가. 청구인들은(모친 OOO, 장남 OOO, 차남 OOO)은 2011.1.18. 사망한 OOO(부친)로부터 OOO 토지 2,066㎡(이하 “상속토지”라 한다) 및 그 지상 미등기건물 289.79㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 공동으로 상속받아 취득하였고, 청구인들은 상속토지 중 1,100㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 쟁점주택과 합하여 “쟁점부동산”이라 하며, 상속토지 중 쟁점토지 외에 나머지를 “잔여토지”라 한다)와 그 지상 쟁점주택을 철거하는 조건으로 이를 OOO원에 일괄매매하기로 2016.7.6. 구두계약하여 같은 날 및 그 다음날 합계 OOO원을 계약금으로 송금받았다 하며, 이에 따라 쟁점주택을 2016.9.2. 철거하였고, 2016.9.8. 쟁점토지가 7필지로 분할등기되어 매수인인 OOO 외 5인(이하 “매수인들”이라 한다)에게 각각 소유권이전등기가 경료되었으며, 2016.10.31. 청구인들은 쟁점토지에 대하여 쟁점주택의 정착면적 5배 범위 내에서 1세대 1주택 비과세를 적용하여 그 한도 초과분에 대한 2016년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 예정신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인들에 대하여 2019.2.14.부터 2019.2.24.까지 위 양도소득세에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구인들이 쟁점주택을 철거한 후 쟁점토지만 매수인들에게 양도한 것으로 보고, 쟁점토지가 7필지로 분할되어 매수인들에게 각각 양도되었다는 등의 이유로 이에 대한 1세대 1주택 비과세 적용을 전부 배제하여 2019.4.11. 청구인들에게 2016년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(OOO OOO원, OOO OOO원, OOO OOO원)을 각 경정·고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2019.7.1. 이의신청을 거쳐 2019.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 청구인들의 쟁점부동산 취득 및 양도 등과 관련된 주요 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구인들 OOO(모친, OOO 목사)·OOO(장남, 미혼)·OOO(차남, 미혼)은 동일세대원이고, 2011.1.18. 사망한 OOO(부친, OOO 목사)로부터 상속토지와 쟁점주택을 공동으로 상속받아 계속하여 철거시까지 쟁점주택에서 거주하였다.

(나) 청구인들은 상속토지 중 쟁점토지와 그 지상에 대부분 위치한 쟁점주택인 쟁점부동산을 일괄로 매매하기로 구두로 계약한 후, 그 계약금으로 2016.7.6. OOO원 및 2016.7.7. OOO원 합계 OOO원을 매수인들이 선정한 대표로부터 송금받았고, 그 매매계약의 조건으로 쟁점부동산의 매매대금은 OOO원으로 하였으며, 양도인이 쟁점주택을 철거하기로 하였다.

(다) 매수인들은 쟁점토지에 대한 소유권을 이전받기 전에 각자 신축할 원룸에 대한 건축허가를 받을 목적으로 2016년 8월초에 OOO에 매수인별로 쟁점토지에 대한 토지분할 신청을 하였고, 2016.8.10 OOO에 매수인별로 건물 신축허가를 신청하였으며, 청구인들이 쟁점주택의 멸실을 완료한 2016.9.2. 이후인 2016.9.8. 매수인들이 매매대금 잔금청산을 하였고, 같은 날 7필지로 분할등기된 쟁점토지에 대한 소유권이전등기가 매수인들에게 경료되었으며, 이는 일반적인 부동산 거래방법이다.

(2) 청구인들과 매수인들 간에 쟁점토지의 지상에 쟁점주택이 존재하던 2016.7.6. 이에 대한 매매계약이 체결되었는데, 쟁점주택이 2016.9.2. 철거된 이후인 2016.9.8. 쟁점토지만 매매계약이 체결된 것으로 본 처분청의 매매계약일 관련 사실판단은 다음과 같은 이유로 타당하지 않다.

(가) 「소득세법 기본통칙」 89-154-12 및 기획재정부 예규(재산-1497, 2004.11.10.)에 따르면, 양도계약 후에 매매특약에 의하여 주택을 철거하여 나대지로 인도된 경우에는, 계약일을 기준으로 1세대 1주택 비과세 판정을 하도록 하고 있다.

(나) 대법원 1992.5.12. 선고 92누1889 판결에 의하면, 1세대 1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 하되 다만, 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다고 판시하고 있다.

(다) 처분청은 청구인들이 쟁점부동산을 매수인들에게 OOO원에 양도하기로 구두로 계약하고 매수인들이 선정한 대표로부터 2016.7.6. 송금받은 OOO원 및 2016.7.7. 송금받은 OOO원의 합계 OOO원이 쟁점부동산에 대한 ‘매매계약금’(이하 “쟁점계약금”이라 한다)임을 인정하지 않고, 선수금으로 보아야 한다는 의견을 제시하고 있다.

(라) 처분청은 청구인들이 쟁점주택을 철거한 이후에 쟁점주택이 부존재하는 상황에서 쟁점토지만 매매계약하여 양도한 것으로 과세요건사실을 구성하여 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하려는 의도로 위와 같은 의견을 제시하는 것으로 보이나, 부동산의 소유권을 이전하기 전에 매도인이 그 매수인으로부터 수취하는 계약금·중도금 등이 선수금에 해당하는바, 청구인들이 쟁점토지의 지상에 쟁점주택이 존재하던 2016.7.6. 및 2016.7.7. 매수인들의 대표로부터 수령한 이에 대한 매매계약금 OOO원을 선수금으로 보아 이를 매매계약금으로 인정하지 아니하여 그 당시 매매계약이 체결되지 않은 것으로 보겠다는 처분청의 논리는 타당하지 않다.

(마) 처분청은 이 건 매매거래의 내용을 잘 알지 못하는 법무사 사무실 직원이 등기업무의 편의상 쟁점토지에 대한 소유권이전등기접수일에 작성한 2016.9.8.자 검인계약서(이하 “쟁점검인계약서”라 한다)를 근거로 2016.9.8. 쟁점토지에 대한 매매계약이 체결된 것으로 보아야 한다는 의견을 제시하고 있으나, 쟁점검인계약서상 매매대금 지급약정 부분을 보면, 청구인이 2016.7.7. 및 2016.7.8. 지급받은 매매대금(쟁점계약금 OOO원)에 대한 기재내용이 없고, 전체 매매대금에서 이를 차감하지 아니한 금액을 일시불로 지급하는 것으로 되어 있는바, 이는 등기 목적으로 형식적으로 작성한 계약서임이 분명하다.

(바) 청구인들과 매수인들 간에 쟁점부동산에 대한 매매계약이 2016.7.6.이 아니라 2016.9.8.에 체결되었다는 처분청의 사실판단에 따르면, OOO(매수인)이 청구인들과 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하지도 않은 상태에서 멸실하는 쟁점주택에서 보관하던 물품을 보관할 컨테이너 창고의 구입대금과 청구인들의 이사비용 등으로 청구인들에게 OOO원을 송금한 것이 된다.

또한, 청구인들은 쟁점부동산에 대한 매매계약이 체결되지 않았는데, 2016년 8월에 청구인들 소유의 쟁점토지에 대하여 OOO 외 5인(매수인들)의 필요에 따라 OOO에 분할을 신청하도록 인감도장을 날인하여 주고, 2016.8.10. OOO 외 5인이 쟁점토지 지상에 건축허가를 신청하는데 동의하여 2016.8.4. 발급받은 인감증명서를 제공하고서 이들에 대한 건축승낙서에 인감을 날인해 주며, 청구인들이 거주하던 쟁점주택을 철거해서 그 부수토지인 쟁점토지를 이들이 원룸 신축부지로 사용할 수 있도록 하였다는 것이 된다.

게다가, 쟁점주택이 철거(2016.9.2.)된 이후인 2016.9.8. 하루만에 청구인들과 매수인들 6명 간에 쟁점토지에 대한 ① 매매계약을 체결하고, ② 그 매매대금 총액을 매매계약한 당일날 일시불로 수령하며, ③ OOO에 실거래가 신고를 하고, ④ 소유권이전등기 경료까지 모두 일시에 이루어졌다는 것이어서 터무니 없는바, 처분청의 위와 같은 사실판단은 잘못된 것임을 명백하다.

(3) 쟁점부동산에 대하여 2016.7.6. 구두로 매매계약이 체결된 경위 및 그 매매거래 과정을 상술하면 다음과 같다.

(가) 청구인들이 상속받은 쟁점부동산 양도를 원하던 시기에 경주시에 소재한 동국대학교 인근에 위치한 쟁점부동산에 학생들을 상대로 하는 기숙형 원룸을 신축하고자 하는 건설업자인 매수인들의 대표 OOO을 2016년 6월 하순에 청구인 OOO의 친구가 소개하여 만나게 되었다.

(나) 이후 청구인들은 OOO을 믿게 되어 쟁점부동산의 매매대금 OOO원으로 하고, 청구인들이 쟁점주택을 철거하는 조건으로 2016.7.6. 구두로 매매계약을 하였으며, 2016.7.6. OOO원, 2016.7.7. OOO원 합계 OOO원(쟁점계약금)을 그 계약금으로 수령하여 매매계약의 법적 효력이 발생하였고, 이러한 매매계약 조건에 대하여 계약당사자들 간에 이견이 없다.

(다) 청구인들이 쟁점계약금을 수령한 후, 쟁점부동산 매수인들은 쟁점토지에 원룸을 신축하기 위하여 매수인별 토지 분할 및 매수인들의 원룸 건축허가를 위한 절차에 협조할 것을 요청하였다.

(라) 청구인들은 쟁점부동산에 대한 쟁점계약금을 2016.7.6. 및 2016.7.7. 수령하였으므로 매수인들이 쟁점토지를 분할하고 그 지상에 신축할 원룸에 대한 건축허가를 OOO에 신청하는 데에 필요한 청구인들의 인감증명서를 2016.8.4. 발급받아 교부하였고, 2016년 8월에 매수인들이 이를 위하여 필요한 기부채납 확약서와 건축승낙서에 청구인들의 인감도장을 날인해 주었다.

(마) 이에 매수인들은 2016년 8월 OOO에 쟁점토지에 대하여 분할을 신청하고, 2016.8.10. 매수인별로 건축허가도 신청하였으며, 그 이후 매수인들은 건축공사에 착공하기 위하여 쟁점토지에 대한 소유권이전등기접수일 이전에 청구인들이 거주하고 있던 쟁점주택을 조속히 멸실하도록 요청하였고, 청구인들은 당초 구두로 쟁점부동산에 대한 매매계약시에 한 합의에 따라 청구인들의 이사비용과 멸실하는 쟁점주택에 있던 물품을 보관할 컨테이너 창고 구입대금을 매수인들로부터 지급받았으며, 쟁점주택은 2016.9.2. 멸실되었다.

(바) 청구인들은 쟁점부동산에서 승용차로 2분 거리에 위치한 경주시 현곡면사무소에서 2016.9.8. 매도인들이 선정한 대표인 OOO 및 법무사 사무실 직원 1명과 만난 후, 그 매매대금의 잔금을 입급받은 후, 부동산 매도용 인감증명서를 발급해주고, 법무사 사무실 직원이 미리 작성해 온 등기소에 제출할 2016.9.8.자 쟁점검인계약서에 청구인들의 인감도장을 날인하였다.

(사) 그런데, 법무사 사무실 직원이 청구인들과 매수인들 간의 쟁점부동산 매매거래 내용을 잘 몰라서 법무사 사무실 직원이 미리 작성해온 쟁점검인계약서상에 쟁점주택에 대한 매매계약 내용이 누락되어 있어 매수인들이 선정한 대표인 OOO이 자필로 그 특약사항에 “토지와 주택 건물 일괄매매이고, 건물의 멸실은 현 매도인이 철거한다”는 내용을 당초 구두로 계약한 사실대로 기재한 후, 매수인들 전원의 인감도장을 날인하여 청구인들에게 교부해 주었고, OOO은 이러한 사실에 대한 확인서도 제출하였다.

(4) 청구인들이 쟁점주택은 양도하지 않고, 쟁점토지만 양도하였다는 처분청의 의견은 사실이 아니다.

(가) 청구인들과 매수인들 간의 2016.9.8.자 쟁점토지에 대한 매매계약서의 특약사항에 “분할전 732번지(상속토지) 지상에 존재하는 건물(경량철골조 289.79㎡, 쟁점주택) 포함 일괄 매수하기로 하고, 건물의 멸실은 현 매도인이 철거해 주기로 한다”는 내용이 기재되어 있다.

(나) 매수인들측 법무사 사무실 직원이 당초 작성하여 온 쟁점검인계약서를 보면, 쟁점계약금과 쟁점토지 지상의 쟁점주택의 철거에 관한 사항 등 구체적인 계약내용이 전혀 기재되어 있지 아니하고, 등기에 필요한 사항만 형식적으로 기재되어 있다.

(다) 쟁점검인계약서상 작성일자가 2016.9.8.로 되어 있는 것은 부동산실거래신고를 계약일로부터 60일 이내에 하여야 하고, 이를 위반시 취득세의 3배 이하 과태료가 부과될 수 있는데, 쟁점계약금을 수령한 2016.7.6. 및 2016.7.7.을 계약일자로 하여 검인계약서를 작성할 경우, 그로부터 60일이 도과된 이후인 2016.9.8.에 실거래가신고시 지연신고에 따른 과태료가 부과될 수 있었기 때문이다.

(라) 쟁점검인계약서상 쟁점주택에 관한 기재내용이 없는 것은 멸실된 쟁점주택은 소유권이전등기가 불필요하므로 이에 대한 계약내용을 매수인들측 법무사 사무실 직원이 확인하지 아니한 채, 등기 편의상 2016.9.8. 쟁점토지 매매계약이 체결되고, 매매대금을 그 즉시 전부 수수하였으며, OOO에 실거래가 신고와 등기소에 소유권이전등기접수 등이 모두 일시에 이루어진 것처럼 업무를 처리한 것에 불과하다.

(마) 처분청은 청구인들과 매수인들 간에 쟁점부동산의 매매대금을 쟁점토지의 면적을 기준으로 하여 책정하였으므로 그 지상 쟁점주택은 양도하지 아니한 것으로 보아야 한다는 의견을 제시하고 있으나, 이를 예를 들어 반박하면 어느 아파트를 평당 OOO원에 매도하기로 하고 그 매매대금을 산정하여 매매계약을 체결하였다고 하여 아파트의 건물과 그 대지 지분을 함께 양도하지 아니한 것으로 볼 수는 없는 것이다.

어느 주택과 그 부수토지에 대한 매매계약을 체결하면서 매매당사자 간에 토지의 면적을 기준으로 하여 매매대금을 산정하였다고 하여 그 지상 주택이 양도하는 자산이 아닌 것으로 되는 것은 아니며, 청구인들은 매수인들에게 제시한 평당 매매대금에는 쟁점토지의 지상에 대부분 위치하여 매수인들에게 쟁점토지와 함께 처분할 수 밖에 없는 약 88평에 달하는 쟁점주택의 재산적 가치가 포함되어 있는 것이고, 매도인이 합리적인 경제인인 이상, 토지와 함께 처분하게 되는 그 지상 건물의 가격까지 포함하여 매수인으로부터 매매대금을 받으려 하였을 것은 당연한 이치인 것이다.

(5) 청구인들이 쟁점주택을 분할(절단)하여 하나의 주택을 두 개의 주택으로 분할한 것으로 보아야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(가) 처분청은 청구인들이 쟁점주택을 상속토지 중 쟁점토지 지상에 위치한 부분만 분할 양도한 것으로 보아야 한다는 의견도 제시하고 있으나, 하나의 주택 건물을 절단하여 매매하는 것은 물리적·기술적으로 거의 불가능하고, 설령 그러할 수 있다고 하더라도 건물이 그 기능을 상실하여 재산적 가치가 없게 되는 경우 매도인이 그러한 매매계약을 할 이유도 없다.

(나) 매수인들은 원룸을 신축하고자 쟁점토지를 매수한 것이므로 그 지상에 건물이 대부분 위치한 쟁점주택을 쟁점토지와 함께 일괄매매하기로 계약하고서 이에 대한 소유권을 보유하고 있는 청구인들로 하여금 쟁점주택을 철거하도록 한 것이다.

(다) 청구인들이 상속토지와 분할되어 있지도 않아 경계가 분명치도 않았던 쟁점토지에 대하여 매매계약을 체결하면서 그 지상에 대부분 정착되어 있는 하나의 건물인 쟁점주택을 쟁점토지의 지상에 위치한 부분과 잔여토지의 지상에 위치한 부분으로 분할(절단)하여 그 중 쟁점토지의 지상에 위치한 쟁점주택의 부분만 매수인들에게 분할양도한 것으로 보고, 잔여토지에 위치한 쟁점주택의 부분은 남아있었던 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 배제하여야 한다는 처분청의 의견은 사실관계를 근거 없이 자의적으로 왜곡하는 것이며, 청구인이 하나인 쟁점주택을 절단하여 주택을 두 개로 만든 것으로 보아야 한다는 무리한 과세논리이다.

(6) 쟁점주택이 멸실된 이후, 쟁점주택에서 보관하던 가구, 물품 및 교회 용품 등을 일시적으로 보관하기 위하여 잔여토지에 설치한 컨테이너는 창고이지 주택이 아니다.

(가) 쟁점주택은 면적이 약 88평이었고, 선친때부터 청구인들 가족이 2016.9.2. 멸실될 때까지 수십년을 계속하여 거주한 집이어서 내부에 가구, 비품, 가재도구, 선친 목사님의 유품, 교회관련 물품 등이 많았다. 이를 이삿짐센터에 보관할 경우 보관료의 부담이 크고, 교회물품 등은 필요할 때 수시로 사용해야 해서 상속토지 중 양도하는 쟁점토지 외 잔여토지에OOO에 컨테이너(10평) 3개를 설치하여 위 물품 등을 보관하는 창고로 사용하였다.

(나) 청구인들 가족은 쟁점주택이 철거된 이후인 2016년 9월부터 2016.12.28.까지는 OOO에 소재한 대한예수교장로회 OOO 내에 있는 목사님이 설교를 준비하는 방(이하 “목사님 방”이라 한다)에서 거주하였으며, 대한예수교장로회 OOO는 청구인 남편인 故 OOO 목사가 설립한 교회이고, 쟁점주택에서 승용차로 약 20분 정도의 거리에 위치하고 있으며, 청구인 OOO이 OOO 담임목사직을 승계하여 현재까지 담임목사님으로 봉직하고 있고, 이러한 사실에 대한 OOO 신도 및 인근 주민들이 인우보증서를 제출하였다.

(다) 청구인들 가족은 2016.12.29.부터 2017.1.31.까지의 기간 동안에는 OOO 목사님 방에 노후한 보일러 배관이 파열되어 수리공사를 하여 OOO에 소재한 OOO을 임차(임대차계약서 제출함, 임차보증금 OOO원, 월세 OOO원)하여 거주하였고, 약 1개월 만에 다시 OOO 목사님 방으로 이사를 하여 위 ‘OOO’ 임차보증금 중 조기퇴거에 따른 위약금 OOO원을 공제한 OOO원을 반환받은 금융거래내역을 제출하였다.

(라) 처분청은 청구인들이 잔여토지에 설치한 컨테이너 창고를 주택으로 보아야 한다는 의견이나, 컨테이너 창고에는 멸실한 쟁점주택에서 사용하던 가구, 물품, 교회 용품 등이 가득차있어 청구인들 가족 3명이 거주할 공간이 없고, OOO가 등록된 대한예수교장로회는 교회의 부동산에 대한 소유권을 인정하여 남편 OOO 목사가 사망한 후 청구인 OOO이 상속받았는데, OOO 내에 있는 목사님 방을 비워두고 청구인들(母, 子 2명)이 컨테이너 창고에서 기거할 이유가 없다.

(마) 청구인들이 2016.9.8. 매수인들에게 쟁점토지를 양도한 이후, 잔여토지에 청구인 OOO과 OOO이 2017년 2월부터 2018년 1월까지 원룸 및 상가 신축공사를 직영으로 하였고, 동 기간에는 컨테이너 창고에 보관하던 기존 물품을 상당 부분 폐기하여 건축자재 창고 겸 현장사무실로 사용하면서 공사현장 경비를 위한 숙소로도 일시적으로 사용하였으며, 동 컨테이너 창고는 현재도 물품 보관창고로 사용하고 있다.

(7) 청구인들이 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결한 이후, 매수인들이 특약에 따라 건물 신축을 목적으로 구주택을 철거하도록 하거나 매수인들이 자신들의 필요에 따라 매수인의 지위에서 쟁점토지를 분할하여 각각 소유권이전등기를 경료하고자 하여 청구인들이 이에 따랐다는 이유로 청구인들 가족이 양도계약일까지 수십년간 거주하면서 소유한 1주택과 그 부수토지인 쟁점주택과 쟁점토지에 대하여 1세대 1주택 비과세를 배제하는 것은 합목적적이지 않고, 실질과세원칙에 위배되며, 대법원 판결 등 관련 해석례에도 배치된다.

따라서, 처분청이 청구인들의 쟁점부동산 거래와 관련된 사실관계를 비현실적으로 왜곡하여 과세요건사실을 경험칙에 어긋나게 구성하고, 1세대 1주택 비과세 규정과 관련하여 재결기관에서 정립한 해석례를 따르지 아니하여 청구인들에게 과다하게 양도소득세를 부과한 이 건 증액경정처분은 위법·부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 다음과 같은 이유로 청구인들이 쟁점주택을 철거한 후, 쟁점토지만 양도한 것으로 봄이 타당하므로 이에 대하여 1세대 1주택 비과세 적용을 배제함이 타당하다.

(가) 「소득세법」제88조에 따른 자산의 양도란 자산에 대한 등기 여부와 관계없이 소득세 과세대상 자산이 매도 등으로 인하여 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.

(나) 청구인들이 주장하는 쟁점부동산에 대한 구두 매매계약일에는 각 매수인별로 매매목적물이 특정되었다고 보기 어려우므로 매매계약이 성립되었다고 볼 수 없다.

(다) 쟁점토지에 대한 소유권이전등기신청시 첨부된 쟁점검인계약서와 OOO에 신고한 부동산 실거래 내용에 의하더라도 청구인들과 매수인들 간에 쟁점토지만 거래된 것으로 확인된다.

(라) 청구인들이 쟁점토지를 분할하여 양도하였고, 그 매매대금을 쟁점토지 면적에 평단 단가를 곱하여 정하였으므로 이에 쟁점토지의 가격만 포함되어 있음이 명백한바, 쟁점토지만 소득세 과세대상인 양도자산에 해당하는 것으로 보아야 한다.

(마) 유상으로 양도한 사실 없이 일부 멸실한 쟁점주택은 소득세 과세대상이 아니고 비과세대상도 아니므로 청구인들이 주장하는 실제 매매계약일인 언제인지에 관계없이 청구인들이 양도한 쟁점토지는 1세대 1주택 비과세 대상인 주택의 부수토지에 해당하지 아니한다.

(바) 매매계약시 특약에 의하여 주택을 철거하게 되는 경우, 1세대 1주택 비과세는 주택과 그 부수토지를 함께 양도한 경우에 국한되어 적용되는 것인데, 청구인들은 쟁점토지만 양도하였고, 그 매매대금에 쟁점주택의 가격이 포함되어 있지 아니하므로 청구인들과 매수인들 간에 그 매매계약일이 쟁점주택이 멸실되기 이전이라고 하더라도 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다.

(2) 청구인들이 OOO 외 1명으로부터 2016.7.6. 및 2016.7.7. 수령한 OOO원은 매매계약에 따른 계약금이 아니라 선수금으로 봄이 타당하다.

(가) 청구인들 중 청구인 OOO이 OOO 외 1명(OOO, 계약당사자 아님)으로부터 상기 일자에 금전을 수취한 사실은 확인되나, 청구주장과 같은 매매계약의 존부나 그 계약의 내용을 확인할만한 입증자료가 제시된 바 없다.

(나) 청구인들이 주장하는 계약내용에 의하더라도 청구인들이 매매계약일이라고 주장하는 날짜에 매매목적물이 각 매수인별로 특정되었다고 보기 어려우므로 매매계약이 성립되었다고 볼 수도 없다.

(다) 따라서, 청구인들이 상기 일자에 OOO 외 1명으로부터 수취한 OOO원이 쟁점부동산에 대한 매매계약에 따른 계약금이라는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(3) 청구인들이 이 건 양도소득세 신고시 첨부서류로 제출한 2016.9.8.자 쟁점토지에 대한 매매계약서상 특약사항은 신뢰하기 어렵다.

(가) 상기 매매계약서상 특약사항란에 “분할 전 OOO(상속토지) 지상에 존재하는 건물(쟁점주택)을 포함 일괄매수하고, 건물 멸실은 현 매도인이 철거한다”고 수기로 기재되어 있다.

(나) 그런데, 2016.9.8. 현재에는 청구인들도 인정하는 바와 같이 쟁점토지의 지상 미등기건물인 쟁점주택이 이미 멸실된 상태여서 건물이 존재하지 않았고, 쟁점검인계약서와는 달리 청구인들이 이 건 양도소득세 신고시 제출한 동일자에 작성된 매매계약서에만 위와 같은 특약사항이 기재되어 있다.

(다) 매수인들 중 OOO 등이 매수한 토지OOO의 지상에는 쟁점주택을 멸실하기 전에도 건물이 존재한 사실이 없음에도 위와 같은 특약사항이 기재되어 있다.

(라) 따라서, 위 특약사항은 1세대 1주택 비과세를 적용받을 목적으로 사후에 기재한 허위의 계약내용으로 판단된다.

(4) 청구인들은 쟁점토지만 분할하여 양도한 것으로 봄이 타당하므로 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 없다.

(가) 청구인들이 쟁점토지를 2016.9.6.에 7필지OOO로 분할하여 매수인들(OOO 외 5인)에게 각각 필지별로 양도하였다.

(나) 청구인들은 쟁점주택을 멸실한 이후, 교회 다락방에서 거주하였다고 주장하나, 그 거주 사실을 확인할 만한 자료(수도요금, 가스요금, 전기요금, TV시청 등)가 없는 반면, 청구인들의 주민등록상 주소지가 쟁점주택이 멸실된 이후에도 변경되지 아니한 것으로 나타나고, 청구인들은 쟁점주택의 멸실에 따른 이사 및 임시거처 마련비용으로 매수인들로부터 수령한 OOO원으로 잔여토지에 컨테이너 3동을 설치하고 판넬을 덧씌운 39평 규모의 무허가건물에서 거주한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인들이 잔여토지에 다른 무허가건물인 컨테이터 3동을 설치하여 그 지상에 다가구주택 신축시까지 이를 주택으로 사용하면서 거주한 것으로 봄이 타당하다.

(다) 따라서, 사실상 청구인들이 거주하던 쟁점주택이 위치만 잔여토지로 변동된 것으로 보아 청구인들이 쟁점토지만 분할하여 양도한 것으로 봄이 타당하다.

(5) 설령, 청구인들이 쟁점주택을 매수인들에게 양도한 것으로 보더라도 쟁점토지 지상에 위치한 부분만 쟁점주택을 분할하여 양도한 것으로 봄이 타당하므로 「소득세법 시행규칙」제72조 제2항에 따라 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다.

(가) 대법원 1998.3.13. 선고 97누19199 판결서를 보면, 분할하여 양도하고 남은 건물에 주택 부분이 있을 경우, 분할하여 양도한 주택은 비과세 대상이 아니라고 판시한 바 있다.

(나) 국세청 양도소득세 실무해설 책자와 국내 출판된 양도소득세 서적을 보더라도 구분 등기하여 분할 양도한 주택에 대하여는 1세대 1주택 비과세가 배제된다고 해설되어 있다.

(다) 따라서, 청구인들이 쟁점주택을 쟁점토지의 지상에 위치한 부분과 잔여토지의 지상에 위치한 부분으로 분할함으로써 쟁점주택을 2개 이상의 주택으로 분할하여 양도한 경우에 해당하는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 적용을 배제함이 타당하다.

(6) 또는, 청구인들이 쟁점주택 전부와 쟁점토지를 매수인들에게 양도한 것으로 보더라도 쟁점주택이 멸실된 이후 일정기간 거주하였다고 주장하는 교회의 일부가 주택에 해당하는 것으로 보아 청구인들(1세대)이 2주택을 소유하여 온 것으로 볼 수도 있는 점 등을 종합할 때, 청구인들에게 1세대 1주택 비과세를 적용하여 이 건 양도소득세 부과처분이 취소되어야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

1세대 1주택 양도소득세 비과세 적용 여부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

제88조【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 「상속세 및 증여세법」제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

(2) 소득세법 시행령

제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. (단서생략)

⑦ 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 "지역별로 대통령령으로 정하는 배율"이란 다음의 배율을 말한다.

1.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조 제1호에 따른 도시지역 내의 토지 : 5배

2. 그 밖의 토지 : 10배

(3) 소득세법 시행규칙

제72조【1세대 1주택의 특례】② 영 제154조 제1항을 적용할 때 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 1세대 1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대 1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 해당 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들(모친 OOO, 장남 OOO, 차남 OOO)은 2011.1.18. 사망한 OOO(부친)로부터 상속토지(2,066㎡) 및 그 지상 미등기건물인 쟁점주택(289.79㎡)을 공동으로 상속받아 취득하였다.

(2) 청구인들은 쟁점부동산(쟁점토지 및 쟁점주택)에 대한 매매계약을 매수인들이 선정한 대표인 OOO과 2016.7.6. 및 2016.7.7. 구두로 체결하고 장남인 청구인 OOO이 2016.7.6. OOO로부터 OOO원, 2016.7.7. OOO으로 OOO원을 수령하였다고 주장하면서 해당 금융거래내역을 제출하였고, 청구인들은 상기 일자에 OOO과 상속토지 중 일부인 쟁점토지(1,100㎡)의 지상에 대부분 위치한 쟁점주택을 청구인들이 철거해주는 조건으로 쟁점토지와 함께 총 OOO원에 일괄매매하기로 하는 구두계약을 체결한 후, 그 계약금으로 상기 일자에 OOO원을 지급받은 것이라고 주장하고 있다.

(3)「소득세법 기본통칙」89-154…12(매매특약이 있는 주택의 1세대 1주택 비과세 판정)는 영 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대 1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 하되, 다만 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다고 규정하고 있다.

(4) 상기 매매대금 책정과 관련한 청구인의 OOO의 확인서(2019.2.21.)상 주요 내용을 보면, 어머니인 청구인 OOO이 평당 OOO원 이하로는 매매할 수 없다고 하여 매수를 희망하는 사람들과 여러 차례 매매계약이 성사되지 않던 중, 매수인 OOO이 평당 OOO에 매매하기로 합의하여 매도하게 되었고, 추가로 수령한 OOO원은 짜투리 토지에 대하여 합의한 매매대금이라는 취지의 내용이 기재되어 있다.

(5) 청구인들은 쟁점주택의 철거비용으로 2016.8.19. OOO원, 2016.9.2. OOO원 합계 OOO원을 지출하였고, 이와 관련하여 매수인들로부터 이사비용 등의 명목으로 OOO원을 수령하였다.

(6) 매수인들은 쟁점토지를 매수인들 간에 분할하고, 매수인들이 그 지상에 각자 신축하고자 다가구주택에 대한 건축허가를 OOO에 신청하는 데에 필요한 청구인들의 인감증명서를 2016.8.4. 교부받았고, 매수인들이 위의 절차를 수행하기 위하여 필요한 기부채납 확약서와 건축승낙서에 청구인들은 2016년 8월에 인감도장을 날인해 주었으며, 이에 OOO에 2016년 8월 쟁점토지에 대한 분할(7필지) 신청이 이루어졌고, 매수인별로 2016.8.10. 건축허가도 신청하였다.

(7) 청구인들은 2016.9.2. 쟁점주택을 멸실하였고, 2016.9.8. 청구인들과 매수인들 간에 이 건 매매거래와 관련한 잔금청산이 이루어졌으며, 같은 날 쟁점토지가 7필지로 분할등기되어 매수인들(OOO 외 5인)에게 각각 소유권이전등기가 경료되었다.

(8) 청구인들로부터 2016.9.8. 매수인들에게 쟁점토지의 소유권이전등기 경료시 OOO에 제출된 등기신청서 부본을 열람하여 확인된 쟁점검인계약서와 청구인들이 이 건 양도소득세 예정신고시 첨부서류로 제출한 매매계약서를 비교하면, 모두 청구인들과 매수인들간의 매매계약 체결일자가 2016.9.8.(소유권이전등기접수일)로 기재되어 있고, 청구인들이 2016.7.6. 및 2016.7.7. 수령하여 잔금청산시 상계한 매매대금 OOO원에 대한 기재내역이 없으며, 청구인들(3명)과 매수인들(6명)간에 2016.9.8. 매매계약을 체결하고 매매대금도 같은 날 전액 일시불로 수수하는 것으로 기재되어 있으며, 특약사항{“분할전 732번지(상속토지) 지상에 존재하는 건물(경량철골조 289.79㎡, 쟁점주택) 포함 일괄 매수하기로 하고, 건물의 멸실은 현 매도인이 철거해 주기로 한다”} 기재 여부만 차이가 있으며, 이 특약사항란에 매수인들 전원의 인감이 날인되어 있고, 매수인들은 그 기재내용이 사실이라는 입장이다.

(9) 2016.9.8.자 쟁점검인계약서와 OOO에 신고된 실거래가격 신고내역에 의하면, 청구인들이 분할된 쟁점토지를 매수인들에게 아래 ＜표1＞과 같이 각각 양도한 것으로 되어 있다.

＜표1＞ 분할된 쟁점토지의 필지별 양도내역

(10) 이 건 상속토지(2,066㎡) 중 분할된 쟁점토지(1,100㎡)는 아래의 지적도상 상단 부분의 7필지이고, 잔여토지(966㎡)는 하단 부분의 3필지이며, 쟁점주택(건물)은 멸실되기 전에 음영으로 표시된 부분에 위치하고 있었다.

(11) 청구인들은 쟁점주택을 멸실(2016.9.2.)하기 전인 2016년 8월경 잔여토지 중 OOO 지상에 컨테이너 3개(각 면적 12㎡∼18㎡)를 설치하고, 그 외부는 판넬로 마감하였으며, 청구인들은 동 컨테이너 바닥에는 보일러 배관이 없고, 주방시설 등 주거기능이 없는 창고임을 입증하는 증거자료로 그 내부가 촬영된 다수의 사진 및 도면 등을 제출하였다.

(12) 청구인들은 쟁점주택에서 사용하던 물품 등을 위 컨테이너에 보관하고, 청구인들 가족은 2016.9.2.부터 2012.12.28.까지는 OOO( 2011.1.18. 사망)로부터 상속받은 OOO의 목사님 방에서 거주하다가 OOO의 노후한 보일러 배관공사를 한 기간인 2016.12.29.부터 2017.1.31.까지는 임차한 주택OOO에서 거주하였다고 주장하면서 그 증거자료로 OOO의 목사님 방 등을 촬영한 다수의 사진, 임차한 위 주택의 임대차계약서, 2016.12.29. 그 임차보증금 OOO원과 월세 OOO원 송금하고, 2017.2.6. 퇴거하면서 동 임차보증금에서 위약금 OOO원을 공제한 OOO원을 반환받은 금융거래내역 등을 제출하였다.

(13) 처분청은 청구인들의 주민등록상 주소를 보면, 쟁점주택에 주소를 둔 1993.6.24.부터 현재까지 변동된 이력이 없으므로 청구인들이 쟁점주택 멸실 이후 잔여토지에 위치한 상기 무허가 건축물(컨테이너)에서 거주한 것으로 봄이 타당한바, 이를 사실상 주택에 해당하는 것으로 보아야 한다는 의견을 제시하면서 이와 멸실되기 전 쟁점주택의 외관이 촬영된 사진을 증빙자료로 제출하였다.

(14) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구인들이 쟁점주택을 2016.9.2. 철거한 후 쟁점토지만 2016.9.8. 매매계약을 체결하여 양도한 것으로 보아 이에 대하여 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하였으나, 청구인들(모친, 장남, 차남) 가족은 부친과 함께 장기간 거주하던 쟁점주택(1세대 1주택)을 2011.1.18. 사망한 부친으로부터 공동으로 상속받아 계속하여 거주하다가 쟁점주택과 쟁점토지에 대하여 매수인들(6명)이 선정한 대표자인 OOO과 2016.7.6. 및 2016.7.7.에 구두로 매매계약을 체결하여 그 계약금으로 총 매매대금 OOO원의 OOO에 상당하는 OOO원(쟁점계약금)을 송금받은 것으로 보이고, 그 계약 조건에 따른 매수인들의 요구로 쟁점주택을 2016.9.2. 철거한 후, 쟁점토지만 매수인들에게 2016.9.8. 소유권이전등기가 경료된 것으로 보인다.

(나) 처분청은 쟁점검인계약서를 근거로 청구인들과 매수인들 간에 이 건 매매계약이 체결된 일자를 2016.9.8.로 보았으나, 쟁점검인계약서상에는 청구인들이 2016.7.6. 및 2016.7.7. 수령한 쟁점계약금에 대한 기재내용이 없고, 총 매매대금에서 이를 차감하지 아니한 금액을 일시불로 상기 일자에 수수하는 것으로 되어 있는 점, 2016년 8월에 청구인들의 동의(인감도장 날인 및 인감증명서 교부)하에 OOO에 매수인별로 쟁점토지에 대한 분할 신청 및 건물 신축허가 신청이 이루어진 점, 2016.9.8. 하루 만에 청구인들과 매수인들(6명) 간에 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하고, 그 매매대금 총액을 매매계약한 당일 날 전액 수수하며, OOO에 실거래가 신고 및 소유권이전등기 경료까지 모두 일시에 이루어졌다는 처분청의 의견은 설득력이 낮아 보이는 점 등에 비추어 쟁점검인계약서는 그 계약일자 등을 등기의 편의상 법무사 사무실 직원이 형식적으로 작성한 것이라는 청구주장이 사실로 인정된다.

(다) 처분청은 설령 쟁점주택이 존재하던 2016.7.6. 및 2016.7.7.에 이 건 매매계약이 체결되었다고 하더라도 그 당사자 간에 매매대금을 쟁점토지의 면적을 기준으로 하여 책정하였으므로 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하여야 한다고 하나, 구주택과 그 부수토지에 대한 매매계약을 체결하면서 매매당사자 간에 토지의 면적을 기준으로 하여 일괄적으로 매매대금을 책정하였다고 하여 그 지상 주택이「소득세법」상 양도자산에서 제외되는 것은 아니라 할 것이고, 청구인들이 매수인들에게 제시한 쟁점토지의 평당 매매대금에는 그 지상에 대부분 위치하여 쟁점토지와 함께 처분할 수 밖에 없는 쟁점주택(약 88평)에 대한 대가가 포함되어 있는 것으로 봄이 합당하다. 또한, 양도계약 당시 존재하던 구주택을 철거하는 조건부로 계약체결을 하고 이를 철거하여 그 부수토지를 나대지 상태에서 양도하였다 하여 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하는 것은 그 입법취지에 맞지 않고 불합리하여 위법·부당하다 할 것이며(대법원 1994.9.13. 선고 94누125판결, 국심 1994전5956, 1995.12.8. 등 참조), 마찬가지로 그 부수토지가 분할되기 이전에 양도계약이 체결되었으나, 매수인의 요구에 의하여 분할되어 각 소유권이전등기가 경료된 경우에도 이를 이유로 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하는 것 역시 타당하지 않다 하겠다(국심 1996서2214, 1996.10.11. 같은 뜻임).

(라) 처분청은 청구인들이 쟁점주택(약 88평)이 멸실된 이후 쟁점주택에서 보관하던 가구, 물품, 교회 용품 등을 일시적으로 보관하기 위하여 잔여토지에 설치한 컨테이너 3개를 창고가 아니라 사실상 주택에 해당하는 것으로 보아야 한다는 입장이나, 그 컨테이너들의 도면 및 내부현황(현장사진)에 의하면, 컨테이너의 각 면적이 약 4평〜5평에 불과하고, 상시 주거에 공할 수 있는 시설과 기능이 갖추어져 있던 것으로 볼 수 없는 반면, 처분청은 이를 주택으로 볼 만한 구체적인 증거자료를 제시한 바 없으므로, 사실상 위 컨테이너가 구주택인 쟁점주택을 멸실하고 재건축한 주택임을 전제로 하는 처분청의 의견은 더 나아가 살펴볼 필요가 없다 할 것이다.

(마) 그 밖에 처분청은 청구인들이 쟁점주택을 상속토지 중 쟁점토지 지상에 위치한 부분과 그 외의 부분으로 분할하여 그 중 쟁점토지의 지상에 위치한 부분만 양도하면서 철거하여 잔여토지의 지상에 주택이 남은 것으로 보아야 한다는 의견도 제시하고 있으나, 청구인들이 상속토지와 분할되어 있지 않아 경계가 분명치 않았던 쟁점토지에 대하여 매매계약을 체결하였는데, 그 지상에 대부분 정착되어 있던 하나의 건물인 쟁점주택을 처분청의 의견과 같이 두 개의 주택으로 분할(절단)하여 쟁점토지의 지상에 위치한 그 건물 대부분을 철거하면서 잔여토지에 남은 부분이 주택으로 존치되었을 개연성은 거의 없어 보이고, 처분청은 이러한 의견이 사실임을 입증할만한 증거자료를 제시한 바 없다.

또한, 처분청은 청구인들이 고 OOO 목사로부터 상속받은 OOO 내에 있는 목사님 방을 사실상 별개의 독립된 주택으로 보아 청구인들 1세대가 2주택을 보유하여 온 것으로 보아야 한다는 의견도 제시하고 있으나, 그 교회 전체로서의 주된 용도로 따라 이를 종교시설로 봄이 타당하다 할 것이다.

(바) 위와 같은 점 등을 종합할 때, 처분청이 청구인들에게 한 이 건 양도소득세 부과처분은 1세대 1주택 비과세에 관한 법리 오해와 잘못된 사실판단에서 기인한 것으로 보인다. 따라서, 청구인들 가족이 장기간 거주하면서 소유한 1주택과 그 부수토지인 쟁점주택과 쟁점토지에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.