2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 인천 서구 AA동 178-265에서 'BB주유소'라는 상호로 주유소를 운영하는 자로서, 2007년 2기분 및 2008년 1기분 부가가치세, 2007년 귀속 종합소득세를 신고함에 있어 원고가 2007. 8. 21.부터 2008. 3. 31.까지 사이에 주식회사 CC에너지(이하 'CC에너지'라 한다)로부터 수취한 매입세금계산서 10매(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)의 공급가액 합계 368,218,182원 상당을 매입세액으로 공제함과 아울러 이를 필요경비로 계상하였다.

나. EE지방국세청장은 2008. 4. 24.부터 2008. 6. 30.까지 CC에너지에 대한 세무조사를 실시하여 위 법인이 실제로는 사업을 영위한 사실이 전혀 없이 허위의 세금계산서만을 발행한 자료상임을 확인하고, 2008. 7. 29. 이를 EE지방검찰청에 고발함과 동시에 피고와 마포세무서장 등에게 원고를 포함한 CC에너지의 거래처에 대한 과세 자료를 통보하였다.

다. 피고는 원고에 대한 현지확인을 실시한 후 이 사건 세금계산서는 공급자가 사실과 다르게 기재된 허위의 세금계산서라고 판단하고, 2009. 8. 1. 이 사건 세금계산서 기재 공급가액 상당을 필요경비로는 인정하되 매입세액은 불공제하여 원고에 대하여 청구취지 기재 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다.

라. 한편, 마포세무서장도 같은 날인 2009. 8. 1. 원고에 대하여 청구취지 기재와 같이 종합소득세를 경정ㆍ고지하였다.

마. 원고는 피고의 위 부가가치세 부과처분에 불복하여 2009. 8. 27. 국세청장에게 심사를 청구하였으나 같은 해 10. 27. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 종합소득세 부분에 대한 판단

원고는 피고를 상대로 종합소득세 부과처분의 취소를 구하고 있으나, 종합소득세의 부과권자는 마포세무서장이고 피고는 과세관청이 아니므로 피고적격이 없을 뿐만 아니 라, 조세처분의 취소를 구하는 행정소송은 일반의 행정소송에 적용되는 행정심판의 임의적 전치주의와는 달리 반드시 국세기본법이 정한 심사청구 또는 심판청구 등의 전심절차를 거쳐야 하고, 그러한 적법한 전심절차를 거치지 아니한 채 제기된 행정소송은 부적법하게 되는바, 앞서 본 바에 의하면, 원고가 부가가치세 부과처분에 대하여는 국세청장에 대한 심사청구를 적법하게 거친 사실은 인정되나, 종합소득세 부과처분에 대하여는 위와 같은 전심절차를 거쳤음을 인정할 증거가 없고, 부가가치세 부과처분과 종합소득세 부과처분은 각기 독립한 별개의 처분으로서 부가가치세 부과처분만을 대상으로 한 심사청구의 효력이 종합소득세 부과처분에까지 미칠 수 없을 뿐 아니라 특별히 중복하여 전심절차를 거칠 필요가 없는 경우에도 해당하지 않으므로(대법원 2007. 5. 10. 선고 2004두2837 판결 참조), 위 부분 소는 어느 모로 보나 부적법하다.

3. 부가가치세 부분에 대한 판단

가. 원고의 주장

원고는 CC에너지로부터 유류를 매입하면서 CC에너지가 발행한 유류출하전표를 수취하였고, 유류대금은 은행을 통하여 CC에너지에 송금하였는바, 이 사건 세금계산서를 가공거래 내지 위장거래에 기한 것이라고 할 수 없고, 가사 실제 거래상대방이 CC에너지가 아니라고 하더라도 원고는 CC에너지를 실제 공급자로 알고 거래한 선의의 거래당사자에 해당하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2007. 8.경부터 2008. 3.경까지 CC에너지 인천지점의 영업부장이라는 직책의 배DD을 통해 경유 등 460,000L 상당을 공급받았고, 그에 상응하는 유류대금은 모두 CC에너지 계화로 입금하였다.

(2) CC에너지는 2007년도 2기 및 2008년도 1기 과세기간 동안의 총매출액 35,092,000,000원과 총매입액 34,900,000,000원이 전부 가공거래인 자료상으로 확정되어 EE지방검찰청에 고발되었고, 위 기간 동안 원고와의 거래를 비롯한 모든 거래에 대한 세금계산서를 허위로 발행하였다는 등의 범죄사실로 기소되어 유죄의 확정판결을 받았다.

(3) CC에너지는 2007. 6. 19.경부터 영업을 개시하였는데 세무조사 결과 석유판매업등록부에 등록된 저유소인 (주)EE탱크터미널을 임차ㆍ사용한 사실이 없을 뿐만 아니라, 사업장으로 기재된 건물 역시 임차한 사실이 없다.

(4) CC에너지로부터 세금계산서 수취한 자들이 CC에너지 계화에 입금한 돈은 즉시 현금으로 출금되어 다른 여러 계좌로 입금되었다가 다시 출금되었고, 위 계좌의 명의인들은 위와 같은 자금의 입ㆍ출급 내역을 전혀 알지 못하는 경우도 있었다.

(5) CC에너지는 딜러인 배DD 등을 통하여 영업을 하고, 거래처로부터 대금을 입금받으면 CC에너지 명의의 출하전표, 세금계산서, 거래명세표를 한꺼번에 발행하여 우편이나 택배로 거래처에 보냈다.

(6) 원고는 세무조사 당시 CC에너지 발행의 출하전표 외에 정유회사 발행의 출하전표를 제출하였는바, 위 출하전표 중 PPPPP 주식회사 발행의 2007. 11. 15. 및 12. 21.자 각 출하전표를 보면 거래처가 동일석유 주식회사, 주식회사 FF상사로 각 기재되어 있는데, 조사 결과 위 회사들은 공급받은 유류를 주식회사 GG오일에 공급 하였고, 주식회사 GG오일은 다시 기양관광 주식회사, NNN주유소에 각 공급한 것으로 밝혀졌다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 15호증, 을 제4 내지 16호증의 각 기재, 이 법원의 PPPPP 주식회사, KKKK 주식회사, HH화학 주식회사, MMMMMM 주식회사, QQQQQ 주식회사에 대한 각 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

(가) 부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고, 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며, 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는, 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나, 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 하는바(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 등 참조), 실물거래에 있어 세금계산서 등의 필요한 자료를 구비해 주고 실물거래를 중개하는 역할을 한 것에 불과한 자가 공급자로 기재된 세금계산서는 사실과 다른 허위의 세금계산서라고 보아야 한다.

(나) 살피건대, 원고가 CC에너지에게 실제로 유류대금을 지급하고 유류를 수령한 점, 원고에 대한 세무조사 결과 매출거래는 정상거래로 확정된 점 등에 비추어 이 사건 세금계산서 기재 상당의 실물거래가 있었던 사실은 인정되나, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부의 판단 기준이 되는 세금계산서 발행자인 CC에너지가 위 유류의 실제 공급자인가에 대하여 보건대, 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① CC에너지에 대한 세무조사 결과 이 사건 세금계산서 해당 거래가 가공거래로 확정되었고, 이후 CC에너지의 실제 운영자 등이 매출 세금계산서를 허위로 발행하였다는 등의 범죄사실로 기소되어 그에 대한 유죄판결이 확정되었는데, 그 판결의 범죄사실에 이 사건 세금계산서 해당 거래 부분이 포함되어 있는 점, ② CC에너지는 유류저장시설을 사용한 적이 없는 점, ③ 원고가 CC에너지 계좌에 입금한 돈은 그 즉시 출금되어 다른 여러 계좌로 분산 이체된 후 다시 전액 현금 인출되었는바, 이는 자료상 행위를 은폐하기 위한 전형적인 자금세탁의 방식인 점, ④ 원고가 실물거래를 주장하며 제출한 일부 정유회사 발행 출하전표의 거래처를 조사한 결과, 위 출하전표 기재 유류는 최종적으로 일반 소비자에게 유류를 판매하는 다른 주유소에 이미 공급된 점 등에 비추어 보면, CC에너지는 정상적으로 실물거래를 하는 업체로서 통상의 영업을 하고 있었다고 보기 어렵고, 단지 무자료유류유통업자들과 원고의 거래를 연결하여 주면서 실제 재화ㆍ용역의 공급 경로와는 별도로 허위의 세금계산서 등을 발급하여 준 자에 불과하다고 봄이 상당하므로, CC에너지가 공급자로 기재된 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 허위의 세금계산서라 할 것이다.

(2) 원고가 선의ㆍ무과실인지 여부

(가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277판결 등 참조).

(나) 그런데, 원고가 제출한 증거들만으로는, 원고가 이 사건 세금계산서의 발행자인 CC에너지가 자료상 행위를 하고 있다는 점을 알지 못하였고 아울러 알지 못한 데에 과실이 없다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 앞서 인정한 사실 및 증인 배DD의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 당시 유류업계에는 자료상 거래가 널리 퍼져 있었으며, 원고 역사 그와 같은 자료상 거래의 실태와 위험성에 관하여 잘 알고 있었을 것인바, 원고로서는 유류거래를 개시하기 전에 무자료 유류의 매입으로 인한 손해를 방지하기 위해서라도 적극적으로 거래처의 진정성에 대한 확인조치를 취하였어야 할 것임에도, 갓 개업하여 그 신뢰성이 검증되지 않은 신생업체인 CC에너지와 거래를 하기에 앞서 사업자등록의 확인 외에 관련 업체의 사업장을 방문하거나, 담당자를 직접 만나는 등의 확인절차를 거치지 않았고, 이후에도 전화통화로만 거래를 한 점, ② 일반적으로는 저유소에서 유류공급자 명의의 4장의 출하전표가 발행되어 1장은 저유소가, 1장은 공급자가 각 보관하고, 남은 2장 중 1장은 인수자가 서명날인 후 운전기사에게 주고, 나머지 1장은 인수자가 보관하는 것이 출하전표의 정상적인 유통 경로임에도, 원고는 정유회사 발행의 출하전표 이외에 CC에너지 본사에서 월말에 결산을 하 면서 일괄적으로 발행하여 배DD을 통해 교부한 CC에너지 명의의 출하전표도 보관하고 있었던 점, ③ 원고가 유류를 공급받으면서 수취한 정유회사 발행의 출하전표에는 원고나 CC에너지가 아닌 다른 업체가 거래처로 기재되어 있었던 점 등에 비추어 보면, 원고는 CC에너지가 실제로 유류를 공급하는 자가 아니라는 사실을 알았거나 혹시 알지 못하였다고 하더라도 거기에 과실이 있는 것으로 봄이 상당하다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 종합소득세 부과처분 취소청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.