가. 청구법인은 1999년 제1기～2000년 제2기 과세기간중 청구법인과 특수관계에 있는 (주)OO유통에 OO물류센터 등 7개소(「별지 1」)의 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 임대하고 부동산 가액의 3% 수준인 22,894,004,890원을 수취하여 당해 과세기간 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 특수관계에 있는 법인에게 쟁점부동산을 저가 임대한 것으로 보고, 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정에 의하여 산출한 적정임대료 28,617,506,134원과 청구법인이 수취한 임대료 22,894,004,890원의 차액인 5,723,501,244원(각 사업장별 <표2> 참조)을 해당 과세기간의 과세표준에 가산하여 청구법인에게 「별지 2」와 같이 부가가치세를 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.10.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 부당행위계산 해당여부

청구법인이 자회사에게 쟁점부동산을 농산물유통시설로 이용하도록 임대한 것은 비영리법인인 청구법인의 고유목적사업을 달성하기 위한 것이고, 농림부장관이 유통전문화회사(청구법인의 자회사)에 대한 경영의 조기정착 및 활성화를 위하여 농산물 유통의 전문화체제를 조기에 달성하도록 지시하여, 부동산 가액의 3%를 임대료로 수취하였으며, 동 임대료 수준은 일반 법정도매시장의 사용료에 비해 결코 낮은 것이 아니므로 부당한 대가에 해당되지 아니한다.

처분청은 청구법인이 수취한 임대료가 1998.1.1.부터는 관련법령이 허용하는 최저 임대료가 아니라고 하나, 이 건과 동일한 임대차계약기간 중에 있었던 1998년도분에 대하여 부당행위계산에 해당하지 아니한다고 한 국세심판 결정(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO)과 배치된다.

청구법인과 (주)OO유통은 1998년이전～2000년 기간동안 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 체결하였고, 부동산의 가액이 변동되는 경우에만 임대료를 조정할 수 있도록 약정되어 있으며, 임대료는 계약체결시에 확정되기 때문에 1999.1.1.이후 세법개정이 되더라도 임대계약기간 중에는 임대료를 변경할 수 없을 뿐만 아니라, 주무부처(농림부)의 지시없이 청구법인이 임의로 임대료를 조정할 수 없다.

부당행위계산의 해당여부는 행위당시가 기준이고, 계약체결시점에 청구법인이 수취한 임대료가 부당행위계산에 해당되지 아니한다고 국세심판원이 이미 결정한 바 있으므로 임대차계약기간이 만료될 때까지는 부당행위계산에 해당되지 아니 한다고 보아야 한다.

(2) 소급과세 해당여부

1999～2000년도까지 적용되는 부가가치세법상의 시가는 특수관계자 외의 자와의 정상가격을 적용하도록 규정하고 있고, 2001.1.1. 이후부터 법인세법시행령 제89조 제4항의 규정에 의한 가격을 적용하도록 규정하고 있음에도 1999～2000년도분에 대하여 2001.1.1. 이후의 규정을 적용하여 과세함은 소급과세에 해당되므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 부당행위계산 해당여부

청구법인은 쟁점부동산을 임대하면서 구 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제11호 가목의 규정에 의거 부동산 가액의 3%를 임대료로 수취하였으나, 동 규정은 1997.12.31. 개정시 삭제되었고, 이에 따라 청구법인이 주장하는 최저 임대료(부동산 가액의 3%)는 1998.1.1. 이후부터 최저 임대료에 해당하지 아니한다.

1998.12.31. 개정된 법인세법시행령 제89조 제4항의 규정에 의하면, 시가가 불분명한 경우 적정임대료의 산정은 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액으로 명문화하였음에도 법인세법 개정을 무시하고 과거의 폐지된 법을 계속 적용함에 따른 차이 부분에 대하여 부당행위계산부인하여 이 건 부가가치세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

(2) 소급과세 해당여부

부가가치세법에서 구체적인 시가산정기준을 나열하지 않았더라도 비교가능한 거래가액인 국유재산법시행령 제26조 및 법인세법시행령 제89조 제4항 중 합리적인 산정기준을 적용하여 시가를 산정함이 타당하므로 소급적용하였다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 부동산을 특수관계자에게 고유목적 사업을 달성하기 위하여 농산물 유통시설로 이용하도록 시가 대비 3%로 임대한 것이 저가임대에 따른 부당행위계산부인 대상에 해당되는지 여부

② 이 건 처분이 부가가치세법의 소급과세에 해당되는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 이자율 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. (단서 생략)

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.

(3) 법인세법시행령 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각목의 금액 중 큰 금액

가. 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

다. 사실관계

(1) 청구법인은 자회사인 (주)OO유통과 아래<표1>과 같이 임대차계약을 체결하고 쟁점부동산을 임대하면서 구 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호 가목의 규정을 적용하여 비업무용부동산의 판정기준인 쟁점부동산가액의 3%(이하 “최저임대료”라 한다) 상당을 임대료로 수취하였다.

OOOOOO OOOOOO OOOOO OOOOOO

(2) 청구법인이 최저임대료를 적용한 규정은 1997.12.31. 구 법인세법시행규칙 개정시 삭제되었고, 1998.12.31. 법인세법이 전면 개정되면서 특수관계자간의 거래로서 임대용역 등의 시가가 불분명한 경우 1999.1.1. 이후 시행되는 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호 가목에 따라 계산된 금액을 시가로 적용하도록 규정하였다.

(3) 처분청은 쟁점부동산에 대하여 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호 가목으로 임대료를 계산한 결과 아래<표2>와 같이 청구법인이 특수관계자인 (주)OO유통에게 쟁점부동산을 저가 임대하였다고 보고, 처분청이 계산한 임대료와 청구법인이 수취한 임대료의 차액을 청구법인이 과소신고한 것으로 보아 이 건 부가가치세(「별지 2」 참조)를 과세하였다.

OOOOOO OOOOOO OOOO O OO OOO OOOOOOOO

(OO O OO)

(4) 청구법인은 쟁점부동산의 임대차계약 기간동안에는 1997.12.31. 삭제된 최저임대료 규정을 적용하여 임대료를 수취하였다가, 임대차계약기간이 만료된 OOOO점, OO점, OOO센터 등 3개 부동산에 대하여 2000년부터 국유재산법상의 임대료(토지는 개별공시지가의 5%, 건물은 지방세법상의 과세시가표준액의 10%)를 수취하였으며, 처분청은 국유재산법상의 임대료를 수취한 것에 대하여는 시가로 인정하였다.

한편, 처분청은 1998년 귀속분에 대해서도 1997.12.31. 최저임대료 규정이 삭제(폐지)되었다는 이유로 저가 임대하였다고 보아 부당행위계산부인하여 과세하였으나, 우리 심판원은 청구법인이 수취한 최저임대료를 시가로 인정한 바 있다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO).

라. 쟁점①에 대하여

처분청은 쟁점부동산에 대하여 1999.1.1.부터 시행되는 법인세법시행령 제4항 제1호 가목으로 계산한 임대료를 시가로 보아야 한다는 의견이고, 청구법인은 청구법인이 수취한 임대료는 정부의 지시에 의하여 수취한 것으로서 부당행위계산부인 대상으로 볼 수 없다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 법인세법 제52조 제1항과 제2항의 규정을 종합하여 보면, 법인에 대하여 부당행위계산부인규정을 둔 것은 법인이 특수관계자와의 거래에 있어서 경제적 합리성을 무시하고 거래상대방에게 지나치게 유리한 거래조건(가격, 요율, 이자율, 임대료 등)을 제공함으로써, 결과적으로 법인의 소득과 조세부담을 부당하게 감소시키는 것을 방지하고자 하는 것임을 아 수 있는 바, 비록 특수관계자간의 거래라 하더라도 그 거래행위가 경제적 합리성 등에 의하여 정당한 사유가 있는 경우에는 “부당성”이 없다고 보아야 할 것이다.

(2) 법인세법시행령 제88조 제2항의 규정에 의하면, 임대용역을 시가보다 낮게 제공한 경우는 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래에 대하여 이를 적용하도록 규정하고 있고, 민법 제618조(임대차의 의의)에 의하면, 임대차는 당사자 일방이 상대방에게 목적물을 사용, 수익하게 할 것을 약정하고 상대방이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다고 규정하고 있는 점에 비추어 부당행위에 해당하는지 여부는 행위당시를 기준으로 하도록 규정하고 있음을 알 수 있는 바, 이는 계약체결시점에서 계약가액이 확정되기 때문이라 할 것이다(OO OOOOOOOOOO OOOOOOOOOOO OO OO).

(3) 청구법인이 제시하는 농림부의 “물류센타 운영주체 변경” 공문(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)에 의하면, 물류센타의 운영이 조기에 활성화될 수 있도록 개장초기 일정기간 동안은 관련법령상 허용되는 최저임대요율을 적용하여 그 효과가 농업인과 소비자에게 환원될 수 있도록 할 것을 요구하고 있다.

(4) 청구법인이 쟁점부동산을 임대한 것과 관련된 농림부의 “부동산 임대관련 OOOOOO법에 대한 질의 회신” 공문(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)에 의하면, 임차인이 OOOOOO법상의 목적을 달성하기 위하여 OOOOOO법 제153조 제1항 각호의 사업을 수행하는 경우 동법 제153조 제1항 제12호의 부대업무에 포함된다고 회신하고 있어 쟁점부동산의 임대가 청구법인의 목적사업의 부대사업임을 알 수 있다.

(5) 청구법인은 OOOOOO법상 목적사업의 일환으로 주무부처인 농림부의 지휘를 받아 비업무용부동산으로 판정되지 아니할 만큼의 임대수입금액 수준인 최저임대료를 수취한 것으로 보이고, 비업무용부동산의 판단기준인 최저임대료에 대한 규정이 1997.12.31. 삭제되었다고 하나, 우리 심판원에서는 1998년 귀속 임대료에 대하여 정부가 임대료를 쟁점부동산가액의 3%(최저임대료) 수준으로 하라고 적시하지는 아니하였으나 청구법인이 정부관계부처의 지시에 따라 통상가격보다 낮은 가격(최저임대료)으로 쟁점부동산을 임대한 것이고, 정당한 사유가 있다고 보아 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당되지 아니한다고 인정하여 부당행위계산부인 대상이 아니라고 결정하였다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO).

(6) 청구법인과 (주)OO유통은 쟁점부동산에 대하여 1998.9.17. 이전부터 2000.12.31.까지 임대차계약을 체결하였으므로 쟁점부동산의 임대료(부동산가액의 3%)는 1998.9.17. 이전에 이미 확정되었다고 봄이 타당하고, 계약체결시점에서 청구법인이 수취한 임대료를 위에서 보듯이 시가로 인정하였으므로 동일 임대차계약 기간인 1999년～2000년 귀속 임대료에 대해서도 저가 임대하였다 보아 부당행위계산부인규정을 적용하는 것은 타당하지 아니하다고 판단된다.

마. 쟁점②에 대하여

쟁점①에서 청구법인의 주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 쟁점②에 대하여는 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

「OO O」

OOO(OOOOO)O OOO