2. 소송비용은 원고가 부담한다.

"가. 원고는 2007. 4. 13. 금속구조물 창호공사업을 주업으로 하여 설립되어 주로 강 원 양구군의 관공서 등에 건설용역을 제공하는 법인으로， 2009년 제2기 과세기간에 수원시 권선구 0000에 있는 'BBB건축'이라는 상호를 사용하는 개인사업자(이하 편의상BBB건축'이라 한다)로부터 아래와 같이 BBB건축 명의로 된 공급가액 합계 000원의 매입세금계산서 5장(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)을 교부받은 후 이를 기초로 매입세액 공제를 하여 2009년 2기분 부가가치세 신고를 하고， 위 000원을 손금산입하여 2009년 귀속 법인세를 신고하였다.",나. 피고는 수원세무서장으로부터 BBB건축이 자료상이라는 통보를 받고 조사결과 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 수취된 가공세금계산서로 보아 2011. 11. 1. 원고에 대하여， 위 000원을 매입세액에서 불공제하여 2009년 2기분 부가가치세 000원(가산세 포함)을 부과 ・ 고지하였고， 위 000원을 손금불산입하고 별도의 매출누락분을 익금산입하여 2009년 귀속 법인세 000원을 부과 ・ 고지하였다. 또한 피고는 위 000원을 포함한 000원을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였으나，원고가 신고 ・ 납부를 하지 아니하여 2012. 1. 2. 2009년 1월분 근로소득세 000원(가산세 포함)의 원천정수를 고지하 는 처분을 하였다.

다. 원고는 위 각 처분에 불복하여 2012. 1. 25. 조세심판청구를 제기하였는데，조세 심판원에서 "원고 법인의 예금계좌 및 대표이사 윤EE의 예금계좌에서 2009년 8월부 터 2010년 2월까지 'FF판넬'이라는 상호로 사업을 영위하는 검GG(이하 편의상 'FF판넬'이라 한다)의 계좌로 이체된 000원과 원고가 2009년 제2기 FF판넬로 부터 수취한 세금계산서 상의 공급대가 000원과의 차액 000원에 대하여 실제 거래여부를 조사하여， 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고 원고의 나머지 심판청구를 기각한다'는 결정을 하였다.

"라. 피고는 조세심판원의 결정에 따라 재조사한 결과 원고와 FF판넬과의 2009년도 거래금액은 0000원이고， 위 거래금액에서 FF판넬에서 발행해 준 기존의 세금계산서 000원을 제외한 0000원에 대하여 신고가 누락되었다고 보아 2012. 6. 12. 원고에 대하여 0000원을 손금산입하여 2009년도 법인세를 0000원으로 감경하고， 위 0000원과 원고가 BBB건축에 부가가치세로 지급한 000원을 대표자 상여에서 제외하여 원고에 대한 2009년 1월분 근로소득세 원천징수분을 0000원으로 감경하였다(이하 위 부가가치세 부과처분 및 각 감경된 법인세 부과처분， 근로소득세 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라고 하고， 위 부가가치세 부과처분을 '이 사건 부가가치세 부과처분'， 감경된 법인세 부과처분을 '이 사건 법인세 부과 처분'，감경된 근로소득세 부과처분을 '이 사건 근로소득세 부과처분'이라 한다).",[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 6호증， 을 제1호증(가지번호 포함)， 을 제4， 5 호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 FF판넬로부터 건축자재를 실제로 매입하였고 FF판넬이 BBB건축으로 부터 매입세금계산서를 받으면 된다고 하여 받은 것이지 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 수취된 가공세금계산서가 아니다. 따라서 이 사건 세금계산서상 000원을 매입세액에서 공제하지 아니하고 손금불산입한 것과 손금불산입한 매입세액을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 이루어진 이 사건 처분은 이 사건 세금계산서가 허위라는 전제에서 이루어진 것으로서 위법하다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2009년도에 FF판넬로부터 건축자재 등 000원의 재화를 매입하였고，FF판넬은 이에 대하여 000원에 대한 매입세금계산서를 원고에게 발행해 주었다.

2) 원고는 2009년 2기 과세기간에 FF판넬에 매입세금계산서를 발행해 줄 것을 부탁하였으나 FF판펠은 매입세금계산서를 발행할 수 없어 그 거래처인 OOOOO(상호로서 개인사업자가 운영하는 업체로 보인다)에게 매입세금계산서를 구해줄 것을 부탁하였다. 원고는 OOO으로부터 자료상인 BBB건축이 발행한 이 사건 세금계산서를 등기우편으로 수령하고， 000원에 대한 부가가치세 10，000，000원을 FF판넬을 통해 OOOO에 송금하였다.

3) 원고의 대표이사 윤EE는 2011. 9. 30. 춘천세무서 조사과에서 실시한 조사의 문답서에서 선우건축은 전혀 모르는 업체이고 원고가 2009년도에 FF판넬로부터 매입한 조립식 판넬의 금액은 00만원에서 00만원 정도가 된다고 진술하였다.

4) 이 사건 세금계산서를 교부한 BBB건축은 수원시 권션구 0000에 있는 건물에서 임대차계약만 체결한 후 실질적으로는 사업을 영위하지 않는 자료상이라는 이유로 조세범처벌법 위반으로 수원세무서장으로부터 경찰에 고발되었다.

[인정근거] 앞서 든 각 증거， 을 제2호증， 을 제3호증의 1， 2， 을 제9호증， 을 제10호증 의 1， 2， 3의 각 기재， 증인 김양성의 증언 및 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 부가가치세 부분

실제 공급자와 세금계산서 상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며， 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 할 것이다(대법원 2002. 6. 28. 션고 2002두2277 판결 등 참조). 위 인정사실에 의하면 원고는 2009년 2분기 과세기간에 BBB건축과 000원에 해당하는 거래를 한 적이 없으므로， 이 사건 세금계산서는 사실과 다르게 적힌 세금계산서라 할 것이고， 원고가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못하였다거나 알지 못한 데에 과실이 없다고 볼 만한 증거가 없다. 오히려 원고는 FF판넬에 세금계산서를 발행해 줄 것을 부탁하여 OOOO을 통해 상원하우정으로부터 BBB건축이 발행한 이 사건 세금계산서를 등기우편으로 송금받았으므로 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점을 알면서 이를 교부받았다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 세금계산서는 매입세액 공제 대상이 될 수 없으므로 그 매입세액을 불공제한 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다.

2) 법인세 부분

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고， 다만， 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여，예외적으로，그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조). 이 사건의 경우， 위 인정사실에 의하면 이 사건 세금계산서에 공급자로 기재되어 있는 BBB건축은 실물 재화의 공급 없이 허위 내용의 가공 세금계산서를 작성하여 판매하는 이른바 자료상이라고 봄이 상당하고， 원고의 펼요경비를 산정하는 기초 자료 들은 과세관청인 피고로서는 조사하기 어려운 반면 원고에게는 입증하기 용이한 것들 이므로 원고에게 그 업증의 필요가 있다고 보는 것이 타당한데， 갑 제7， 8호증의 각 기 재 및 증인 김GG의 증언만으로는 원고가 2009년도 기간 중 이미 손금산입된 금액 외에 FF판넬 또는 선우건축으로부터 실제로 이 사건 세금계산서의 공급가액에 상당 하는 자재를 매입하고 그 대금을 지급하였다고 인정하기에 부족하고， 달리 아를 인정 할 만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다.

3) 근로소득세 부분

구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제67조， 같은 법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 등에 의 하면，법인이 경비를 가공 계상하는 방법으로 과세대상소득을 탈루하는 등으로 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명하면 과세관청은 그 귀속자에 따라 상여 ・ 배 당 ・ 기타 사외유출 등으로 소득처분하도록 규정하고 있는바，법인이 가공의 비용을 장 부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며，이 경우 그 가공비용의 전액이 사외로 유출된 것이 아니 라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인 측에서 입증할 필요가 있다(대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두3726 판결 등 참조). 이 사건의 경우， 앞서 본 바와 같이 이 사건 세금계산서에 공급자로 기재되어 있는 BBB건축은 이른바 자료상이라고 봄이 상당하므로 그 가공비용 상당의 원고의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며， 이 경우 그 가공비용의 전액이 사외로 유출 된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 원고 측에서 입증할 필요가 있다고 보는 것이 타당한데， 갑 제7， 8호증의 각 기재 및 증인 김GG의 증언만으로는 이 사건 근로소득세 부과처분에서 원고의 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 금액이 가공의 비용이 아니어서 사외로 유출된 것이 아니라고 인정하기에 부족하고，달리 이를 인정 할 만한 증거가 없다. 따라서 피고가 원고의 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 금액 중 피고가 이미 상여에서 제외한 금액 외에는 모두 사외로 유출된 것이라고 봄이 상당하므로，이 사건 근로소득세 부과처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.