다툼이 없는 사실과 갑 제3호증, 갑 제4호증, 갑 제8호증, 을 제1호증 내지 을 제4호증의 기재들, 증인 김ㅇ수, 김ㅇ각의 증언과 변론의 전취에 의하면 아래와 같은 사실이 인정된다.

가. 원고회사(이하 원고라한다)는 주주인 임원으로 근무하다가 퇴직한 소외 김ㅇ각, 서ㅇㅇ(이하 퇴직자라 한다. 김ㅇ각은 전 대표이사로 1966. 5. 2. 입사하여 1988. 1. 4. 퇴직하여 21년 8개월근무하고, 서ㅇㅇ는 전 이사로 1966. 5. 2. 입사하여 1988. 1. 31. 퇴직하여 21년9개월근무)에게 퇴직금 금125,135,500원을 지급하고 이를 각 사업년도 소득계산시 손금에 산입하고, 또한 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇ-10 대지 1,830.8평방미터, 같은동 ㅇ-15 대지 222.6평방미터, 같은동 ㅇ-16 대지 95.7평방미터 대지 합계 2,149평방미터와 건물 1,170,060평방미터(이하 양도부동산이라 한다)를 1966. 5. 17. 취득하여 1988. 1. 21., 금673,175,592원에 양도하고 88사업년도 법인세(특별부가세포함)과세표준 및 세액(법인세 금77,058,248원 및 방위세 금15,411,649원)을 자진신고 납부하였다.

나. 원고는 위 퇴직자들에게 퇴직당시 월평균임금(김ㅇ각의 월평균임금은 1,500,000원, 서ㅇㅇ의 평균임금은 1,200,000원)의 200퍼센트의 상여금을 이익처분이 아닌 급여로 지급하고 근로소득세를 원천징수 하였고(갑 제4호증의 1,2), 차량유지 보조비명목으로 매월 금300,000원의 금원을 고정적으로 지급하였으나 위 퇴직자들의 소유차량의 유류대등 각종 유지비, 관리비는 별도로 필요시마다 일반 관리비에서 지출 되었다.

다. 원고는 법인세 자진신고 납부시 손금처리될 퇴직금에 관하여 총급여액을 산정함에 있어 퇴직자의 급여이외에 상여금, 차량유지보조비, 퇴직위로금까지 합산한후 이를 기초로 퇴직금을 금125,135,500원으로 산출하였고(급여해당분 금70,320,000원, 상여금해당분 금11,720,000원, 차량유지비해당분 금15,730,000원, 퇴직위로금해당분 금27,365,500원), 특별부가세계산에 있어서는 양도부동산의 경우 양도가액을 양도 당시 기준시가인 금260,887,970원 대신 장부상가액인 금478,316,632원을 양도가액으로 한후 취득가액은 1975. 1. 1. 현재기준시가인 금80,458,644원으로 하여 양도차익을 계산하여 법인세를 자진신고 납부하였다.

라. 피고는 원고가 신고한 퇴직금중 급여해당분 금70,320,000원만 퇴직급여로 인정하고 나머지 상여금, 차량유지비, 퇴직위로금 해당분 금54,815,500원은 손금부인하고, 또한 양도토지의 양도가액은 원고가 신고한 장부가액이 아닌 실지거래가액 금673,175,592원으로 하여 양도차익을 계산하여 1991. 10. 16. 원고에게 88사업년도 법인세를 금285,281,388원(을 제2호증, 별지경정처분란의 기재와 같이 특별부가세 금146,749,291원, 법인세 금138,532,097원) 및 해당방위세 금45,896,188원으로 증액경정결정하고 자진신고납부한 금원을 공제한 법인세 금208,223,140원 및 방위세 금30,484,540원을 납부고지 하였다.

마. 원고는 위 증액경정처분에 불복하여 심사청구를 거쳐 1992. 2. 6. 심판청구를 제기하자 국세심판소는 퇴직급여중 손금부인한 부분은 적법하나, 특별부가세부분에 관한 피고의 경정처분에 있어 원고가 양도부동산을 1974. 12. 31. 이전에 취득하여 1975. 1. 1. 현재의 시가를 알 수 없는 경우에 해당되므로 취득가액을 1975. 1. 1 현재의 기준시가로 하고, 양도가액은 양도당시의 기준시가로 하여 양도차익을 산정하지 아니하고 기준시가에 상회하는 장부가격을 양도가격으로 신고하였으므로 이를 양도가액으로 하여 특별부가세를 산정하여야 함에도 피고는 실제양도가를 양도가액으로 하여 증액경정처분을 한것은 위법하다는 이유로 특별부가세의 과세표준과 세액을 신고한 양도가격에 따라 다시 산정하라는 내용으로 피고의 경정처분을 일부 취소하였는바 피고는 위 결정에 따른 감액결정처분은 아직까지 아니하고 있다.

2. 처분의 적법성

가. 퇴직급여 손금불산입부분에 대하여

(1) 원고는 퇴직급여지급분중 피고가 손금부인한 퇴직위로금해당 부분을 제외한 상여금,차량운행비 해당의 금27,720,000원의 손금불산입은 위법하다고 주장함에 대하여 피고는 퇴직금계산에 기준이 되는 총급여에는 임원에게 지급된 상여금과 급여소득이 아닌 차량유지비는 포함될수 없는 것이므로 피고의 위 부분에 관한 손금불산입처분은 적법하다고 주장 한다.

(2) 살피건대 상여금의 경우를 보면 법인세법 제16조 제8호 에서 법인이 주주 또는 출자자인 임원에게 지급한 상여금은 손금에 산입하지 아니한다고 규정되어 있고, 동법 행규칙 제13조 제1항 에서 임원에게 지급하는 퇴직금계산시 총급여액에는 상여금의 지급액을 포함되지 아니하는 것으로 한다고 규정하고 있는바 위 규정이 말하는 상여금은 이익처분에 의한 상여금을 의미하는 것으로 근로의 제공으로 인하여 근로의 대가인 급여로 지급되는 상여금을 뜻하는 것은 아니라고 해석되므로, 위 인정사실에 의하면 임원인 퇴직자들에게 지급한 상여금은 이익처분에 의한 상여금이 아니므로 법인세법 시행령 제34조 제2항 제2호 소정의 퇴직금계산시 기준이 되는 총급여액에 포함되어야 하며, 차량유지보조비의 경우 원고는 임직원소유의 차량 운영비, 유지경비를 매 발생시 마다 지급하였으므로 임원에게 지급된 차량유지보조비는 차량운영과는 무관하게 지급된 것으로 이는 차량수당의 성질을 가진 급여로 법인세법시행규칙 제13조 제2항 및 소득세법 제21조 제1항 제1호 가목 , 소득세법시행령 43조 제1호 단서 에서 정한 퇴직금계산의 기준이 되는 근로소득에 포함될 금원이라 할것이니 피고의 상여금, 차량유지비관련 퇴직금부분의 손금불산입은 위법하다.

나. 특별부가세부분에 관하여

(1) 원고는 피고가 원고의 자진신고 납부한 특별부가세액을 다시 증액하여 경정결정함에 있어 원고가 양도가격을 양도당시 기준시가에 의하지 아니하고 장부상 가격으로 잘못 신고하였더라도 피고가 이를 양도가격으로 인정할 수는 없는 것이므로 이를 근거로 양도차익을 계산한것은 위법하다고 주장함에 대하여, 피고는 특별부가세 부과에 있어 양도가격을 기준시가로 하여 양도차익을 결정하여야 하더라도 양도가격을 기준시가보다 많은 장부가격으로 신고한 경우에 기준시가를 기준으로 하면 자진납부한 세액까지 취소, 환급하게 되는 결과가 되므로 이는 부당하며 자진신고 납부한 세액이 착오등으로 과다 납부되었다는 이유로 한 환급청구는 행정심판, 소송대상이 될수없는 것이므로 피고의 처분은 적법하고 주장한다.

(2) 살피건대 과세관청이 과세처분을 한후 과세표준과 세액에 오류, 탈류가 있음을 발견하고 이를 경정처분한 경우에 그것이 증액경정인때에는 처음의 과세처분에서 결정한 세액을 그대로 두고 증액부분만을 결정하는것이 아니라 당초의 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 증액된 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로 당초의 과세처분이 불복기간의 경과, 전심절차의 종결로 이미 확정 되었다 하더라도 뒤의 증액경정처분을 한 경우에는 당사자는 경정처분에 대한 소송에서 이미 확정된 처분의 위법여부를 다툴수 있는 것이므로 이사건의 경우 피고의 증액경정처분은 원고가 자진신고 납부한 세액을 포함하여 다시 결정한것이므로 원고가 당초에 양도가격을 장부상 가격으로 잘못 신고하였더라도 피고가 취득가격을 기준시가로 한 이상 신고가격을 양도가격으로 하여서는 아니되며 양도당시의 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여야하는 것이므로 피고의 경정처분은 위법한 것으로 취소 되어야 하며, 납부한 세액이 착오등으로 과다 납부되었다는 이유로 한 환급청구가 아닌 경정부과처분의 취소를 구하는 원고의 이사건 청구는 정당하다.

3. 정당한 세금

위 인정사실을 토대로 원고가 납부할 의무가 있는 법인세 및 방위세를 계산하면 별지 당원인정란 기재와 같이 법인세(특별부가세포함) 금135,699,338원 및 방위세 금19,182,531원이 되므로 이를 초과한 법인세 금149,582,050원과 방위세금26,713,657원의 경정부과처분부분은 취소되어야 할것이다.

4. 결론

따라서 피고의 1991. 10. 16. 법인세 및 방위세 경정부과처분은 행정심판에 의하여 일부 세액이 최소되었으나 취소부분의 세액이 현재 특정되지 아니하고 있으므로 원고가 구하는 바에 따라 법인세 금143,227,857원과 방위세 금24,226,163원에 대한 원고의 이 사건 취소청구는 이유가 있으므로 이를 인용하고 소송비용은 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문