2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한, 2016. 10. 4.자 2011년 제2기분 부가가치세 가산세15,000,000원의 부과처분 및 2017. 2. 15.자 2011사업연도 법인세 335,942,090원(가산세 포함)1)의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 2011. 7.경 주식회사 CCC(이하 'CCC'라 한다)와 사이에 원고가 DD 체육청소년부로부터 수주한 DD 경기장 리모델링 공사(이하 '이 사건 공사'라 한다)에 관한 하도급계약을 체결하였다. 원고는 2011. 12. 29. CCC로부터 33억 원 상당의 세금계산서(이하 'CCC 세금계산서'라 한다)를 수취하였는데, 같은 날 CCC는 원고의 특수관계인에 해당하는 AA주철공업 주식회사(이하 'AA주철공업'이라 한다)로부터 15억 원 상당의 세금계산서(이하 'AA주철공업 세금계산서'라 한다)를 수취하였다.

나. 원고와 CCC, AA주철공업에 대하여는 다음과 같은 조사가 이루어졌다.

조사차수

제1차

제2차

제3차

제4차

조사기관

SS지방국세청장

ZZ지방국세청장

AA주철공업2)

법인통합조사

법인통합조사

(미기재)

부가세

조사대상기간

2008. 1. 1. ~

2012. 12. 31.

2012. 1. 1. ~

2012. 12. 31.

2011. 7. 1. ~

2011. 12. 31.

2011. 7. 1. ~

2011. 12. 31.

조사기간

2013. 10. 15. ~

2013. 11. 28.

2015. 6. 9. ~

2015. 10. 14.

2016. 2. 15. ~

2016. 2. 19.

2016. 4. 21. ~

2016. 5. 10.

조사사유

정기선정조사

거짓세금계산서

수취혐의 외

수입금액

누락 검증

과세자료

적정성 검증

다. 피고는 원고에 대하여, 제1차 조사 후 2014. 1. 2. 법인세 165,581,033원(가산세포함, 이하 같다)을 부과ㆍ고지(이하 '1차 법인세 부과처분'이라 한다)하였고, 제4차 조사 후에는 CCC 세금계산서 중 15억 원(이하 '이 사건 쟁점금액'이라 한다) 부분은 실제로 용역의 공급이 이루어지지 않아 수정세금계산서를 발급하여야 함에도 이를 발급하지 아니하고 대신 AA주철공업 세금계산서를 발급하게 하는 방법으로 원고가 특수관계인인 AA주철공업을 부당지원하였다고 판단하여, 2016. 10. 4. 2011사업연도 법인세 525,325,136원의 증액경정ㆍ고지(이하 '2차 법인세 경정처분'이라 한다)를 하였으며, 2011년 제2기분 부가가치세에 관한 세금계산서 지연수취 가산세 15,000,000원을 부과ㆍ고지(이하 '부가세 가산세 부과처분'이라 한다)하였다.

라. 피고는 2017. 2. 9. 2차 법인세 경정처분을 직권으로 취소하고, 2017. 2. 15. 원고에 대하여 다시 일부 누락된 가산세를 반영하여 2011사업연도 법인세 538,591,136원의 증액경정ㆍ고지(이하 '3차 법인세 경정처분'이라 한다)를 하였다.

마. 원고가 부가세 가산세 부과처분에 관하여 2017. 1. 6. 조세심판을, 3차 법인세 경정처분에 관하여 2017. 4. 26. 조세심판을 각 청구하여 병합심리된 결과, 2018. 3. 26. '3차 법인세 경정처분 중 부당행위계산 부인규정을 적용하여 익금산입한 이 사건 쟁점 금액 15억 원 중 AA주철공업이 원고에게 제공한 이 사건 공사 관련 SS보증보험 주식회사와의 보증보험계약상 연대보증용역의 대가 상당액을 부당행위계산부인 대상에서 제외하여 익금불산입하고, 기타사외유출로 보는 동시에 특수관계인에 대한 대여금으로 보아 가지급금 인정이자로 익금산입한 271,596,801원을 익금불산입, 지급이자로 손금불산입한 238,685,172원을 손금산입함으로써 과세표준 및 세액을 경정한다'는 내용의 일부 인용 결정이 내려졌다.

바. 피고는 이에 따라 2018. 4. 11. 3차 법인세 경정처분 금액 중 187,584,428원의 감액경정(이하 '4차 법인세 경정처분'이라 한다)을 하고 이를 원고에게 통지하였다[이하 위와 같이 증액 및 감액되고 남은 3차 법인세 경정처분(516,587,741원 = 1차 법인세 부과처분 165,581,033원 + 3차 법인세 경정처분 538,591,136원 - 4차 법인세 경정처분 187,584,428원)과 위 부가세 가산세 부과처분(15,000,000원)을 통칭하여 '이 사건 각 처분'이라 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 18호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함),을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

다음과 같은 이유로 제4차 조사에 기초하여 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

가) 제1 내지 4차 조사는 모두 세무조사에 해당하고, 제4차 조사는 제1차 조사 또는 제3차 조사와의 관계에서 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 중복세무조사이다. 제2차 조사에 의하여 피고가 획득한 자료는 조세탈루 또는 조세범칙행위를 인정할 만한 명백한 자료에 해당하지 않을 뿐만 아니라 이미 제1차 조사 때 조사되었던 자료이기 때문에,중복조사의 예외사유도 없다.

나) 제4차 조사는 부가가치세에 관한 것이었음에도 피고가 임의로 법인세까지 그 범위를 확대하였고, 이를 원고에게 통지하지도 아니하였다.

2) 피고의 주장

가) 제4차 조사는 제1차 조사와 중복되는 세무조사에 해당하나, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호가 정한 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료' 또는 구 국세기본법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28644호로 개정되기 전의 것) 제63조의2 제3호가 정한 '조세범처벌절차법 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위를 인정할 만한 명백한 자료'가 발견되었으므로 예외적으로 중복세무조사가 허용된다.

나) 제3차 조사는 중복조사 금지의 대상인 '세무조사'에 해당하지 않는다.

다) 제4차 조사 당시 부가가치세와 관련하여 특정 거래의 존부만이 조사되었고, 그 조사된 과세자료를 토대로 법인세 부과처분이 이루어진 것일 뿐, 제4차 조사 도중 법인세 부분까지 조사범위가 확대된 것은 아니다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제4차 조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 의하여 금지되는 중복세무조사에 해당하는지

가) 제3차 조사가 선행 세무조사에 해당하는지

제1차 조사에 대하여 제4차 조사가 중복세무조사에 해당한다는 점은 당사자사이에 이견이 없거나 앞서 든 증거들에 의하여 인정할 수 있으나, 제3차 조사의 경우는 '세무조사'에 해당하는지 자체가 다투어지고 있으므로, 우선 이에 관하여 살펴본다.

(1) 관련 법리

세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부・서류 그 밖의 물건을 검사・조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 '납세자 등'이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.

이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 조사사무처리규정에서 정한 '현지확인'의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등의 침해 또는 세무조사권 남용의 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당한다고 볼 것은 아니다.

세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 이를 재조사가 금지되는 '세무조사'로 보기 어렵지만, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실・사업장・공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부・서류・물건 등을 검사・조사하는 방식으로 이루어지는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 '세무조사'로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결).

(2) 판단

앞서 든 증거들에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 제3차 조사는 중복조사가 금지되는 '세무조사'에 해당하지 않는다고 봄이 타당하므로, 같은 기간의 같은 세목에 관하여 제4차 조사가 이루어졌다 하더라도 이를 제3차 조사와 중복되는 세무조사라고 볼 수는 없다.

① ZZ지방국세청장은 CCC와 원고의 특수관계인인 AA주철공업을 대상으로 한 제2차 조사 과정에서 'AA주철공업이 2011년 제2기에 재화나 용역의 공급 없이 CCC에게 AA주철공업 세금계산서를 발급하였고, 그와 연계하여 CCC는 원고에게 18억 원 상당의 용역을 공급하였음에도 CCC 세금계산서를 발급함으로써 이 사건 쟁점금액 상당을 부풀려 기재하였다'고 판단하여 피고에게 과세자료를 통보하였다.

② 제3차 조사는 위 통보에 따라 CCC가 이 사건 공사와 관련하여 원고에게 18억 원 상당의 용역을 공급하였음에도 CCC 세금계산서를 발급하여 이 사건 쟁점금액 상당을 부풀려 기재하였다는 혐의를 확인할 목적으로 2011. 12. 29. 발급된 1개의 CCC 세금계산서에 해당하는 거래에 대하여 이루어진 것으로서, 피고는 원고의 사업장을 방문하지 아니하였고, 원고는 2016. 2. 15. 원고의 전무 LLL를 통해 피고의 사무실에서 현장확인 통지서와 '1. CCC와 DD 관련 계약서 및 부속서류, 2. CCC로부터 수취한 매입세금계산서 관련 1) 재화ㆍ용역 제공받은 구체적인 내용, 2) 상기 내용을 입증할 수 있는 각종 증빙자료, 3) 대금 지급내역, 4) 미지급금 유무 및 관련 계정별원장' 등의 자료제출 요구서를 수령한 후, 그 다음 날인 2016. 2. 16. 피고에게 위 자료를 제출하였다.

③ 피고가 원고에 대하여 자료의 제출을 요구하기는 하였으나 이는 특정 거래사실의 존부를 확인하기 위한 것으로서 그 분량이 많다고 보기 어렵고, 그 자료의 제출도 하루만에 이루어지는 등 제3차 조사의 조사행위는 '특정 매출ㆍ매입사실의 확인'을 위한 단순 조사 수준에 불과하였다. 피고가 그 이외에 원고의 임직원 등에게 질문을 하는 등으로 원고의 영업권을 침해하였다고 볼 만한 자료는 없다.

나) 제4차 조사에 중복세무조사의 예외사유가 존재하는지

제1차 조사와 제4차 조사의 경우 과세기간 및 세목이 중복되는 부분이 있어 일응 제4차 조사가 중복세무조사에 해당함에도, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 각호가 정한 예외사유가 있어 중복세무조사가 허용되는지 문제된다.

(1) 관련 법리

구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라 함은 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하고(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결), 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하며(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결), 이는 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제3항이 정한 '조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'도 마찬가지라고 할 것이다.

(2) 판단

앞서 든 증거들에 을 제8호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 제4차 조사는 조세탈루 또는 조세범칙행위를 인정할 만한 명백하고도 새로운 증거에 의하여 개시된 것으로, 예외적으로 중복세무조사가 허용되는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다.

① 제3, 4차 조사는 앞서 본 바와 같이 ZZ지방국세청장의 CCC와 AA주철공업에 대한 제2차 조사에서 비롯되었다. 원고와 AA주철공업의 대표이사였던 YYY는 제2차 조사 과정에서 2015. 9.경 '이 사건 쟁점금액 부분은 원고가 CCC로부터 세금계산서를 과다하게 수취한 것으로 수정세금계산서를 수취하였어야 하나 그렇게 하지 않고 AA주철공업이 CCC에 세금계산서를 발급하도록 하였다'는 취지의 확인서를 작성하였다. ZZ지방국세청장은 2015. 11. 27. CCC와 AA주철공업에 대하여 AA주철공업이 CCC에 발급한 AA주철공업 세금계산서를 허위세금계산서로 보아 AA주철공업에 대한 부가가치세 및 법인세를 차감하는 내용으로 세액을 경정하였고, 이에 대하여 CCC와 AA주철공업은 이의를 제기하지 아니하였다.

② CCC가 2011. 12. 29. 원고에게 세금계산서를 과다하게 발행하였다는 사실은 제2차 조사를 통하여 비로소 밝혀진 것이고, 이는 원고와 AA주철공업의 대표자인 YYY가 제2차 조사기간에 작성한 위 확인서에 의하여 뒷받침된다. 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명・날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수 없는바(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두8068 판결), YYY의 확인서를 포함한 제2차 조사 내용이 피고에게 통보되었다는 사정은 원고의 조세탈루 또는 조세범칙행위에 대한 개연성이 객관적이고 합리적인 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우에 해당한다.

③ 비록 AA주철공업 세금계산서가 허위라는 혐의, CCC가 원고에게 2012. 12. 27. 발급한 세금계산서(을 제7호증)가 허위라는 혐의에 관하여 2016. 10. 27.불기소처분이 이루어지기는 하였으나, AA주철공업이 연대보증한 이행보증보험계약의 계약자는 원고이므로(피보험자는 발주처), 연대보증용역을 제공받은 상대방은 CCC가 아닌 원고인 점, 불기소이유와 같이 연대보증용역의 제공 대가를 CCC가 AA주철공업에 지급하기로 한 것으로 보더라도 그 정당한 대가는 원고가 SS보증보험에 지급한 보험료인 48,557,460원보다 높을 수 없는 점, 실제로 위 15억 원의 대부분은 원고가 CCC를 통해 AA주철공업을 부당지원한 금액인 점, 위 불기소처분은 제4차 조사가 종료된 이후에 이루어진 것인 점 등의 사정에 비추어 보면, 제4차 조사 개시 당시에 원고의 조세탈루 또는 조세범칙행위에 대한 개연성이 없었다고 보기는 어렵다.

④ 제1차 조사 후 2014. 1. 2. 위 165,581,033원(가산세 포함) 상당의 법인세가 부과된 것은 이 사건 쟁점금액과 무관한 원고의 특수관계법인 대여금에 대하여 271,586,801원 상당의 인정이자 익금 산입, 238,685,172원 상당의 지급이자 손금 불산입 등의 소득금액 조정을 거쳐 이루어진 것인데(을 제8호증), 2018. 3. 26.자 조세심판원 결정은 위 익금 산입 및 손금 불산입이 이 사건 쟁점금액과 관련하여 이루어진 것으로 오인하고 앞서 본 바와 같이 익금 불산입 및 손금 산입의 경정을 명한 것에 불과하다. 따라서 사실오인에 의한 위 조세심판원의 결정이 있었다고 하여 이 사건 처분이 이미 제1차 조사에서 확보한 자료에 근거한 것이라고 보기는 어렵다.

2) 세무조사의 범위 확대가 있었는지

가) 관련 법리

세무공무원은 세무조사 진행 중 구체적인 세금탈루 혐의가 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우에 세무조사를 확대할 수 있지만, 그 사유와 범위를 문서로 통지하여야 한다(국세기본법 제81조의9 제1항). 그런데 위 조항에 따라 범위의 확대를 제한받는 과세관청의 행위는 다른 세목에 관한 '세무조사'이고, 다른 세목에 관한 과세처분이 아니다. 즉, 위 조항은 세무조사의 확대를 세목별로 제한할 뿐이고 과세처분의 확대를 세목별로 제한하고 있지는 않다. 따라서 과세관청이 조사대상으로 통지한 세목에 관한 세무조사를 통하여 수집한 과세자료를 기초로 삼아 다른 세목에 관한 과세처분을 하더라도 그러한 사유만으로 과세처분이 위법하다고 단정할 수는 없다.

나) 판단

앞서 든 증거들에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 제4차 세무조사의 범위가 부가가치세 조사에서 법인세 조사까지 확대되었다고 보기 어려우므로, 세무조사 범위의 확대와 관련하여 위법이 있다는 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

① 제4차 조사는 CCC 세금계산서와 관련하여 실제로 용역의 공급이 이루어졌는지와 관련된 것일 뿐, 그 외에 별도로 법인세의 과세요건사실이 조사된 바는 없다. 피고가 제4차 조사 이후에 부가세 가산세 부과처분과 함께 법인세 부과처분을 하였다가 이를 직권취소하고 다시 법인세 부과처분을 한 것은 법인세 과세자료 통보절차 없이 바로 법인세를 부과한 잘못을 바로잡기 위한 것에 불과하다.

② 피고가 제4차 세무조사 종결 후 부가가치세 가산세 외에 법인세의 과세표준액도 경정한 것은 당사자 사이의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 세금계산서의 기능(대법원 2016. 9. 23. 선고 2014두9912 판결 참조)에 기인한 것일 뿐 세무조사 당시에 법인세 고유의 과세요건사실을 조사하였기 때문이 아니다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 2011 사업연도 귀속 법인세가 2014. 1. 2. 165,581,033원 부과된 후 525,325,136원 상당의 2016. 10. 4.자 증액 및 2017. 2. 9.자 감액을 거쳐 다시 2017. 2. 15. 538,591,136원 상당 증액되었다가 2018. 4. 11. 187,584,428원 상당 감액되었는바, 아래에서 보는 바에 의하면 원고는 이 소송에서 2017. 2. 15.자 516,587,741원(165,581,033원 + 538,591,136원 - 187,584,428원)의 부과처분 중 최초 부과된 165,581,033원을 초과하는 351,006,708원(516,587,741원 - 165,581,033원)의 일부인 335,942,090원 상당을 다투는 것으로 보인다.