가. '96.4.10자 한국감정원의 감정평가서상의 자산을 기준시가가 있는 자산인 토지 및 건물과 기준시가가 없는 자산으로 구분하여 기준시가가 있는 자산의 감정가액과 기준시가가 없는 자산의 감정가액으로 구분한다.

나. 청구인과 (주)OOOO가 양도한 자산의 양도가액 합계액 2,250,000,000원을 위 “가”에서의 기준시가가 있는 자산인 토지 및 건물의 감정가액과 기준시가가 없는 자산의 감정가액으로 안분하여 기준시가가 있는 자산인 토지 및 건물의 가액을 산출한다.

다. 위 안분하여 산출된 기준시가가 있는 자산인 토지 및 건물의 가액을 토지와 건물의 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 쟁점토지의 실지 양도가액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

(가) 청구인과 청구외 (주)OOOO는 ’96.3.21 청구인이 ’93.1.10～’94.8.30 취득하여 소유하던 경상북도 상주시 함창읍 OO리 OOOOOO외 2필지 대지 2,172㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 (주)OOOO 소유이던 쟁점토지상의 건물 3,428㎡(이하 “지상건물”이라 한다) 및 지상건물내 시설물인 볼링장, 사우나, 여관, 커피숍의 장비시설 일체(이하 “지상시설물”이라 한다)를 구분하지 아니하고 일괄하여 청구외 OOO외 1인에게 2,250,000,000원(이하 “일괄양도금액”이라 한다)에 양도하기로 계약하였으며, 쟁점토지는 ’96.4.2 청구인으로부터 위 OOO에게로 소유권이전등기가 경료되었다.

청구인은 쟁점토지 양도관련 과세표준 확정신고시('97.5.31) 취득가액을 375,000,000원, 양도가액을 400,000,000원으로 하여 신고하고, 이에 따른 산출세액 2,577,500원을 자진납부하였다.

(나) 처분청은 청구인의 쟁점토지 취득당시 거래상대방에게 확인하여 실지취득가액을 374,972,208원으로 하고, 양도가액은 일괄양도금액 2,250,000,000원을 쟁점토지와 지상건물의 기준시가(토지는 개별공시지가, 건물은 지방세법상의 과세시가표준액)로 안분계산한 금액인 1,152,119,051원으로 하여 양도차익을 산정한 후 ’97.12.8 청구인에게 ’96년도분 양도소득세 404,369,370원 및 동 농어촌특별세 21,910원을 결정고지하였다.

(다) 청구인은 이에 불복하여 ’98.2.5 심사청구를 거쳐 ’98.4.14 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

쟁점토지의 실지취득가액이 374,972,208원인 점과 쟁점토지와 지상건물 및 지상시설물을 구분하지 않고 2,250,000,000원에 일괄양도한 것에 대하여는 처분청과 청구인 사이에 다툼이 없다. 다만, 처분청이 쟁점토지의 양도가액을 쟁점토지와 지상건물의 기준시가로 안분한 1,152,119,051원으로하여 과세한 것에 대하여 청구인은 아래와 같은 이유로 부당하다고 생각한다.

(1) 청구인이 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세 확정신고시 제출한 양도관련 매매계약서상의 가액 400,000,000원을 쟁점토지 양도가액으로 보아 이 건 과세를 취소하여야 한다. 청구외 (주)OOOO가 은행차입시 한국감정원이 ’94.12.15 실시한 “쟁점토지”의 감정가액은 840,560,000원(당시 지상건물은 2,266,490,000원, 지상시설물은 536,000,000원)이었고, 청구인으로부터 쟁점토지를 취득한 청구외 OOO외 1인이 은행차입시 한국감정원이 ’96.4.10 실시한 “쟁점토지” 감정가액은 882,588,000원(지상건물은 2,223,897,000원, 지상시설물은 447,225,000원)이다.

그러하지만 청구인이 쟁점토지를 저가인 400,000,000원으로 양도하면서 다른자산과 별도로 매매계약서(이하 “쟁점토지매매계약서”라 한다)를 작성한 것은 쟁점토지가 양도될 당시 청구인의 체납을 이유로 동수원세무서장이 쟁점토지를 압류한 상태에서 ’96.1.10 성업공사로부터 쟁점토지를 공매하겠다는 통지를 받았으며, 지상건물 신축 및 지상시설물 설치 당시의 사업전망과는 달리 영업실적이 아주 저조한 상태라 쟁점토지가 몇번의 유찰을 당하면 시가에 비해 현저히 저렴한 가액으로 공매처분될 것이 예상되고, 쟁점토지가 공매처분된 후는 쟁점토지의 소유권자와 지상건물 및 지상시설물의 소유권자가 서로 달라 지상건물 및 지상시설물의 처분시에도 제값을 받지 못할 것이 예상되어 쟁점토지가 공매처분되기 전에 쟁점토지와 지상건물 및 지상시설물을 모두 양수하려는 OOO외 1인에게 시가보다 저렴하게 양도하게 된 것으로서 쟁점토지매매계약서상의 가액 400,000,000원은 정당한 양도가액인 것이다.

따라서 쟁점토지매매계약서는 일괄양도금액으로 기재된 부동산매매계약서(이하 “일괄양도계약서”라 한다)상 총 양도금액중 “쟁점토지”의 양도가액을 한정 표시하기 위한 형식적인 계약서이면서 일괄양도계약서의 부수적 계약서로 보아야 하므로 처분청이 일괄양도계약서와 쟁점토지매매계약서의 계약체결일과 대금지급시기 등이 서로 다르다 하여 쟁점토지매매계약서를 사실과 다른 계약서로 보는 것은 명백히 위법부당하므로 실지양도가액을 400,000,000원으로 하여 이 건 과세를 취소하여야 한다.

(2) 위의 주장이 받아들여지지 않는다면 쟁점토지의 취득 및 양도당시의 기준시가에 의해 양도차익을 산정한 후 이 건 과세를 하여야 한다.

본 건의 경우에는 양도소득세 과세대상자산(쟁점토지와 지상건물)과 과세대상자산이 아닌 자산(지상시설물)을 일괄양도한 경우로서 총양도가액은 확인되나 자산별 가액 구분이 불분명한 경우로서 이점은 처분청도 인정하는 바이다.

처분청은 이러한 경우 일괄양도자산 중에 양도소득세 과세대상이 아닌 자산이 포함되었으므로 실지거래가액이 확인되지 아니하는 경우에 해당된다고 보아 기준시가에 의거 과세하여야 함(국심 88광 1434, 89.2.13 및 대법원 85누107, 86.3.11)에도 불구하고 단지 토지와 건물만 양도한 것으로 보아 소득세법 제100조 제2항의 규정을 적용하여 이 건 양도소득세를 결정고지 하였다.

과세요건에 관한 세법의 규정은 조세법률주의의 원칙상 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하고 행정편의를 위한 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 것인 바, 대법원 판례 및 심판례에서 양도한 자산 모두의 기준시가를 알 수 있는 때에만 안분계산할 수 있는 것이고, 기준시가가 없는 자산이 포함된 경우에는 안분계산할 수 없으며, 양도소득세 과세대상자산만을 기준시가에 의하도록 하고 있으므로 이 건 쟁점토지의 양도차익도 취득 및 양도시의 기준시가에 의거 산정하여야 한다.

(3) 위의 주장이 전부 받아들여지지 않는다고 하더라도 일괄양도금액을 양도(’96.4.2) 당시의 자산별 감정가액(’96.4.10자 한국감정원의 자산별 감정가액) 비율로 안분하여 쟁점토지의 양도가액을 결정하여야 한다.

처분청은 일괄양도금액 2,250,000,000원을 소득세법 제100조 제2항의 규정에 의거 쟁점토지와 지상건물의 기준시가(토지는 개별공시지가, 건물은 지방세법상 과세시가표준액)로만 안분 계산하였던 바, 이러한 경우 부가가치세 과세표준을 구하는 것과 관련한 부가가치세법시행령 제48조의 2 제3항은 그 단서규정에서 “실지거래가액중 토지와 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가 표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 과세표준을 안분계산한다”고 규정함으로써 토지와 건물의 자산별 평가방법을 동일한 지방세법에 의한 과세시가표준액으로 안분계산하도록 하고 있다.

전술한 소득세법의 규정에 따라 쟁점토지의 가액을 안분계산할 경우 개별공시지가가 지방세법에 의한 과세시가표준액보다 현실적으로 현저히 높게 평가되어 있는 것은 부인할 수 없으므로 쟁점토지가 지상건물에 비해 상대적으로 과다하게 안분계산되는 결과가 되고, 일괄양도된 전체 매매가액 2,250,000,000원 중에는 분명히 특약사항으로 지상시설물의 양도가액도 포함되어 있으므로 지상시설물가액을 감안하지 아니하고 일괄양도가액을 쟁점토지와 지상건물의 자산별 기준시가액으로 안분계산한다면 지상건물과 지상시설물의 양도자인 (주)OOOO에 비하여 청구인의 경우 실질적으로 부담해야 할 양도소득세보다 과다한 양도소득세를 부담하게 되는 결과가 되어 청구인의 재산권이 부당하게 침해당하게 되는 것이다.

따라서 상속세법상에 시가가 불분명할 때 감정가액을 시가로 보도록 규정하고 있는 바, 쟁점토지와 지상건물 및 지상시설물의 양도일인 96.4.2과 인접하여 실시한 96.4.10자 한국감정원의 감정가액(쟁점토지 882,588,000원, 지상건물 2,223,897,000원 및 지상시설물 447,225,000원)이 당해 자산의 실질적 가치를 보다 객관적으로 평가하고 있으므로 실질과세의 원칙에 의거 전체 매매가액인 2,250,000,000원을 위 자산별 감정가액으로 안분계산하여 쟁점토지의 실지양도가액을 계산하고 이에 의거 과세하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구인은 쟁점토지를 400,000,000원에 양도하였다고 주장하면서 쟁점토지매매계약서를 제시하나, 쟁점토지를 지상건물과 함께 일괄하여 양도하기로 약정한 실거래계약서가 확인되므로 위 쟁점토지매매계약서는 신빙성있는 입증자료로 보기 어렵다 할 것이어서 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 이 건 일괄양도계약서상에는 쟁점토지, 지상건물 및 동 건물에 부속된 기계장치 등이 자산별 가액 구분없이 일괄하여 매매하기로 약정된 사실은 확인되나, 건물에 부속된 시설은 건물에 포함되는 것이고 볼링장 시설 등의 가액을 구분 약정한 바 없어 처분청이 쟁점토지의 실지양도가액을 토지·건물의 기준시가로 안분계산한 것은 정당하다고 판단된다.

(3) 청구인은 쟁점토지 양도 직후 한국감정원에 의하여 감정된 가액으로 안분계산함이 타당하다고 주장하나, 감정가액을 근거로 안분계산할 법적근거가 없으므로 처분청이 관련법령에 의하여 토지·건물의 기준시가로 안분계산한 당초 결정은 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점토지의 실지양도가액을 400,000,000원으로 보아야 한다는 주장의 당부

(2) 쟁점토지의 양도 당시 실지거래가액이 불분명하므로 취득 및 양도당시의 기준시가에 의거 양도차익을 산정하여야 한다는 주장의 당부

(3) 쟁점토지의 양도(’96.4.2) 직후인 ’96.4.10자 자산별(쟁점토지와 지상건물 및 지상시설물)감정가액이 있으므로 일괄양도금액 2,250,000,000원을 자산별 감정가액 비율로 안분한 가액을 쟁점토지의 양도가액으로 하여야 한다는 주장의 당부

나. 관련법령

소득세법 제96조 제1호 및 제97조 제1항 제1호와 같은법시행령 제166조 제4항 제3호 및 제5항 제2호를 이 건과 관련하여 종합하면 “양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 양도차익의 산정을 실지거래가액에 의한다. 다만, 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다”고 규정하고 있으며,

같은법 제100조 제1항에서 「양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다」고 규정하면서,

같은조 제2항에서 「제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다」고 규정하고 있다.

한편, 특별부가세의 과세표준에 관하여 규정한 법인세법 제59조의 2 제5항에서 「법인이 토지 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 취득가액 또는 양도가액을 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다(’94.12.22 신설)」고 규정하면서,

같은법시행령 제124조의 5 제3항 본문 및 제2호에서 「법 제59조의 2 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법”이라 함은 다음 각호의 방법을 말한다(’94.12.31 신설).

2. 기준시가가 있는 자산과 기준시가가 없는 자산을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다(’94.12.31 신설)」고 규정하고 있다.

다. 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

청구인이 이 건 과세표준 확정신고시 제출한 쟁점토지매매계약서를 살펴보면, 쟁점토지 매매가액 400,000,000원(’96.3.28 계약, ’96.4.20 잔금), 양도자는 청구인, 양수인은 OOO로 기재되어 있으며, 쟁점토지 등기부등본상 소유권이전등기경료일은 ’96.4.2임이 확인된다.

그런데 처분청이 이 건 관련조사시 징취한 양수인 OOO의 대리인인 청구외 OOO의 진술서에 의하면 “양도자가 신고시 제출한 쟁점토지 매매계약서는 실질적인 합의내용을 기재한 것이 아니라 단지 소유권이전등기를 위해 형식적으로 작성한 계약서이다”라고 되어 있는 점으로 보아 쟁점토지 매매계약서상의 매매가액 400,000,000원을 실지거래 가액으로 인정하기는 어렵다.

라. 쟁점(2)에 대하여 살펴본다

(1) 청구인은 이 건 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일인 ’97.12.8 이전인 ’97.5.31 증빙서류를 갖추어 쟁점토지의 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지관할세무서장인 처분청에 신고하였으므로 전술한 소득세법시행령 제166조 제4항 제3호 및 제5항 제2호에 의하여 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우외에는 실지거래가액에 의하여 쟁점토지의 양도차익을 산정하여야 하는 바, 청구인은 쟁점토지와 지상건물은 양도소득세 과세대상 자산이나 지상시설물은 과세대상이 아닌 자산인데 이를 일괄양도하여 쟁점토지의 실지양도가액이 불분명한 경우에 해당하므로 그 실지취득가액이 확인된다 할지라도 쟁점토지의 취득당시 및 양도당시의 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴본다.

(2) 양도소득세 과세대상자산과 과세대상이 아닌 자산이 일괄양도되어 각 자산별 가액의 구분이 불분명할지라도 이들 자산의 합계액이 있을 경우에는 일괄양도된 금액을 각 자산별로 합리적으로 안분할 수만 있다면 양도소득 과세대상자산의 실지거래가액은 확인된다고 보아야 할 것이다. 이러한 점은 전시 소득세법 제100조 제2항이 토지와 건물 등을 일괄양도한 경우 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분한 가액을 실지거래가액으로 하도록 정하고 있는 점에서도 볼 수 있다. 그러하다면 일괄양도금액에 양도소득세 과세대상인 토지 및 건물과 과세대상이 아닌 지상시설물이 포함되어 있다는 이유만으로는 쟁점토지의 실지양도가액이 불분명하다고 하기는 어렵다.

마. 쟁점(3)에 대하여 살펴본다

(1) 이 건의 확인된 일괄양도금액 중 쟁점토지의 가액을 구분할 수 있다면 그 가액이 쟁점토지의 실지양도가액이 된다고 하겠으므로 이 가액과 확인된 쟁점토지의 실지취득가액으로 쟁점토지의 양도차익을 산정하여야 할 것이다.

이 건은 기준시가가 있는 자산인 쟁점토지 및 지상건물과 기준시가가 없는 자산인 지상시설물이 함께 양도되어 일괄양도 시점으로부터 8일 후인 ’96.4.10자 한국감정원이 일괄양도된 자산의 각각에 대하여 감정한 가액이 있는 경우인 바, 이때 쟁점토지의 실지양도가액을 일괄양도금액으로부터 산출하는 과정을 살펴본다.

(2) 이 건과 같이 여러종류의 자산을 함께 양도하였으나 자산별 가액의 구분이 불분명한 경우에 자산별 가액을 산출하는 방법에 대하여 규정한 조항은 전술한 소득세법 제100조 제2항 외에 달리 찾을 수 없다.

그런데 이 건과 같이 기준시가가 있는 자산인 토지 및 건물과 기준시가가 없는 자산인 시설물을 함께 양도하여 각 자산별 양도가액은 구분되어 있지 않으면서 일괄양도금액만 확인되는데다가 양도당시 시점을 기준으로 감정한 것으로 인정할 수 있는 각 자산별 감정가액이 있는 경우에, 일괄양도금액으로부터 각 자산별 실지양도가액을 산출하는 방법에 대하여서 전술한 소득세법 제100조 제2항은 명확하게 규정하고 있지 않는 관계로 이 건 쟁점토지의 실지양도가액을 어떠한 방법으로 산출할 것인지가 문제된다 할 것이다.

그러나 이러한 경우에도 전술한 소득세법 제100조 제2항과 같은 취지이면서 이러한 경우를 예상하여 규정한 조항이라 볼 수 있는 특별부가세 과세표준 산정에 관한 규정인 전술한 법인세법 제59조의 2 제5항 및 같은법시행령 제124조의 5 제3항 제2호를 원용하여 쟁점토지의 실지양도가액을 산출하는 방법이 가장 타당하다고 판단된다.

즉, 기준시가가 있는 자산과 기준시가가 없는 자산이 함께 양도되고 이에 대한 각 자산별 감정가액이 있는 경우 일괄양도금액에 기준시가가 있는 자산의 감정가액 합계액이 총감정가액에 차지하는 비율을 곱하여 기준시가가 있는 자산의 실지양도가액을 산출한 다음, 이렇게 산출된 기준시가가 있는 자산의 실지양도가액을 전술한 소득세법 제100조 제2항의 규정에 의하여 토지와 건물의 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분하면 쟁점토지의 실지양도가액이 산출되는 것이다(국심89구577, ’89.7.10 같은 뜻임)

(3) 위와 같은 방식에 의하여 쟁점토지의 양도가액을 산출함에 있어서 기준시가가 있는 자산과 기준시가가 없는 자산을 구분함에 있어서는 청구인과 (주)OOOO가 일괄양도한 자산이 한국감정원의 감정서에 나타나고 있으므로 이에 의하여야 할 것이다. 그런데 한국감정원의 감정평가서에 의하면 자산을 토지, 건물, 기계기구 및 구축물로 구분하였다. 이 경우 토지, 건물이 기준시가가 있는 자산으로 그 가액이 위 감정평가서에 나타나고 있으므로 그 가액대로 하면 되지만 감정평가서상 기계기구 및 구축물 중에 건물에 필수적으로 부속되어야 할 자산인 동력설비 44,550,000원 등이 포함되어 있는 바, 이러한 자산을 재조사하여 건물의 감정가액에 포함하여야 할 것이다. 이렇게 구분된 기준시가가 있는 자산의 감정가액과 기준시가가 없는 자산의 감정가액을 산출하여 이에 일괄양도금액을 적용하여 과세대상인 자산의 가액을 안분하여 산출한다. 이 과세대상인 자산의 가액은 토지와 건물을 합한 가액이라고 할 것이므로 이 가액을 토지의 기준시가액과 건물의 기준시가액에 비례하여 안분하고 쟁점토지의 실지양도가액을 산출하여야 할 것이다.

바. 결 론

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.