가.청구인은 2007.4.16. 상속으로 취득한 충청남도 OOO 등 5필지 4,820㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 쟁점토지의 지상에 소재(쟁점토지 중 327-1, 327-2, 327-3에 소재)한 무허가주택(이하 “쟁점주택”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 2014.11.12. 합계 OOO원에 양도하고, 2014.12.16. 양도소득세 신고시 쟁점주택과 그 부수토지 1,067㎡에 대하여는 1세대 1주택 비과세를 적용하였으며, 그 외 쟁점토지 3,753㎡에 대하여는 양도가액(실지거래가액) OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 일괄양도하면서 필지별 가액 중 주택부수토지의 양도가액을 임의로 높게 배분한 것으로 보아 양도가액을 토지의 기준시가로 안분계산하고, 주택부수토지를 738㎡로 재계산하여 주택부수토지 외 쟁점토지에 대하여 양도가액(기준시가) OOO원으로 하여 2015.6.17. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2015.9.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점부동산을 OOO 주식회사(이하 “매수법인”이라 한다)에 양도하면서 아래 <표1>과 같이 주택과 부수토지(이하 “쟁점1부동산”이라 한다), 농지(이하 “쟁점2부동산”이라 한다), 도로(이하 “쟁점3부동산”이라 한다)로 구분하여 각각 계약서를 작성하고, 계약금과 잔금을 계약내용대로 지급받았다.

쟁점주택은 청구인이 농업을 주업으로 하며 수십년간 거주하여 온 주택으로, 충청남도 OOO의 3필지에 걸쳐 있고, 1941년 신축하여 1990년 후반 준공하였으나 지목이 농지인 관계로 현재 무허가 상태로 있으며(1941년 건축물 대장만 있음), 건축물대장상 23.1㎡의 목조 주택으로 되어있으나, 실 측량면적OOO이 276.93㎡인 철근콘크리트로 된 주택과 창고이다.

쟁점부동산은 매수법인이 시행 및 시공을 맡아 아파트를 지을 공사부지로, 청구인은 쟁점부동산을 매도하고 이주할 상황이었던바, 청구인은 매수법인에게 건물에 대한 적정한 가격, 대체주택 취득 및 이주비 등을 요구하였고, 청구인과 매수법인 간의 합의가 이루어져 위 계약이 체결된 것이다.

따라서, 부동산의 가치를 반영하여 당사자 간에 필지별로 합의하여 한 매매계약서를 작성하였고, 부동산신고필증에도 양도가액이 각각 구분 기재되어 있으며, 대금도 구분하여 수령하였음에도 쟁점주택의 가치를 배제하고 당사자 간에 합의한 매매가액을 임의 안분한 것으로 보아 매매가액을 토지의 기준시가로 안분하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점부동산 계약이 매수법인과의 합의에 의해 작성된 것으로 건물에 대한 가격, 대체주택 취득비 및 이주비를 포함하여 체결된 것이라고 주장하나, 매매계약서상 대체주택 취득비 및 이주비에 대한 금액이 따로 기재되어 있지 않고, 쟁점토지의 등기부등본에 의하면, 쟁점토지의 양도계약 후 OOO에 신탁한 등기원인일(2013.4.27.), 접수일(2013.4.10.), 잔금지급일(2014.11.12.)이 모두 동일자로 확인되는바, 실질적으로 계약은 하나로 이루어졌으나 형식적으로 계약서를 구분하여 작성한 것으로 보인다.

또한, 매수법인은 장부상 양도대금 전액을 토지계정으로 기재하고 있고, 매수법인에 대한 매매가 산정근거 조회회신에 따르면, 토지 취득 당시 쟁점토지에 대해 감정평가를 한 사실이 없으며, 청구인의 요구에 따라 별다른 의미없이 구분기재한 것으로 회신하여 토지매매가액이 합리적 근거에 의해 산정된 것이 아닌 것으로 확인된다.

한편, 아래 <표2>와 같이 각 토지별 위치, 개별공시지가, 용도가 유사함에도 주택부수토지의 기준시가 대비 평가율(매매가액/기준시가)이 986%로 다른 토지와 현격한 차이가 있어 매매가액 산정에 경제적 합리성이 없는 것으로 판단된다.

따라서, 쟁점부동산의 매매계약서에 개별 부동산이 각각 기재되어 있다하더라도 양도가액 구분이 합리적 기준에 따른 것이 아닐 뿐 아니라, 비과세 양도차익을 과다하게 하여 결과적으로 양도소득세가 감소하는 결과가 발생하였으므로 필지별 양도가액이 임의배분된 것으로 보아 기준시가 비율로 안분하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 매매계약서상 구분 기재된 필지별 양도가액을 임의로 안분한 것으로 보아 토지의 기준시가로 안분하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】 ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

(2) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】 ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산 한다.

(3) 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.(이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 등기부등본과 매매계약서 등에 의하면, 쟁점부동산의 현황은 아래 <표3>, <표4>와 같고,쟁점토지 중 327-1, 327-2, 327-3 위 지상건물인 쟁점주택은 쟁점1부동산 매매계약서에 포함되어 있으며, 토지와 건물의 양도가액은구분되어 있지 아니한 것으로 나타난다.

(2)청구인은 양도가액을 실지거래가액으로 하되, 일괄 계약된 필지는 실지거래가액을 면적비율로 안분하고, 취득가액을 기준시가로 하여 <표5>와 같이 양도소득세를 신고하였다.

(3) 청구인은 부동산의 가치를 반영하여 당사자 간에 합의한 양도가액을 임의 안분한 것으로 보아 과세하는 것은 부당하다고 주장하며, 쟁점부동산의 매매계약서 3부, 부동산거래계약 신고필증, 매수법인 계정별 원장 및 계좌이체 내역, 건물 설계도 및 전경사진, 매수법인 조회회신 의뢰서 등을 제출하였다.

(가) 매매계약서의 주요내용은 위 <표3>과 같고, 부동산거래계약 신고필증에 의하면, 토지의 지번별로 양도가액이 구분(일괄 계약된 필지는 양도가액을 면적비율로 안분한 금액)되어 있는 것으로 나타난다.

(나) 매수법인 계정별 원장 및 계좌이체 내역에 의하면, 계약금은 선급금계정으로, 잔금은 건설용지로 각 계약필지 단위로 구분하여 계상하였고, 계약금과 잔금은 각 계약일자별로 지급한 것으로 나타난다.

(다) OOO에서 2013년 2월 작성한 설계 개요서에 의하면, 쟁점주택의 연면적 및 용도는 아래 <표6>과 같다.

(라) 처분청이 매수법인에게 회신을 의뢰한 조회회신 의뢰서(2015년 4월)에 의하면, ‘토지 용도별로 구분하여 총 3부의 매매계약서를 작성하게 되었고, OOO는 위 토지위에 청구인이 거주하고 있으며, 영농생활을 하는 단독주택(슬라브구조 205.65㎡, 무허가건물)과 부속건물(슬라브구조 71.28㎡, 무허가건물)이 있어 대체주택 취득 및 이주비를 포함한 매입가액으로 작성하게 되었다’는 내용과 ‘쟁점토지를 감정평가한 사실은 없으나,주택사업을 위한 토지를 매입할 경우 매수인은 사업수지 범위 내에서매도인 개개인의 특수성과 매도인의 절대적인 요구사항 그리고 매수인의 합리적인 시세에 대한 설득을 반영하여 결정되며, 이와 같은 행위를 통한 당사자간의 거래 요구가액 제시에 대해 절충하여 계약을 한 것이다’라고 회신한 것으로 나타난다.

(4) 처분청의 양도소득세 종결보고서(2015년 4월)에 의하면, 1세대 1주택 비과세 면적을 실제 확인한바, 주택 울타리 내 면적은 738㎡로 확인되어 주택부수토지를 738㎡로 재계산하였고, 쟁점부동산은 아파트 건설용 매입토지로 멸실을 예정하고 있어 특별히 주택가액을 높게 산정할 이유가 없어 주택부수토지의 양도가액을 임의로 높게 배분한 것으로 보아 양도가액을 토지의 기준시가로 안분하여 양도소득세를 아래 <표7>과 같이 재계산한 것으로 나타난다.

(5) 처분청과 청구인이 제출한 자료에 의한 쟁점토지 및 쟁점주택의 기준시가는 아래 <표8>과 같다.

(6) 쟁점1·2부동산의 1㎡당 기준시가 및 양도가액을 계산하면 아래와 같다

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법」 제100조 제2항, 같은 법 시행령 제166조 제6항 및 「부가가치세법 시행령」제64조 제2호에 의하면, 토지와 건물을 함께 양도하고 그 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우, 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때에는 양도계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있고, 여기에서 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 토지와 건물을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지의 가액과 건물의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석함이 타당하다 할 것인바(대법원 2013.1.24. 선고 2012두22492 판결, 서울고등법원 2012.9.13. 선고 2012누1060 판결, 같은 뜻임), 양도 당시 쟁점1부동산 중 토지와 쟁점2부동산은 쟁점주택이 걸쳐 있는 인접한 토지로 위치, 용도 등이 유사한 것으로 보이는 반면, 청구인이 신고한 양도가액은 감정평가 등 합리적인 산정근거에 의한 것으로 보기 어려운 점, 쟁점1부동산 중 토지의 1㎡당 기준시가는 각 OOO원이고, 쟁점2부동산의 1㎡당 기준시가는 OOO원으로 유사한 가격임에도, 쟁점1부동산 중 토지의 1㎡당 양도가액은 OOO원로 현저한 차이가 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 필지별 양도가액을 임의로 안분한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다만, 처분청은 주택부수토지의 경우 1세대 1주택 비과세를 적용하였고, 쟁점주택의 공시된 기준시가가 있음에도 불구하고, 매수법인이 쟁점주택을 멸실할 예정으로 가치가 없는 것으로 보아 토지의 기준시가만으로 양도가액을 안분계산한 것은 합리적인 가액 구분이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 양도가액 안분시 토지의 기준시가외에 쟁점주택의 기준시가를 포함하여 각 토지 및 주택의 양도가액을 산출하고, 그에 따라 과세대상 토지의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.