2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2007. 6. 27. 성남판교지구 택지개발사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)과 관련하여 한국토지공사와 사이에 성남시 분당구 AA동 548-2 종교용지 1,012㎡(이하 위 토지 중 아래에서 보는 바와 같이 위 토지에서 분할된 AA동 548-4 종교용지 98 ㎡를 제외한 914㎡를 '이 사건 존치토지'라 한다)에 관하여 환매특약부존치대상토지 매매계약(이하 '이 사건 환매계약기라 한다)을 체결하고, 2007. 7. 23. 이 사건 환매계약에 기하여 한국토지공사에게 이 사건 존치토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주면서 환매특약등기를 하였는데, 이 사건 환매계약의 주요 내용은 다음과 같다.

제2조 (대금의 부지급) 이 계약은 조성사업의 내용에 따라 목적토지를 획지정리한 후 반환될 것을 목적으로 하므로 한국토지공사는 원고에게 목적토지의 대가를 지급 하지 아니하기로 하며 원고는 이를 승낙한다.

제6조 (존치부담금의 납부)

① 원고가 한국토지공사에게 지급할 존치부담금은 94,332,798원으로 한다.

② 제1항의 존치부담금은 원고의 소유로서 한국토지공사가 취득할 토지의 보상맥과 상계할 수 있다.

제7조 (취득부지의 취득 및 물건보상)

③ 원고는 성남시 분당구 AA동 548-2 종교용지 98㎡(토지이용계획에 따라 AA동 548-2 토지에서 분할 후 해당면적 취득, 2007. 7. 16. 분할되어 성남시 분당구 AA동 548-4 종교용지 98㎡가 되었다), 같은 동 542 답 430㎡, 같은 동 544 답 2,658㎡, 합계 3,186m (이하 위 토지들을 지번으로 특정하고, 통칭할 때는 '이 사건 각 토지'라 한다) 및 물건에 대한 보상금을 3개 감정평가기관이 평가한 금액을 산술평균한 금액으로 하여 2,236,440,803원(이 중 548-4 토지의 취득대 금은 140,042,000원, 542 토지의 취득대금은 271 ,337,667원 , 544 토지의 취득대금은 1,645,936,666원으로, 이 사건 각 토지의 취득대금은 합계 2,057,316,333원임)을 취득부지 및 물건의 보상금으로 지급한다.

④ 제1항의 취득부지 및 물건의 취득대금은 그 지급을 유예하고 존치건축물의 소유자가 납부할 존치부담금 및 공급부지의 대금과 이를 상계할 수 있다.

나. 그 후 원고는 한국토지공사와 사이에 이 사건 환매계약 제7조 제1항에서 정한 금액을 매매대금으로 하여, 542, 544 토지에 관하여는 2007. 6. 28. 매매계약을 체결하고, 548-2 토지에 관하여는 2007. 7. 20. 매매계약(이하 이 사건 각 토지에 관한 매매계약을 통칭하여 '이 사건 제1차 각 매매계약'이라 한다)을 체결하였으며, 2007. 7. 23. 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 한국토지공사에게 이 사건 각 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었는데, 이 사건 제1차 각 매매계약의 주요내용은 다음과 같다.

제2조 (대금의 지급)

① 원고는 대상토지의 소유권이전 등에 필요한 제반 서류를 구비하여 한국토지공사에게 제출한 후 매매대금을 청구하며, 한국토지공사는 소유권이전이 가능하다고 인정되는 경우 그 매매대금을 원고에게 일시불로 전액 지급하기로 한다.

※ 특약사항

1. 이 계약 대상토지는 존치계약에 따른 취득부지로 매매대금 지급을 보류하고 향후 공급대금과 상계처리한다.

다. 원고는 2007. 11. 26. 이 사건 사업에 따라 정리된 이 사건 각 토지 중 일부인 성남시 분당구 AA동 497-2 종교용지 2,722㎡를 한국토지공사로부터 대금 2,881,430,262원에 매수하되, 계약보증금 288,143,026원과 1차 할부금 1,853,964,966원, 합계 2,142,107,992원은 계약 당일 지급하고, 2차 할부금부터 11차 할부금은 2008년부터 2012년까지 매년 5. 26.과 11. 26.에 나누어 지급하기로 하는 내용의 매매계약(이하 '이 사건 제2차 매매계약'이라 한다)을 체결하였다.

라. 원고는 2008. 6. 2. 이 사건 각 토지에 관하여 양도소득 과세표준을 1,424,833,437원으로 산정하고 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 산출세액 중 100,000,000원을 감면세액으로 차감하여 양도소득 과세표준을 확정신고(이하 '이 사건 신고'라 한다)하였다가, 2008. 11. 17. 이 사건 각 토지의 양도는 환지 등에 해당될 뿐만 아니라 이 사건 각 토지는 비영리내국법인의 고유목적사업용 고정자산이므로 양도소득세 과세대상이 아니라고 보아 경정청구하였다.

마. 피고는 위 경정청구를 거부하면서 원고가 이 사건 신고에 따른 신고세액 401,240,037원을 납부하지 않았으므로, 위 신고세액에 납부불성실 가산세 43,815,412원을 더하여 2009. 6. 1. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 445,055,440원을 경정ㆍ고지 (이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 6. 15. 피고에게 이의신청을 제기하였으나, 2009. 7. 9. 기각되었고, 2009. 9. 4. 조세심판원장에게 심판청구를 제기하였으나, 2009. 12. 29. 위 심판청구 역시 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 5, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6, 13, 14호증, 을 제1호증의 1. 2의 각 기재 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 비영리종교법인 소유의 토지

이 사건 각 토지는 비영리종교법인인 BB정사의 소유로, BB정사의 고유목적에 직접 사용되는 고정자산에 해당하여 양도소득세 비과세대상이다.

(2) 이 사건 각 토지의 양도 여부

이 사건 제1차 각 매매계약은 이 사건 환매계약에 부수하여 체결된 것으로, 그 실질은 환매계약이라고 할 것인데, 원고는 이 사건 각 토지를 공익사업을 위하여 한국 토지공사에게 매도한 후 이 사건 각 토지의 일부를 한국토지공사로부터 매도한 가격보다 훨씬 높은 가격으로 다수 매수한 것이고, 실제 금전의 수수도 없었으므로, 이를 자산이유상으로 이전된 것이라고 할 수 없어서, 양도소득세 과세대상이 아니다.

(3) 도로

이 사건 각 토지 중 548-4 토지는 도로인바, 도로는 양도소득세 비과세 대상이다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 비영리종교법인 소유의 토지 주장에 대한 판단

(가) 살피건대, 원고가 이 사건 각 토지의 실질적인 소유자라고 주장하는 BB정사는 국세기본법 제13조 제1항에서 법인으로 보는 단체로 규정하고 있는 ① 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것이나 ② 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것에 해당하지 않음은 명백해 보인다. 그렇다면 BB정사는 사실상 국세기본법 제13조 제2항에서 규정하고 있는 신청과 승인에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체의 일종이라고 보아야 할 것인데, BB정사가 위 규정에 의하여 관할 세무서장에게 신청을 하여 승인을 얻었다고 볼 증거가 없다.

(나) 따라서 BB정사는 국세기본법상 법인으로 보는 단체에 해당하지 않고, 이는 관할세무서장으로부터 국세기본법 제13조 제2항에 따른 승인을 받지 않은 이상 BB정사가 자신의 명의로 피고로부터 납세번호증을 교부받았다고 하여도 이는 소득세법 제168조 제5항에 따른 것일 뿐이고, 이를 국세기본법상의 승인으로 볼 수는 없으므로, BB정사가 국세기본법상 법인으로 보는 단체에 해당함을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(2) 이 사건 각 토지의 양도 여부 주장에 대한 판단

(가) 양도소득세는 자산의 양도로 발생하는 소득에 부과하는 세금인데, 소득세법 제88조는 "양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다"고 규정하고 있다.

(나) 이 사건으로 돌아와 살피건대, 처분의 경위사실에서 본 바와 같이 이 사건 제1차 각 매매계약을 통한 이 사건 각 토지의 매도와 이 사건 제2차 매매계약을 통한 이 사건 각 토지 중 일부의 매수는 각 별도의 매매계약을 통한 유상거래라고 할 것이고, 이는 비록 이 사건 각 토지의 매도대금과 이 사건 각 토지의 매수대금을 상계하기로 하는 내용의 특약에 의하여 위 각 매매계약의 당사자인 원고와 한국토지공사 사이에 실제 금전의 수수가 없었다고 하더라도 마찬가지이므로 이 사건 각 토지의 매도는 소득세법상 양도소득세의 부과대상이 되는 자산의 양도에 해당한다(이와는 달리 이 사건 존치토지의 매매와 관련된 이 사건 환매계약은 대가를 지급하지 않기로 하는 내용의 명시적인 약정이 있어 이를 자산이유상으로 이전되는 것이라고 볼 수 없고, 따라서 피고도 이 사건 존치토지에 관해서는 양도소득세를 부과하지 않았다).

(다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 도로 주장에 대한 판단

살피건대, 548-4 토지는 앞서 본 바와 같이 종교용지로서 이를 도로라고 볼 증거가 없을 뿐만 아니라, 도로라고 하여 양도소득세의 비과세대상이 되는 것도 아니므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.