청구법인은 1998.3.31 1997사업연도 법인세 6,315,338,470원을 신고납부(분납세액 1998.3.31, 3,157,669,230원, 1998.5.15 3,157,669,240원)한 후, 1998.5.13 세무조정상 익금산입한 가지급금 인정이자 2,912,954,055원 및 손금불산입한 차입금지급이자 2,824,858,739원 합계 5,738,812,794원에 대하여 경정청구를 제기하여 1998.10.1 법인세 1,434,453,190원 및 농어촌특별세 34,426,870원 합계 1,468,880,060원(이하 쟁점①환급금 이라 한다)을 환급받고, 1998.9.1 1997사업연도 수입이자 7,927,294,380원, 전기오류수정이익 3,141,930,342원 합계 11,069,224,722원의 수익과다계상액에 대하여 경정청구를 제기하여, 2000.10.13 국세심판원 결정에 따라 법인세 2,767,306,180원 및 농어촌특별세 66,415,340원 합계 2,833,721,520원(이하 쟁점②환급금 이라 하고, 쟁점①환급금과 합하여 쟁점환급금 이라 한다)을 환급받은 후, 2000.10.5 쟁점환급금에 대한 국세환급가산금의 지급요구를 하였다.

처분청은 국세기본법 제52조 제6호의 규정에 따라 국세환급가산금 기산일을 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날(쟁점①환급금 기산일 1998.11.1, 쟁점②환급금 기산일 2000.11.3)로 보아 국세환급가산금의 지급을 거부하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.1.9 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점환급금은 1997사업연도 소득금액 계산시 세법적용의 오류로 인하여 발생한 국세환급금으로, 국세기본법 제52조 제1호의 규정에 따라 국세환급가산금의 기산일은 납부일의 다음날임에도, 처분청은 같은 법 제45조의 2의 감액경정청구에 의한 국세환급금이라 하여 같은 법 제52조 제6호 단서 규정을 적용하여 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날로 보아 국세환급가산금의 지급을 거분한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

국세기본법 제52조 제6호 단서에서『환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 결정결정일로부터 30일이 경과하는 때』로 규정하고 있고, 같은 법 기본통칙 6-0-28…52에서『법 제45조의 2 제1항 및 제2항에 의한 결정 또는 경정의 청구에 따라 동조 제3항에서 규정한 결정 또는 경정에 의한 국세환급금이 발생한 때에는 법 제52조 제6호 단서 규정에 따라 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 날의 다음날부터 국세환급가산금을 가산하여 지급한다』고 규정하고 있으므로, 쟁점환급금은 잘못 신고함에 따른 경정결정에 해당되어 국세환급가산금 기산일을 국세환급금의 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날로 보아 국세환급가산금의 지급을 거부한 당초 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

쟁점환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일을 법인세 납부일의 다음날로 볼 것인지, 결정 및 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날로 볼 것인지의 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

국세기본법 제51조 제1항에서 『세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다』고 규정하고,

같은 법 제52조에서 『세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

1. 착오납부·이중납부 또는 납부 후 그 부과의 취소·경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다.

2.∼5. (생략)

6. 소득세법(양도소득세를 제외한다)·법인세법·부가가치세법·특별소비세법·주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1998.3.31 1997사업연도 법인세를 신고납부한 후, 1998.5.13 세무조정상 익금산입한 가지급금 인정이자 및 손금불산입한 차입금지급이자에 대하여 경정청구를 제기하여 1998.10.1 쟁점①환급금을 환급받고, 1998.9.1 수익과다계상액에 대하여 다시 경정청구를 제기하여 2000.10.13 국세심판원 결정에 따라 쟁점②환급금을 환급받은 사실이 법인세 신고서, 경정청구서, 경정결정결의서 등에 의하여 확인되고,

청구법인은 2000.10.5 쟁점환급금에 대하여 국세환급가산금의 지급을 요구하였으나, 처분청은 국세환급가산금 기산일을 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날로 보아 국세환급가산금의 지급을 거부하였음이 국세환급가산금 환급요구서 및 처분청의 공문서에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일에 대하여 처분청은 국세기본법 제52조 제6호의 규정을 적용하여야 한다는 주장인 반면, 청구법인은 그 제1호의 규정을 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 국세기본법상의 국세환급금은 ① 납부 또는 징수의 기초가 된 부과처분이 존재하지 않거나 당연무효임에도 납부 또는 징수된 오납액, ② 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니지만 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 초과납부액, ③ 적법히 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 세법에서 환부하기로 정한 환급세액으로 구분할 수 있으며(대법원 91다6689, 1991.7.23, 88누6436, 1989.6.15, 같은 뜻), 국세기본법 제51조에서도 이러한 개념을 사용하고 있음을 알 수 있다.

(나) 국세기본법 제52조 제6호의 규정을 보면, 그 본문은 법인세법 등에 의한 환급세액으로서 납세자가 신고한 경우의 환급세액에 관하여 규정한 것이고, 그 단서는 같은 환급세액으로서 정부가 결정 또는 경정결정한 경우의 환급세액에 관하여 규정한 것이라 할 것이므로, 그 본문에서 규정하고 있는 환급세액과 그 단서에서 규정하고 있는 환급세액은 납세자가 신고한 것인지 정부가 (경정)결정한 것인지에 따른 구별일 뿐 그 대상은 같은 것이라 할 것이다.

즉, 국세기본법 제52조 제6호의 적용대상은 법인세의 경우 당해 사업년도의 총부담세액을 초과하는 기납부세액(중간예납세액, 원천징수세액 등), 부가가치세의 경우 당해 과세기간의 매출세액을 초과하는 매입세액 등 당초 납부시는 각 세법에 따라 마땅히 납부할 세액이었으나, 각 세법에 따라 일정기간의 세액을 정산한 결과 발생하는 환급세액으로서 위 (가)에서 구분한 ③의 환급세액에 해당하는 것이고, 이는 원칙적으로 납세자가 각 세법에 따라 환급세액으로 신고하는 것이며, 신고를 한 경우에는 국세기본법 제52조 제6호 본문의 규정이 적용되는데, 다만, 납세자가 신고를 하지 아니하거나 잘못 신고하여 정부가 (경정)결정하는 경우에는 그 단서의 규정이 적용되는 것이라 할 것이다.

(다) 국세기본법 제52조 제1호는 착오납부·이중납부 또는 납부후 그 부과의취소·경정결정으로 인한 국세환급금에 관하여 규정하고 있는 바, 신고납세의 경우의 신고는 부과납세의 경우의 부과처분에 상응하는 개념이며, 위 (가)에서 본 바와 같이 ②의 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하는 것이므로, 국세기본법 제52조 제1호에서 … 그 부과의 취소·경정결정… 이라 함은 부과과세의 경우만을 가리키는 것으로 해석하여서는 안될 것이다(대법원 91다6689, 1991.7.23 같은 뜻).

(라) 그러므로 신고납부하는 세목이라 하여 모두 국세기본법 제52조 제6호의 규정이 적용( 국세기본법 제52조 제6호에 열거된 세목은 신고납부세목중 증권거래세·교육세가 제외된 것으로 보아 신고납부세목중 과세기간이 있어 정산이 필요한 세목을 열거한 것으로 보임)되는 것이 아니라, 당초 납부시는 각 세법에 따라 마땅히 납부할 세액이었으나 그 후 각 세법에 따라 일정기간의 세액을 정산한 결과 발생하는 환급세액(위 ③)에 대하여는 그 규정이 적용되고, 당초 납부시부터 마땅히 납부할 세액이 아님에도 납부(위 ①)하였거나 마땅히 납부하여야 할 금액을 초과하여 납부한 초과납부액(위 ②)에 대하여는 국세기본법 제52조 제1호의 규정이 적용되는 것이라 할 것이다.

(마) 따라서 쟁점환급금은 청구법인이 1997사업연도 법인세 신고·납부시 마땅히 납부할 것이 아니었는데 납부한 초과납부액(위 ②에 해당)에 해당하므로, 이에 대하여는 국세기본법 제52조 제1호의 규정이 적용되어야 함에도, 처분청에서 쟁점환급금의 국세환급가산금의 기산일을 국세기본법 제52조 제6항 단서의 규정을 적용하여 국세환급가산금을 지급하지 아니한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다(국심 98구0492, 1999.6.22, 합동회의, 국심 99부2272, 2000.6.22, 같은 뜻).

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제 81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.