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마포세무서장

상고비용은 각자가 부담한다.

1. 원고의 상고이유에 대하여

가. 과세요건과 과세대상을 달리하는 부과처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하려면 원칙적으로 각각에 대하여 별도로 전심절차를 거쳐야 하고, 부가가치세 부과처분이 법인세 부과처분과 같은 사실관계에 기초하여 이루어졌다고 하더라도 법인세 부과처분에 대하여 전심절차를 거친 것만으로는 부가가치세 부과처분에 대하여도 전심절차를 거친 것으로 볼 수 없다(대법원 2006. 6. 15. 선고 2003두14949 판결 등 참조). 원심은, 원고가 주식취득 관련사유와 재고자산매각 관련사유 등을 처분사유로 한 2005 사업연도 법인세 부과처분에 관하여 전심절차를 거쳤다고 하더라도 원고가 같은 사실관계에 기초한 2005년 제1기 및 제2기, 2006년 제1기 각 부가가치세 부과처분에 관한 심판청구를 취하함으로써 위 각 부가가치세 부과처분에 대하여 전심절차를 거친 바가 없게 된 이상 이 사건 소 중 위 각 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 주위적 청구 부분은 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다고 판단하였다. 위와 같은 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 전심절차의 준수에 관한 법리오해의 위법이 없다.

나. 납세의무자가 신고한 과세표준과 세액에 관하여 오류 또는 탈루가 있다고 보아 과세관청이 증액경정처분을 한 경우 납세의무자는 국세기본법 제45조의2 제1항에 의하여 증액경정처분에 대한 경정청구를 할 수 있을 뿐만 아니라 경정청구제도가 부과처분 자체에 대한 항고소송의 제기를 막는 것은 아니므로, 납세의무자는 경정청구와 별도로 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하는 방법으로도 증액경정처분을 다툴 수 있다(대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두5989 판결 등 참조). 그러나 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송과 동일한 증액경정처분에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 항고소송은 모두 동일한 납세의무에 관하여 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 같은 목적을 가진 불복수단이므로, 납세의무자가 두 가지 불복방법 모두를 이용하여 본안 심리와 판단을 중복하여 받을 필요나 이익이 있다고 볼 수 없다. 따라서 증액경정처분의 취소청구와 동일한 증액경정처분에 대한 경정거부처분의 취소청구 중 어느 한 청구를 주위적 청구로 하여 본안 심리와 판단을 받을 수 있는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 다른 청구를 예비적 청구로 하여 그 심리와 판단을 구할 필요나 이익이 없어 그 부분 소는 부적법하다고 할 것이다. 원심은, 원고가 주위적 청구로써 2005 사업연도 법인세 부과처분 중 특정매입거래 관련사유, 주식취득 관련사유(이 사건 제2지출액), 재고자산매각 관련사유를 각 처분사유로 한 부분의 취소를 구하고, 예비적 청구로써 2005 사업연도 법인세 부과처분 중 주위적 청구에 포함되어 있는 주식취득 관련사유(이 사건 제2지출액), 재고자산매각 관련사유를 각 처분사유로 한 부분에 대한 경정거부처분의 취소를 구하고 있으므로, 이 사건 소 중 2005 사업연도 법인세 부과처분에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 예비적 청구 부분은 그 취소를 구할 필요나 이익이 없다는 이유로 부적법하다고 판단하였다. 원심의 이러한 판단은 그 이유 설시에 다소 적절하지 아니한 부분이 있으나, 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면 이 부분 소가 부적법하다고 본 결론은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 소의 이익에 관한 법리오해로 인하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.

2. 피고의 상고이유에 대하여

가. 부과처분의 취소를 구하는 소송에서 부과처분의 위법 여부는 그 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 그 부과처분이 위법하다고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 것이므로, 그 개개의 위법사유에 대하여 반드시 전심절차를 거쳐야 하는 것은 아니고 전심절차에서 주장하지 아니하였던 사항도 과세처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있으며 전심절차에서 한번 철회하였던 주장도 다시 주장할 수 있다(대법원 1990. 11. 13. 선고 90누943 판결 등 참조). 같은 취지에서 원심이 이 사건 소 중 2004 사업연도 및 2005 사업연도 각 법인세 부과처분의 취소를 구하는 주위적 청구 부분이 모두 적법하다고 본 것은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 전심절차의 준수에 관한 법리오해의 위법이 없다.

나. 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제45조의2 제1항 제1호 규정의 문언 내용, 감액경정청구제도의 취지 등에 비추어 보면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 그 후 이루어진 과세관청의 증액경정처분에 대해서도 경정 후의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과하는 경우에는 그 증액경정처분에 대한 불복청구기간이 경과하였는지 여부와 상관없이 법정신고기한 경과 후 3년 이내에는 감액경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두10792 판결 등 참조). 원심은, 원고가 2005년 제1기 및 제2기, 2006년 제1기 각 부가가치세 부과처분에 대하여 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 경정청구를 하였으므로 이러한 경정청구는 적법하고, 나아가 원고가 주장하는 사유가 비록 구 국세기본법 소정의 경정청구사유에 해당하지 않는다고 하더라도 그러한 경정청구가 부적법한 것은 아니라는 이유로, 이 사건 소 중 위 각 부가가치세 부과처분에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 예비적 청구 부분은 적법하다고 판단하였다. 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 구 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 경정청구에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

다. 원심은 그 채택증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, ① 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것 및 2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제7조의2에서 규정한 기업의 어음제도개선을 위한 세액공제제도는 약속어음의 부도로 인한 중소기업의 연쇄도산을 방지하기 위하여 구매기업이 구매대금을 현금화가 용이한 방식으로 결제하는 경우 이에 대한 세제지원을 하는 데 그 취지가 있으므로, 원고가 이 사건 특정매입거래에 따라 납품업체에 결제하는 거래대금의 경우에도 약속어음을 결제수단으로 사용할 수도 있어 이를 현금화가 용이한 방식으로 결제하도록 유도할 필요가 있었던 점, ② 원고는 이 사건 특정매입거래에서 납품업체가 납품한 재화의 구매대금에 대하여 판매대금에서 일정한 수수료를 차감하고 지급하는 방식으로 결제하고, 납품업체로부터 납품업체가 '공급하는 자', 원고가 '공급받는 자'로 된 세금계산서를 받아 이를 근거로 부가가치세를 신고・납부한 점, ③ 이 사건 특정매입거래의 경우 납품업체의 입점계약, 상품코드 등록, 판매방식과 판매가격 결정, 서비스 통제권 등이 원고에게 있고, 고객에게 발행하는 영수증도 원고 명의로 발급되며, 신용카드 수수료도 원고가 부담하므로 이를 단순한 위탁매매라고 볼 수 없는 점 등에 비추어, 이 사건 특정매입거래 대금은 구 조세특례제한법 제7조의2 제1항, 제3항 제1호에서 정한 '구매대금'에 해당한다는 이유로, 2004 사업연도 및 2005 사업연도 각 법인세 부과처분 중 피고가 이 사건 특정매입거래 대금에 대한 세액공제를 부인한 부분은 위법하다고 판단하였다. 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 구 조세특례제한법 제7조의2 제1항, 제3항이 규정한 기업의 어음제도 개선을 위한 세액공제에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

라. 원심은 그 채택증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, ① 이 사건 제1지출액은 원고가 주식회사 BBBB(이하 'BBBB'라 한다)의 경영권 인수를 목적으로, 인수대상기업의 분석・평가 등 경영권 인수에 관한 제반 사항에 관하여 자문과 조언 등의 용역을 제공받고 그 대가로 지출한 것으로 보아야 하므로, 이를 BBBB 주식의 취득가액에 포함시킬 것이 아니라 2004 사업연도 당기 비용으로서 손금에 산입하여야 하고,

② 이 사건 제2지출액 역시 원고가 주식회사 CCCC(이하 'CCCC'이라 한다)의 경영권 인수를 목적으로 인수전략 수립 등 경영권 인수에 관한 제반 사항에 관하여 자문과 조언 등의 용역을 제공받고 그 대가로 지출한 것으로 보아야 하므로, 이를 CCCC 주식의 취득가액에 포함시킬 것이 아니라 2005 사업연도 당기 비용으로서 손금에 산입하여야 한다는 이유로, 2004 사업연도 및 2005 사업연도 각 법인세 부과처분 중 피고가 이 사건 제1, 2지출액의 손금산입을 부인한 부분은 위법하다고 판단하였다. 관련 규정과 법리에 비추어 기록을 살펴보면 원심의 이러한 사실인정과 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 채증법칙위반, 자산의 취득가액 등에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

마. 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제17조 제2항 제4호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액'을 규정하고 있다. 원심은 그 채택증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 제2지출액과 이 사건 법률수수료에 관한 각 매입세액은 원고가 CCCC의 경영권 인수를 목적으로 지출한 것으로서 CCCC 주식 자체의 투자에 관련된 매입세액으로 볼 수는 없다는 이유로, 2005년 제1기 및 제2기, 2006년 제1기 각 부가가치세 부과처분 중 피고가 이 사건 제2지출액과 이 사건 법률수수료에 관한 각 매입세액의 공제를 부인한 부분은 위법하다고 판단하였다. 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호가 규정하는 매입세액 불공제대상인 '투자에 관련된 매입세액'에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

바. 어떤 행위가 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제52조에서 말하는 부당행위계산에 해당하는지 여부는 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 것인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 또한 구 부가가치세법 제13조 제1항 제3호에서 부당하게 낮은 대가를 받는다고 함은 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨다고 인정될 정도로 시가보다 현저하게 낮은 대가를 받는 것을 말하며, 여기서 그 대가가 부당하거나 현저하게 낮은지의 여부는 구체적인 사안에 따라 조세부담의 형평을 잃지 않는 정상거래를 기준으로 삼아서 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2003. 9. 23. 선고 2002두1922 판결 등 참조). 원심은 그 채택증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 재고자산은 1995 사업연도부터 2005 사업연도까지의 의류 및 생활용품 2,021,526점으로서 그 매각경위와 매각대상물의 내용 및 성질 등에 비추어 이를 상관행이나 일반적・계속적 거래에서 적용되는 가격으로 매각하기 어려웠을 것으로 보일 뿐만 아니라 매각으로 인한 통상적인 영업이익을 기대하기도 어려웠을 것으로 보이고, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 2개 감정평가법인이 각기 감정한 가액의 평균액인 이 사건 매각대금은 생산연도, 유행과 형식, 관리 및 보관상태, 매출원가, 대리점 납품가격 및 판매가격 등을 고려하여 이 사건 재고자산 중 2002 사업연도부터 2004 사업연도까지의 의류는 장부가액의 40% 정도로 평가하고 나머지는 장부가액과 같은 금액으로 평가한 것으로서 경제적 합리성을 결여한 것으로 보기 어려우며, 오히려 이 사건 매각대금은 구 법인세법이나 구 부가가치세법 소정의 시가로 볼 여지가 크므로, 원고가 이 사건 재고자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도하거나 부당하게 낮은 대가를 받고 공급한 것으로 볼 수 없다는 이유로, 2005 사업연도 법인세 부과처분 및 2005년 제1기 부가가치세 부과처분 중 피고가 구 법인세법 제52조와 구 부가가치세법 제13조를 적용하여 이 사건 재고자산의 장부가액에 미달하는 차액에 일정율의 영업이익을 합한 금액을 시가로 보아 이 사건 매각대금과의 차액을 익금에 산입하고 이를 공급가액에 포함하여 매출세액을 산정한 부분은 위법하다고 판단하였다. 앞서 본 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 구 법인세법 제52조 소정의 부당행위계산이나 구 부가가치세법 제13조 소정의 공급가액에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 각자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.