가. 청구법인은 2009.2.18. OOO를 본점 소재지로 하고, 모바일기기 및 전자기기의 악세서리 제조 및 도소매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2017.9.11. OOO 토지 및 건물(A동 연면적 6,979.07㎡)과 OOO 토지 및 건물(B동 연면적 2,523.97㎡, A동을 포함하여 이하 “‘이 사건 부동산”이라 한다)을 취득하고 대도시 전입에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO을 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 2017.12.28. 처분청에 경정청구를 하면서 청구법인이 이 사건 부동산에 본점 전입을 하지 않았으므로 대도시내 전입에 해당하지 않는다는 이유로 일반세율을 적용할 것과 이 사건 부동산의 A동 8층 및 B동 지하 1층 부분을 기업부설연구소로 사용할 계획임을 이유로 「지방세특례제한법」 제46조에 따른 취득세 감면을 주장하였다.

다. 처분청은 2018.1.23. 대도시내 전입이 아닌 것으로 보아 일반세율을 적용하여 취득세를 경정하였으나, 기업부설연구소 감면은 그 요건을 충족하지 않는다고 보아 이를 거부(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.4.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 이 사건 부동산에 대한 최초 취득세 신고 시 제출한 부동산 사용계획서는 그 작성 방법이 별도로 규정되어 있지 않아 임대 및 본점 용도로 기재하였는바, 사용계획서에 연구소를 별도로 기재하지 않았다는 사유로 감면 대상에서 배제한다는 것은 매우 불합리하다.

청구법인은 2017.9.11. 이 사건 부동산에 본점 이전을 목적으로 취득한 직후 임대 외의 직접 사용 부분에 대해 2017년 12월에 리모델링 공사를 시작하였고, 2018.1.19. 최종 레이아웃을 확정한 후 2018년 3월 공사를 끝내고 순차적으로 모든 사업부서가 이전을 완료하였으며, 이전이 완료된 후 2018.4.11. 기업부설연구소 변경신고를 하여 인증서를 수취하였는바,

① 처분청에 사업계획서를 제출하는 2017년 9월 시점에는 이 사건 부동산의 층별 전입부서 배치를 구체적으로 예정하지 않았던 점, ② 2018.1.19.에야 최종 레이아웃 및 층별 부서배치를 확정하였으므로 경정청구서 접수 시점인 2017.12.28.에는 구체적인 자료를 제출하기 어려웠던 점, ③ 기업부설연구소 변경신청은 연구소에 대한 전입을 완료하여야 신고 및 인증이 가능한 점, ④ 처분청에서도 연구소 감면의 경우 최초에는 예정면적으로 신고하였다가 추후 확정 면적이 변경되어 정산하는 사례가 빈번하다고 안내해준 점 등을 종합해보면, 청구법인이 이 사건 부동산을 취득할 당시와 경정청구 신청 시점, 그리고 심판청구시점까지의 연구소 면적이 변경될 수 밖에 없었던 합리적인 사유가 충분히 입증된다고 하겠다.

또한, 기업부설연구소 감면 조항은 연구개발업무를 장려하기 위해 타 감면조항보다 감면요건을 완화한 것으로 해석되어야 하는바, 「지방세특례제한법」제46조는 기업부설연구소의 설립을 더욱 적극적으로 장려하기 위해 기업부설연구소를 설립할 목적을 밝히기만 하면 일단 지방세의 납부를 면제하고 실제 기업부설연구소의 설립에 필요한 기간을 정한 다음 그 기한까지 연구소가 설치되지 않으면 비로소 지방세를 부과하는 방식으로, 취득 목적을 밝힌 후 취득한 경우 목적을 밝힌 시점에 미리 감면혜택을 부여하는 것이지 목적을 밝히지 않고 취득한 경우에 감면을 배제하겠다는 의미가 아니며, 취득 후 타 용도로 사용하지 않고 연구소를 설치한 경우라면 당연히 감면대상에 해당되어야 한다.

한편, 조세심판원 등에서도 감면신청은 협력의무에 불과하고, 다른 용도로 부동산을 취득한 이후 사정변경 등으로 인하여 기업부설연구소 용도로 사용하였다 하여도 취득한 후 타 용도로 사용하지 않고 기업부설연구소를 설치하여 사용한 경우 해당 부동산은 취득세 면제대상(조심 2016지72, 2016.11.11. 및 2009지741, 2009.11.5., 행정자치부 지방세운영과-2335, 2010.6.3.)이라고 판단하였으므로 처분청이 이 사건 부동산의 취득 당시 제출한 사용계획서에 기업부설연구소 사용 용도가 기재되지 않았다는 이유 등으로 감면대상에서 배제하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

「지방세특례제한법」에서 정하고 있는 취득세의 감면 여부는 취득세 납부의무의 성립시기를 기준으로, 각각의 감면 조항에서 규정한 요건의 충족 여부에 따라 개별적으로 판단되어야 할 것이다(대법원 2016.11.10. 선고 2016두46212 판결, 같은 뜻임).

청구법인은 2017.9.11. 이 사건 부동산을 취득하고, 이 사건 부동산을 임대 및 업무시설로 사용할 것으로 한 부동산 사용계획서를 제출하여 취득세 등을 신고납부한 점, 청구법인이 경정청구 당시에는 이 사건 부동산의 A동 8층 및 B동 지하1층 부분에 대해서만 기업부설연구소로 사용할 계획으로 하여 경정청구 하였으나, 처분청이 이를 거부결정하자 이 건 심판청구를 하면서는 A동 11층을 추가하여 A동 1,040.89㎡, B동 264.33㎡에 대하여 감면을 주장하고 있어 연구시설의 면적에 대한 일관성이 없는 점, 청구법인이 2018.4.12. OOO에게 제출한 기업부설연구소 신고서와 2018.4.16. OOO으로부터 받은 기업부설연구소 인정서에 의하면 기업부설연구소 면적을 A동 지하 1층, 8층, 11층으로 하여 총 623.49㎡만 기업부설연구소로 인정받아 청구법인이 주장하는 면적과 크게 차이가 나는 점 등을 고려하여 보면, 청구법인이 취득 당시부터 이 사건 부동산의 일부를 기업부설연구소로 사용하기 위하여 취득하였다고 보기 어렵다 할 것이다.

따라서 청구법인이 취득 당시 제출한 사용계획서와 같이 이 사건 부동산을 임대 및 업무용으로 사용하기 위하여 취득한 것으로 판단되고, 이에 부합하게 취득세 등을 신고․납부함으로써 취득세 납세의무가 적법하게 확정되었다할 것이고, 이미 조세채권이 적법하게 확정된 이상, 이후 법인의 사정 변경으로 인하여 해당 부동산을 감면 목적에 맞게 사용한다 하더라도 이미 확정된 납세의무에는 영향을 미칠 수 없다 할 것이므로 이 사건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 내에 본점을 이전하여 기업부설연구소로 인정을 받았으므로 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.

② 제1항에도 불구하고 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」 제6조제1항제1호에 따른 과밀억제권역 외에 설치하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항에도 불구하고 「중소기업기본법」 제2조 제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 60을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

제183조(감면신청 등) ① 지방세의 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방세 감면 신청을 하여야 한다. 다만, 지방자치단체의 장이 감면대상을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소는 제외한다.

(3) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률

제14조의2(업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 2009.2.18. 본점을 OOO으로, 목적사업을 소형모바일기기 및 전자기기 액세서리 제조업 등으로 하여 설립되었고, 본점을 2010.11.8. OOO로 이전하였다가 2018.3.3. 이 사건 부동산으로 이전하였다.

(나) 청구법인은 2017.4.12. 아래와 같이 중소기업확인서를 발급받았다.

(다) 청구법인은 2017.9.11. 이 사건 부동산을 취득하고 취득세 등을 신고하면서 임대 및 업무시설로 사용할 계획으로 되어 있는 부동산 사용계획서를 제출하였다.

(라) 청구법인은 2018.3.3. 이 사건 부동산으로 본점을 이전하고, 2018.4.2. 대도시내 전입에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 공제한 취득세 등 합계 OOO을 신고․납부하였다.

(마) 청구법인은 2011.4.1. 최초로 기업부설연구소로 인정을 받았고, 이 사건 부동산에 본점을 이전한 후인 2018.4.12. OOO에게 기업부설연구소 신고서(소재지 변경)를 제출하여 2018.4.16. 아래와 같이 기업부설연구소 인정서를 발급받았다.

(바) 청구법인은 2018.5.24. 위 기업부설연구소에 대한 연구공간 면적을 720.31㎡(A동 지하 1층 146.52㎡, 8층 395.10㎡, 11층 178.69㎡)로 하는 변경신고를 하여 2018.5.25. 연구소 인정서를 발급받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세특례제한법」제46조 제1항의 기업부설연구소용 부동산에 대한 감면은 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 부동산 취득 당시 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니고, 비록 그 감면신청에 관한 규정인 같은 법 제183조 제1항이 납세의무자로 하여금 과세표준 및 세액의 결정에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 규정하고 있기는 하나, 이는 협력의무를 부가한 것에 불과하여 설령 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 감면요건에 해당되는 경우에는 취득세를 감면하는 것이 타당하다 할 것이며(조심 2009지741, 2009.11.5., 같은 뜻임), 특히, 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득 당시 일단 취득세를 면제받고, 부동산을 취득한 후 1년 이내에 기업부설연구소 인정을 받는 경우 비로소 기업부설연구소의 면적이 특정되어 구체적인 취득세의 면제 범위가 확정되는 것이므로, 이에 따라 과세관청은 취득세를 추가로 부과하거나 환급하면 충분하다(대법원 2015.6.23. 선고 2015두39477 판결, 같은 뜻임) 할 것이다.

이 건의 경우, 청구법인은 이 사건 부동산의 취득 전인 2011.4.11. 이미 기업부설연구소로 인정받은 상태에서 본점 이전을 목적으로 2017.9.11. 이 사건 부동산을 취득하였고, 당시 처분청에 제출한 부동산 사용계획서에는 본점 이전에 따른 업무시설 등에 사용할 계획으로 기재되어 있는 점, 청구법인은 이 사건 부동산의 취득일부터 1년 이내인 2018.4.16. 기업부설연구소(소재지 변경)로 인정을 받은 후 2018.5.24. 그 연구공간 면적을 720.31㎡(A동 지하 1층 146.52㎡, 8층 395.10㎡, 11층 178.69㎡)로 변경신고를 하여 2018.5.25. 연구소 인정을 받은 점 등에 비추어 청구법인이 이 사건 부동산의 취득 당시 일부를 기업부설연구소로 사용하기 위하여 취득하였다고 보기 어려워 감면대상으로 볼 수 없다는 처분청의 의견은 받아들이기 어렵다고 하겠다.

따라서 처분청의 2018.1.23.자 경정청구 거부처분은 잘못이 있다 할 것이고, 청구법인이 이 사건 부동산 중 기업부설연구소로 최종 인정을 받은 면적(720.31㎡)에 대하여는 취득세 등을 감면하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항, ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.