갑제1호증, 갑제8호증의 1, 2, 갑제9호증의 1 내지 3, 갑제10, 11호증, 을제1호증의 1, 2, 을제5호증, 을제6호증의 1 내지 5, 을제7호증의 1 내지 4, 을제8호증의 1 내지 3의 각 기재와 증인 김ㅇ래의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, ① 원고가 1989. 12. 18. 사옥 신축을 위하여 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 2 대 608.4㎡(이하 이 사건 토지라고 한다)와 그 지상의 근린생활시설 건물 166.32㎡를 취득한 후 인접한 원고 소유의 같은 동 ㅇㅇ번지 및 ㅇㅇ번지의 1 대지상의 자동차전시장에서 판매하는 부품보관 등을 위하여 위 지상건물(이하 이 사건 건물이라고 한다)을 일시 사용하면서 보유하여 온 사실, ② 그런데 이 사건 토지에 대한 이 사건 건물 가액의 비율이 위 같은 동 ㅇㅇ번지 및 ㅇㅇ번지의 1 대지와 그 지상의 자동차전시장 건물의 가액비율과 마찬가지로 1990. 12. 31. 현재 100분의 10에 미달하여 이 사건 토지가 위 2필지의 다른 대지와 함께 같은 해 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지의 예정결정기간 동안 토지초과이득세법 제9조 제3항 제2호 나.목 소정의 유휴토지에 해당하는 것으로 본 피고가 이 사건 토지에 대하여 별지목록 ⑵항 기재와 같이 금113,341,878원의 세액을 산출한 다음, 위 2필지의 다른 대지에 대한 금671,762,073원(위 ㅇㅇ번지 대지에 대한 금91,620,612원 + 위 ㅇㅇ번지의 1 대지에 대한 금580,141,461원)의 산출세액과 합산하여 1991. 11. 1.자로 원고에게 도합 금785,103,950원의 토지초과이득세를 부과하였다가, 1996. 12. 16. 1차로 위 ㅇㅇ번지 대지를 부과대상에서 제외하여 위 당초부과세액을 금723,483,338원(금785,103,950원 - 금91,620,612원)을 감액경정한 후, 1997. 8. 19.에 이르러 위 ㅇㅇ번지의 1 대지도 부과대상에서 제외함과 아울러 이 사건 토지에 대하여도 헌법재판소의 1994. 7. 29.자 헌법불합치결정에 따라 같은 해 12. 22. 법률 제4803호로 개정된 토지초과이득세법 제11조의2 소정의 기본공제와 제12조 소정의 세율을 적용하여 위 1차 감액경정세액을 별지목록 ⑶항 기재와 같이 다시 금110,341,878원으로 감액경정한 사실을 인정할 수 있다. (이하 위 1991. 11. 1.자 토지초과이득세 부과처분 중 최종 감액경정 후의 세액에 대한 부분을 이 사건 처분이라고 한다)

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 토지초과이득세법 시행령 제23조 제14호의 적용 여부

(1) 원고는 먼저, 이 사건 건물의 이 사건 토지에 대한 가액비율이 그 취득 당시에는 100분의 10을 초과하였으나 그 후 과세시가표준액의 변동으로 이 사건 처분의 예정결정기간 종료일 현재 위 비율에 미달하게 되었음을 전제로, 1992. 12. 31. 대통령령 제13805호로 개정된 토지초과이득세법시행령 제23조 제14호 및 그 부칙 제4조의 규정상 1992. 12. 31.을 과세기간 종료일로 하는 토지초과이득세의 정기과세기간 동안 이 사건 토지는 토지초과이득세법 제9조 제3항 제2호 나.목 소정의 유휴토지에 해당하지 아니하여 정기과세의 대상에 해당되지 않게 되었으므로, 위 정기과세기간의 일부를 예정결정기간으로 한 이 사건 처분은 결국 정기과세를 할 수 없게 된 예정과세인 점에서 위법할 뿐만 아니라, 그 자체로도 위 법 조항 소정의 유휴토지에 해당하지 아니하는 토지에 대한 토지초과이득세의 과세처분이어서 위법하다고 주장한다.

(2) 살피건대, 토지초과이득세법 시행령(이하 시행령이라고만 한다)은 1992. 12. 31. 대통령령 제13805호 개정으로, ① 제23조 제14호를 신설하여, 건축물의 그 부속토지에 대한 가액비율이 그 취득 당시에는 시행령 제26조 제3항 소정 비율인 100분의 10 이상이었으나 그 취득 후에 가액비율의 기초가 되는 시행령 제24조 제1호 단서 및 제2호 소정의 지방세법에 의한 과세시가표준액이 변경됨에 따라 과세기간 종료일에는 그 비율에 미달하게 된 때에는 그 미달하게 된 날부터 3년간은 그 부속토지를 토지초과이득세법 제9조 제3항 제2호 나.목 소정의 유휴토지로 보지 아니하는 것으로 규정하는 한편, ② 그 부칙 제4항에서, 위 제23조 제14호를 적용함에 있어서 1989. 12. 30. 법률 제4177호로 제정된 토지초과이득세법이 1990. 1. 1.(위 법 부칙 제1조)자로 시행되기 이전에 취득한 토지로서 위 제23조 제14호에 해당하는 토지의 경우에는 1989. 12. 31.을 위 제23조 제14호의 규정에 의한 비율에 미달하게 된 날로 본다라고 규정함과 아울러, 그 부칙 제1・2항에서, 위 개정 시행령의 시행일을 그 공포일인 1992. 12. 31.로 정함과 아울러 위 개정 시행령의 규정은 그 시행 후 최초로 종료하는 과세기간에 발생하는 토지초과이득분부터 적용하는 것으로 규정함으로써, 위에서 본 바와 같이 위 토지초과이득세법의 시행일 이전인 1989. 12. 18.에 취득한 토지로서 토지초과이득세법 제6조 소정의 정기과세기간이 1992. 12. 31.자로 종료되는 이 사건 토지에 대하여는 위 날자를 과세기간 종료일로 하는 정기과세에 관한 한 위 개정 시행령의 제23조 제14호와 그 부칙 제4항의 적용대상이었다고 볼 수가 있다.

그러나 그 한편, 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제21조 제2항 제3호, 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항, 제24조 제1항의 규정상 예정결정기간에 대한 과세는 비록 정기과세기간의 일부 기간을 그 과세기간으로 하고 있다 하더라도 3년의 정기과세기간에 대한 과세와는 엄연히 독립적인 부과처분이므로(대법원 1994. 5. 10. 선고 93누11012 판결, 1996. 12. 23. 선고 96누13910 판결) 원고의 위 주장과 같이 이 사건 토지에 대한 토지초과이득세의 정기과세가 위 개정 시행령 규정에 의하여 불가능하게 된다 하더라도 그로써 바로 예정결정기간에 대한 과세처분인 이 사건 처분이 위법하게 되는 것은 아니라 할 것이고, 또 예정과세에 있어 당해 토지가 유휴토지에 해당하는지 여부는 예정결정기간이 종료되는 때를 기준으로 판단하여야 할 것이어서(위 93누11012 판결), 위 개정 시행령 규정이 시행되기 이전인 1990. 12. 31.을 과세기간종료일로 하는 이 사건 처분에 있어서는 토지초과이득세의 과세대상이 되는 유휴토지인지 여부를 판단함에 있어 위 개정 시행령 규정을 적용할 수도 없다 할 것이다.

그런데, 헌법재판소는 1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되기 전의 토지초과이득세법에 대하여 1994. 7. 29.자 92헌바 49・52 결정으로 헌법불합치결정을 하였고, 이에 따라 위 1994. 12. 22.자 개정으로 토지초과이득세법 제9조 제6항과 제8조 제4항이 개정됨으로써 위 시행령 제23조 제14호도 1994. 12. 31. 대통령령 제14470호로 개정되었는데, 위 개정 후 시행령 규정도 건축물의 취득 당시 그 부속토지에 대한 가액비율이 100분의 10을 초과하였으나 그 후 과세시가표준액의 변경으로 과세기간 종료일에는 그 비율에 미달하게 된 경우에는 그 미달하게 된 날로부터 3년간 그 부속토지를 유휴토지로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있어 그 개정 전 규정과 전체적인 취지를 같이 하고 있으나, 위 헌법재판소의 헌법불합지결정에 따른 모법의 개정으로 위 시행령 규정이 개정된 이상 납세의무자에게 불리하지 아니한 위 개정 후의 시행령 제23조 제14호가 이 사건 처분에도 당연히 적용된다 할 것이므로(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누17263, 17270 판결, 1996. 6. 28. 선고 93누13810 판결), 원고가 1989. 12. 18. 이 사건 토지를 취득할 당시 이 사건 건물의 가액이 그 과세시가표준액을 기준으로 하여 이 사건 토지 가액의 100분의 10을 초과한 경우에는 위 개정 후 시행령 제23조 제14호에 의하여 이 사건 토지가 토지초과이득세의 과세대상이 되는 토지초과이득세법 제9조 제3항 제2호 나.목 소정의 유휴토지에 해당하지 아니할 여지가 있다 할 것이나, 을제8호증의 1 내지, 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 이 사건 토지 및 그 지상의 이 사건 건물을 1989. 12. 18.자로 취득할 당시 이 사건 토지의 과세시가표준액이 금202,597,160원이었으나, 이 사건 건물의 과세시가표준액은 금18,794,160원이어서 그 가액비율이 9.27%(금18,794,160원 ÷ 금202,597,160원)에 불과하였던 사실을 인정할 수 있고, 증인 김ㅇ래의 증언만으로는 이를 뒤집기에 부족하며, 달리 반증이 없으므로, 이 사건 토지는 그 지상 건물인 이 사건 건물의 취득 당시 가액비율이 위 개정 후 시행령 제23조 제14호 상의 100분의 10에 미달함으로써 그 적용대상이 되지 아니한다 할 것이어서, 원고의 위 주장은 결국 어느모로 보나 그 이유가 없다 할 것이다.

나. 토지초과이득세법 제9조 제3항 제2호 나.목 규정이 위헌의 규정으로서 무효인지 여부

(1) 원고는 또, 토지초과이득세법 제9조 제3항 제2호 나.목은 법인이 소유하는 토지가 그 고유업무에 직접 사용되고 있는지 여부를 불문하고 조세당국인 정부가 일방적으로 조정하는 과세시가표준액에 의한 가액비율만으로 그 토지를 토지초과이득세의 과세대상이 되는 유휴토지로 보도록 규정하고 있으나, 이는 조세법률주의의 한 내용인 실질과세원칙과 평등의 원칙에 반하는 위헌의 규정이므로 이에 기한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 그러나, 토지초과이득세법의 위 규정은, 법인 소유 토지로서 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 토지초과이득세의 과세대상이 되는 유휴토지로 규정한 같은 조 제1항의 규정을 전제로 하여, 건축물의 부속토지라고 하더라도 그 건축물의 가치가 부속토지의 가치에 비하여 너무 적은 경우에는 부속토지를 효율적으로 이용하는 것이라고 볼 수 없다고 보아 부속토지 전부를 위 제1항의 규정에 의한 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지로 간주하는 규정으로서, 그 규정 자체에서도 토지의 가치에 현저하게 미달하는 건축물의 부속토지로 이용하는 경우에는 그 사용현항이 명목상의 것에 지나지 아니하여 실질적으로는 그 소유법인의 고유업무에 사용하는 것이라고 볼 수 없다는 점을 그 근거로 하고 있어 실질과세의 원칙에 위배된 것이라고 볼 수가 없고, 또 가액비율 산정의 기초가 되는 과세시가표준액이 과세당국에 의하여 정하여진다 하더라도 그 가액비율의 산정이 같은 시점의 과세시가표준액을 기초로 하는 이상, 그 등락에 의하여 위 법조 소정의 유휴토지에 해당하는 지 여부가 결정된다 하여 이로써 실질과세나 평등의 원칙에 반한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 취득당시 소정 가액비율을 초과하였던 경우에는 일정기간 유휴토지에 해당하지 아니하는 것으로 보도록 규정하고 있는 위 시행령 제23조 제14호의 규정까지 고려하면 과세시가표준액의 비교에 의한 유휴토지 판정에 실질과세나 평등의 원칙에 위배된 점이 있다고 볼 수도 없으므로, 이에 반하는 원고의 위 주장도 그 이유가 없다.

다. 이 사건 토지를 그 취득목적에 따라 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있어 토지초과이득세의 부과대상이 되지 아니하는지 여부

(1) 원고는 또한, 원고가 이 사건 토지를 취득한 것은 사옥신축을 위하여 그 부지로 사용하기 위한 것이었는데, 그 취득 후 이 사건 토지 및 그와 함께 사옥부지로 취득한 인접 토지 상의 건물 임차인들이 그 건물 명도를 거부하는 바람에 소송을 통하여 1990. 12. 27.에야 비로소 명도집행을 완료하여 건축에 착수할 수가 있었으므로, 이 사건 토지는 원고가 이를 이 사건 처분에 있어서의 예정결정기간 종료일까지 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있어 토지초과이득세의 부과대상이 되지 아니함에도 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 그러나, 갑제4 내지 7호증의 각 기재만으로는 원고의 위 주장과 같이 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 건물임차인들의 건물명도거부로 인하여 이 사건 처분의 예정기간종료일 까지 당초 취득 목적인 사옥신축에 착수할 수 없었다고 인정하기에 부족하고 달리 이 점을 인정할 만한 증거가 없을 뿐만 아니라, 제3자의 불법점유로 인하여 사용할 수 없었다는 사정은 유휴토지에서 제외되는 사유에 해당하지가 아니하므로(대법원 1995. 11. 14. 선고 93누11241 판결), 이에 반하는 원고의 위 주장도 이유가 없다.

라. 시행령 제23조 제2호 및 제3호의 적용 여부

(1) 원고는 또, ① 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 그 지상의 이 사건 건물을 철거하고자 하였으나, 그 임차인들의 명도거부로 소송을 통하여 1990. 12. 27.에야 비로소 명도집행을 완료한 후 같은 달 29일 건축허가신청을 하여 건축허가를 받았으나 그 후 ㅇㅇ시장의 건축착공금지조치로 이 사건 건물의 철거에 이르지 못한 것이므로, 이 사건 토지에 대하여는 시행령 제23조 제2호를 준용하여 위 건축허가시에 이 사건 건물이 철거된 것으로 보아 그로부터 1년간은 이 사건 토지가 유휴토지에 해당하지 아니한 것으로 보아야 하고, ② 또 이 사건 토지와 같이 지상건물이 있는 토지를 취득한 경우에도 건물신축을 목적으로 하고 기존 지상건물은 철거할 계획이었던 경우에는 시행령 제23조 제3호의 규정을 적용 내지 준용하여 그 취득시로부터 1년간은 그 토지를 유휴토지에서 제외하여야 하고, 따라서 원고가 사옥 신축을 목적으로 그 지상의 이 사건 건물을 철거할 계획아래 취득한 이 사건 토지도 그 취득일로부터 1년간은 유휴토지에서 제외되어야 함에도, 이 사건 처분은 위 각 시행령 규정의 적용 내지 준용을 배제한 것이어서 위법하다고 주장한다.

(2) 그러나, ① 위 헌법재판소의 헌법불합치결정에 의하여 이 사건 처분에도 적용되는 위 1994. 12. 31.자 개정 후의 시행령 제23조 제2호는 토지의 취득 후 그 지상건축물을 자진철거하는 경우에는 1년간 그 토지를 유휴토지로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있으나, 갑제4 내지 6호증의 각 기재에 의하면, 원고가 이 사건 토지 상의 사옥신축을 위한 건축허가를 받은 날이 이 사건 처분에 있어서의 예정결정기간 종료일이 이미 경과한 1991. 3. 7.인 사실을 인정할 수 있어, 위 건축허가일로부터 1년간은 이 사건 토지를 토지초과이득세의 과세대상이 되는 유휴토지로 볼 수 없다는 원고의 위 주장에 의하더라도 이 사건 처분에 있어서의 예정결정기간 동안은 이 사건 토지를 유휴토지로 볼 수밖에 없을 뿐만 아니라, 위 시행령 제23조 제2호의 규정은 토지의 취득후 그 지상건축물의 철거 등으로 비로소 유휴토지에 해당하게 될 경우에 그 철거일로부터 1년간의 유휴토지로 보지 아니하는 유예기간을 둔다는 규정으로서 이 사건 토지와 같이 그 지상에 이 사건 건물이 있는 채로 유휴토지에 해당하게 된 경우에는 그 적용의 여지가 없다고 할 것이고, 또 ② 과세 또는 비과세요건을 규정하고 있는 조세법규에 있어서는 그 해석을 문리에 따라 엄격히 하여야 할 것인데, 이 사건 처분에 적용되는 위 1994. 12. 31.자 개정전의 시행령 제23조 제3호(개정후의 조항은 착공 요건을 부가하여 납세의무자에게 불리하므로, 그 개정전에 이루어진 이 사건 처분에는 개정전의 규정이 적용됨)는 건축물을 신축할 목적으로 토지를 취득할 경우에는 그 취득일로부터 1년간 그 토지를 유휴토지로 보지 아니하는 것으로 규정하면서도 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지에 한하여 그 적용이 있음을 명백히 하고 있어 이 사건 토지와 같이 취득 당시 그 지상에 건축물이 있는 토지는 비록 그 취득목적이 건물을 신축하기 위한 것이라고 하더라도 위 규정의 적용대상이 되지 아니함이 분명하고, 달리 지상건축물이 있는 토지라 하더라도 그 취득목적이 건축물의 신축에 있기만 하면 위 시행령 규정이 준용된다고 볼 근거가 없으므로, 이에 반하는 원고의 위 주장 또한 그 이유가 없다 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유없어 이를 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례