처분청은 청구인이 2004.1.9. 경기도 ○○시 ○○동 73-3번지외 2필지 목장용지 1,021㎡, 도로 151㎡, (그 지상 축사 536.6㎡를 포함하여 이하 “이 사건 수용부동산”이라 한다)에 대해 한국토지공사로부터 수용보상금을 수령한 후 2004.3.29. 서울특별시 강남구 ○○동 58번지 4층 401호 124.78㎡(부속토지 66.48㎡를 포함하여 이하 “이 사건 주택”이라 한다)를 대체취득하고, 이 사건 주택에 대한 취득세 등을 비과세 받았으나, 서울특별시의 지방세업무 지도점검에서 청구인이 부재부동산 소유자로확인되어 기 비과세한 취득세 4,660,000원, 농어촌특별세 466,000원, 등록세 6,990,000원, 지방교육세 1,398,000원, 합계 13,514,000원을 2006.11.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 수용부동산에서 닭을 사육하던 중 한국토지공사의 하남풍산지구 택지개발사업에 의해 이 사건 수용부동산이 수용되자, 수용부동산 소재지로부터 20㎞이내에 위치한 이 사건 주택을 취득하였음에도 부재부동산소유자라고 하여 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 부재 부동산 소유자에 해당되는지의 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2004.12.31. 법률 제7311호로 개정되기 이전의 것) 제109조제1항에서 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률·도시계획법·도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자( 관광진흥법 제53조제1항의 규정에 의한 조성계획의 승인을 얻은 자 및 농어촌정비법 제33조의 규정에 의한 농어촌정비사업시행자를 포함한다)에게 부동산(선박·어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 동법 제78조제1항 내지 제4항 및 제81조의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일(관광진흥법에 의한 조성계획고시일 및 농어촌정비법에 의한 개발계획고시일을 포함한다)이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을, 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제63조제2항의 규정에 의하여 보상금을 채권으로 지급받는 경우에는 채권상환기간만료일을 말한다)부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산 등을 취득한 때(건축 중인 주거용부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제1항의 규정에 불구하고 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득한 경우와 대통령령이 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득 하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(2004.5.29. 대통령령 제18404호로 개정되기 이전의 것)제79조의3제2항 본문에서 법 제109조제2항에서 "대통령령이 정하는 부재부동산 소유자"라 함은 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 등 관계법령의 규정에 의한 사업고시지구내에 매수·수용 또는 철거되는 부동산등을 소유하는 자로서 다음 각호에 규정하는 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 개인사업자를 말하되, 이 경우 상속으로 부동산등을 취득하는 때에는 상속인과 피상속인의 거주기간을 합한 것을 상속인의 거주기간으로 본다고 규정하고 있고, 그 제1호에서 매수 또는 수용된 부동산 등이 전·답·과수원 및 목장용지인 경우에는 그 소재지 구·시·군 및 그와 연접한 구·시·군 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역이라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.2.20. 이 사건 수용부동산에서 2002.7.31. 개업한 것으로 하여 부동산 임대사업 신고를 하였고, 2003.6.30. 하남풍산지구 택지개발사업이 인가(건설교통부 고시 제2003-168호, 한국토지공사)되었으며, 2003.12.(일자미상) 이 사건 수용부동산에 대해 청구 외 한국토지공사와 용지매매계약을 체결하여 2004.1.9. 이 사건 수용부동산에 대한 보상금을 수령하고, 2004.3.29. 이 사건 주택을 취득하였음은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 수용부동산에서 닭을 사육하던 중 이 사건 수용부동산의 보상금을 수령한 후 수용부동산 소재지로부터 20㎞이내에 위치한 이 사건 주택을 취득하였음에도 부재부동산소유자라 하여 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 구 지방세법시행령 제79조의3제2항에서 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속 사업자등록을 하고 사실상 사업을 한 경우에 부재 부동산 소유자에 해당되지 않는다고 규정하고 있는데, 동 규정에서 “계약일”과 “사업인정고시일”을 병기한 것은 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 등 관련법령에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 된 경우 비록 사업인정고시 전에 당해 매매계약을 체결하였다 하더라도 “계약일” 이후에 취득한 대체취득 부동산에 대해서도 사업인정고시일 이후에 대체취득한 부동산에 대한 세제혜택과 동일하게 취득세 등을 비과세하겠다는 취지이고, 사업인정고시일 현재 사업기간이 1년 미만이었으나 사업인정고시 후 “사업인정을 받은 자”의 협의매수에 응하지 않고 있던 중 사업기간이 1년을 경과하여 비로소 매매계약을 체결한 경우까지 부재부동산소유자가 아니라고 한 것은 아니므로 부재부동산소유자의 판단시기는 사업인정고시일 현재라고 보아야 할 것이며, 청구인의 경우는 부가가치세법 제5조제1항에서 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다고 규정하고 있음에도 2003.2.20. 이 사건 수용부동산에 부동산 임대업으로 사업자등록신청을 하면서 개업일을 신고일로부터 6개월 이상 소급한 2002.7.31.로 신고하였음이 하남세무서 사업자기본사항조회자료에서 확인되고 있고, 하남풍산지구 택지개발사업 인가(건설교통부 고시 제2003-168호, 한국토지공사) 시점이 2003.6.30.이므로 부재 부동산 소유자 판단시점인 사업인정고시일(2003.6.30.) 현재는 1년이상 사업을 계속하였다고 볼 수 없어 청구인은부재 부동산 소유자에 해당된다고 할 것이므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2007. 1. 29.

행 정 자 치 부 장 관