2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

가.청구인은 1985.1.1.～2000.12.29. 취득한 OOOO OOOOOO OOO 72외 6필지 토지 29,686㎡(이하 “쟁점토지”라고 한다)에 돈사 등 건물 2,699.38㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하고 1996.8.6.축산폐수시설 1,072.3㎡를 준공하였으며, 2001.10.29. 폐수시설물 내부에 설치한 건축물 3개동 297.792㎡(1,072.3㎡를 합하여1,370.272㎡를 “쟁점시설”이라 한다)를 준공하여 축산업 및 과수원을 영위하다가 2009.12.31.쟁점시설과 쟁점토지 및 쟁점건물을 최재순에게 8억5,000만원에 양도하는 매매계약을 체결하면서 매매계약서에 특약사항으로 건축물(양돈장), 기자재 및 부지내 모든 수목을 포함한다는 내용을 부기하였다.

나.청구인은 2010.3.2. 양도소득과세표준 예정신고시 양도가액 8억5,000만원 중 같은 리 72-11에 식재된 수목가액 35,693,259원을 임의로 차감한 금액 814,306,741원을 과세대상 양도가액으로 하여 각 자산(쟁점토지, 쟁점건물, 쟁점시설)별 기준시가로 안분계산하고, 취득가액은 환산가액으로 하여 처분청에 2010.3.3. 양도소득과세표준 신고 및 세액 5,715,430원을 자진납부하였다.

다. 처분청은 청구인이 임의로 차감한 수목가액을 양도가액에 포함하고 쟁점시설이 「건축법」상 건축물에 해당되지 않는다고 보아 각 자산별 양도가액 안분계산대상 자산에서 제외하여 청구인에게 2010.11.25. 양도소득세 과세예고통지하였다가, 과세전적부심사결정에서 기계장치의 취득가액 870만원을 양도소득세 과세대상이 아닌 것으로 보아 양도가액에서 차감하고, 쟁점건물과 관련된 미등기건물(관리사)을 양도가액 안분계산대상 자산에 포함하여 양도차익 산정 후, 2011.2.7. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 69,842,340원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2011.2.11. 이의신청을 거쳐 2011.6.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점시설은 돼지를 사육하는 축산업 농장의 토지위에 정착되어 있고, 축사 등에서 배출되는 분뇨 등의 폐수처리시설물 내부에 설치한 건축물로서 「건축법」상 분뇨 및 쓰레기 처리시설에 해당되고, 「지방세법」상 급·배수시설 또는 이와 유사한 시설에 해당되는 건축물로서 양도소득세 과세대상자산이므로 양도가액 안분계산대상인 바, 청구인이 쟁점시설을 포함한 양도자산 모두를 양도가액에 포함하여 일괄 양도하였음에도 처분청이 양도당시 실지거래가액을 각 자산별로 안분계산하면서, 쟁점시설을 양도가액 안분계산 대상 자산에서 제외하여 양도소득세를 과세하는 것은 부당하며, 설사, 쟁점시설을 양도소득세 과세대상이 되는 건물에 해당되지 아니하는 구축물로 보더라도 실지양도가액에는 쟁점시설의 가액이 포함되어 있으므로 처분청이 각 자산별 양도가액 산정시 쟁점시설을 제외하여 안분계산하는 것은 부당하다.

(2)양도소득세 과세대상에서 제외되는 기계장치의 양도당시 실지거래가액을 산정함에 있어서 양도자산의 기준시가나 취득가액 등에 비례하여 안분계산하지 아니하고 기계장치의 취득가액 자체를 양도가액에서 차감하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점시설이「건축법」등에서 규정하고 있는 건축물에 해당되므로 기준시가로 양도가액을 안분계산하여야 하고 건축물에 해당되지 않는다면, 양도소득세 과세대상에서 제외하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」제94조에서 양도소득의 범위를 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득으로 규정하고 있고, 건물에 대한 정의는 「 건축법」제2조에서 규정하고 있는 건축물의 정의를 준용하여 해석하고 있는 바, 동 규정에 의하면, 건축물이란 토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물로 규정하고 있으므로, 쟁점시설은 건축법상의 건축물에 포함되지 않으며, 부속시설물 또는 구축물로 보는 것이 타당하고 불확실한 구축물의 면적을 건물면적에 합하여 건물면적을 산정하는 것은 객관성이 없으므로 공부상 면적을 기준으로 기준시가에 의하여 그 양도 및 취득가액을 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 쟁점시설에 대한 건물분 취·등록세 및 재산세를 납부한 사실이 없으며, 「소득세법시행령」 제166조 제6항 및 「부가가치세법시행령」 제48조의2 제4항에 의하면 일괄로 공급하면서 가액의 구분이 불분명한 경우에는 기준시가(단 감정가액이 있는 경우 감정평가액), 기준시가가 없는 경우에는 장부가액에 비례하여 안분계산 후 기준시가에 의하여 안분계산토록 하고 있는 바, 청구인이 쟁점시설을 양도하면서 작성한 계약서에는 별도로 쟁점시설을 구분 또는 평가한 사실이 없으므로 각 자산별 기준시가 또는 장부가액에 의하여 안분계산하여야 하나 이 건의 경우는 기계장치의 장부가액 등이 확인되지 아니한다.

따라서 처분청이 양도가액에 포함된 기계장치의 양도가액을 구분 산정함에 있어 기계장치는 감가상각자산이므로 취득일 이후 가치가 하락하는 것이 일반적인 것으로 보고 확인된 취득가액 상당액을 양도가액에서 공제하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1)쟁점시설을 건축물로 보아 양도가액 안분계산시 각 자산별 양도가액 안분계산 대상 자산에 포함할 수 있는지 여부

(2)양도가액에서 기계장치의 취득가액을 차감하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제88조【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

제100조【양도소득의 필요경비계산】제100조① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령

제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다.

제176조의2【양도차익의 산정 등】① 법 제114조 제5항 본문에서 “대통령령이 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

(3) 부가가치세법 시행령

제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

(4) 지방세법

제104조【정의】재산세에서 사용하는 용어의 의의는 다음과 같다.

4. “건축물”이란 「 건축법」제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도관시설，급수ㆍ배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 부수되는 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

(5) 지방세법 시행령

제75조의2【건축물의 범위】법 제104조 제4호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 시설물을 말한다.

1. 레저시설 : 풀장, 스케이트장, 골프연습장(「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」에 의하여 골프연습장업으로 신고된 20타석 이상의 골프연습장에 한한다), 전망대, 옥외스탠드，유원지의 옥외오락시설(유원지의 옥외오락시설과 유사한 오락시설로서 옥내 또는 옥상에 설치하여 사용하는 것을 포함한다)

2. 저장시설 : 수조, 저유조, 사일로, 저장조 등의 옥외저장시설(다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 포함한다)

3. 도크시설 및 접안시설: 도크, 조선대

4. 도관시설(연결시설을 포함한다): 송유관, 가스관, 열수송관

5. 급수ㆍ배수시설: 송수관(연결시설을 포함한다), 급ㆍ배수시설, 복개설비

6. 에너지 공급시설: 주유시설, 가스충전시설, 송전철탑(전압 20만 볼트 미만을 송전하는 것과 주민들의 요구로 「전기사업법」 제72조의 규정에 의하여 이전ㆍ설치하는 것은 제외한다)

(6) 건축법

제2조【정의】① 이 법에서 정하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “대지”란 지적법에 따라 각 필지로 나눈 토지를 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 토지는 둘 이상의 필지를 하나의 대지로 하거나 하나 이상의 필지의 일부를 하나의 대지로 할 수 있다.

2. “건축물”이란 토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가의 공작물에 설치하는 사무소·공연장·점포·차고·창고, 그 밖에 대통령령으로 정한다.

(7)국세기본법

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 처분청은 청구인이 양도가액에서 임의로 차감한 수목가액을 양도가액에 포함하고 쟁점시설이 「건축법」상 건축물에 해당되지 않는다고 보아 각 자산별 양도가액 안분계산시 쟁점시설을 안분계산대상에서 제외하여 양도소득세를 과세하였다.

(나) 청구인은 쟁점시설이 「 건축법」제2조 제1항 제2호에서 규정하는 “건축물”에 해당되므로 각 자산별 양도가액 안분계산시 쟁점시설을 안분계산 대상에 포함하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

1) 처분청은 쟁점시설 3개동 중 2개동은 바닥과 벽은 있으나 지붕이 없어 「건축법」상 건축물로 볼 수 없고, 1개동은 지붕이 있기는 하나 「건축법」상 건축물이 아닌, 구축물로 보았으며, 이에 대해 청구인은 쟁점시설 3개동 전체를 「건축법」상 건축물로 보아야 한다고 주장하면서 사진 7매를 증빙으로 제출하고 있는 바, 동 사진에 의하면, 청구인의 주장과 같이 3개동 중 1개동은 지붕이 있으나, 나머지 2개동은 지붕이 없는 것으로 나타난다.

2) 처분청 조사공무원의 2011.1.11.자 현지확인 조사복명서에 의하면, 쟁점시설은 발효건조장과 돈분장 건물의 옆에 설치된 오염물질 등을 배출하는 축산폐수시설 3개동으로 구성되어 있고, 그 3개동 중 2개동은 기둥과 지붕이 없으나, 다른 1개 동은 기둥과 지붕이 설치되어 있으며, 지하에 철근콘크리트 분뇨시설이 있으나, 건축물관리대장 및 등기부등본에 등기되어 있지 아니하고, 청구인은 쟁점시설을 축산업과 관련된 분뇨처리시설로 사용하였다고 주장하나, 현재는 사용하지 않는 것으로 기재되어 있다.

3) 「 지방세법」 제104조 제4호에서 “건축물”이란, 「 건축법」제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레져시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도크시설, 급·배수시설, 에너지 공급시설 그 밖에 이와 유사한 시설로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.”고 규정하고 있고, 「 건축법」제2조 제1항 제2호에서 “건축물”이란 토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가의 공작물에 설치하는 사무소·공연장·점포·차고·창고, 그 밖에 대통령령이 정하는 것을 말한다.“고 규정하고 있다.

(다) 살피건대, 청구인이 증빙으로 제출한 쟁점시설에 대한 사진 및 처분청 조사공무원의 조사복명서 등을 종합해 보면, 쟁점시설은 발효건조장과 돈분장 건물의 옆에 설치된 오염물질 등을 배출하는 축산폐수시설 3개동으로 구성되어 있고, 그 3개동 중 2개동은 기둥 또는 벽과 지붕이 없으나, 1개동은 기둥 또는 벽과 지붕이 설치되어 있는 것으로 보인다.

따라서 쟁점시설 3개동 중 처분청 조사시 기둥 또는 지붕과 벽이 있는 것으로 확인된 1개동(청구인이 주장하는 미등기건물 1～3동 중 “1동” 건물)에 대하여는「 건축법」 제2조 제1항 제2호 규정에 의한 건축물로 보고 각 자산별 양도가액 안분계산시 그 안분계산 대상 자산에 포함하여 양도차익을 산정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가)처분청의 조사복명서에 의하면, 처분청은 청구인이 양도가액에서 임의로 차감한 수목가액을 양도가액에 포함하고 쟁점시설을 건축물에 해당되지 않는다고 보아 각 자산별 양도가액 안분계산시 쟁점시설을 안분계산 대상자산에서 제외하여 양도소득세를 과세한 것으로 나타난다.

(나)청구인은 양도가액 안분계산시 기계장치를 안분계산 대상자산에서 제외하고 기계장치의 취득가액 자체를 실지양도가액에서 차감하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

1) 청구인이 제출한 매매계약서에 의하면, 쟁점부동산의 양도가액이 8억5,000만원으로 기재되어 있으나, 토지와 건물 등 각 자산별가액은 구분되어 있지 아니하며, 2009.11.20. 계약금 8,500만원, 2009.12.10. 중도금 2억3,000만원, 2009.12.31. 잔금 5억3,500만원을 지급하는 것으로 기재되어 있고, 특약사항으로 동 지번에 건축물(양돈장), 기자재 및 부지내 모든 수목을 포함한다고 기재되어 있다.

2) 위 매매계약서상의 특약사항에 의하면, 양도가액 8억5,000만원에는 건축물(양돈장), 기자재 및 부지내 모든 수목을 포함한다고 기재되어 있을 뿐, 양도소득세 과세대상 자산이 아닌, 수목, 기계장치에 대하여는 별도로 양도가액을 구분·평가한다는 내용이나 근거가 확인되지 아니하며, 이에 대하여는 청구인도 구체적인 증빙을 제출하지 못하고 있다.

따라서 처분청이 기계장치를 별도의 양도자산으로 인정하지 아니하고 양도가액 계산시 안분계산 대상에서 제외하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 희