가. 원고는 금형부품 등의 제조업을 영위하는 회사로 2009 사업연도까지 조세특례제한법의 중소기업으로서 조세특례를 받다가 2010년 매출액이 1,000억 원을 초과함으로써 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항 본문, 제1항 단서에 따라 2010 사업연도부터 2013 사업연도까지 유예기간의 적용을 받게 되었다.

나. 원고는 2012 사업연도 기준으로 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이고, 2011. 12. 31. 현재 중소기업인 유도스타자동화 주식회사의 주식 51%(관계인이 보유한 주식 포함)를 보유하고 있다.

다. 원고는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항의 규정에 따라 2012 사업연도에도 중소기업 유예기간에 해당된다고 보아 2013. 3. 31. 조세특례제한법상의 중소기업에 대한 특례규정에 따라 연구개발비 세액공제, 고용창출투자 세액공제 등을 적용하고 법인세법상 중소기업을 기준으로 한 접대비 한도금액을 적용하여 산정한 법인세를 피고에게 신고납부하였다. 라.

피고는 2013. 8. 7. 원고에게, 원고가 관계기업으로서 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호, 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제2호 다목에 정한 기준을 충족하지 못하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 중소기업 유예기간이 적용되지 않으므로, 중소기업임을 전제로 세액공제 등을 하여 법인세를 산정한 것은 문제가 있다고 지적하면서 수정신고할 것을 안내하였고, 이에 원고는 2013. 8. 31. 공제세액을 축소하고 법인세법상...

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