청구법인은 1981.5.8. 설립된 이후 여신전문금융업법에 의해 시설, 설비, 기계, 기구, 건설기계, 차량, 선박 및 항공기와 이에 직접 관련되는 부동산 및 재산권의 시설대여, 신기술사업자에 대한 투자, 융자 등을 사업목적으로 하고 있으며, 동 법에 의하여 금융감독원에 등록하여 감독을 받고 있는 금융기관이다.

처분청은 청구법인이 여신전문금융업법에 의하여 설립된 시설대여회사로서 운용리스업은 한국표준산업분류상 금융리스업과는 달리 금융 및 보험업이 아니라 ‘기계장비 및 소비용품 임대업’으로 분류되어 운용리스를 실행하고 리스이용자로부터 리스료를 수취하는 경우에 계산서를 작성·교부하여야 함에도 2000사업연도(1.1.～12.31.)에 제공한 운용리스용역대가에 대하여 계산서를 작성·교부하지 아니하였다 하여 법인세법 제76조 제9항에 의거 2006.2.11. 청구법인에게 2000사업연도 법인세(계산서미교부가산세) 49,891,130원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.4.28. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 법인세법 기본통칙 121-164…6이 신설되기 이전까지 시설대여업자가 공급하는 운용리스용역에 대해서는 영수증을 교부하는 것이라는 국세청의 명시적인 해석[인터넷상담(2002.8.30.), 서이46012-12198 (2002.12.7.)]이 계속되어 왔고, 26년간에 걸쳐 운용리스용역에 대해 처분청이 영수증을 작성·교부하는 것이 잘못되었다고 행정지도를 하였거나 가산세를 부과한 적이 없는 등 이에 관한 비과세 관행이 성립되었다고 할 수 있어 이 건 과세처분은 소급과세금지의 원칙에 위배되는 부당한 처분이다.

(2) 법인세법 기본통칙 121-164…6의 부칙규정에 의하면, 동 기본통칙은 2004.4.1. 이후부터 적용되는 것이 문언상 명백함에도 동 기본통칙 시행시기 전의 거래분에 대하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.

(3) 계산서 발행·교부 및 사업의 범위 관련 법령의 체계나 입법취지상, 여신전문금융업법에 의한 시설대여업자가 제공한 금융리스업과 운용리스업의 구분과 상관없이 모두 금융업으로 보아 영수증을 발행·교부하는 것으로 보는 것이 합리적인 세법해석이므로 처분청의 이 건 과세처분은 법인세법 기본통칙 121-164…6을 잘못 해석·적용한 것이고, 또한 처분청이 과세대상으로 삼은 운용리스는 청구법인이 회계처리 목적상 운용리스로 분류하기는 하였으나 실질적으로는 금융리스에 해당하는 것이므로 실질과세의 원칙에 따라 계산서 교부목적으로는 금융리스로 보아야 하므로 가산세 적용대상이 아니다.

(4) 리스회사는 여신전문금융업법에 의하여 금융감독원에 등록하고 감독을 받는 관계로 그 거래내역이 모두 공개될 수밖에 없어 과세표준 양성화라는 입법 목적을 이미 달성하였으므로 운용리스용역에 대해 계산서미교부가산세를 굳이 부과할 구체적인 타당성도 없으므로 이 건 과세처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 국세청 인터넷상담(2002.8.30.)은 영수증을 발행할 수 있는 사업자의 범위에 대하여 소득세법시행규칙에 규정된 일반적인 내용을 답변한 것에 불과하고, 국세청 서면회신(서이 46012-12198, 2002.12.7.)은 일반적으로 리스자산을 매각한다면 이는 대개의 경우 금융리스에 해당(운용리스는 매각이 아닌 임대임)되므로 리스자산 매각시 영수증을 발행·교부할 수 있다고 회신한 것이며, 지금까지 가산세를 부과하지 않겠다는 공적 견해나 어떤 특별한 사정으로 과세하지 않는다는 의사를 표명한 바 없어 비과세 관행이 성립되었다는 청구주장은 이유없다.

(2) 리스회사의 운용리스업이 계산서 교부대상임을 규정한 법인세법 제121조, 소득세법시행령 제29조 및 제211조, 소득세법시행규칙 제96조의 2 등의 규정은 기본통칙 제정 이전부터 이미 시행(계산서 관련 가산세 규정은 1997.1.1.이후부터 시행)되어 온 과세근거 규정이고, 행정규칙에 불과한 기본통칙은 새로운 법률을 창설할 수 없는 것으로 과세관청의 회신이나 기본통칙 내용 등은 단지 리스회사가 운용리스를 실행하는 경우 계산서 교부의무가 있다는 것을 확인한 것에 불과하다.

(3) 소득세법시행령 제29조에서 ‘이 영에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류를 기준으로 한다’고 규정하고 있고, 소득세법에서 금융업의 범위를 특별히 규정한 바 없으므로 금융업은 한국표준산업분류에 따라야 하고 한국표준산업분류상 운용리스업은 금융업이 아닌 임대업으로 분류되어 있는 바, 이와 같은 법인세법령, 소득세법령, 한국표준산업분류 및 리스회계처리준칙상의 금융리스와 운용리스의 차이점을 감안하면 시설대여업자가 제공하는 운용리스용역은 계산서 교부대상이라고 한 기본통칙은 법령해석을 잘못한 해석이 아니고, 또한 청구법인은 이 건 과세대상으로 본 운용리스가 실질적으로는 금융리스에 해당하는 것이라고 주장하고 있으나 이를 입증할만한 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 청구주장은 이유없다.

(4) 청구법인이 금융감독원에 등록하고 감독을 받고 있어 운용리스 거래내역이 공개될 수밖에 없다는 사유는 가산세 부과를 면할만한 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 시설대여업자가 공급하는 운용리스용역은 영수증을 교부해도 된다는 관행이 성립된 것으로 볼 수 있어 이 건 과세처분이 위법·부당하다는 주장의 당부.

(2) 시설대여업자가 제공한 운용리스용역은 금융업으로 보아 영수증을 교부하는 것이 합리적인 세법해석인데도 처분청이 법인세법 기본통칙 121-164…6을 적용하여 이 건 과세한 것은 잘못된 법적용이고, 또한 동 기본통칙이 2004.4.1. 신설되었음에도 그 이전의 과세기간분에 대하여 과세하는 것은 소급과세에 해당된다는 주장의 당부.

(3) 리스회사의 거래내역은 제도적으로 모든 거래내역이 공개되고 있어 과세표준 양성화라는 입법목적이 이미 달성되었으므로 계산서미교부 가산세를 부과할 타당성이 없다는 주장의 당부.

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 ① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

(2) 법인세법 제76조 【가산세】 ⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

(3) 법인세법 제121조 【계산서의 작성·교부 등】 ① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

법인세법시행령 제164조【계산서의 작성·교부 등】 ① 소득세법시행령 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 등의 작성·교부에 관하여 이를 준용한다.

소득세법시행령 제211조 【계산서의 작성·교부】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각호의 사항이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그 중 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭

3. 공급가액 4. 작성연월일 5. 기타 참고사항

② 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제1항의 규정에 불구하고 영수증을 교부할 수 있다. 다만, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 사업자등록증을 제시하고 제1항의 규정에 의한 계산서의 교부를 요구하는 때에는 계산서를 교부하여야 한다.

1. 부가가치세법시행령 제79조의 2 제1항 및 제2항의 규정을 적용받는 사업

2. 부가가치세법시행령 제79조의 2 제1항 및 제2항에 규정된 사업으로서 부가가치세가 면제되는 사업

3. 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업

소득세법시행규칙 제96조의 2 【영수증을 발행할 수 있는 사업자의 범위】 영 제211조 제2항 제3호에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 말한다. 다만, 제2호 내지 제7호에 해당하는 사업은 직접 최종소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 한한다.

1. 금융 및 보험업 2. 사업서비스업

3. 교육서비스업 4. 보건 및 사회복지사업

5. 사회 및 개인서비스업 6. 가사관련서비스업

7. 기타 제1호 내지 제6호와 유사한 사업으로서 계산서 교부가 불가능하거나 현저히 곤란한 사업

참고자료 : 법인세법 기본통칙 121-164…6 【시설대여업자의 계산서 작성 교부의무】 여신전문금융업법에 의한 시설대여업자가 규칙 제13조의 규정에 의한 금융리스 이외의 리스(운용리스)를 실행하고 리스이용자로부터 리스료를 수취하는 경우에는 계산서를 작성하여 리스이용자에게 교부하여야 한다.(2004.4.1. 신설)

기본통칙 부칙(2004.4.1.) 【시행일】 이 통칙은 2004년 4월 1일부터 시행한다. 【적용례】 ① 이 통칙은 시행일 이후 최초로 신고하는 사업연도부터 적용한다. 다만, 이 통칙 시행일 이전에 이 통칙과 관련된 법 영 규칙이 개정되었거나 새로운 예규가 제정되어 이미 시행되고 있는 규정은 그 법 영 규칙 또는 예규의 적용례에 의한다.

② 이 통칙 시행일 이전에 신고 결정된 법인세 또는 소득세는 이 통칙을 이유로 경정할 수 없다.

(4) 부가가치세법 제12조 【면 세】 ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

10. 금융ㆍ보험용역으로서 대통령령이 정하는 것

부가가치세법 시행령 제33조【금융 보험용역의 범위】 ① 법 제12조 제1항 제10호에 규정하는 금융 보험용역은 다음 각호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다.

11. 여신전문금융업법에 의한 여신전문금융업

부가가치세법시행령 제2조 【용역의 범위】 ③ 제1항의 사업구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 당해 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류표에 의하되，제1항에 규정하는 사업과 유사한 사업은 한국표준산업분류표에 불구하고 동항의 사업에 포함되는 것으로 본다.

법인세법시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액(도급금액ㆍ판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준에 의한 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다).

소득세법 제19조 【사업소득】 ① 사업소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 농업(작물재배업을 제외한다. 이하 같다)ㆍ수렵업 및 임업(산림소득에 해당하는 사업을 제외한다. 이하 같다)에서 발생하는 소득

2.～9. (생략)

10. 금융 및 보험업에서 발생하는 소득

11. 부동산업(부동산임대소득에 해당하는 사업 및 제12호의 규정에 의한 부동산매매업을 제외한다. 이하 같다), 임대업 및 사업서비스업에서 발생하는 소득

소득세법시행령 제29조 【사업의 범위】 법 제19조 각호의 규정에 의한 사업의 범위에 관하여는 이 영에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 한국표준산업분류를 기준으로 한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

참고자료 : 한국표준산업분류표

K. 금융 및 보험업(65～67)

65. 금융업 : 보험 또는 연금 이외의 목적으로 자금을 조성하고, 이를 재분배, 공급 및 중개하는 산업활동을 말한다.

65923. 금융리스업 : 대체적으로 자산의 내용연수 이상의 기간을 그 자산의 대여기간을 정하여 설비에 대한 금융을 제공하는 활동으로서, 임차인은 그 자산의 이용과 소유권에 관련된 손익과 위험에 관련된 모든 것을 책임지며 만기시에 그 자산의 양도여부는 별도로 정할 수 있다.

<예시> ·금융리스 서비스 ·시설대여업, 장기

<제외> 운용리스는 임대되는 상품의 종류에 따라 (71)의 적합한 항목에 각각 분류

L. 부동산 및 임대업(70～71)

70. 부동산업

71. 기계장비 및 소비용품 임대업

(5) 법인세법시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】 ⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 여신전문금융업법에 의한 시설대여업자 또는 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 중소기업진흥공단(이하 이 항에서 “리스회사 등”이라 한다)이 여신전문금융업법 또는 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의하여 시설대여하는 특정물건(이하 이 항에서 “리스자산”이라 한다) 중 재정경제부령이 정하는 금융리스(이하 이 항에서 “금융리스” 라 한다)의 자산은 리스이용자의 감가상각자산으로, 금융리스외의 리스자산은 리스회사 등의 감가상각자산으로 한다.(1998.12.31 개정)

법인세법시행규칙(1999.5.24. 재정경제부령 제86호로 전문개정 된 것) 제13조 【금융리스의 범위】 영 제24조 제5항에서 “재정경제부령이 정하는 금융리스”라 함은 여신전문금융업법 또는 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률에 의한 시설대여(이하 이 조에서 “리스”라 한다)로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 리스기간 종료시 또는 그 이전에 리스이용자에게 리스자산의 소유권을 무상 또는 당초 계약시 정한 금액으로 이전할 것을 약정한 경우

2. 리스기간 종료시 리스자산을 리스실행일 현재 취득가액의 100분의 10 이하의 금액으로 구매할 수 있는 권리가 리스이용자에게 주어진 경우 또는 동 리스자산의 취득가액의 100분의 10이하의 금액을 재리스 원금으로 하여 재리스할 수 있는 권리가 리스이용자에게 주어진 경우

3. 리스기간(리스기간 종료시점에서 해지금지조건이 부가된 재리스의 약정이 있는 경우에는 재리스기간을 포함한다)이 별표 5 및 별표 6에 규정된 리스자산의 자산별·업종별(리스이용자의 업종에 의한다)기준내용연수의 100분의 75이상인 경우

4. 리스실행일 현재 기본리스료를 영 제79조 제2호의 규정에 해당하는 리스회계처리준칙에 의하여 현재가치로 평가한 가액이 당해리스자산의 장부가액의 100분의 90이상인 경우

법인세법시행규칙 부칙 제4조 【감가상각비의 손금산입에 관한 적용례】제13조의 개정규정은 1999년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도에 시설대여하는 분부터 적용한다.

구 법인세법 시행규칙(1999.5.24. 재정경제부령 제86호로 전문개정 전의 것) 제26조 【상각액의 손금계상】 ⑦ 영 제48조 제3항 단서에서 “재정경제부령이 정하는 시설대여”라 함은 여신전문금융업법 및 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률에 의한 시설대여(이하 이 조에서 “리스”라 한다)로서 다음 각호의 1에 해당하는 리스를 말한다.

1. 리스기간 종료후 리스이용자에게 리스물건의 소유권을 무상 또는 당초 계약시 정한 금액으로 이전할 것을 약정한 경우

2. 리스기간 종료시 리스물건을 리스실행일 현재 취득가액의 100분의 10이하 금액으로 구매할 수 있는 권리가 리스이용자에게 주어진 경우 또는 동리스물건의 취득가액의 100분의 10이하 금액을 재리스 원금으로 하여 재리스할 수 있는 권리가 리스이용자에게 주어진 경우

3. 리스기간(재리스기간은 포함하지 아니한다)이 별표 1 및 별표 2에 규정된 리스물건의 자산별·업종별 기준내용연수를 초과하는 경우

참고자료 : 리스회계처리준칙(1998.4.1.부터 시행된 것)

4. 리스의 분류기준

가. 리스는 리스자산의 소유에 따른 위험과 효익이 실질적으로 리스이용자에게 이전되는 경우에는 금융리스로 분류하고 그 외의 경우에는 운용리스로 분류한다.

나. 금융리스로 분류되기 위해서는 리스기간동안 실질적인 계약해지금지조건이 부과되어 있어야 하며 이러한 전제 조건하에 금융리스로 분류되는 예는 다음과 같다.

1) 리스기간 종료시 또는 그 이전에 리스자산의 소유권을 무상 또는 일정한 가액으로 리스이용자에게 이전하기로 약정한 경우

2) 리스자산의 염가구매선택권이 리스이용자에게 주어진 경우

3) 리스기간이 리스자산의 내용연수의 100분의 75 이상인 경우

4) 리스실행일 현재 기본리스료를 내재이자율로 할인한 현재가치가 리스자산의 공정가액의 100분의 90 이상인 경우

다. 리스계약상 리스기간 종료시점에서 해지금지조건이 부과된 재리스의 약정이 있는 경우에는 그 재리스를 포함하여 1) 내지 4) 의 규정을 적용한다.

라. 리스분류가 리스회사와 리스이용자에 따라 다르게 나타날 경우 리스회사의 분류에 따라 처리함을 원칙으로 한다.

(6) 여신전문금융업법(구 시설대여업법은 1997.8.28, 법률 제5374호로 폐지되고 여신전문금융업법으로 변경되었음) 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “여신전문금융업”이라 함은 신용카드업·시설대여업·할부금융업 또는 신기술사업금융업을 말한다.

9. “시설대여업”이라 함은 시설대여를 업으로 행하는 것을 말한다.

10. “시설대여”라 함은 대통령령이 정하는 물건(이하 “특정물건”이라 한다)을 새로이 취득하거나 대여받아 거래상대방에게 대통령령이 정하는 일정기간 이상 사용하게 하고, 그 기간에 걸쳐 일정대가를 정기적으로 분할하여 지급받으며, 그 기간 종료후의 물건의 처분에 대하여는 당사자간의 약정으로 정하는 방식의 금융을 말한다.

여신전문금융업법 제3조【영업의 허가·등록】 ② 시설대여업·할부금융업 또는 신기술사업금융업을 영위하거나 영위하고자 하는 자로서 이 법의 적용을 받고자 하는 자는 업별로 금융감독위원회에 등록하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가)청구법인이 운용리스업을 영위한 사실 및 이에 대하여 처분청이 법인세(계산서미교부가산세)를 부과한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(나) 청구법인은 법인세법 기본통칙 121-164…6이 신설되기 이전에는 시설대여업자가 공급하는 운용리스용역에 대해 영수증을 교부하는 것이라는 국세청의 해석이 유지되어 왔고, 26년간이나 영수증 교부가 잘못이라고 행정지도를 하거나 가산세를 부과한 적이 없는 등 비과세 관행이 성립되었으므로 이 건 과세처분은 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 주장이다.

(다) 국세기본법 제18조 제3항은 ‘세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다’고 규정하고 있는바, 위 조항 소정의 소급과세금지의 원칙 또는 조세관행존중의 원칙은 헌법상 법치국가원리에서 파생된 법적 안정성의 원칙에 그 근거를 둔 것으로서 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고(OOO OOOOOO, OOOOOOOOOOO O OOO OOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O),

위 조항 소정의 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르게 된 것을 말하고(OOO OOOOOO, OOOOOOOOOO O OOO OOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O), 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적견해의 표명이 있었거나, 국세청 기본통칙 또는 예규가 제정 공표되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이다(OOOOOOOOO OOOOOOOOOO OO O).

(라) 비과세관행에 대한 소급과세금지의 원칙이 적용되려면 장기간에 걸쳐 어떠한 사항에 대하여 비과세관행이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요한다고 할 것이고, 이 경우 특히 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙의 적용이 부정된다고 할 것이다(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO O OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O).

(마) 청구법인이 주장하는 국세청 인터넷상담(2002.8.30.)은 영수증을 발행할 수 있는 사업자의 범위에 대하여 소득세법시행규칙에 규정된 일반적인 내용을 답변한 것에 불과하고, 국세청 서면회신(서이 46012-12198, 2002.12.7.)은 리스자산을 매각시 영수증을 발행·교부할 수 있는 것으로 회신한 것이므로, 이를 가지고 운용리스사업자가 영수증을 교부한 경우에 가산세를 부과하지 않겠다는 공적 견해나 어떤 특별한 사정으로 과세하지 않겠다는 의사를 표명한 것으로 보기 어렵고, 따라서 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수 없으므로 이 건 과세처분이 소급과세금지원칙에 위배되는 과세처분이라는 청구주장은 받아 들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 법인세법 기본통칙 121-164…6은 부칙에 규정된 바와 같이 2004.4.1. 이후부터 적용되는 것이므로 동 기본통칙의 시행시기 전 과세기간에 대하여 적용하는 것은 잘못이고, 여신전문금융업법에 의한 시설대여업자가 제공한 운용리스업은 금융업으로 보아 영수증 교부대상으로 보는 것이 합리적인 세법해석이라고 주장하고, 아울러 재정경제부 예규(법인세제과-223, 2006.3.20.)를 인용하면서 처분청이 이 건 과세대상으로 삼은 운용리스수입은 회계처리 목적상 운용리스수입으로 분류하기는 하였으나 실질적으로는 금융리스수입에 해당하는 것이므로 금융리스로 보아야 한다고 주장하면서 이에 대한 증빙서류로 시설대여(리스)계약서, 시설대여(리스)료 대장, 원리금스케쥴, 계정별 보조부 등을 일부 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(나) 계산서의 작성 및 교부의무와 관련된 사항은 법인세법 및 소득세법 관련 규정을 따라야 하는 것으로서 법인세법 제121조를 보면, 법인이 면세재화 또는 면세용역을 공급하는 때에는 계산서 또는 영수증을 교부하도록 하면서 계산서 작성·교부 등은 소득세법시행령 제211조 내지 212조를 준용하도록 규정하고 있다.

소득세법시행령 제29조에서 ‘이 영에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 한국표준산업분류를 기준으로 한다’고 규정하고 있고, 소득세법시행령에서 금융업의 범위를 특별히 규정한 바 없으므로 한국표준산업분류를 기준으로 하여 금융업의 범위를 판단하여야 할 것이며, 한국표준산업분류에서 리스회사의 금융리스업은 금융업으로 분류하고 있지만 운용리스업은 금융업이 아닌 「L. 부동산 및 임대업, 71. 기계장비 및 소비용품 임대업」으로 분류하여 금융업에 해당되지 않음을 명확히 하고 있다.

이와 같이 계산서 교부 관련 근거 법률인 법인세법 및 소득세법에서 운용리스업을 금융리스업과 달리 구분하여 금융업으로 보지 아니하고 「기계장비 및 소비용품 임대업」으로 보고 있으므로 리스회사가 운용리스를 실행하고 리스료를 수취하는 경우에는 계산서를 작성·교부할 의무가 있다 할 것이다.

리스회사의 운용리스업이 계산서 교부대상임을 규정한 관련 법률인 법인세법 제121조, 소득세법시행령 제29조, 제211조, 소득세법시행규칙 제96조의 2 등의 규정은 법인세법 기본통칙 121-164…6의 제정 이전부터 이미 시행(계산서 관련 가산세 규정은 1997.1.1.이후부터 시행)되어 왔고, 동 기본통칙은 단지 리스회사가 운용리스를 실행하는 경우에는 금융업에 해당되지 아니하여 계산서 교부의무가 있다는 것을 확인한 것으로 이는 과세지침을 명확히 한 것에 불과하다 할 것이므로 청구주장은 이유 없다 하겠다.

(다) 다음으로, 처분청이 이 건 과세대상으로 삼은 운용리스수입은 청구법인이 회계처리 목적상 운용리스수입으로 분류하기는 하였으나 실질적으로는 금융리스수입에 해당한다고 주장하는 부분에 대하여 본다.

1) 법인세법시행규칙 제13조가 개정(1999.5.24. 재정경제부령 제86호)되면서, 그 부칙에서 1999.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도에 시설대여하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는 바, 개정 법인세법시행규칙 제13조 제4호 ‘리스회계처리준칙에 의하여 기본리스료를 현재가치로 평가한 가액이 당해 리스자산의 장부가액의 100분의 90이상인 경우’가 개정되면서 금융리스로 보는 범위가 확대되었다.

2) 재정경제부는 ‘여신전문금융업법에 의한 시설대여업자가 1999.1.1. 이후 개시한 사업연도 전에 계약이 체결된 리스로서 법인세법시행규칙 제13조 제4호(1999.5.24. 재정경제부령 제86호로 개정된 것)의 금융리스요건을 충족하는 리스용역을 1999.1.1. 이후 개시한 사업연도에 계속하여 공급하는 경우 법인세법 제121조 제1항의 규정을 적용함에 있어 리스이용자로부터 계산서 교부를 요구받은 경우를 제외하고는 영수증을 작성하여 교부할 수 있다(법인세제과-223, 2006.3.20.)’고 해석하고 있다.

3) 처분청은 청구법인이 법인세신고시 제출한 재무제표 등에 의하여 운용리스수입으로 회계처리한 금액 중 계산서가 발행되지 아니한 금액에 대하여 이 건 계산서불성실가산세를 과세하였으며, 1999.1.1. 이전 계약분으로서 1999.1.1. 이후 계속하여 리스용역이 제공된 경우 청구법인이 운용리스수입으로 처리한 리스가 개정 법인세법시행규칙 제13조의 규정에 의하여 금융리스로 분류될 수 있는지 여부에 대하여는 구체적으로 확인하지 아니한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 나타난다.

4) 청구법인이 제시한 시설대여(리스)계약서, 시설대여(리스)료 대장, 원리금스케쥴, 계정별 보조부 등 일부 증빙자료에 의하면, 1999.1.1. 이전에 계약이 체결된 리스로서 개정된 법인세법시행규칙 제13조 제4호의 금융리스요건을 충족하는 리스용역을 1999.1.1. 이후 개시한 사업연도에 계속하여 공급하면서도 구 법인세법시행규칙 제26조 제7항의 규정에 의하여 운용리스수입으로 회계처리한 사실이 나타나는 바, 이와 같이 청구법인이 운용리스수입으로 회계처리하였다 하더라도 개정 법인세법시행규칙 제13조 제4호의 규정에 의하면 그 실질은 금융리스로서 금융업에 해당한다고 할 것이다.

5) 다만, 청구법인이 제시한 증빙자료는 일부이고, 시설대여(리스)계약이 많아 우리원으로서는 그 계약이 금융리스에 해당하는지 여부를 확인하기가 어려우므로 처분청이 청구법인으로부터 관련자료를 추가로 제시받아 1999.1.1. 이전 계약분으로서 1999.1.1. 이후에도 리스용역을 계속하여 공급하면서 운용리스수입으로 회계처리한 금액중 개정 법인세법시행규칙 제13조 제4호의 규정에 의하여 금융리스에 해당하는지 여부를 확인조사하여 금융리스에 해당하는 운용리스수입에 대하여는 계산서불성실가산세 적용대상에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 리스회사는 여신전문금융업법에 의하여 금융감독원의 감독을 받으므로 그 거래내역이 모두 공개되어 운용리스용역에 대한 계산서미교부가산세를 부과할 타당성이 없다는 주장이다.

(나) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에만 가산세를 부과할 수 없는 것인 바(OOO OOOOOOOO, OOOOOOOOO OO O), 청구주장과 같이 제도적으로 감독기관의 감독을 받은 관계상 거래내역이 모두 공개됨에 따라 과세표준 양성화의 입법취지가 달성되었다고 하여 가산세의 적용을 배제하기는 어려우므로 처분청의 당초 과세처분은 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다