2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2010. 3. 2. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 귀속 부가가치세 6,240,640원, 2008년 제1기 귀속 부가가치세 12,000,000원, 2008년 제2기 귀속 부가가치세 26,529,900원의 각 부과처분을 취소한다.

가. 원고의 영업 : 부동산임대업 및 부동산분양알선업

나. 원고의 매입거래 및 세금 신고

1)2007. 7. 3. ~ 2008. 8. 19. 세금계산서 4매(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다) 수수

- 매입처 : 〇〇개발 주식회사(후에 □□개발 주식회사로 명칭 변경)

- 거래품목 : 분양수수료 합계 165,800,000원

2) 2007년 및 2008년 귀속 각 법인세 및 부가가치세 신고 ・ 납부

- 해당 매입세액 공제 및 공급가액 상당의 매입액을 손금산입

다. 2010. 3. 2. 피고의 경정 ・ 고지

1) 사유

가) 2007년 제2기 ~ 2008년 제2기 귀속 부가가치세 : 허위세금계산서 부인 및 매입세액 불공제

나) 2007사업연도 ~ 2008사업연도 귀속 법인세 : 매입액 손금불산입

3) 경정 내역

가) 부가가치세 경정(이하 '이 사건 부가가치세 경정처분'이라 한다)

- 2007년 제2기 귀속분 : 6,240,640원

- 2008년 제1기 귀속분 : 12,000,000원

- 2008년 제2기 귀속분 : 26,529,900원

나) 법인세 과세표준 증액경정(이하 '이 사건 증액경정'이라 한다)

- 2007사업연도 귀속분 : -79,193,536원에서 -45,093,536원으로 경정

- 2008사업연도 귀속분 : -273,585,351원에서 -141,885,351원으로 경정

라. 원고는 이에 불복하여 2010. 9. 3. 국세청 심사청구를 하였으나 2010. 11. 1. 기 각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 판단

가. 원고의 주장

원고는 〇〇시 〇〇구 〇〇동 301-3 〇〇시네마1번가 3층 중 일부(이하 '이 사건 건물'이라 한다)에 관하여 〇〇개발 주식회사와 분양대행계약을 체결한 후 위 회사에 실제로 분양대행수수료를 지급하고 이 사건 세금계산서를 교부받은 것이다. 따라서 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서임을 전제로 한 피고의 이 사건 부가가치세경정 처분 및 이 사건 증액경정은 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 증액경정의 처분성 유무

법인세과세표준결정은 조세부과처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 바로 과세처분의 효력이 발생하는 것이 아니고 또 후일에 이에 의한 법인세부과처분이 있을 때에 그 부과처분을 다툴 수 있는 방법이 없는 것도 아니어서 과세관청의 위 결정을 바로 항고 소송의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수는 없고(대법원 1986. 1. 21. 선고 82누236 판결 참조), 이는 법인세과세표준경정의 경우에도 마찬가지라 할 것이다. 따라서, 피고 가 2010. 3. 2. 원고에 대하여 한 이 사건 증액경정은 행정처분이라 볼 수 없으므로 이 사건 소 중 이 사건 증액경정의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

라. 이 사건 부가가치세 경정처분의 적법 여부

갑 제1, 2, 5 내지 10호증, 을 제2, 3, 4, 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변 론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 각 사정에 비추어 보면 이 사건 세금계산서 는 사실과 다른 세금계산서라고 봄이 상당하므로, 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

1) 원고가 분양수수료를 〇〇개발 주식회사 또는 그 임직원의 계좌로 이체하였다는 내역과 이 사건 세금계산서상의 공급가액 및 일자가 서로 일치하지 않고, 일부는 현금으로 지급하였다고 하나 이를 쉽사리 믿기 어렵다.

2) 이 사건 건물 중 동일한 물건에 대하여 원고와 시행사인 △△산업개발 주식회사, 수분양자 상호간에 계약서가 다수 혼재하고 있고 그 분양대금 액수의 차이가 적지 않은 것도 있으며 세금계산서를 발행한 내역과 실제 대금 입금할 내역이 다른 계약서도 있는 점, 이 사건 건물 중 309호를 제외한 나머지 3층 부분은 2007. 12. 27. 시행사인 △△산업개발 주식회사 명의의 소유권보존등기와 같은 날 주식회사 ●●신 탁 명의의 신탁등기만 마쳐졌을 뿐 원고나 수분양자 명의로 소유권이전등기된 것이 없는 점 등에 비추어 이 사건 건물에 관한 계약이 실제 있었는지조차 의심스럽다.

3) 원고의 대표이사는 세무조사를 받을 당시 〇〇개발 주식회사의 실무자들로부터 협박을 받아 이 사건 건물의 분양과 관련하여 허위의 분양계약서를 작성하고 허위의 매출세금계산서를 발행한 적이 있다고 진술하였다.

3. 결 론

그렇다면 이 사건 소 중 이 사건 증액경정 취소청구 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.