당사자였더라면 그와 같은 확정판결에 따라 쟁점주택의 거래(승계)가액을 표준건축비 기준 분양전환가격에서 실제건축비 기준 분양전환가액으로 조정하여 재정산함이 타당한 것이지, 그대로 방치하여 부당하게 OOO에 이익을 몰아주지는 않았을 것이다.

3) 실제건축비 기준 분양전환가격을 정당한 분양전환가격으로 본 쟁점판결은 강행규정으로 과거 과다하게 잘못 산정된 분양전환가격은그 초과한 범위 내에서 무효임을 판시하고 있으므로 쟁점판결 이전에 잘못 계산된 분양전환가격 역시 정당한 분양전환가격으로 인정될 수 없는 것이므로「법인세법」상 시가(사회통념상 정상적인 거래에서 적용되는 거래가액)라 할 수 없다.

4)「임대주택법」에 따른 분양전환가격이 합리적인 시가라고 볼 수 있다는 취지의 국세청 사전답변 회신내용에 비추어 보더라도, 이는「임대주택법」을 위반한 표준건축비 기준 분양전환가격을 가리키는 것이 아니고 정당한 분양전환가격을 가리키는 것으로 해석함이 타당하다 할 것이며, 또한 국토해양부의 유권해석은 쟁점분할 이전에 이미 고등법원 판결에 의해 그 정당성이 희석되었을 뿐만 아니라 쟁점판결에 따라 소급되어 무효화 되었으므로 처분청의 신의칙을 위반하였다고 보기도 어렵다.

(2) 청구법인은 쟁점주택의 취득가액에 실제건축비 기준 분양전환가격을 적용한다면 양도가액과 취득가액 산정은 동일한 법리가 적용되어야 하므로 분양(양도)가액 역시 실제 건축비 기준 분양전환가격으로 하여야 한다고 주장하나, 청구법인은「임대주택법」을 위반하여 표준건축비 기준 분양전환가격으로 분양ㆍ양도한 결과 실제건축비 기준을 초과한 만큼(부당이득금)을 수분양자로부터 가득하여 이에 대한 법인세를 납부하였던 것으로 이는 위법소득 과세논리상 당연히 과세대상인 점, 위 부당이득금은 민사소송의 결과로 청구법인이 향후 수분양자들에게 반환하게 되면 법인의 과세소득 계산시 손금에 해당되어 당초 부당이득금에 대해 납부하였던 법인세 상당을 환급받게 될 것이므로 청구법인의 주장과 같이 자연스럽게 취득가액과 양도가액 모두 실제건축비 기준 분양전환가격으로(동일한 기준으로) 귀결되는 점, 청구주장대로 취득가액을 표준건축비 기준 분양전환가격으로 평가하는 경우 향후 민사소송 결과에 따라 분양ㆍ양도가액이 실제건축비 기준 분양전환가격(낮은 가격)으로 변경됨에도 불구하고 취득가액은 표준건축비 기준 분양전환가격(높은 가격)으로 확정되어 청구법인의 분양차익이 과소하게 계상되는 불합리한 결과를 초래하게 되는 점, 설령 청구법인의 주장과 같은 취지로 대법원 확정판결이 나오더라도 청구법인의 권리보호에는 아무런 지장이 없는 점 등에서 양도가액 또한 실제건축비를 기준으로 조정하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점분할로 취득한 쟁점주택(공공임대주택)의 취득가액을 표준건축비가 아닌 실제투입건축비를 적용한 분양전환가격(시가)으로 하여 과세(2015∼2018사업연도)한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 나타난 쟁점분할 당시 청구법인의 자산·부채 평가방법 및 승계 취득가액 산정 내역 등 주요 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인이 분할대상 사업부문의 자산과 부채를 포괄승계하면서 승계한 공공임대주택 및 기타자산 등의 평가방법과 승계취득가액은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 자산 등 평가방법 및 승계취득가액 (단위 : 백만원)

(나) 청구법인과 처분청이「임대주택법 시행규칙」에 따라 적용한 쟁점주택의 분양전환가액 산정방법을 보면,「임대주택법 시행규칙」별표1의 제1호 및 제2호의 산정가격 산식{[(건축비+택지비+자기자금이자-감가상각비)+감정가액평균가] x 1/2}에서 건축비와 관련하여 청구법인은 표준건축비(건축비의 상한가격으로 주무장관이 고시)를, 처분청은 아래 ＜표3＞의 쟁점판결 내용에 따라 실제투입 건축비를 적용한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 쟁점판결 주요 내용

(다) 청구법인이 평가한 ①분할승계가액, ②분할직전 장부금액, ③분할양도차익은 아래 ＜표4＞와 같은바, 분할법인인 OOO은 쟁점주택의 분할양도차익 OOO을 구「법인세법」규정에 따라 압축기장충당금으로 손금에 산입하여 청구법인이 승계받은 사업을 폐지하거나 주식을 처분할 때까지 사실상 영구적으로 과세이연하고 있다.

＜표4＞ 청구법인이 평가한 분할승계가액 등 명세 (단위 : 백만원)

(라) 처분청은 청구법인이 표준건축비에 기초하여 분할승계가액을 실제건축비에 기초한 가액보다 높게 산정함에 따라, 분할 이후 분양된 쟁점주택의 과소계상 분양차익과 미분양된 쟁점주택의 과대계상 감가상각비를 아래 ＜표5＞와 같이 계산하였다.

＜표5＞ 과소계상 분양차익과 미분양 쟁점주택 과대계상 감가상각비

(단위 : 원)

(2) 분할법인인 OOO은 2009.10.16. 임대주택법에 따른 분양전환가격이 「법인세법 시행령」제89조의 시가에 해당되는지 여부에 대하여 국세청에 사전답변을 신청하였으며, 국세청 법규과는 아래 ＜표6＞과 같이 회신(법규법인 2009-508호, 2009.11.19.)하였다.

＜표6＞ 세법해석 사전답변 신청 신청에 대한 답변 내용

(3) 공공건설임대주택 분양전환가격 산정 관련 국토교통부(임대주택관리과-957, 2008.10.15.)의 유권해석은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 국토교통부 유권해석

(4) 청구법인은 표준건축비를 기준으로 입주자모집공고를 승인받고 분양가격을 산출하였다고 주장하면서 입주자모집공고 승인내역 및 분양가격 산출내역을 제출하였고, 쟁점분할 전후 모두 표준건축비를 기준으로 분양전환승인 및 분양전환계약을 체결하였다고 주장하면서 분양전환승인서 및 분양전환계약서를 제출하였다.

또한, 임대주택의 수분양자들이 청구법인에게 ‘실제로 투입된 건축비’에 기초하여 산정한 분양전환가격을 초과하여 지급된 금전의 반환을 구하는 부당이득금반환 청구소송의 판결서들을 제출하였다(OOO).

(5) 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인과 대표자 OOO 등에 대한「임대주택법」위반 관련 형사재판에서 실제로 투입된 건축비의 산정요소 및 실제로 투입된 건축비가 표준건축비를 상회하는지에 여부에 대하여 증거불충분을 이유로 무죄를 선고〔OOO〕하였고, 2심(OOO)을 거쳐 검사 상고로 현재 대법원에 계류 중(OOO)인 것으로 나타난다.

(6) 청구법인이 승계한 쟁점주택의 연도별 분양전환 현황은 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ 쟁점주택의 연도별 분양전환 현황 (단위 : 세대)

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 청구법인의 쟁점주택 취득 당시 분양전환가격(시가)을 실제건축비 기준으로 산정한 것은 부당하다고 주장하나, 「법인세법」제41조 제1항 및 제2항, 같은 법 시행령 제72조 제1항 제3호에서 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산은 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액으로 하되, 다만 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하는 점에서 분할에 의하여 취득한 자산은 시가를 우선 적용하여야 할 것으로 보이는 점, 청구법인은 표준건축비를 기준으로 한 분양전환가격으로 쟁점주택을 취득하였으나, 「임대주택법 시행규칙」제9조 별표1의 각 규정에 따르면, 표준건축비는 분양전환가격에 반영되는 건축비의 상한가격을 의미하는 것으로서 건축비와는 구별되고, 분양전환가격의 산정기초가 되는 건설원가는 표준건축비가 아닌 건축비를 기준으로 하고 있으며, 대법원도 쟁점판결에서 표준건축비가 아닌 실제건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정하여야 한다고 확인하여 판시한 점, 실제건축비를 기준으로 한 분양전환가격이 OOO임에도 건축비 상한인 표준건축비를 기준으로 한 분양전환가격 OOO으로 쟁점주택을 승계함으로써 그 차액만큼 OOO은 분할양도차익을 과세이연하고, 청구법인은 분할차익 과소계상, 감가상각비 과대계상 등을 통해 과세표준을 과소 신고한 것으로 보이는 점, 취득가액을 실제건축비 기준으로 산정한 분양전환가격으로 하였다 하여 명문 규정 없이 양도가액에도 동일한 기준을 적용하기는 어려운 점 등에서 처분청이 청구법인이 쟁점주택을 시가보다 고가로 취득한 것으로 보아 그 초과금액 등에 대하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 법인세법 제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제 1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제47조【물적분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우로서 제46조 제1항 각 호의 요건(동항 제2호의 경우 전액이 주식 등이어야 한다)을 갖춘 경우 당해 주식의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업년도의 소득금액게산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

② 분할법인이 제1항의 규정에 의하여 양도차익상당액을 손금에 산입한 후 분할신설법인(분할신설법인이 다른 법인과 합병하는 경우에는 그 합병법인을 말한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 금액(제3항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금에 산입한 금액을 말한다)을 사업폐지일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다. 이 경우 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 합병법인이 다시 승계하는 경우에는 사업의 폐지로 보지 아니한다.

(2) 법인세법 시행령 제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산 : 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 기획재정부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.

(3) 임대주택법 시행규칙(2009.12.16. 국토해양부령 제194호로 개정된 것) 제6조【임대주택의 매각신고】① 영 제13조 제2항 제1호에 따라 임대주택을 다른 임대사업자에게 매각하려는 임대사업자는 별지 제9호서식의 임대주택 매각신고서에 매매계약서 사본을 첨부하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다. 이 경우 담당 공무원은 「전자정부법」제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 해당 임대주택의 등기부 등본을 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 해당서류를 첨부하도록 하여야 한다.

제9조【분양전환가격의 산정 기준】① 영 제13조 제5항에 따른 공공건설임대주택의 분양전환가격의 산정 기준은 별표 1과 같다. 다만, 분납임대주택의 경우에는 별표 1의2와 같다.