고지처분 및 92·93사업연도분에 대한 법인세 익금가산액중

배당으로 소득처분한 187,161,396원(92 : 19,075,000원, 93 :

168,086,396원)에 대하여 소득금액 변동통지한 처분은

1) 소득금액 변동통지한 처분은 이를 취소하고

2) 나머지 청구는 이를 기각한다.

《 고 지 내 역 》

처분청은 청구법인의 충청남도 부여군 양화면 OO리 OOO외 소재 생물시험표(이하 “쟁점토지”라 한다)중 농약제조업을 영위하는 청구법인이 사업의 인허가에 필요한 최소면적을 초과하는 토지면적을 비업무용부동산으로 보아 이에 해당하는 관련지급이자를 손금불산입하고, 청구법인의 출자자인 일본국 법인 청구외 (주)OO상사(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 농약원제 수미사이딘티지 90%업(이하 “쟁점원제”라 한다)을 고가매입한 것에 대하여 부당행위계산부인하고 손금불산입하여 97.1.18 청구법인에게 아래 내역의 법인세등을 결정고지하도, 또한 부당행위계산부인하여 손금불산입한 187,161,390원을 청구외법인의 배당소득으로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

【과 세 내 역】

(단위 : 원)

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 쟁점토지는 청구법인의 고유업무에 직접 사용하고 있는 생물시험포이므로 그 중 사업의 인허가에 필요한 최소면적을 초과하는 부분을 비업무용부동산으로 판정하고 관련지급이자를 손금부인하여 과세한 처분은 부당하며,

(2) 「이전가격세제의운영에관한규정」(국세청 훈령 제1062호, 90.1.24) 제6조의 규정에 의하여 특수관계자로 보는 해외법인은 출자비율이 50%를 넘는 법인으로 규정하고 있으므로 출자비율이 12%에 불과한 청구외법인은 특수관계자로 볼 수 없고, 쟁점원제의 매입가격차이는 쟁점원제의 품질, 제조업체의 지명도등의 차이에 의하여 발생한 것이므로 고가매입한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 과세한 처분은 부당하다.

(3) 위 부당행위계산부인하여 익금에 산입한 금액을 청구외법인의 배당소득으로 처분하여 소득금액변동통지한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 농약제조업을 주업으로 하는 청구법인이 보유하고 있는 쟁점토지는 관련법령에 의하여 농약제조업자로 등록하기 위하여 의무적으로 갖추어야 하는 기본시설인 실험용포장(1헥트아르 이상)면적에 91년부터 94년까지는 1.1배 이내의 부동산 및 95년은 1.5배이내의 부동산은 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것이므로 이를 초과한 면적에 대하여 비업무용부동산으로 판정한 것은 정당하나 다만, 그 초과면적계산에 있어 1헥트아르는 10,000㎡임에도 처분청의 조사서를 보면 1헥트아르를 9,917.4㎡로 보고 이에 91년부터 94년까지는 1.1배, 95년은 1.5배를 초과한 면적을 비업무용부동산으로 하여 과세한 것은 알 수 있는바, 이는 잘못이라 하겠다.

(2) 청구법인의 출자자인 청구외법인은 법인세법 제20조 및 같은법시행령 제46조 제1항 제1호 규정에 의하여 특수관계자에 해당되며, 동일한 원제에 대하여 국내법인인 청구외 주식회사 OO화학으로부터는 92년· 93년 공히 ㎏당 29,580원에 매입할 수 있는 것을 청구외법인으로부터는 92년은 32,305원에, 93년은 ㎏당 32,655원에 고가매입한 것은 특수관계에 기인한 것으로 보이고, 쟁점원제의 품질 및 제조회사의 지명도에 의한 것이라는 청구주장은 이유가 없다고 보여지는바, 비교가능한 제3자 가격법에 의하여 특수관계가 없는 청구외 주식회사 OO화학 원제의 가격을 시가로 보고 그보다 고가로 매입하여 발생한 차액에 대하여 부당행위계산 부인하고 제조원가 과대계상분을 손금불산입하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정하여 관련지급이자를 손금부인하여 과세한 처분의 당부 및

(2) 청구법인과 청구외법인이 부당행위계산부인 대상인 특수관계자에 해당하는지 여부 및 쟁점원제를 고가매입한 것에 대하여 부당행위계산부인하여 손금불산입한 처분의 당부를 가리고

(3) 위 부당행위계산 부인하여 손금불산입한 고가매입상당액을 청구외법인의 배당으로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법 제18조의 3 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하고, 제1호에서 “당해법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것”(이하 “비업무용부동산”이라 한다)을 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제43조의 2 제1항에서는 법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 ① 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산과 ② 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산 및 ③ 법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산등으로 규정하고, 같은법 시행규칙 제18조 제3항제5호에서 농업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 농경지·묘포장용 부동산으로서 1년간 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3(95.3.3 개정전에는 100분의7)이상인 부동산외의 부동산은 비업무용부동산으로 규정하고 있으며, 다만 같은규칙 같은조 제4항 제14호에서 사업의 인가·허가·면허 등에 관한 법령의 규정에 의하여 의무적으로 보유하도록 되어 있는 부동산의 최소면적의 1.5배(95.3.3 개정전에는 1.1배)이내의 부동산은 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(2) 법인세법 제20조에서 “정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다.”고 규정하고, 같은법시행령 제46조 제1항에서는 “법 제20조에서 「특수관계있는 자」라 함은 다음 각호의 관계에 있는 자를 말한다”고 규정하고 그 제1호에 “출자자와 그 친족”을 규정하고 있으며, 같은령 같은조 제2항에서 법 제20조에서 「조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우」라 함은 「출자자등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하거나 자산을 시가에 미달하게 양도한 경우」등으로 규정하고 있으며, 제4항에서는 제2항의 규정을 적용함에 있어서 국외의 출자자 등과의 재고자산의 양도 또는 매입거래의 경우 시가는 비교가능 제3자 가격법 등의 방법에 의하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고, 같은법 시행규칙 제22조의 2 제1호에서는 비교가능 제3자 가격법에 대하여 “당해거래와 유사한 거래상황에서 당해 재고자산과 동종의 재고자산을 특수관계가 없는 독립된 사업자간에 매매한 가격으로 한다.”고 규정하고 있다.

(3) 구법인세법(80.12.31 법률 제3270호로 개정된 것으로서 94.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조 제5항은 같은법 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 규정하고, 이를 받는 구같은법 시행령 제94조의 2 제1항은 법인세의 과세표준을 신고하거나 법 제32조 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 다음 각호의 규정에 의한다고 규정하면서, 그 제1호에서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타 사외유출로 하되 다만, 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있고,

한편, 소득세법 제192조 제1항에서는 “법인세법에 의하여 세무서장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 총리령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. (이하생략)”라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여 살펴본다.

청구법인은 농약제조업을 주업으로 하는 법인이고 쟁점토지는 청구법인의 농약연구소주변에 소재한 생물시험포농경지에 해당하는 것으로 이에 대하여는 다툼이 없는 사실이다.

그러하다면 청구법인은 농업을 주업으로 하고 있지 아니하므로 청구법인이 보유하고 있는 쟁점토지는 전시한 관련법령의 규정에 의하여 비업무용부동산에 해당한다 할 것이나, 다만, 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제14호의 규정에 의하면 사업의 인·허가등에 관한 법령의 규정에 의하여 의무적으로 보유하도록 되어 있는 부동산의 최소면적의 1.5배(94사업년도까지는 1.1배)이내의 부동산은 비업무용부동산으로 보지 아니하도록 규정하고 있고, 농약제조업을 영위하는 청구법인의 경우 농약관리법 제3조 제1항 및 같은법 시행규칙 제6조의 규정에 따라 농약제조업자로 등록하기 위하여는 의무적으로 1헥트아르이상의 실험용 포장을 갖추어야 하도록 되어 있는바,

처분청이 쟁점토지중 91사업년도부터 94사업년도까지는 1헥트아르의 1.1배, 95사업년도에는 1.5배를 각각 초과한 면적을 비업무용부동산으로 판정하고 관련지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분은 적법하다고 판단된다.

(2) 쟁점2에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 청구법인과 청구외법인이 특수관계자에 해당하는지의 여부를 보면, 청구외 법인은 청구법인에 12%를 출자하고 있는 출자자임은 다툼이 없는 사실이므로 청구외법인은 전시한 법인세법 제20조 및 같은법 시행령 제46조 제1항 제1호의 규정에 따라 청구법인의 특수관계자에 해당한다 할 것인바, 이전가격세제의운영에관한규정(국세청장 훈령 제1062호) 제6조에서 해외특수관계자의 범위를 달리 규정하고 있으므로 특수관계자에 해당하지 아니한다는 청구주장은 동 규정의 적용범위를 잘못해석한 것으로 이유없다고 판단된다.

(나) 다음, 쟁점원제를 매입한 것이 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당하는지를 살펴보면, 청구법인이 쟁점원제를 고가로 매입하였음은 다툼이 없으나 고가매입한 이유가 특수관계에 기인한 것이 아니라 쟁점원제의 품질 및 제조회사의 지명도에 의한 것이라고 주장하고 있다.

그러나 청구법인은 청구외법인으로부터 쟁점원제를, 내국법인인 청구외 (주)OO화학으로부터 OOO(OOOOOOO)원제를 구입하여 같은 농약제품을 제조하고 있고, 제품의 판매가격 또한 동일한 것으로서 이에 대하여는 다툼이 없는 사실이며, 한편 원제구입에 관한 내부품의서, 쟁점원제 국산대체분 대 수입가격비교표 등에 의하면 청구외법인에서 제조한 쟁점원제와 청구외 (주)OO화학에서 제조한 위 OOO(OOOOOOO)원제는 상호대체관계에 있는 동질의 원제임을 알 수 있는바,

동일한 원제에 대하여 내국법인인 청구외 주식회사 OO화학으로 부터는 ‘92년, ’93년 공히 ㎏당 29,580원에 매입할 수 있는 것을 청구외 법인으로 부터는 ‘92년은 ㎏당 32,305원에, ’93년은 ㎏ 당 32,655원에 고가매입한 것은 특수관계에 기인한 것으로 판단되며, 전시법규정에 따라 비교가능한 제3자 가격법에 의하여 특수관계가 없는 청구외 주식회사 OO화학으로부터 구입한 원제의 가격을 시가로 보고 그 보다 고가로 매입하여 발생한 차액에 대하여 부당행위계산 부인하여 제조원가 과대계상분을 손금불산입하여 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

(3) 쟁점3에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 위 쟁점2에서 부당행위계산부인하여 손금불산입한 금액을 청구외 법인의 배당으로 소득처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지하였음이 결정결의서등 관련서류에 의하여 확인되고 있고,

이건 다툼은 위 청구외법인의 배당으로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분의 당부에 관한 사항이므로 먼저 소득금액변동통지처분이 불복청구의 대상인지에 대하여 살펴보면, 소득금액변동통지는 법률의 규정에 의하여 납세의무를 직접확정시키는 것이므로 불복청구대상인 처분이라 할 것이다. (같은 뜻 : 국심 95서1083, ‘95.12.15; 합동회의)

(나) 헌법재판소는 소득처분 방법을 규정하고 있는 구법인세법시행령 제94조의2의 위임규정인 위 구법인세법 제32조 제5항에 대하여 “국민의 권리의무에 관한 기본적 사항에 해당하는 소득처분에 관련된 과세요건을 정함에 있어서 아무런 기준을 제시함이 없이 하위법규인 대통령령에 전적으로 일임함으로써 포괄적으로 위임하였으므로 조세법률주의와 위임입법의 한계에 관한 헌법규정을 위반하였다”는 이유로 위헌결정(94헌바14, 95.11.30) 한 바 있으며,

헌법재판소법 제47조 제1항에서 법률의 위헌결정은 법원 기타 국가기관 및 지방자치단체를 기속한다고 규정하고, 동 제2항에서 위헌결정된 법률의 조항은 결정이 있는 날로부터 효력을 상실한다고 규정하고 있으므로 위 구법인세법 제32조 제5항은 위헌결정일인 ‘95.11.30부터 그 효력을 상실한다 할 것이고, 헌법재판소의 위헌결정의 효력은 위헌제청을 한 당해사건만이 아니라 위헌결정이 있기전에 이와 동종의 위헌 여부에 관하여 별도의 위헌제청신청 등은 하지 아니하였으나 당해 법률 또는 법조항이 심판의 전제가 되어 당 심판소에 계속된 모든 일반사건에까지 미친다 할 것인 바(국심 95서2730, ’96.12.23 합동회의 의결, 대법원 91누1462, ‘92.2.24, 96누10089, ’96.11.15 같은 뜻),

처분청이 청국법인의 92·93사업연도중의 고액매입상당액 187,161,396원을 부당행위계산부인하여 손금불산입하면서 위헌결정된 구법인세법 제32조 제5항을 근거로 동 금액을 청구외법인의 배당으로 소득처분한 것은 위법한 처분이므로 취소되어야 할 것이며, 그러하다면 이건 소득금액변동통지처분은 취소대상인 소득처분금액을 변동통지한 것이므로 따라서 취소되는 것이 마땅하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.