가. 청구인은 처분청에서 시행하는 OOO간 도로확·포장공사 사업으로 OOO 714-12 대지 외 2필지 591㎡(이하 “수용토지”라 한다)에 대한 수용보상금 93,686,500원을 2009.6.12. 수령하고, 2009.8.18. OOO 705 답 1,884㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 95,990,000원에 경락으로 대체취득한 후,「지방 세법」제109조 제1항에 따라 2009.8.20. 취득세 등을 신고하였고, 처분청은 수용토지 보상금내에서 대체취득에 따른 취득세 등을 비과세하고, 보상금 초과액 2,303,500원에 대해서는 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제261조 제1항에 따라 취득세 등을 50% 경감하였다.

나. 그 후, 처분청에서는 청구인의 수용토지에 대한 협의매수 계약일을 기준으로 주민등록 요건 등을 확인하고 청구인을 부재 부동산 소유자로 판단하여, 이 건 토지의 대체취득에 따른 취득세 등의 비과세분에 대하여 수용보상금 93,686,500원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 1,873,730원, 농어촌특별세 187,370원, 등록세 1,873,730원, 지방교육세 374,740 합계 4,309,570원을 2009.12.7. 부과처분 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 처분청에서「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제20조에 의하지 않고 제14조 및 제15조에 따라 사업을 시행하고 수용확인서에도 근거법령을 「도로법」제25조로 명기하고 있으므로 부재부동산 소유자의 판단 기준일을 계약일로 한정할 것이 아니라 보상계획 공고일을 사업인정고시일로 의제하여「지방 세법」제109조 제2항의 부재 부동산 소유자를 판단하여야 한다.

(2) 또한, 처분청은 이 건 토지의 전소유자가 농사를 짓지 않아 농지로 볼 수 없어 지방세법 제261조 제1항에 의한 감면분을 추징한다고 주장하나, 청구인은 OOO사무소에서 농업경영계획서를 작성하여 농지취득 자격 증명원을 발급받고 법원의 매각허가를 받아 대체 농지를 취득한 것이므로 수용토지의 보상금을 초과하는 이 건 토지 취득가액 2,303,500원에 대해서도 취득세 등을 50% 감면하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조의3 제2항에 의하면 법 제109조 제2항에서 "대통령령이 정하는 부재부동산 소유자"라 함은 사업고시지구내에 매수·수용 또는 철거되는 부동산 등을 소유하는 자로서 다음 각호에 규정하는 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말하므로, 청구인의 경우 2009.6.9. 협의매수 계약일 현재 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하였을 뿐만 아니라, 계약일 현재 1년 이상 계속하여 수용된 부동산의 연접지역에서 사업을 영위한 사실도 없으므로 처분청이 청구인을 부재 부동산 소유자로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

(2) 또한, 청구인의 수용토지 보상금을 초과하는 이 건 토지 취득가액 2,303,500원에 대해서도 지방세법 제261조 제1항에 의하여 취득세 등을 50% 감면하여야 한다고 주장하나, 처분청에서는 수용토지의 보상금을 초과하는 이 건 토지 취득가액 2,303,500원에 대해서 2009.8.20. 취득세 등을 50% 경감한 후 어떠한 추징처분도 한 사실이 없으므로 청구인의 주장은 심판청구 대상이 되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

수용으로 인한 대체취득 토지에 대한 취득세 등의 비과세 여부 및 자경농민의 농지에 대한 취득세 등의 감면 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제109조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세】①「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」ㆍ「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」ㆍ「도시개발법」등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자( 「관광진흥법」제55조 제1항의 규정에 의한 조성계획의 승인을 얻은 자 및 「농어촌정비법」제56조에 따른 농어촌정비사업시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 “부동산 등”이라 한다)이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 동법 제78조 제1항 내지 제4항 및 제81조의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일(「관광 진흥법」에 의한 조성계획고시일 및 「농어촌정비법」에 의한 개발계획 고시일을 포함한다)이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을,「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 지급받은 경우에는 채권상환기간만료일을 말한다)부터 1년 이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산 등을 취득한 때(건축중인 주거용부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산 등의 가액의 합계액이 종전의 부동산 등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

② 제1항의 규정에 불구하고 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득한 경우와 대통령령이 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다.

제127조의 2【대체취득등기에 대한 비과세】②제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등의 등기ㆍ등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

제261조(자경농민의 농지 등에 대한 감면) ① 대통령령이 정하는 바에 의하여 농업을 주업으로 하는 자로서 2년 이상 영농에 종사한 자가 대통령령이 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지(전·답·과수원 및 목장용지를 말한다)에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다.

(2) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)

제79조의3 (수용시의 초과액 산정기준)② 법 제109조제2항에서 "대통령령이 정하는 부재부동산 소유자"라 함은「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」등 관계법령의 규정에 의한 사업고시지구내에 매수·수용 또는 철거되는 부동산등을 소유하는 자로서 다음 각호에 규정하는 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다. 이 경우 상속으로 부동산등을 취득하는 때에는 상속인과 피상속인의 거주기간을 합한 것을 상속인의 거주기간으로 본다.

2. 매수·수용 또는 철거된 부동산등이 농지가 아닌 경우에는 그 소재지 구(도농복합형태의 시에 있어서는 동지역에 한한다. 이하 이 호에서 같다)·시(구를 두지 아니한 시를 말하며, 도농복합형태의 시에 있어서는 동지역에 한한다. 이하 이 호에서 같다)·읍·면 및 그와 연접한 구·시·읍·면지역

제219조(농업을 주업으로 하는 자 및 직접경작농지의 기준등) ① 법 제261조제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 농업을 주업으로 하는 자로서 2년이상 영농에 종사한 자"라 함은 농지(전·답·과수원·목장용지를 말한다. 이하 이 조에서 같다)소재지 구·시·군 및 그와 연접한 구·시·군 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터이내의 지역에 거주하는 자로서 농지소유자 또는 농지를 임차하여 경작한 자와 그 동거가족(배우자 또는 직계비속에 한한다)중의 1인이상이 직접 2년이상 농업에 종사하는 경우를 말한다.

② 법 제261조제1항에서 "대통령령이 정하는 기준"이라 함은 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다.

1. 농지 및 임야의 소재지가 읍단위이상 도시지역(개발제한구역과 녹지지역을 제외한다)외의 지역일 것

2. 취득자의 주소지가 농지 및 임야소재지 구·시·군 및 그 지역과 연접한 구·시·군 또는 농지 및 임야의 소재지로부터 20킬로미터이내의 지역안 일 것

3. 소유농지 및 임야(도시지역안의 농지 및 임야를 포함한다)의 규모가 새로 취득하는 농지 및 임야를 합하여 전·답·과수원은 3만제곱미터(「농지법」에 의하여 지정된 농업진흥지역안의 전·답·과수원의 경우에는 20만제곱미터)이내일 것. 이 경우 초과부분이 있을 때에는 그 초과부분만을 경감대상에서 제외한다.

(3) 도로법

제48조 (토지 등의 수용) ② 제24조에 따른 도로구역의 결정 또는 변경과 도로구역의 결정 또는 변경 고시는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조제1항과 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정고시로 보며, 재결의 신청은 같은 법 제23조제1항과 제28조제1항에도 불구하고 제24조제3항에 따른 도로공사의 사업 시행 기간에 할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세기록과 청구인이 제시한 심리자료 등에 의하면 사실관계는 다음과 같다.

(가) 2008.11.6. 처분청은 OOO간 도로 확·포장공사(공사기간은 2008년 11월～2012년 2월)에 따른 보상계획 공고를 하고, 2010.10.25. 도로구역결정(변경)의 고시OOO를 하였다.

(나) 청구인은 수용토지에 대한 처분청의 손실보상 협의요청OOO으로 2009.6.9. 처분청과 수용토지에 대한 매수계약을 체결하고, 2009.6.12. 수용보상금 93,686,500원을 수령하였다.

(다) 청구인은 2009.8.18. 이 건 토지를 95,990,000원에 경락으로 대체취득한 후, 지방 세법 제109조 제1항 등에 따라 2009.8.20. 취득세 등을 수용토지 보상금내에서 비과세받고, 그 보상금 초과액 2,303,500원에 대해서는 지방세법 제261조 제1항에 따라 취득세 등을 50% 경감받은 사실이 과세내역서에 의하여 확인된다.

(라) 청구인은 2005.4.8. OOO 714-1에 전입하여 2008.12.10. OOO 422-8로 전출하여 2009.1.22. OOO 714-1로 재전입한 사실이 주민등록등본에서 나타난다.

(2) 지방세법 시행령 제79조의3 제2항에서 법 제109조 제2항의 “대통령령이 정하는 부재 부동산 소유자”라 함은,「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」등 관계법령의 규정에 의한 사업고시지구 내에 매수·수용 또는 철거되는 부동산 등을 소유하는 자로서, 매수수용 또는 철거된 부동산 등이 농지가 아닌 경우에는 그 소재지 구(도농복합형태의 시에 있어서는 동지역에 한한다)·시(구를 두지 아니한 시를 말하며, 도농복합형태의 시에 있어서는 동 지역에 한한다.)·읍·면 및 그와 연접한 구·시·읍·면지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나, 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다고 규정하고, 지방세법 제261조 제1항 및 같은 법 시행령 제219조 제1항 및 제2항에 의하면 농지소재지 구·시·군 및 그와 연접한 구·시·군 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터이내의 지역에 거주하는 자로서 농지소유자 또는 농지를 임차하여 경작한 자와 그 동거가족(배우자 또는 직계비속에 한한다)중의 1인이상이 직접 2년이상 농업에 종사하는 자가 농지 및 임야의 소재지가 읍단위이상 도시지역(개발제한구역과 녹지지역을 제외한다)외의 지역이고, 취득자의 주소지가 농지 및 임야소재지 구·시·군 및 그 지역과 연접한 구·시·군 또는 농지 및 임야의 소재지로부터 20킬로미터이내의 지역안이며, 소유농지 및 임야(도시지역안의 농지 및 임야를 포함한다)의 규모가 새로 취득하는 농지 및 임야를 합하여 전·답·과수원은 3만제곱미터(「농지법」에 의하여 지정된 농업진흥지역안의 전·답·과수원의 경우에는 20만제곱미터)이내에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 청구인은 수용토지에 대한 매수계약일 현재 1년전부터 계속하여 주민등록을 두고 있지 아니할뿐더러 이 건 수용토지 소재지인 OOO와 청구인의 주소지인 OOO도 서로 연접되지 않아 지방세법 시행령 제79조의3 제2항에 의한 부재부동산소유자에 해당한다. 그렇다면, 처분청이 이 건 토지 취득에 대해서 지방 세법 제109조 제1항 및 제127조의2 제2항에 의하여 토지 수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세처분을 하지 않은 것은 달리 잘못이 없어 보인다.

(4) 다만, 처분청이 수용토지의 보상금을 초과하는 이 건 토지 취득가액 2,303,500원에 대해서 지방세법 제261조 제1항에 의한 자경농민의 농지로 보아 취득세 및 등록세를 50% 감면한 사실OOO이 확인되고, 청구인이 자경농민의 감면요건(농업을 주업으로 하는 자 및 직접 경작농지의 기준 등)을 충족하는 점에서 이 건 토지 전체가 취득세 등이 감면되는 농지에 해당된다 할 것임에도 처분청이 이 건 토지 취득가액 중 수용토지의 보상금을 초과하는 2,303,500원에 대해서만 감면을 적용한 것은 수긍하기 어렵다.

따라서, 이 건 토지의 취득·등기에 대한 취득세 등은 지방세법 제261조 제1항 및 같은 법 시행령 제219조 제1항 및 제2항에 의하여 50% 감면함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.