가. 피고 ○○○세무서장이 2013. 6. 3. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 43,415,880원, 2008년 제2기 부가가치세 49,172,170원, 2009년 제1기 부가가치세 33,318,280원, 2009년 제2기 부가가치세 45,015,930원, 2010년 제1기 부가가치세 46,398,890원, 2010년 제2기 부가가치세 40,294,100원, 2011년 제1기 부가가치세 33,832,860원의 각 부과처분을 취소한다.

나. 피고 □□□세무서장이 2013. 6. 3. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 종합소득세 147,970,240원, 2008년 귀속 종합소득세 272,321,200원, 2009년 귀속 종합소득세 227,949,740원, 2010년 귀속 종합소득세 235,001,610원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 원고와 피고 ○○○세무서장 사이에 생긴 부분은 이를 10분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고 ○○○세무서장의 각 부담으로 하고, 원고와 피고 □□□세무서장 사이에 생긴 부분은 이를 10분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고 □□□세무서장의 각 부담으로 한다.

가. 원고는 2004. 11. 30.부터 △△뷰티라는 상호로 눈썹문신시술 등의 미용업을 하다가 2012. 2. 13. 폐업하였다.

나. ○○○세무서는 2011. 8. 29.부터 2011. 9. 16.까지 원고에 대하여 '조사연도:

2006. 7. 1. ~ 2011. 6. 30.' '조사유형: 부가가치세 조사', '조사사유: 신고내용을 검토한 결과 수입금액 누락 등이 있는 것으로 분석되어 신고의 적정성을 검증하기 위해 조사대상자로 선정'으로 하여 세무조사(이하 '이 사건 1차 세무조사'라 한다)를 실시하여 현금매출을 누락한 사실 및 원고가 보유한 상가에 대한 부동산 임대수입 87,795,000원과 주택 임대수입 17,850,000원에 대해 무신고한 사실을 확인한 다음, 2006년 제2기 ~ 2011년 제1기 부가가치세 합계 76,885,520원, 2006년 ~ 2010년 귀속 종합소득세 합계83,351,890원을 각 부과하였다.

다. 부산지방국세청은 2012. 11. 29. 원고의 주변 인물로부터 원고에 대한 아래와 같은 내용의 탈세제보(이하 '이 사건 탈세제보'라 한다)를 받고서 원고가 보유한 부동산 등 자산 취득・양도내역을 확인한 결과 원고가 △△뷰티 운영기간 동안 약 25억 원 상당의 부동산(구체적인 취득내역은 별지3 부동산 취득내역과 같다, 이하 '원고 취득 부동산'이라 한다)을 취득한 것에 주목하여 이 사건 탈세제보의 내용에 상당한 신빙성이 있다고 판단한 후, 2013. 1. 17. '조사기간: 2013. 1. 21. ~ 2013. 2. 28.', '조사대상세목: 개인사업자 통합조사(소득세, 부가가치세 등)', '조사사유: 2007년부터 2011년까지 신고내용에 대한 분석결과 수입금액 누락 등이 있는 것으로 분석되어 신고 내용의 적정성 여부를 검증하기 위하여 조사대상자로 선정'으로 하여 세무조사(이하 '이 사건 2차 세무조사'라 한다)를 실시하였다.

라. 부산지방국세청은 이 사건 2차 세무조사를 통하여 2008년 1기부터 2011년 2기까지 원고 명의의 우체국계좌 4개(******-**-******, ******-**-******, ******-**-******, ******-**-******,) 및 부산은행계좌(***-**-******-*, 위 계좌들을 통칭하여 이하 '이 사건 계좌들'이라 한다)에 입금된 현금 총 합계 5,665,403,856원에서 타계좌 대체액, 입금기간이 단기간인 고액 입금액, 사업과 관련이 없다고 소명되는 금액 및 예금이자 등 2,745,048,650원을 차감한 2,920,355,206원(= 5,665,403,856원 - 2,745,048,650원)을 원고의 현금수입금액(공급대가)으로 결정한 후 원고의 사업장 관할인 피고 ○○○세무서장에게는 부가가치세를, 원고의 주소지 관할인 피고 □□□세무서장에게는 종합소득세를 부과할 것을 통보하였다. 2008년 1기부터 2011년 2기까지현금으로 입금된 총액, 피고가 사업과 관련 없이 입금된 것으로 인정한 금액, 그에 따라 피고가 원고의 사업소득으로 인정한 금액의 자세한 내역은 별지2 기재와 같다.

마. 이에 피고 ○○○세무서장은 2013. 6. 3. 원고에 대하여 2008년 제1기 부가가치세 43,415,880원, 2008년 제2기 부가가치세 49,172,170원, 2009년 제1기 부가가치세33,318,280원, 2009년 제2기 부가가치세 45,015,930원, 2010년 제1기 부가가치세46,398,890원, 2010년 제2기 부가가치세 40,294,100원, 2011년 제1기 부가가치세33,832,860원, 2011년 제2기 부가가치세 14,106,710원을 각 경정・고지하는 처분을, 피고 □□□세무서장은 2013. 6. 3. 원고에 대하여 2007년 귀속 종합소득세 147,970,240원, 2008년 귀속 종합소득세 272,321,200원, 2009년 귀속 종합소득세 227,949,740원, 2010년 귀속 종합소득세 235,001,610원, 2011년 귀속 종합소득세 143,150,340원을 각 경정・고지하는 처분(이하 위 경정・고지하는 각 처분을 통칭하여 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

바. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 위 심판청구가 2014. 5. 23. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6, 7, 8호증, 을 제1 내지 5, 16, 22, 23, 29호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 위법한 중복세무에 기한 처분이라는 주장

○○○세무서가 이 사건 1차 세무조사를 통해 2006년 제2기부터 2011년 제1기 까지의 원고의 매출과 소득을 모두 조사하여 이미 부가가치세와 종합소득세를 부과하였음에도, 부산지방국세청이 재차 이 사건 2차 세무조사를 실시한 것은 위법한 중복조사에 해당한다. 따라서, 이 사건 각 처분 중에서 이 사건 1차 세무조사 당시 이미 조사를 마친 과세기간에 해당하는 부분은 위법한 중복조사에 기초한 것이어서 위법하므로 취소되어야 하고, 나머지 처분 역시 위법한 중복조사에 의해 취득한 자료에 의해 이루어진 것으로서 독수독과배제원칙에 의해 취소되어야 한다.

(2) 근거과세위반 주장

피고가 객관적인 입증도 없이 이 사건 계좌들에 입금된 현금을 △△뷰티 사업의

현금수입금액(공급대가)으로 단정한 것은 근거과세 원칙에 위배되므로 위법하다.

나. 관련 법령

'별지1 관계법령' 기재와 같다.

다. 위법한 중복세무에 기한 처분인지 여부에 대한 판단

(1) 이 사건 각 처분 중 2008년 1기부터 2011년 1기까지 각 부가가치세 및 2007

년부터 2010년까지 각 귀속 종합소득세를 부과한 부분

(가) 국세기본법 제81조의4 제2항은 "세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업 연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, 제65조제1항 제3호(제66조제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우, 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다"고 규정하고 있고, 동법 시행령 제63조의2는 위 대통령령으로 정하는 경우 중의 하나로 제2호에서 "각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우"를 들고 있다.

(나) 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 국세기본법 제81조의4제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조).

(다) 이 사건 각 처분 중 2008년 1기부터 2011년 1기까지 각 부가가치세 및 2007년부터 2010년까지 각 귀속 종합소득세의 경우, 앞서 본 바와 같이 이 사건 1차 세무조사 당시 원고가 위 각 과세기간 동안 △△뷰티를 운영하면서 누락한 사업소득은 물론이고, 원고가 보유한 부동산에 관한 임대소득까지 조사하여 부가가치세와 종합소득세를 각 부과하였으므로, 이 사건 2차 세무조사 중 위 과세기간 동안의 부가가치세 및 종합소득세와 관련된 부분은 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하고 있는 중복조사에 해당한다고 할 것이고, 설령 피고의 주장처럼 이 사건 2차 세무조사가 원고가 고가의 부동산을 다수 취득한 것에 대한 자금 출처를 조사하기 위해 시작되었고, 다만 그 과정에서 소득세 및 부가가치세 부분에 관한 조사가 동시에 실시된 것에 불과하다고 하더라도, 이러한 사정만으로는 이 사건 1차 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.

(라) 이에 대하여 피고는, 이 사건 2차 세무조사는 구체적이고 신빙성 있는 이 사건 탈세제보 등에 따라 실시된 것이므로, "조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우"에 해당하거나(국세기본법 제81조의4 제2항 제1호), "과세자료 처리를 위한 재조사"에 해당하므로(국세기본법 제81조의4 제2항 제5호, 동법 시행령 제63조의2 제2호), 중복세무조사가 예외적으로 허용되어야 한다고 주장한다.

그러나 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제7, 10 내지 12호증, 을 제3, 20, 29호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 피고가 주장하는 사유로 중복세무조사가 예외적으로 허용되는 경우임을 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

1) 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 또한 납세자의 성실성 추정이 배제되어 우선적 세무조사의 대상이 되는 경우로서 구 국세기본법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15968호로 개정되기 전의 것) 제63조의4 제1항에서 규정하고 있는 '납세자에 대한 구체적인 탈세제보가 있는 경우', '신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우' 등 보다는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하여 해석하는 것이 규정체계상 합리적인 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 납세자의 실질적인 권익보호뿐만 아니라 세무조사 기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 국세기본법 제81조의4 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 하고, 따라서 객관성과 합리성이 뒷받침되지 않는 한 탈세제보가 구체적이라는 사정만으로는 여기에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2010.12.23. 선고 2008두10461 판결 등 참조). 그런데 이 사건 탈세제보의 내용이 구체적이라고 하더라도, 이는 익명의 제보자가 한 일방적인 주장이나 추측으로 보일 뿐이고, 그 주장과 추측을 뒷받침할 자료는 전혀 첨부되어 있지 않으므로, 위 법리에 비추어 볼 때 이 사건 탈세제보를 원고의 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료라고 보기는 어렵다.

2) 국세기본법 제81조의4 제1항, 제2항 규정과 그 취지에 비추어 볼 때, 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라 함은 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다(대법원 2011.01.27. 선고 2010두6083 판결 등 참조). 그러므로 이 사건의 경우를 보건대, 피고는 이 사건 탈세제보의 진위를 확인하는 과정에서 원고가 △△뷰티를 운영하면서 약 25억 상당의 부동산을 취득한 사실, 이 사건 계좌들에 고액의 현금이유입된 정황 등을 확인하고 이 사건 2차 세무조사를 실시하였으므로, 이 사건 2차 세무조사는 정당하다는 취지의 주장을 한다. 그러나 ① 원고 취득 부동산 중 별지3의 순번 1, 2, 9, 10 부동산의 경우 2008년 1기 이전에 취득한 부동산이거나 2011년 1기 이후에 취득한 부동산이므로, 원고가 위 순번 1, 2, 9, 10 부동산을 취득한 것은 이 사건 2차 세무조사를 실시하기 위한 근거나 이유가 될 수 없다고 할 것인 점, ② 한편 별지3의 순번 3 내지 8 부동산은 원고가 2008년 1기부터 2011년 1기 사이에 취득한 부동산이지만, 이는 피고가 이 사건 1차 세무조사 당시에 이미 그 취득 내역을 확인하고, 나아가 원고가 누락한 부동산 임대수입에 대해 소득세까지 부과하였다는 점, ③ 피고는 이 사건 1차 세무조사 당시 원고로부터 이 사건 계좌들과 관련하여 2006. 7. 1.부터 2011. 6. 30.까지의 거래내역을 모두 제출받은 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고 취득 부동산과 관련된 자료나 이 사건 계좌들에 고액의 현금이유입된 정황과 관련된 자료들 역시 조세탈루 혐의와 무관한 자료이거나 종전 세무조사에서 이미 조사한 자료에 불과하여 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료'라고 보기 어렵다.

3) 또한 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호 전단에 정한 '각종 과세자료의 처리를 위한 재조사'에서의 '각종 과세자료'란 세무조사권을 남용하거나 자의적으로 행사할 우려가 없는 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여

과세관청에 제공한 자료로서 국세의 부과・징수와 납세의 관리에 필요한 자료를 의미하고, 이러한 자료에는 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료는 포함되지 않는다고 할 것인바(대법원 2015. 5.28. 선고 2014두43257 판결 등 참조), 이 사건 탈세제보는 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료가 아닐 뿐만 아니라 원고 취득 부동산과 관련된 자료나 이 사건 계좌들을 통한 거래내역 등은 피고가 종전 세무조사에서 취득한 자료임은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 2차 세무조사가 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사에 해당한다고 볼 수도 없다.

(마) 따라서, 이 사건 각 처분 중 2008년 1기부터 2011년 1기까지 각 부가가치세 및 2007년부터 2010년까지 각 귀속 종합소득세를 부과한 부분은 위법한 중복세무조사에 기초하여 내려진 것으로서 처분의 실질적 위법성 유무를 살펴볼 필요 없이 모두 위법하므로, 이를 각 취소함이 마땅하다.

(2) 이 사건 각 처분 중 2011년 2기 부가가치세 및 2011년 귀속 종합소득세를 부과한 부분

(가) 이 사건 2차 세무조사 중 2011년 2기 부가가치세 및 2011년 귀속 종합소득세와 관련된 부분은 이 사건 1차 세무조사와 과세기간을 달리하므로 중복세무조사라고 볼 수 없다. 따라서 이 부분은 적법한 세무조사에 해당한다.

(나) 원고는 이 사건 2차 세무조사 중 위법한 중복세무조사로 취득한 자료에 기초하여 2011년 2기 부가가치세 및 2011년 귀속 종합소득세 처분이 내려졌으므로 독수독과 배제 원칙이 적용되어야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 2011년 2기 부가가치세 및 2011년 귀속 종합소득세 처분은 이 사건 2차 세무조사 중 적법한 부분에 기초한 것이고, 이 사건 2차 세무조사 중 위법한 중복세무조사 부분으로 말미암아 적법하게 조사한 부분까지 위법하게 된다고 볼 수도 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

라. 근거과세원칙 위반 여부에 대한 판단 (2011년 2기 부가가치세 및 2011년 귀속종합소득세 관련)

(1) 소득세법의 규정에 의한 납세자의 과세표준확정신고에 오류 또는 탈루가 있어이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나 다른 자료에의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는바, 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없다 할 것이므로, 납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입액을 결정한 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 속한다 할 것이고, 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조).

(2) 이 사건의 경우를 보건대, 앞서 본 사실 및 갑 제3, 10호증, 을 제3, 6호증의각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 피고가 원고의 2011년도 현금수입금액을 합계 671,951,946원(2011년 1기 82,413,446원 + 2011년 2기 189,538,500원)으로 본 것은 정당하다고 판단된다.

(가) 피고는 우체국계좌 ******-**-******(이하 우체국①계좌라 한다) 및 부산은행계좌로 2011년 1기에 입금된 708,379,155원(우체국① 계좌 이외의 다른 우체국계좌로 입금된 70원 포함), 2011년 2기에 입금된 363,844,556원, 합계 1,072,223,711원에서 타계좌 대체액, 입금기간이 단기간인 고액 입금액, 원고가 사업과 관련이 없다고 소명한 금액 및 예금이자 등 합계 400,271,765원(2011년 1기 225,965,709원 + 2011년 2기 174,306,056)을 차감한 671,951,946원을 현금수입금액으로 산정하였는바, 이와 같은 방법으로 현금수입금액을 결정한 것은 객관성 있는 적법한 실지조사방법으로 보인다.

(나) 우체국①계좌로 2010. 7. 28.부터 2011. 12. 28.까지 88건에 걸쳐1,146,730,156원이 입금되었고, 부산은행계좌에는 2005. 1. 5.부터 2011. 12. 31.까지 모두 1,672회에 걸쳐 합계 629,842,275원이 입금되었다. 그런데 우체국①계좌가 개설된 우체국 범천동 지점과 부산은행계좌가 개설된 부산은행 범일동 지점은 모두 원고의 사업장인 △△뷰티에서 도보로 혹은 차량으로 2~3분 거리에 위치해 있다.

(다) 원고는 이 사건 1차 세무조사는 물론이고 2차 세무조사에서도 부산은행계좌에 현금으로 입금된 돈은 △△뷰티를 운영하여 얻은 현금수입임을 인정하였다. 한편 원고는 우체국①계좌를 비롯하여 우체국계좌에 입금된 돈은 타인에게 빌려 준 후 회수한 돈이라고 주장하나, 원고가 수십억 원에 이르는 돈을 대여하였음을 알 수 있는 금전대부계약서나 장부 등을 전혀 제출하지 못하고 있는 점, 그밖에 우체국①계좌를 비롯한 우체국계좌에 입금된 돈의 규모, 입금 회수와 빈도 등 제반사정을 고려하면, 원고의 위 주장은 도저히 믿기 어렵고, 달리 원고에게 △△뷰티 운영을 통한 소득 외에 다른 소득이 있었다고 볼 자료가 없다.

(3) 따라서, 원고가 △△뷰티를 운영하여 얻은 2011년도 현금수입금액을671,951,946원(2011년 1기 482,413,446원 + 2011년 2기 189,538,500원)으로 산정한 후, 이에 기초하여 피고가 원고에게 2011년 2기 부가가치세 14,106,710원, 2011년 귀속 종합소득세 143,150,340원을 부과한 것은 정당하므로, 이와 다른 전제하에서 위 각 처분이 근거과세 원칙을 반한다는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

-3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결 중 2008년 1기부터 2011년 1기까지 각 부가가치세 및 2007년부터 2010년까지 각 귀속 종합소득세 부과처분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 위 각 부과처분을 취소하기로 하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.