청구인은 OOO OOO OOO OOO OOO OOOOOO OO OOOO(전용면적 157.57㎡이고, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2002.10.1. 분양계약을 체결하여 2003.10.27. 취득한 후, 2006.2.27. 양도하고, 2006.4.25. 양도소득세를 예정신고하면서 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 같다.) 제99조의3의 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정을 적용하여 산출세액 전액을 감면세액으로 신고하였다.

처분청은 쟁점주택이 고급주택에 해당되어 청구인이 적용한 구 조세특례제한법 제99조의3의 규정에 의한 과세특례요건에 해당되지 아니한다 하여 감면 신고를 부인하여 2007.4.5. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 223,198,910원을 경정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.7.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택을 구 조세특례제한법 제99조의3의 규정의 의한 과세특례적용을 받을 수 없는 고급주택으로 판정할 경우, 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것을 말한다. 이하 같다.) 부칙 제29조제1항의 규정에서는 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 규정을 적용하도록 하고 있는 바, 고급주택의 범위 중 6억원을 초과하는 가액은 취득당시의 가액을 기준으로 하여야 하므로 쟁점주택은 취득당시 분양계약에 의한 분양가액이 501백만원이므로 고급주택에 해당하지 아니하다.

나. 처분청 의견

조세특례제한법 부칙 제29조제1항의 규정에 의하면, 매매계약을체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다는의미는 고급주택 판정시 가액기준에 대하여 양도당시 실지거래가액 6억원을 취득당시의 가액인 6억원으로 하여 적용한다는 것이 아니라, 취득당시의 고급주택 기준(주택의 전용면적이 149㎡ 이상이고, 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것)을 적용한다는 것이므로 양도당시의 실지거래가액이 1,350백만원인 쟁점아파트는 취득당시의 고급주택 판정기준에 의하여 고급주택에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세특례제한법에 의한 신축주택의 양도세 과세특례 적용대상에서 제외되는 고급주택 판정시 가액기준(6억원)이 취득당시 가액인지, 양도당시 가액인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】①거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

부칙

제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】①이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

②제99조의3제1항제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(2) 구 조세특례제한법

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】①거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

(3) 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것)

제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

(4) 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것)

제156조【고급주택의 범위】법 제89조제3호에서 “거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

3. 엘리베이터ㆍ에스컬레이터 또는 67제곱미터 이상의 수영장 중 1개 이상의 시설이 설치된 주택

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주택을 양도하고, 양도소득세를 예정신고하면서 구 조세특례제한법 제99조의3의 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정을 적용하여 산출세액 전액을 감면세액으로 신고하였고, 처분청은 쟁점주택이 고급주택에 해당되어 청구인이 적용한 구 조세특례제한법 제99조의3의 규정에 의한 과세특례요건에 해당되지 아니한다 하여 감면 신청을 배제하여 이 건 양도소득세를 경정·고지한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점주택을 구 조세특례제한법 제99조의3의 규정의 의한 과세특례적용을 받을 수 없는 고급주택으로 판정할 경우, 조세특례제한법 부칙 제29조제1항의 규정에서는 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시를 기준으로 쟁점주택의 취득가액이 6억원 미만이므로 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례대상이라고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 처분청의 조사내용에 의하면, 청구인은 쟁점주택을 2002.10.1. 주식회사 OOOOO와 분양계약을 체결하여 2003.10.27. 취득한 후 2006.2.27. 양도하였고, 그 취득가액은 501,000천원, 양도가액은 1,350,000천원이며, 전용면적이 157.57㎡이다.

(나) 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조의3제1항에 의하면, 거주자가 서울 등 지정지역외의 지역에 소재하는 신축주택을 2001.5.23.～2003.6.30. 기간 중에 주택건설사업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한자가 취득한 신축주택은 양도소득세 과세특례가 적용되는 것이나 소득세법 제89조제3호의 고가주택에 해당하는 경우에는 이를 제외하도록 규정하고 있다. 또한, 동 법 부칙 제1조에서 이 법은 2003.1.1.부터 시행한다고 규정하면서 동 법 제29조제1항에서 이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 하여 종전의 고급주택의 기준을 적용하도록 하고 있다.

(다) 한편, 2002.12.30. 대통령령 제17825호로 소득세법시행령 제156조가 개정되면서, 종전의 “고급주택”의 범위를 “공동주택의 전용면적이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원 이상인 경우”에서 “고가주택”으로 명칭을 변경하면서 그 범위를 “주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 경우”로 하였다.

(3) 살피건대, 2002.12.30. 개정된 소득세법시행령 제156조의 규정에서 고가주택의 범위를 ‘주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 경우’로 규정하고 있고, 양도소득세는 특별한 규정이 없는 한 양도당시의 상황에 의하여 과세 또는 감면요건을 판단하는 것이므로 고가주택 요건도 당해 주택의 양도가액으로 판단하는 것이지 청구인이 주장하는 바와 같이 취득가액으로 이를 판단할 사항은 아니라 할 것이며, 그렇다면 쟁점주택은 그 양도가액이 6억원을 초과하므로 고가주택에 해당하는 바, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례적용을 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.