가. 처분청은 청구법인이 2019년도 재산세 과세기준일 현재 소유하고 있는 OOO 외 38필지를 비롯하여 총 5곳(세부 내역 : ＜별지＞ 기재) 중 교육 및 의료업에 직접 사용되는 부분(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 「지방세법」(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 「지방세법」”이라 한다) 제106조 제1항 제2호(별도합산과세대상) 및 「지방세특례제한법」 제41조 제2항 및 제7항을 적용하고, 나머지 부분에 대해서는 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 종합합산 또는 별도합산과세대상으로 구분하여 2019.9.11.∼2019.9.17. 재산세 등 OOO원을 부과·고지(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)하였다.

나. 청구법인은 이 건 토지 중 감면비율에 해당하는 부분(이하 “쟁점토지”라 한다)을 분리과세대상으로 보아야 한다면서 2019.11.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

구 「지방세법」 제106조 제1항 본문에 따르면, 재산세 과세대상인 토지는 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분리과세대상 중 어느 하나로 분류되어야 한다. 그런데, 같은 항 제2호 단서에서는 제1호 나목(이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지)은 별도합산과세대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 조 제1항 제1호 단서에서도 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 따라서 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 별도합산과세대상 또는 종합합산과세대상 토지로 보지 않게 되므로 결국 분리과세대상 토지로 볼 수밖에 없으므로 「지방세특례제한법」에 의해 재산세가 경감된 면적의 경감비율에 해당하는 부분인 쟁점토지는 분리과세대상으로 보아야 한다(대법원 2018.11.29. 선고 2018두45725 판결). 아울러, 행정안전부가 구 「지방세법」 제106조의 문언대로라면 청구법인의 주장과 같이 해석할 수밖에 없다는 점을 감안하여 해당 규정을 개정하였다는 것도 고려하여야 한다.

나. 처분청 의견

구 「지방세법」제106조는 재산세 과세대상인 토지를 종합합산, 별도합산 및 분리과세대상으로 구분하도록 하고, 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외하고는 종합합산 하도록 규정하고 있다. 다만, 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 또는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 제외하도록 규정하고 있으며, 위의 분리과세대상은 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세 함으로써 종합 또는 별도합산과세에서 오는 불합리함을 보완하고자 하는 것으로, 그 대상은 구 「지방세법」제106조 및 동법 시행령 제102조에서 한정적으로 규정하고 있다 할 것(대법원 2013.7.26. 선고 2011두19963 판결 참조)인바, 위 지방세법령에서 분리과세대상 토지를 한정적·열거적으로 규정한 입법취지를 고려할 때, 「지방세법」제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정은 그 경감비율에 해당하는 토지를 분리과세대상으로 보겠다는 것이 아니라, 재산세를 경감하고 남은 과세표준액에 대해서만 종합 또는 별도로 분류하여 합산하고 경감한 금액은 합산하여 과세하지 않는다는 취지로 해석하는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점토지에 대하여 우선 경감비율 만큼의 토지부분을 우선 감면을 적용하고, 남은 나머지 부분의 토지에 대하여는 종합합산 또는 별도합산과세대상으로 구분하는 방식으로 이 건 재산세 등을 부과․고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

재산세가 경감된 부분에 대하여 분리과세대상으로 구분하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것)

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거·멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 “생략”)

(2) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된 것)

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 “생략”)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 사실관계는 다음과 같다.

(가) 구 「지방세법」 제106조 제1항과 관련한 개정연혁을 보면, 해당규정은 1989.6.1. 처음으로 신설되었고, 당시에는 “종합합산 또는 별도합산 과세표준에 합산하지 않는다”고 규정되어 있었으나, 이후 재산세제 개편에 따라 2005년부터 종합토지세가 재산세(지방세)와 종합부동산세(국세)로 이원화되면서 이를 “종합 또는 별도합산과세대상 토지로 보지 않는다”고 개정하였다.

(나)「지방세법」은 2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되면서 제106조 제1항 제1호 각목 및 제2호 단서를 삭제하였는데, 그 개정이유를 현행 규정상 이 법 또는 관계법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지 등을 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 보지 아니하도록 규정하고 있는 취지는 과세대상 구분 체계상 종합합산과세대상ㆍ별도합산과세대상에서 분리과세대상으로 전환하려는 것이 아니라 경감 비율에 해당하는 만큼을 과세표준에서 차감하려는 것인바, 그 의미를 명확히 하기 위하여 토지에 대한 재산세의 과세대상 구분에 관한 조항에 규정되어 있는 내용을 세율적용에 관한 조항으로 옮겨 규정하려는 것이라고 밝히고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 토지 중 재산세 경감비율에 해당하는 부분은 분리과세대상으로 보아야 한다고 주장하나, 분리과세대상은 「지방세법」제106조 및 같은 법 시행령 제102조에서 한정적으로 열거하고 있고, 여기에 재산세가 경감되는 토지와 관련된 내용은 포함되어 있지 아니할 뿐만 아니라 청구법인이 그 주장의 근거로 삼고 있는 「지방세법」제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정에서 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있을 뿐 이에 해당되지 않는 경우 분리과세대상이 된다고 규정하고 있지도 아니하므로 이 건 토지를 분리과세대상으로 구분할 수 있는 법령상의 근거는 없는 것으로 보인다. 따라서, 이 건 토지는 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상으로 보는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.