청구법인은 도시재개발법 제4조의 규정에 의하여 주택개량재개발구역으로 지정된 서울특별시 서대문구 OO동 OOO, OOO, OOO, OOOOO일대 총 273필지 31,933㎡에 대한 재개발사업시행을 목적으로 서울특별시장의 조합설립인가를 받아 88.1.25 설립등기하고 동소 OOOOOOOO에 법인주소를 둔 비영리내국법인으로서 위 재개발사업을 시행함에 있어 고유목적사업인 주택(아파트)을 개량(신축)하여 조합원의 출자지분이나 참여조합원(조합원과 참여조합원을 합하여 이하 “조합원들”이라 한다)의 권리에 근거하여 조합원들에게 분양하는 이외에 상가(토지 776.53㎡, 건물 2,148.12㎡, 수입금액 2,279,034,070원)와 유아원(토지 113.0㎡, 건물 281.7㎡, 수입금액 209,238,834원, 이상 상가와 유아원을 합하여 이하 “상가등” 이라 한다)을 신축하여 92사업년도(92.1.1～92.12.31)에 비조합원등에게 분양하였다.

처분청은 청구법인이 위 상가등을 신축하여 비조합원등에게 분양한 것은 법인세법 제1조 제1항 제1호의 수익사업(부동산매매업)에 해당된다는 이유로 위 상가의 분양에 따른 각 사업년도소득금액을 968,238,735원으로 구분 계산하여 93.7.16 청구법인에게 92사업년도 해당분 법인세 441,281,630원을 부과처분 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.8.26 심사청구를 하고 93.10.11 심사결정서를 받은후 93.10.15 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

재개발아파트 건축에 부수된 상가등의 분양대금은 청구법인의 소득이 되는 것이 아니라 조합원들의 재개발아파트 분양대금을 책정하는데 반영되어 조합원들에게 전부 귀속되었고 청구법인에 잔류한 소득이 없으므로 법인세 과세대상이 될 수 없는 바, 본건 법인세 부과처분이 취소되어야 한다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

비영리 법인의 과세 취지를 보면, 비영리 법인이 영리법인과 유사한 사업을 하여 경쟁관계에 있는 경우가 많고 합법적인 방법으로 납세의무를 회피하려고 하는 경우가 있으므로 이러한 조세회피현상을 방지하고 영리법인과 비영리 법인간의 조세부담을 공평하게 조정하고 과세형평을 유지하기 위하여 고유목적사업 또는 수익의 유무와 관계없이 과세하되 비영리법인의 공익성등을 감안하여 수익사업에서 발생한 소득만을 과세대상으로 하고 있는 것이므로 청구법인이 비영리 법인이라는 사실과 분양수입이 있었다는 사실에 대하여 달리 반증이 없는 이 건의 경우, 상가등의 분양이익이 조합원들에게 귀속되어 청구법인에 소득이 없었다 하더라도 상가등의 분양은 부동산매매업으로 비영리법인 수익사업에 해당하는 바, (국세청예규 법인 40012-1554, 93.5.27 같은 취지임) 법인세법 제1조 제1항의 규정에 의거 본건 법인세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

이 사건의 다툼은 도시재개발법에 의하여 설립된 주택개량재개발 조합인 청구법인이 상가등을 신축하여 비조합원등에게 분양한 것이 법인세과세대상인지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관련 법규정을 보면

법인세법 제1조 제1항에서 『국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “영리법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다』고 규정하고 있고 동조 동항 제1호와 동법시행령 제2조 제1항 및 소득세법 시행령 제36조의 규정에 의하면 부동산매매업(부동산업)을 수익사업의 하나로 규정하고 있으며, 한편 도시재개발법은 제1조에서 『이 법은 도시의 계획적인 재개발에 관하여 필요한 사항을 규정함으로써 재개발사업을 촉진하고 도시의 건전한 발전과 공공복리의 증진에 기여함을 목적으로 한다』규정하였고 제18조에서 『① 조합은 법인으로 한다. ② 조합은 조합설립의 인가가 있은 날로부터 30일내에 주된 사무소의 소재지에서 대통령령이 정하는 사항을 등기하여야 한다. ③ 조합은 제2항의 규정에 의하여 등기함으로써 성립한다』고 규정하고 있다.

살피건대

(1) 청구법인은 도시재개발법 제17조의 규정에 의거 서울특별시장의 재개발조합설립인가를 받고 동법 제18조에 근거하여 88.1.25 설립등기한 내국법인으로서 그 설립목적이 정관 제2조(목적)에 의하면 『조합(청구법인)은 도시재개발 제4조의 규정에 의하여 주택개량재개발구역으로 지정된 OO OOOOO의 재개발사업을 시행하여 쾌적한 주거환경을 조성하고 구역내 조합원의 복리증진에 기여함을 목적으로 한다』고 되어 있는 바, 이는 법인세법 제1조 제1항의 규정에 비추어 볼 때 특별법(도시재개발법)에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립 목적을 가진 법인인 비영리 내국법인에 해당되므로, 법인세법 제1조 제1항 각호에 규정된 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여는 법인세 납부의무가 있다 하겠고, 한편 청구법인은 위 재개발사업을 시행함에 있어 고유목적사업인 주택(아파트)을 개량(신축)하여 출자지분이나 권리에 근거하여 조합원들에게 분양하는 이외에 상가등을 신축하여 비조합원등에게 분양하였음이 분양계약서등에 의거 확인되는 바, 주택(아파트)을 개량(신축)하여 출자지분이나 권리에 근거해서 조합원들에게 분양한 것은 조합원들 자신이 자기주택(아파트)을 건설, 취득한 것과 같으므로 수익사업에 해당되지 아니한다 하겠으나 상가등을 신축하여 비조합원등에게 분양한 것은 소득세법 시행령 제36조 제3호에서 정한 부동산매매업으로서 법인세법 제1조 제1항 제1호에 게기하는 수익사업(부동산업)을 영위한 경우에 해당되므로 동 수익사업에서 생긴 소득에 대하여는 법인세를 부과함이 적법하다 하겠으며(재무부 법인 46012-105, 93.6.19 같은 의견)

(2) 청구법인은 상가등의 분양대금이 청구법인의 소득이 된 것이 아니라 조합원들의 재개발아파트 분양대금을 책정하는데 반영되어 조합원들에게 전부 귀속되었고 청구법인에 잔류된 소득이 없으므로 법인세 과세대상이 될 수 없다고 주장하나 비영리법인은 법인세법 제1조 제1항 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여는 법인세 납세의무가 있고, 위 수익사업 또는 수입에 해당되는한 동 수익사업이나 수입에서 생긴소득을 고유 목적에 지출한 금액은 각 사업년도소득금액을 구분계산함에 있어서 법인세법 제18조 제1항과 동법시행령 제42조 제16호의 규정에 의하여 지정기부금으로 인정되는 일정한 한도내 금액만 손금에 산입하도록 되어 있을 뿐이고,

(3) 또한 청구법인은 도시재개발법에 의한 주택개량재개발조합에 대하여 비과세관행이 성립되었다고 하면서 법인세가 과세된 바 없다고 하는 청구외 OO OOOO 주택개발재개발조합외 4개 조합의 명단을 당심에 제시하고 있으나, 국세부과의 제척기간이 만료되지 아니한 경우에는 언제든지 국세를 부과할 수 있는 과세누락사실과 국세의 비과세관행은 근본적으로 상이한 것으로서 법인세법 제1조 제1항이 『...비영리 내국법인에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.』고 74.12.31 개정된 후 현재까지 아무런 변동이 없을 뿐만 아니라 정부는 재개발조합이 비과세대상 이라고 해석하거나 공적인 의견을 표명한 사실이 없는 반면, 국세청장은 85.8.24 예규(소득 22601-884, 85.8.24)에서 『현행법인세법상 민법 등에 의해 설립된 비영리법인이라 하더라도 법인세법 제1조 및 동법시행령 제2조에 열거된 수익사업 또는 수입에서 발생한 소득에 대해서는 법인세 납세의무를 지게되는 것이며, 이 경우 법인세 과세여부는 당해 비영리법인의 정관상 고정목적사업 여하에 불문하고 사업 그 자체가 법인세법 제1조 또는 동법시행령 제2조의 사업 또는 수입에 해당되는지의 여부에 따라 판단하는 것임』이라고 하였고, 93.5.27 국세청 예규(법인 40012-1554, 93.5.27) 및 93.6.19 재무부예규(법인 46012-105)에서도 『도시재개발법에 의하여 설립된 재개발조합이 상가등을 신축하여 분양하는 때에는 법인세법 제1조 제1항의 수익사업으로서 법인세법 납세의무가 있는 것임』이라고 하였는 바, 위 주택개량재개발조합들에 대한 법인세 과세사실 유무와 관계없이 만약 그 과세된 사실이 없다 하더라도 이는 과세누락된 것이라고 봄이 타당하지 주택개량재개발조합에 대한 법인세 비과세관행이 성립된 것이라고 볼 수 없다 할 것이다.

이상내용을 종합하여 볼 때 도시개발에 의하여 설립된 재개발 조합인 청구법인이 상가등을 신축하여 비조합원등에게 분양한 경우는 법인세법 제1조 제1항에 의하여 법인세 과세대상이 된다고 인정된다.

그렇다면 청구법인이 위 상가등을 신축하여 비조합원등에게 분양한 것은 법인세법 제1조 제1항에 의하여 법인세 과세대상이므로 동 상가분양에 따른 각 사업년도소득을 구분 계산하여 청구법인에게 본건 과세한 처분은 적법한 반면, 이와다른 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.