가. 청구인은 2005.10.13. OOOOO OO OOO OOO OOOOOOO OOOO OOOOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 양도하고, 양도소득세 신고시 양도가액을 99,000,000원으로 하였다.

나.처분청은 쟁점아파트가 재차 양도됨에 따른 양도소득세 신고 처리과정에서 쟁점아파트의 실제 양도가액을 148,000,000원으로 확인하여, 2010.1.20. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 11,391,430원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 「소득세법」제1조 제3항 소정의 거주자로 3년 이상 쟁점아파트 1주택만을 보유하다가 양도하였으므로 같은 법 시행령 제154조에 따라 양도소득세 비과세 대상이 된다고 보아야 하고, 양도인이 자연인인 경우에 한하여 1세대 1주택 비과세 규정이 적용된다고 해석함은 부당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법」제89조 제3호는 “1세대” 1주택에 대한 비과세를 규정하였고, 같은 법 시행령 제154조는 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”라고 정의하여 세대 구성요건을 충족하여야 비과세 대상이 된다고 보아야 할 것인데, 위와 같은 1세대를 구성할 수 있는 거주자는 “자연인”에 한정된다 할 것이므로 교회인 청구인에 대하여는 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「국세기본법」제13조 제4항에 의하여 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하는 교회가 주택을 양도한 경우 1세대 1주택에 대한 비과세 규정이 적용될 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

제1조【납세의무】① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다)

③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 국세기본법 제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다.

(2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

⑥ 제1항에서 “가족”이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학ㆍ질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소를 일시퇴거한 자를 포함한다.

(3) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 「국세기본법」제13조 제1항, 제2항 각 호의 요건을 구비하지 아니하여 같은 조 제4항 소정의 “법인으로 보는 단체”외의 사단ㆍ재단 기타 단체에 해당하는바, 「소득세법」제1조 제3항에 의하여 거주자로서 양도소득세 납세의무를 부담한다.

(나) 청구인은 1998.9.15. OOOOO에 소재한 쟁점아파트를 취득하여 3년 이상 보유한 이후인 2005.10.13. 양도하였고, 양도당시 쟁점아파트 이외에 다른 주택을 보유하였다고 보이지는 아니한다.

(2) 「소득세법 시행령」제154조 제1항은 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 요건이 되는 “1세대”에 대하여 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성한다고 규정하면서, 같은 조 제6항은 “가족”이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말한다고 규정하고 있는바, 거주자에는 해당하나 법인격 없는 단체의 경우 배우자 및 가족이 있을 수 없다고 보이는 점, 위 제1항은 서울특별시 등에 소재하는 주택의 경우 보유기간만이 아니라 1세대가 당해 주택의 보유기간 중 2년 이상 거주할 것을 요건으로 하는바, 거주자에는 해당하나 법인격 없는 단체가 주택에 실제 거주할 수는 있다고 보이지 아니하는 점 등을 종합하였을 때, 「국세기본법」제13조 제4항 소정의 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하는 사단ㆍ재단 기타 단체는 「소득세법」상 거주자에는 해당하나 “1세대”를 구성하지 못하므로, 1세대 1주택 양도에 대한 양도소득세 비과세규정은 자연인인 거주자가 양도하였을 경우에 한정하여 적용된다고 해석함이 합리적이라 할 것이다.

(3) 위와 같은 사실관계 및 관련 법리를 종합하여 살피건대, 「국세기본법」제13조 제4항 소정의 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하는 사단으로「소득세법」상 거주자에 해당하는 청구인에 대하여는 1세대 1주택 양도에 대한 양도소득세 비과세규정을 적용하기 어렵다고 보인다.

(4) 따라서, 쟁점아파트 양도에 대하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정이 적용되지 아니한다고 본 이 건 과세처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기 본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.