청구인은 1979.10월에 취득하여 보유하던 서울특별시 OOO OOO OOOO OO OOOOO를 2000.3.16. 재건축하여 취득한 같은 곳 OOOOOOOO OOOO OOOOO(전용면적 111.92㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대한 2003.5.10. 사용승인이 있는 후 2005.6.27. 852백만원에 양도하면서 쟁점주택의 양도가 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택의 취득자에 대한 과세특례에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 감면신고를 하였다.

처분청은 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의 3 및 같은 법 부칙 29조 제2항의 규정에 의거 고가주택에 해당되므로 신축주택의 취득자에 대한 과세특례가 적용되지 아니한다 하여 감면신청을 배제하고 2006.7.7. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 35,980,100원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.7.12. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택이므로 2002.12.31. 이전에 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받았으므로 경과규정인 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에 따라 종전의 규정(2002.12.30. 개정되기 전의 조세특례제한법 제99조의 3)에 의하여 고급주택에 해당하지 아니하므로 신축주택의 과세특례를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점주택은 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 시행일 이전에 공사착수하여 시행일 이후인 2003.6.10. 이전 사용승인된 조세특례제한법 제99조의 3에서 규정한 과세특례배제지역에 해당하는 신축주택이며, 나아가 개정후의 고가주택이 적용된다 할 것이므로 양도소득세 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의 3 단서규정에 의하여 신축주택 양도일 현재 고가주택에 해당되어 양도소득세 과세특례가 배제되는지 여부

나. 관련법령

소득세법 제89조(2002.12.18 법률 제6781호로 개정된 것)【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

소득세법시행령 제156조(2002.12.30 대통령령 제17825호로 개정된 것)【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택 이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

소득세법시행령 제156조(2002.12.30 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것)【고급주택의 범위】법 제89조 제3호에서 거주용건물의 연면적 가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

조세특례제한법 제99조의 3(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계

약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

조세특례제한법 제99조의 3(2002.12.11 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택 조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

조세특례제한법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본 및 양도소득금액계산명세서 등에 의하면, 청구인은 주택재개발조합 조합원 자격으로 취득하여 2000.3.16. 공사에 착수하여 2003.5.10. 사용승인된 전용면적 111.92㎡의 쟁점주택을 2005.6.27. 852백만원에 양도하고 2005.8.13. 양도소득세를 신고하면서 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의한 양도소득세 감면조항을 적용하여 신고납부한 사실이 확인된다.

(2) 처분청은 쟁점주택이 고가주택에 해당하므로 양도소득세 감면규정 적용대상이 아니라고 주장하고 있고, 청구인은 쟁점주택이 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로서 고가주택에 해당되지만 동법 부칙 제29조 제2항 및 종전의 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정에 의거 고급주택기준을 적용하여야 한다는 주장이므로 이에 대하여 본다.

(가)종전의 조세특례제한법 제99조의 3 제1항은 2001.5.23～2003.6.30.기간동안 취득한 신축주택을 양도소득세의 감면대상으로 규정하면서 같은 항 단서에서 당해 신축주택이 종전의 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의한 고급주택에 해당할 경우 감면을 배제하도록 규정하고 있고, 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 본문의 단서는 개정 된 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택을 감면대상에서 제외하였으나, 같은 법(법률 제6762호) 부칙 제29조 제2항은 당해 신축주택이 개정된 소득세법 시행일인 2003.1.1.전에 착공하여 2003.6.30.이전에 사용승인을 받은 경우에는 종전의 조세특례제한법 제99조의 3 제1항을 적용토록 하는 내용의 경과규정을 두었으므로 2000.3.16. 착공하여 2003.5.10. 사용승인을 받은 쟁점주택의 양도소득에 대하여는 종전의 조세특례제한법 제99조의 3 제1항을 적용함이 타당하다 할 것이다.

(나) 개정된 소득세법 제89조 제3호 및 동법 시행령 제156조에서는 종전 전용면적 149㎡이상이고 실지거래가액이 6억원을 초과하는 경우를 고급주택으로 규정하던 것을 2003.1.1.이후 양도하는 분부터 면적에 관계없이 실지거래가액이 6억원을 초과하면 고가주택으로 규정하고 있는 바, 청구인은 쟁점주택을 852백만원에 양도하였으므로 개정된 소득세법 제89조 제3호 및 같은 법 시행령 제156조 제1항의 규정에 의한 고가주택에 해당되나, 쟁점주택의 전용면적이 111.92㎡로 149㎡에 미달하여 종전의 소득세법 제89조 제3호 및 같은 법 시행령 제156조의 규정에 의한 고급주택에는 해당되지 아니한 것으로 보인다.

(다)따라서, 개정된 조세특례제한법(법률 제6762호) 부칙 제29조 제2항 및 종전의 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 고급주택에 해당되지 아니하는 쟁점주택의 양도에 대하여 처분청이 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(OO OOOOOOOOO, 2005.6.28. 외 다수 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.