청구인은 1990.11.30 OOOOO OOO OOO OOOO OOOOOOOO OOOO를 취득하였고, 동 아파트가 1999.6.3 주택건설촉진법에 의한재건축 사업계획승인을 받아 2000.3.16 재건축 공사에 착공하여 2003.5.10 사용승인을 받았으며, 청구인은 재건축조합원 자격으로 OOOOOOOO OOO OOOO OOOOOOOO OOOO OOOO(전용면적 84.97㎡로서, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 분양받아 2005.9.15 750,000천원에양도하고 2006.5.10 동 주택의 양도가 구 조세특례제한법 제99조의 3에 의한 양도소득세 감면대상이라고 하여 양도소득세는 감면하고, 동 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세 8,049,410원을 신고·납부하였다.

처분청은 쟁점아파트의 양도당시 동 주택이 고가주택에 해당하여 구 조세특례제한법 제99조의 3에 의한 감면대상이 아니라고 보아 양도가액 6억원을 초과하는 부분에 대하여 2006.7.15 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 114,930,880원을 경정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.9.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점아파트는 2002.12.11 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로서 2002.12.31 이전에 공사에 착수하여 2003.5.10 사용승인을 받았으므로 2002.12.11 개정된 위 같은법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의한 양도소득세 감면요건을 구비하고 있으며(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO), 전용면적 149㎡ 미만으로 개정전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 고급주택에 해당하지 아니하므로 이 건 양도소득세의 감면을 배제하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

조세특례제한법 부칙 제29조 제2항(2002.12.11 법률 제6762호로 개정된것)의 규정에서 “종전규정을 적용해야 한다”는 의미는 OO, OO, OO OOO 주택은 신축주택취득기간이 2002.12.31로 종료되었으나 2002.12.31 이전에 공사에 착수한 것이라면 종전규정에 따라 감면을 연장해준다는 의미로 해석되는 바(OOOOOO, OOOOOOOOO), 쟁점아파트는 사용승인일이 2003.5.10이고 실지양도가액이 6억원을 초과하므로 사용승인일기준 고가주택 개념을 적용하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 않는 것(OOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)이어서 종전 조세특례제한법 제99조의 3의규정에 의한 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 동 주택이 2002.12.31 이전에 착공되어 2003.6.30 이전에 사용승인을 받은 경우, 같은 법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면할 수 있는지 여부

나. 관련법령

소득세법(2002.12.18 법률 제6781호로 개정후의 것) 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

소득세법시행령(2002.12.30 대통령령 제17825호로 개정후의 것) 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택 이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

소득세법시행령 제156조(2002.12.30 개정전의 것)【고급주택의 범위】법 제89조 제3호에서 거주용건물의 연면적 가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2.공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이149제곱미터 이상이고양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

조세특례제한법 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서“신축주택취득기간 이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우(2001.12.29 개정)

신축주택취득기간내에 사용승인또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

조세특례제한법 (2002.12.11 법률 제6762호로 개정전의 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는그러하지 아니하다.(이하 생략)

조세특례제한법시행령(2002.12.30 대통령령 제17829호로 개정후의 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 지역 이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정 고시된 분당 일산 평촌 산본 중동 신도시지역을 말한다. (2002.12.30 신설)

조세특례제한법 부칙 (2002.12.11 법률 제6762호로 개정후의것)제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】 ① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계

(가) 청구인은 1990.11.30 OOOOO OOO OOO OOOO OOOOO OOO OOOO를 매입하여 OO아파트재건축조합에 가입하였고, 동 재건축조합은 1999.6.3 OO구청장으로부터 재건축사업계획승인을 받은 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(나) 쟁점아파트의 등기부등본에 의하면, 동 아파트의 건물 전용면적이 84.97㎡이고, 2003.7.16 청구인 명의로 보존등기하였다가 2005.9.15 이OO외 1인에게 이전등기한 사실이 확인된다.

(다) 쟁점아파트의 건축물대장(표제부)에 의하면, 동아파트에 대한 건축허가일이 1999.6.3이고, 착공일이2000.3.16이며, 사용승인일이 2003.5.10인 사실이 확인된다.

(라) 쟁점아파트의 매매계약서에 의하면, 청구인이 2005.6.28 매매계약을 체결하여 동 아파트를 이OO외 1인에게 매매대금 750,000천원에 양도한 사실이 나타난다.

(마) 쟁점아파트의 양도와 관련한 양도소득세 신고서 및 결정결의서에 의하면, 청구인은 쟁점아파트의 양도가액을 실지거래가액 750,000천원으로 기재하여 2006.5.10 양도소득세를 신고하면서 구 조세특례제한법 제99조의 3에 의한 양도소득세 감면대상이라고 하여 그 양도소득세 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 납부한 것인 반면, 처분청은 쟁점아파트의 양도가액이 6억원을 초과하므로 개정 소득세법(2002.12.18 법률 제6781호로 개정된 것으로, 이하 “개정 소득세법”이라 한다) 제89조 제3호 및 같은법 시행령 제156조 제1항에 의한 고가주택에 해당된다 하여 개정 조세특례제한법(2002.12.31 법률 제6762호로 개정된 것으로, 이하 “개정 조세특례제한법”이라 한다) 부칙 제29조 제2항 및 종전 조세특례제한법 (2002.12.11 법률 제6762호로 개정전의 것으로, 이하 “종전 조세특례제한법”이라 한다) 제99조의 3 제1항의 규정에 의한 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 사실이 확인된다.

(2) 판 단

(가) 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항은 2001.5.23～2003.6.30 기간 중 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택에 대하여 이를 양도소득세의 감면대상으로 규정하면서 동항 단서에서 당해 신축주택이 종전 소득세법(2002.12.18 법률 제6781호로 개정되기 전의 것으로, 이하 “종전 소득세법”이라 한다) 제89조 제3호의 규정에 의한 고급주택에 해당할 경우 감면을 배제하였고, 개정 소득세법 제89조 제3호 및 같은법 시행령(2002.12.30 대통령령 제17825호로 개정된 것)은 비과세대상에서 제외되는 주택에 대하여 종전 소득세법상 고급주택의 개념을 폐기하고 실거래가액이 6억원을 초과하는 주택에 대하여는 면적에 관계없이 고가주택으로 보아 양도소득세 비과세 대상에서 제외하는 것으로 개정하였고, 개정 조세특례제한법 제99조의3 제1항 단서는 2003.1.1이후 양도분에 대하여 개정 소득세법 제89조제3호의 규정에 의한 고가주택을 감면대상에서 제외하였다. 다만, 같은 법 부칙 제29조 제2항은 당해 신축주택이 개정 소득세법 시행일인 2003.1.1 전에 착공하여 2003.6.30 이전에 사용승인을 받은 경우에는 종전 조세특례제한법 제99조의3 제1항을 적용하도록 하는 경과규정을 두었다.

(나) 위와 같이 개정된 개정 소득세법 및 개정 조세특례제한법에 의할 경우 실거래가액이 6억원을 초과하는 주택을 2003.1.1 이후 양도하는 분에 대하여는 그 면적에 관계없이 고가주택에 해당하여 원칙적으로 조세특례제한법상의 과세특례 규정을 적용할 수 없다. 그러나, 개정조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에 따라, 비록 2003.1.1 이후 양도하는 고가주택에 해당하는 경우에도 그 전용면적이 종전 소득세법상 고급주택의 면적(149㎡)에 미달하고 2003.6.30 이전에 사용승인을 받은 경우에는 종전 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정이 적용된다고 할 것이다.

(다) 쟁점아파트의 경우를 살펴보면, 비록 실지 양도가액이 750,000천원으로서 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하나 2000.3.16 착공하여 2003.5.10 사용승인을 받은 신축주택에 해당하고, 그 전용면적이 84.97㎡로서 149㎡에 미달하여 종전 소득세법령에 의한 고급주택에 해당하지 아니하므로, 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항 및 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면하는 것이 타당하다고 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO O OO OO O)O

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.