2.소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2011. 5. 4. 원고에 대하여 한 2006년 제1기분 부가가치세 000원, 2006년 제2기분 부가가치세 000원, 2007년 제1기분 부가가치세 000원, 2007년 제2기분 부가가치세 000원, 2008년 제1기분 부가가치세 000원, 2008년 제2기분 부가가치세 000원, 2009년 제1기분 부가가치세 000원, 2009년 제2기분 부가가치세 000원, 2010년 제1기분 부가가치세 000원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 20XX. X. XX. 설립된 복합운송주선업, 화물운송업 등을 영위하는 법인이다.

"나. 원고는 2004년 제2기분부터 2010년 제1기분 부가가치세 과세기간 동안 BBB 주식회사(이하 'BBB'라 한다)와 사이에 국제복합운송계약을 체결한 후, 홍콩에 소재한 CCCC Ltd(이하 'CCCC'라 한다)의 선박을 이용하여 OO지역에 OOO를 수출하였고, BBB로부터 해상운송용역에 대한 총 000매 000원의 영세율세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 수취하여, 같은 과세기간에 대한 부가가치세를 신고하였다.",다. 서울지방국세청장은 2010. 10. 15.부터 2011. 2. 28.까지 원고에 대한 법인세통합조사를 실시하였고, 원고가 CCCC의 국내대리점인 DD해운 주식회사(이하 'DD해운'이라 한다)와 실제 용역거래를 한 것으로 보아 BBB로부터 수취한 이 사건 세금계산서를 공급자가 다른 세금계산서라고 판단하여 피고에게 과세자료를 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 2011. 5. 4. 원고에 대하여, 2004년 제2기분 부가가치세 000원, 2005년 제1기분 000원, 2005년 제2기분 000원, 2006년 제1기분 부가가치세 000원, 2006년 제2기분 부가가치세 000원, 2007년 제1기분 부가가치세 000원, 2007년 제2기분 부가가치세 000원, 2008년 제1기분 부가가치세 000원, 2008년 제2기분 부가가치세 000원, 2009년 제1기분 부가가치세 000원, 2009년 제2기분 부가가치세 000원, 2010년 제1기분 부가가치세 000원 합계 000원(세금계산서불성실가산세로만 구성되어 있다)을 경정・고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2011. 7. 29. 이의신청을 제기하였으나, 서울지방국세청장은 2011. 12. 29. 원고의 이의신청을 기각하였다.

바. 그러나 피고는 이의신청 진행 중인 2011. 11. 23. 부과제척기간의 도과를 이유로

2004년 제2기분 부가가치세 000원, 2005년 제1기분 000원, 2005년 제2기분 000원 합계 000원을 직권으로 감액경정하였다. (피고가 당초 경정・고지한 000원에서 직권감액된 000원을 제외한 나머지 000원의 부가가치세(2006년 제2기분부터 2010년 제1기분까지)의 부과처분을 '이 사건 부과처분'이라 한다.

사. 원고는 2012. 4. 4. 이 사건 부과처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2012. 12. 26. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제9, 10호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호

포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고와 BBB는 CCCC를 위한 복합화물운송주선업무를 분할하여 수행한 점, BBB가 원고와 동일한 내용의 거래를 원고와 같은 역할을 하는 4개의 다른 법인과도 거래하였으나 피고가 다른 4개의 법인에 대하여는 영세율계산서 불성실가산세를 부과하지 않은 점, BBB는 서렌더 요청, 대금의 회수 및 지급, 거래관계자들에 대한 신용의 공여, Master B/L의 전달 등 실제로 일정한 용역을 수행한 점, 피고는 CCCC와 원고가 특수관계에 있다는 점에 착안하여 이 사건 처분을 한 점 등을 종합하며 보면,이 사건 계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아님에도 불구하고 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.

■ 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것)

제16조(세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 세금계산서 라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 (訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

제17조(납부세액)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항・제2항・제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 인정사실

(1) 원고, BBB, CCCC 사이의 거래흐름은 다음과 같다(아래에서 청구법인은 원고를 의미한다).

(2) 원고와 BBB 사이에 2007. 1. 1. 체결된 국제복합운송계약서의 내용 중 중요한 것은 다음과 같다.

원고(이하 '갑'이라 한다)와 BBB(이하 '을'이라 한다)는 국내 OOO 해상운송업무를 수행함에 있어 서로의 신의와 성실을 바탕으로 원만한 업무를 수행할 수 있도록 아래의 내용에 합의한다.

제1조(목적) 본 합의의 목적은 갑과 을이 서로의 긴밀한 협조 하에 을이 수송하는 국내 OOO 해상운송의 원활한 업무 수행을 할 수 있도록 상호 협력함은 물론 양사간의 업무를 구분하여 효율성을 제고함에 있다.

제2조(대상 업무의 범위) 본 계약에 의거한 을의 업무 범위는 다음과 같다.

1) 갑으로부터 받은 화물을 근거로 해당 선박 Space 조절

2) 해당 선박 운영, 운항 및 이와 관련된 모든 부대 행위

제4조(배선)

1. 을은 갑에게 선적항 도착 30일 전에 해당 선박의 배선 스케줄을 사전 통보한다.

2. 갑은 을이 확보한 선박을 활용하여 수송함을 원칙으로 한다.

제5조(운임결정 및 지불 조건)

1. 갑과 을은 합의된 화물을 기준으로 시장 상황에 따라 해상운송 운임을 결정하고, 상호 서면 통지가 없을 시에는 동 운임으로 진행함을 원칙으로 한다.

2. 갑은 국내 OOO해상운송 운임을 매 항차 을에 의해 제시되는 B/L 및 세금계산서에 따라 B/L Surrender 전 송금할 것을 보증한다.

제6조(선복 제공)

1. 을은 갑으로부터 받은 선적 의뢰량을 최대한 신의를 가지고 선적, 운송함을 원칙으로 하며, 부득이한 경우에는 상호 합의하에 선적량을 조절한다.

제7조(책임과 권한)

1. 갑은 매 항차 발생되는 총 해상 운임을 정해진 날짜에 의거 을이 제시하는 계좌로 송금한다.

3. 을은 갑에게 양질의 안정적인 최상의 서비스를 제공을 위하여 필요한 적정 인원 및 제반 사무환경, 통신수단, 장비・설비 등을 최적의 상태로 유지한다.

4. 을은 갑으로부터 운송 의뢰받은 화물을 인도받은 장소로부터 목적지까지의 운송에 대하여 책임을 진다.

BBB(이하 '갑'이라 한다)와 CCCC(이하 '을'이라 한다)는 OO발 OOO 해상운송 업무를 수행함에 있어 서로의 신의와 성실을 바탕으로 원만한 업무를 수행할 수 있도록 아래의 내용에 합의한다.

제1조(목적) 본 합의의 목적은 갑과 을이 서로의 긴밀한 협조 하에 을이 수송하는 OO발 OOO 해상운송의 원활한 업무 수행을 할 수 있도록 상호 협력함은 물론 양사간의 업무를 구분하여 효율성을 제고함에 있다.

제2조(대상 업무의 범위) 본 계약에 의거한 을의 업무 범위는 다음과 같다.

1) 갑으로부터 받은 화물을 근거로 해당 선박 Space 조절

2) 해당 선박 운영, 운항 및 이와 관련된 모든 부대 행위

제4조(배선)

1. 을은 갑에게 선적항 도착 30일 전에 해당 선박의 배선 스케줄을 사전 통보한다.

3. 갑은 을이 확보한 선박을 활용하여 수송함을 원칙으로 한다.

제5조(책임과 권한)

1. 갑은 매 항차 발생되는 총 해상 운임을 정해진 날짜에 의거 을이 제시하는 계좌로 송금한다.

3. 을은 갑으로부터 요청받은 제품의 수출 선적과 관련하여 발생하는 선복 수배, 용선료, 제연료비, 항만 사용료, 대리점 수수료 등 선박 운영 및 영업/운항과 관련된 모든 제반 비용을 집행한다.

4. 을은 갑에게 양질의 안정적인 최상의 서비스를 제공을 위하여 필요한 적정 인원 및 제반 사무환경, 통신수단, 장비・설비 등을 최적의 상태로 유지한다.

5. 을은 갑으로부터 운송 의뢰받은 화물을 인도받은 장소로부터 목적지까지의 운송에 대하여 책임을 진다.

Memorandum No. 1

BBB와 CCCC는 OO발 OOO 해상운송 기본합의서를 수행함에 있어 이면 약관으로 아래의 내용에 합의한다.

1. 갑은 을이 제시하는 요율에 의거 을을 대신하여 OOO OOO 해상운송 운임을 징구/회수함에 있어서 전적으로 일체의 책임을 가지고 수행함을 보증하고, 을이 행하는 모든 영업/운항, 기타 관련 업무에 있어서 일체 관여하지 않음을 보증한다.

2. 을은 갑에게 매 항차 발생되는 총 운임에 대해 Handling Charge를 지불하며, 그 요율은 다음과 같이 정한다.

1) OOO OOO 해상운송에 대해서는 0%를 지급한다.

2) 갑과 을은 시장 상황에 따라 상호 합의하에 매 6개월마다 각각의 Handling Charge Rate를 조절

(3) CCCC 사이에 20XX. X. X. 체결된 해상운송 기본합의서 및 그에 첨부된 Memorandum No. 1의 내용 중 주요한 것은 다음과 같다.

(4) BBB와 EEEE. 사이에 2005. 4. 25. 체결된 해상운송 기본합의서 및 그에 첨부된 Memorandum No. 1의 내용 중 주요한 것은 다음과 같다.

BBB(이하 '갑'이라 한다)와 EEEE(이하 '을'이라 한다)는 국내 OOO 및 OOO OO 해상운송 업무를 수행함에 있어 서로의 신의와 성실을 바탕으로 원만한 업무를 수행할 수 있도록 아래의 내용에 합의한다.

제1조(목적) 본 합의의 목적은 갑과 을이 서로의 긴밀한 협조 하에 을이 수송하는 OO OOO 및 OOO OO 해상운송의 원활한 업무 수행을 할 수 있도록 상호 협력함은 물론 양사간의 업무를 구분하여 효율성을 제고함에 있다.

제2조(대상 업무의 범위) 본 계약에 의거한 을의 업무 범위는 다음과 같다.

1) 갑으로부터 받은 화물을 근거로 해당 선박 Space 조절

2) 해당 선박 운영, 운항 및 이와 관련된 모든 부대 행위

제4조(배선)

1. 을은 갑에게 선적항 도착 30일 전에 해당 선박의 배선 스케줄을 사전 통보한다.

3. 갑은 을이 확보한 선박을 활용하여 수송함을 원칙으로 한다.

제5조(책임과 권한)

1. 갑은 매 항차 발생되는 총 해상 운임을 정해진 날짜에 의거 을이 제시하는 계좌로 송금한다.

3. 을은 갑으로부터 요청받은 제품의 수출 선적과 관련하여 발생하는 선복 수배, 용선료, 제연료비, 항만 사용료, 대리점 수수료 등 선박 운영 및 영업/운항과 관련된 모든 제반 비용을 집행한다.

4. 을은 갑에게 양질의 안정적인 최상의 서비스를 제공을 위하여 필요한 적정 인원 및 제반 사무환경, 통신수단, 장비・설비 등을 최적의 상태로 유지한다.

5. 을은 갑으로부터 운송 의뢰받은 화물을 인도받은 장소로부터 목적지까지의 운송에 대하여 책임을 진다.

Memorandum No. 1

BBB와 EEEE는 OO OOO 및 OO OO 해상운송 기본합의서를 수행함에 있어 이면 약관으로 아래의 내용에 합의한다.

1. 갑은 을이 제시하는 요율에 의거 을을 대신하여 OO OOO 및 OOO OO 해상운송 운임을 징구/회수함에 있어서 전적으로 일체의 책임을 가지고 수행함을 보증하고, 을이 행하는 모든 영업/운항, 기타 관련 업무에 있어서 일체 관여하지 않음을 보증한다.

2. 을은 갑에게 매 항차 발생되는 총 운임에 대해 Handling Charge를 지불하며, 그 요율은 다음과 같이 정한다.

1) OO OOO해상운송에 대해서는 0%를 지급한다.

2) OO OO 해상운송에 대해서는 0%를 지급한다.

2) 갑과 을은 시장 상황에 따라 상호 합의하에 매 6개월마다 각각의 Handling Charge Rate를 조절한다.

(5) 원고는 화주로부터 받은 운송대금을 BBB에게 송금하였고, BBB는 원고에게 운송대금이 용역대가로 기재된 영세율세금계산서를 발행하였다. 또한 BBB는 원고로부터 받은 운송대금에서 Handling Charge에 해당하는 수수료를 공제한 나머지 금원을 CCCC에게 송금하였다.

(6) 원고의 대표이사인 FFF은 2011. 1. 17. 세무조사과정에서 세무공무원에게 다음과 같이 진술하였다.

○ OOO 수출업에 종사하던 FFF은 2004. 6.경 GGG에게 보유하고 있는 OOO 운반선의 스페이스(선복) 제공을 요청하였는데, GGG은 OOO 영업을 도와줄테니 포워더인 원고를 설립하라고 하여 원고를 설립하였다.

○ GGG은 원고 설립 당시 원고가 DD해운의 전용 포워더로 일하기 위해서는 원고의 지분 50%를 달라고 요청하여, FFF은 GGG에게 GGG의 부인인 III, 처제인 HHH 명의로 원고의 지분 50%를 주었다.

○ 원고는 포워더 입장에서 DD해운과 거래시 가장 큰 업무는 선복량 조절이고, 선복량 구입을 위하여 DD해운의 JJJ 이사, KKK 이사와 영업을 하였는데, 원고의 LLL 이사가 이 업무를 전적으로 맡아서 하였다.

○ FFF은 GGG과 OOO 근무 당시 동료였고, MM그룹이 소유하고 있는 선박들이 고정적인 화물을 확보하기 위하여 OOO, 원고 등 포워더를 GGG의 지인들에게 설립하도록 하였고, 이러한 포워더들은 사실상 CCCC의 전담 포워더로서 고정적으로 MM그룹의 배를 이용하여 영업을 하였으므로, 원고의 운영에 있어서 GGG의 영향력은 상당했다.

○ DD해운의 전용 포워더로는 OOO, PPP, QQQ, RRR, 원고가 있다.

○ 원고와 BBB 사이에 2007. 1. 1. 체결된 복합운송계약서는, DD해운의 JJJ 이사와 KKK 이사가 원고의 LLL 이사에게 BBB를 경유하여 OOO 영업을 하도록 연락이 왔으며, 원고는 수용할 수밖에 없는 입장이었고, 국제복합운송계약서상 원고로부터 받은 화물을 근거로 해당 선박의 스페이스 조절과 해당 선박 운영, 운항 및 이와 관련된 모든 부대행위를 BBB의 업무범위로 정하고 있는데, 실제로 BBB로부터 이러한 용역을 제공받은 사실이 없으며 BBB는 원고가 화주로부터 받은 대금을 CCCC에게 보내주는 역할만 한 것으로 알고 있고, 수금 업무 이외에 BBB로부터 제공받은 재화나 용역은 없다.

○ BBB의 OOO과 OOO를 위한 목적으로 BBB가 요청한 OOO를 GGG이 도와 준 것으로 알고 있다.

○ BBB가 없어도 영업면에서 전혀 지장이 없고 이중 포워더계약은 없는 것으로 알고 있다.

○ 경제적 약자인 원고는 GGG과 BBB 사이에 합의된 결과에 따라서 BBB를 경유하여 대금을 줄 수밖에 없었고, BBB가 발행하여 주는 세금계산서를 받을 수밖에 없었다.

○ 당시에는 BBB와의 거래는 정상으로 판단하였다.

(7) SSS는 2010. 11. 12. 세무조사과정에서 세무공무원에게 다음과 같이 진술하였다.

○ 원고는 DD해운의 포워더 대리점으로서, 포워더는 배를 소유하고 있지 않은 해운업계의 브로커로서 주요 OO(OOO OOOO)로부터 해상운송을 의뢰받고, 이를 운송하기 위하여 선사인 DD해운으로부터 스페이스(선복량)를 할당받아 그에 대한 운송료를 지급하고, 해외에 있는 수하인(콘사인) 에게 화물을 인도하는 일련의 과정을 중개하는 화물주선업자이다.

○ 원고의 DD해운과 거래업무에 있어서 BBB는 실제로 하는 역할이 없는바지이고, SSS는 영업을 하면서 BBB 영업담당자 및 관련자들을 한번도 만난 적이 없다.

○ OOO, OO, OOO 등으로 OOO 수출을 할 경우 이유는 모르겠지만 선복량 결정 등 모든 업무는 다른 나라로 수출하는 경우처럼 DD해운과 직접 상의를 하였으나, 유독 대금은 DD해운으로 바로 송금하지 않고 BBB를 통하여 한 것으로 알고 있다.

○ 원고는 선복량 신청을 BBB에게 한 번도 한적이 없으며, BBB는 그런 업무를 하는 직원이 없는 것으로 알고 있다.

○ SSS는 DD해운의 KKK 이사, 그 이전에는 JJJ 이사로부터 선복량 결정과 관련된 업무를 하였고, BBB와 영업을 한 사실이 전혀 없으며, BBB는 그 당시 선박을 소유한 선사도 아니었고, BBB의 역할이 전혀 없었다.

(8) DD해운의 업무팀 이사대우였던 KKK은 2011. 2. 14. 세무조사과정에서 세무공무원에게 다음과 같이 진술하였다.

○ 해상운임 결정과정에서 BBB가 해상운임을 스스로 결정한 것이 아니고 DD해운이 시장상황에 따라 OO별로 결정한 운임을 원고에게 통보하고 대금수금업무를 하고 있는 BBB에게 운임 인보이스를 보내 주며, 선적항에 배가 입항하기 전에 원고 등 포워더에게 직접 선적스케줄을 통보해 주고 선복량을 결정하라는 메일을 보내는데, 선적스케줄 통보는 DD해운의 담당직원들이 메일로 하고 KKK은 원고의 SSS 이사에게 수시로 통화하면서 마켓동정에 대해 전체적으로 의견을 나누는 역할을 하였다.

○ 원고는 DD해운의 전용 포워더이고 CCCC 소유의 배만 이용하여 OO으로 OOO 수송업무를 하고 있으며, DD해운과 직접 선복량을 결정하고 DD해운에서 결정된 운임에 따라서 대금을 받는 것이지 BBB릍 통해서 선복량을 굳이 결정할 필요는 없었고, BBB는 운임결정 및 선복량 결정을 한 적이 없었다.

○ 선복량 결정과정의 업무흐름은, DD해운의 실무자들이 포워더사(원고, OOO, OOOOO 등)의 영업담당자들에게 화물집하물량이 얼마나 되는지 이메일로 발송하면, 포워더들은 화물집하물량을 DD해운의 담당자들에게 통보를 하고, DD해운은 각 포워더에게 선복에 맞게 스페이스를 통보하고 공급을 조절하는 역할을 하였다.

○ 원고의 선복량 결정은 KKK이 원고의 SSS 이사를 만나서 하고 있는데 DD해운으로 방문을 하기도 하고 이메일, 유선으로 연락을 하는 경우가 많았으며, CCCC가 처음 OOO 사업에 진입할 때 OOOOO 물량을 확보하기 위해서 BBB와 좋은 관계를 유지하기 위해 BBB가 요구하는 매출을 늘려주었고 또한 수수료를 지급하였는데, BBB가 독자적으로 배를 구입해서 영업을 하면서 BBB와의 관계가 틀어졌고, 2010. 3. 거래가 중단된 것으로 알고 있다.

○ BBB가 빠지면서 대금을 원고가 직접 홍콩의 CCCC로 바로 송금하고 있다.

(9) BBB의 부장이었던 TTT는 2011. 1. 20. 세무조사과정에서 세무공무원에게 다음과 같이 진술하였다.

○ TTT는 2005년부터 2007년말까지 BBB에서 영업업무를 담당하였고, 이중 포워더로서 원고의 역할은 화물관리만 해주는 역할을 한 것으로 알고 있으며, BBB의 영업형태는 원고로부터 선적의뢰서를 받아 CCCC에게 전달하고 CCCC가 발행한 Surrender B/L을 원고에게 제공하는 한편, 포워더로서 대금청구용 인보이스와 세금계산서를 발행한 사실이 있다(별도의 선하증권을 발행한 사실은 없다).

○ BBB는 DD해운의 JJJ를 통해서 (선박 스페이스 조절업무) 영업을 한 사실이 있는바, 선복량이 결정되면 원고의 SSS에게 선복량 결정과 관련하여 전화상으로 가끔 통화를 하였고, 유선상으로 선복량 통보, 예상 물량 동향, OOO시황에 대해 알려주었으며, 선복량을 결정할 때마다 통화한 것은 아니고, 통화사실에 대하여 서류화한 것은 없고, 다만 이러한 업무를 매번 하지는 않았으며, 국제복합운송계약서 제2항상의 '선박 운영, 운항 및 이와 관련된 부대행위'업무는 한 사실이 없다.

○ BBB와 EEEE 간 체결한 계약서(2005. 4. 25.)의 부속서류 Memorandum No. 1에는 'BBB는 EEEE이 제시하는 요율에 의거 EEEE을 대신하여 국내 OOO및 OO발 OO 해상운송 운임을 징구/회수함에 있어서 전적으로 일체의 책임을 가지고 수행함을 보증하고, EEEE이 행하는 모든 영업/운항, 기타 관련 업무에 있어서 일체 관여치 않음을 보증한다.'고 명시되어 있는 반면, BBB와 원고간의 국제복합운송계약서 제2항에는 '해당 선박 운영, 운항 및 이와 관련된 모든 부대행위'라고 되어 있어 EEEE과 원고간의 역할이 상반된 이유는, 작성 자체에 의미를 더 두었기 때문에 문구 자체에 신경을 잘 못쓴 것 같고 단순히 착오인 것 같다.

○ TTT는 FFF 사장을 한 번 만난 적이 있으며, 원고의 SSS 이사가 BBB로 한 달에 한번 TTT를 방문해서 OOO시황, 물동량 캐스트, 선박 관련 정보제공 등에 대한 이야기를 주로 하였다.

○ 원고와 BBB는 포워더의 업무영역을 나누어 대금관리는 BBB가, 영업은 원고가 진행하였으며, 계약서에 영업은 원고, 대금수금은 BBB라고 명시하지 않은 이유는 계약서 작성역량이 부족했기 때문이라고 생각한다.

(10) EEEE의 기획팀 상무이자 GGG의 동서인 UUU는 2011. 2. 16. 세무조사과정에서 세무공무원에게 다음과 같이 진술하였다.

○ 2005. 7. 1. 작성된 해상운송기본합의서 및 Memorandum No. 1(BBB와 CCCC간)에 대해 검토한 결과 BBB의 역할이 없는 상황에서 가공매출은 세법상 문제가 된다고 판단을 하였고, OOO에서도 문제가 있다고 회신이 와, 이후 UUU, VVV 이사, WWW 차장과 OOO의 XXX 상무와 DD해운 사무실에서 BBB의 TTT를 만나 이런 문제점에 대하여 협의를 하였다.

○ BBB도 OO, OO 으로부터 자문을 받았으나 이런 거래가 적법하지 못한 것이라는 회신이 왔고 이에 BBB에서 우리에게 어떤 방안이 없느냐고 물어와 안된다고 답변하였다.

○ 실무진 입장에서는 GGG 회장에게 수차례 BBB와의 거래에 대하여 불가하다는 보고를 하였으나, 추후 GGG의 지시로 해상운송기본합의서에 서명하게 되었고, GGG은 BBB의 이주은 사장과 수시로 만나는 사이였으며, GGG은 추후에 OOO 운송물량을 확보할 목적으로 BBB를 도와 준 것이라고 생각한다.

(11) BBB 관련 합의서 초안에 대한 세무상 검토를 한 OOO이 200X.X. XX. 작성한 보고서는, 'BBB와 EEE 사이의 해상운송기본합의서 초안에 따르면 BBB의 업무범위가 전혀 없으므로, BBB는 거의 아무런 역할을 하지 아니하고 수수료를 받는 것이 되어 세금 위험이 현실화할 가능성이 증가한다'고 기재하고 있다.

(12) 한편, 이 사건 세금계산서를 발행한 BBB는 2013. 6. 1. 사실과 다른 세금 계산서를 발행하였다는 이유로 202,331,840원의 부가가치세를 부과받은 후 2013. 6.28. 위 부가가치세를 모두 납부하였으며, 불복청구를 하지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 10호증, 을 제1 내지 8호증(각 가지번호 있는

것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(가) 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항은 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 '과세의 대상이

되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다'고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조), 부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 등 참조). 또한, 부가가치세 납세의무자가 매입세액 공제의 근거로 제출한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지매입인지 여부 또는 세금계산서의 기재내용의 진위가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

(나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고가 선복제공 등의 실제해상운송용역을 DD해운으로부터 제공받고 있음에도 CCCC와 BBB 사이의 합의에 따라 해상운송운임을 BBB에게 지급하면서 마치 BBB로부터 해상운송용역을 제공받는 것처럼 기재된 이 사건 세금계산서를 수취하였으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 봄이 타당하다.

"① 원고와 BBB 사이에 2007. 1. 1. 체결된 국제복합운송계약서에 따르면, BBB의 업무범위는 '원고로부터 받은 화물을 근거로 해당 선박 Space 조절, 해당선박 운영, 운항 및 이와 관련된 모든 부대 행위'로 되어 있음에도, BBB는 실제로 원고에게 위 계약서에 따른 주요한 용역, 즉 선복제공, 선박의 운영 및 운항 등의 용역을 제공하지 않고 다만 원고가 화주로부터 받은 운송대금을 CCCC에게 송금해 주는 역할만을 하였다(원고 스스로의 주장에 의하더라도 BBB는 CCCC를 위한 복합화물운송주선업무의 일부를 분담하여 행한 것이지 해상화물운송업무를 수행한 것이 아니다).",그러나 BBB는 원고에게 공급대가가 운송대금으로 기재된 영세율세금계산서를 발행하였고, 원고도 이미 이러한 사정을 잘 알고 있었다.

② BBB가 이 사건 거래에 개입하기 이전에는 원고가 화주로부터 받은 운송대금을 CCCC에게 직접 송금하였는데, BBB가 이 사건 거래에 개입한 이후에는 원고가 화주로부터 받은 운송대금을 BBB에게 송금하였고, BBB는 원고에게 운송대금이 용역대가로 기재된 세금계산서를 발행하였으며, 이러한 용역의 대가로 CCCC로부터 Handling Charge에 해당하는 수수료를 수취하였다. 이 사건 세금계산서에 의하면 용역을 공급하는 자는 BBB이고 용역을 공급받는 자는 원고이므로 당연히 원고가 공급받은 용역대가를 BBB에게 지급하여야 하나, BBB는 실제로 자신이 행한 용역, 즉 대금수금업무에 대한 대가를 CCCC로부터 Handling Charge 명목으로 수취하였다. 따라서 설령 BBB가 대금수금업무 과정에서 원고에게 신용을 제공하는 역할을 하였다 하더라도 이 사건 세금계산서는 BBB가 실제로 제공한 용역의 내용과 그 대가를 사실대로 나타내지 못한다.

③ BBB가 선복제공 등의 용역을 제공하지 않았다는 점에 대해서는 세무조사 당시 원고의 대표이사인 FFF, 원고의 영업이사인 SSS, DD해운의 이사대우였던 KKK,EEEE의 상무인 UUU의 진술과 OO의 20XX. X. XX.자 보고서 등을 통하여 충분히 확인되며(이와 같은 관련자들의 진술에 비추어 볼 때 BBB의 부장이었던 TTT의 진술은 믿기 어렵다), 원고와 동일한 이유로 부가가치세를 부과받은 BBB는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 부정하지 아니하였다.

BBB가 거래한 원고와 ④ 같은 지위에 있는 4개의 포워더 업체에 대하여 세무조사가 이루어지지 않았다거나 원고와 CCCC가 특수관계에 있다는 사정은 이 사건부과처분의 적법 여부에 영향을 미치지 않는다.

(다) 따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 부과처분은 적법하고, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.