가. 청구법인은 1973.10.17. 설립되어 반도체장비 제조업을 영위하고 있고, 한OOO는 2015.4.9.까지 최대주주이며 2004.12.13.～2014.10.5., 2014.12.26.～2015.4.8. 기간 동안 대표이사로 재직하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 법인세 조사(2014.8.20.～2015.11.7.)를 실시한 결과, 청구법인이 2009～2014년 기간 동안 가공매입 및 해외컨설팅비용 명목 등으로 조성한 자금 총 OOO원(이하 “쟁점횡령금액”이라 한다)을 한OOO가 횡령한 사실을 확인한 후 2015.11.30. 「조세범처벌법」 위반 혐의로 청구법인 및 한OOO를 검찰에 고발하고, 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 경정고지하며 한OOO에게 상여로 소득처분을 하도록 처분청에게 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2015.12.11. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 2009년 제2기～2014년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 각각 경정고지하고, 2009～2014년 귀속 합계 OOO원을 한OOO에게 대표자상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

<표1> 고지내역

(단위 : 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.2.22. 이의신청을 거쳐 2016.7.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 한OOO의 횡령금에 대하여 손해배상채권을 보유하고 있으므로 쟁점횡령금액이 사외로 유출되었다고 볼 수 없다.

(가) 판례는 “법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출자체로서 이미 사외유출에 해당한다고 할 것인바, 여기서 그 유용 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정에 대하여는 횡령의 주체인 대표이사 등의 법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이르게 된 경위 및 횡령 이후의 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동일시하거나 대표이사 등과 법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려운 경우인지 여부 등 제반 사정을 종합하여 개별적구체적으로 판단하여야 하며, 이러한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 한다”(대법원 2010.1.28. 선고 2007두20959 판결 참조)고 판시하였다.

즉, 실질적으로 피용자의 지위에 있는 대표이사의 횡령행위와 관련하여, “법인의 피용자의 지위에 있는 자가 업무와는 무관하게 개인적 이익을 위해 자금을 횡령하는 등 불법행위를 함으로써 법인이 그 자에 대하여 그로 인한 손해배상채권 등을 취득하는 경우에는 그 금원 상당액이 곧바로 사외유출된 것으로 볼 수는 없고, 해당 법인이나 그 실질적 경영자 등의 사전 또는 사후의 묵인, 채권회수포기 등 법인이 그에 대한 손해배상채권을 회수하지 않겠다는 의사를 객관적으로 나타낸 것으로 볼 수 있는 등의 사정이 있는 경우에만 사외유출로 보아 이를 그 자에 대한 상여로서 소득처분 할 수 있다 할 것이며, 대표이사의 지위에 있는 자라 하더라도 그 실질상 피용자의 지위에 있는 경우에는 마찬가지로 보아야 할 것”이라 하여, 실질적으로 피용자의 지위에 있는 대표이사가 법인의 자금을 횡령한 경우에는 당해 법인이 손해배상채권을 회수하지 않을 것이 명백해진 경우에 한하여 사외유출로 보아 상여로 소득처분할 수 있다고 하였다(대법원 2009.7.23. 선고 2009두6223, 대법원 2008.11.13. 선고 2007두23323 판결 참조).

(나) 청구법인은 소액주주 비율이 최대 89%인 상장법인으로 청구법인과 한OOO의 의사가 동일하다거나 경제적 이해관계가 일치한다고 볼 수 없고, 한OOO의 횡령에 대하여 사전 또는 사후의 묵인, 채권회수포기 등 법인이 그에 대한 손해배상채권을 회수하지 않겠다는 의사를 표시한 사실이 없을뿐더러, 이미 손해배상채권을 확보하고 있음이 명백하므로 횡령액이 사외로 유출되었음을 전제로 이루어진 이 건 소득금액변동통지는 위법하다.

1) 2014년 8월경 청구법인의 역외탈세혐의에 대한 국세청의 세무조사가 시작되었고 당시 뉴질랜드 국적인 대표이사 한OOO는 2014년 9월 전문경영인 최OOO을 대표이사로 선임하였다. 신임 대표이사 등 임직원들은 세무조사와 관련된 자료를 검토하던 중 한OOO의 횡령사실을 인지하고 구사차원에서 2014.12.17. 한OOO 등을 고발하면서 횡령과 관련된 자료를 검찰에 제출하였고 검찰수사결과 횡령혐의가 확인된 한OOO는 2015.7.17. 기소되어 현재 재판을 받고 있는 중이다(서울남부지방법원 2015고합257). 세무조사 역시 검찰의 수사결과를 참고하기 위하여 조사기간이 수차례 연장되다가 2015.11.25. 이르러서야 세무조사 결과통지가 있었으며, 이 건 심판청구와 관련된 처분청의 처분은 청구법인이 자료를 제공하여 밝혀진 검찰의 기소 내용 그대로 처분되었다.

2) 한OOO는 이 건 횡령기간인 2010년 12월부터 2013년 12월까지 청구법인 총발행주식의 9.35%～16.38%를 소유하여 최대주주의 위치에 있었지만, 그 기간 중 소액주주의 지분이 총발행주식의 87.25%～77.88%를 차지하고 있어 한OOO는 사실상 피용자에 불과하다. 한OOO는 2014년 12월경 전문경영인인 최OOO 대표이사와 임직원에 의해 횡령혐의로 검찰에 피소되자 최OOO을 해임하고 자신이 대표이사로 재취임하기 위해 2015년 3월경 우리사주조합 등을 동원하여 주주총회를 개최하였다. 이 때 소액주주들이 단결하여 최OOO 대표이사의 해임안을 부결시키고 한OOO의 경영복귀를 부결시켰는데 이 사실만 보더라도 청구법인과 한OOO의 의사나 경제적 이해관계가 일치한다고 할 수 없는 것이다.

3) 청구법인은 조사청의 조사 착수 직후인 2014.12.17. 한OOO 및 전 경영진을 남부지검에 횡령 및 배임혐의로 고발하면서 관련 자료를 제공하였고, 곧 바로 한OOO에 대한 손해배상소송을 제기하고 채권확보를 위한 가압류 조치를 취하였는바, 이 건 세무조사가 2015년 11월에 이르러서야 종결되고 횡령과 관련된 부과처분이 검찰의 공소장에 기재된 범죄내용을 기초로 결정된 점을 감안하면 처분청의 과세처분은 결국 청구법인의 적극적인 자료제공으로 이루어졌다 할 것인데도, 처분청은 청구법인의 손해배상청구소송이나 주주대표소송을 원천징수의무를 회피하기 위한 형식적인 소송이라는 의견을 제시하고 있다.

청구법인이 제기한 한OOO 소유 OOO 주식 가압류신청(2015카단201141, 2015.5.4.)이 각하된 것은 이미 박OOO이 제기한 주주대표소송과 관련하여 한OOO의 OOO 지분이 가압류되었고 주주대표소송의 결과는 회사에 귀속되는 것이므로 박OOO의 가압류는 청구법인의 가압류와 중복되는 의미가 있으며 법원이 정한 가압류의 공탁금이 OOO원)에 달해 회사의 자금사정상 공탁금을 납부하지 못하여 각하된 것이다. 또한 가압류시 손해배상채권의 일부만을 우선적으로 청구하였는데 이는 대표이사의 횡령배임 사건이 발생하는 경우 민형사상 소송이 동시에 진행되는 경우가 대부분이고, 일반적으로 형사사건에서 확정되는 횡령금액들이 회사의 손실액으로 정해지므로 가압류 시점에서는 횡령액이 얼마인지 알 수가 없는 것이며, 가압류는 대한 본안의 확정판결에 따라 본압류로 전이되므로 한OOO의 횡령죄에 대한 형사사건 결과에 따라 손해배상채권이 확정된다 할 것이기에 일부만을 우선적으로 청구한 것이다.

이 건 처분이 한OOO의 횡령을 전제로 이루어진 것이고 주주대표 박OOO에 의하여 한OOO 소유의 OOO 주식이 가압류되었으며, 청구법인 역시 한OOO의 주식예탁계좌를 가압류하였으므로 청구법인은 횡령액에 상당하는 손해배상채권을 이미 확보하고 있는 것이다.

청구법인이 가압류한 한OOO의 OOO(청구법인이 발행한 주식수 1,458,845주)는 OOO원(2016.6.14. 종가기준 1주당 OOO원)에 상당하며 주주 박OOO이 가압류한 한OOO 소유 OOO(비상장법인으로 2015.6.30. 현재 「상속세 및 증여세법」상 평가액)에 이르고 있어 횡령금 회수에 아무런 문제가 없다.

(2) 소득금액변동통지는 원천징수의무를 부과하는 처분이므로 소득을 실제로 지급하는 자에 대하여 이루어져야 하는바, 청구법인은 거래처에게 대금을 지급한 것이 분명하고 각 거래처는 자료상이 아닌 실체가 있는 법인으로 자신의 책임과 계산하에 비자금을 조성하여 한OOO에게 지급한 것이므로 횡령에 따른 원천징수의무는 횡령금을 지급한 각 거래처에 있는 것이다.

(3) 처분청이 허위거래로 본 청구법인과 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다) 및 주식회사 OOO(이하 “OOO이라 한다) 등과의 거래는 실물거래를 수반한 것으로 거래가액만 부풀려진 것이므로 부당행위계산부인 적용 대상 여부는 별론으로 하더라도 위 거래와 관련된 매입세액은 공제되어야 하고 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세가 적용되어야 한다.

(가) 검찰은 청구법인이 OOO로부터 실제로 원재료 등을 납품받은 사실은 인정하면서도 한OOO가 OOO 등으로부터 받은 비자금의 원천은 청구법인이므로 결국 한OOO가 청구법인의 자금을 횡령한 것이라고 판단하였고, 처분청은 더 나아가 OOO이 자료상으로 도관에 불과하여 가공거래라고 주장하고 있으나,

가공거래란 처음부터 아무런 재화나 용역의 공급이 없었다거나 재화나 용역의 공급이 있더라도 정상적인 부분과 그 이외의 부분을 물리적으로 분리 할 수 있어야 가공거래라고 할 수 있을 것인바, 어느 거래가 정상가격보다 높거나 낮은 금액으로 이루어진 경우 그 차이를 무차별적으로 가공거래라고 한다면 세법상 부당행위계산부인 규정이 적용되거나 비지정기부금 규정이 적용되는 모든 고저가 거래는 이를 가공거래로 보아야 할 것이고 이는 사적자치영역인 계약자유의 원칙을 심하게 훼손하는 결과를 초래하게 되는 것으로 허용될 수 없다 할 것이다.

(나) 구매업무대행계약상 청구법인이 요청한 원재료 등의 구매가격을 OOO이 결정하도록 되어 있어 이례적인 면이 있다고 하더라도 계약 자체가 무효인 것은 아니므로 청구법인은 계약에 따라 OOO이 OOO 등으로부터 구입한 가격을 OOO에게 지급할 수밖에 없었던 것이며 OOO의 구매가격 결정은 청구법인이 관리할 수 있는 범위를 벗어난 것이므로 청구법인에게 고의나 과실을 탓할 수 없는 것이다. 비록 OOO의 1인 주주이자 실경영자이고 청구법인의 경영을 책임진 한OOO가 그러한 점을 악용하여 OOO 등 납품업체와 담합, 매입가격을 부풀린 후 그 가격으로 청구법인에 납품하므로써 청구법인을 기망하고 나아가 OOO 등 납품업체로부터 차액을 되돌려 받아 횡령하였다고 하더라도 이는 OOO또는 OOO 등에서 발생한 횡령이 될 수 있을 뿐이며 가사, 청구법인과 OOO간의 불합리한 구매업무대행계약 결과 청구법인에게 발생한 손해가 세법상 부당행위계산부인 대상 거래가 될 수 있다고 하더라도 가공거래는 아닌 것이다.

(다) 따라서 청구법인이 가공거래를 통하여 한OOO에게 횡령금을 직접 지급한 것으로 보아 이 사건 소득금액변동통지를 한 처분은 잘못된 것으로 취소되어야 하며, 법인세 경정시 적용된 부당과소신고가산세는 이를 일반과소신고가산세로 적용하고, 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 대표자 횡령금액이 청구법인으로부터 사외유출된 것으로 보아 상여처분한 당초 처분은 정당하다.

(가) 자금유출이 있었을 것으로 판단되는 2009～2013년 기간 동안 한OOO 및 그 특수관계자는 30% 내외의 청구법인의 주식을 보유하고 있었고, 아래와 같은 사실에 비추어 한OOO는 최대주주로 자금 유용 당시 청구법인에 대하여 실질 지배력을 보유하고 있었다.

1) 「상법」상 주주총회의 결의는 정관에 다른 정함이 있는 경우를 제외하고는 출석한 주주의 의결권의 과반수와 발행주식 총수의 4분의 1 이상의 수로써 할 수 있음을 고려해 볼 때( 「상법」 제368조 제1항), 한OOO는 본인 및 우호지분으로 청구법인에 대한 실질 지배력을 충분히 확보하고 있었다.

2) 한OOO는 이러한 실질 지배권을 남용하여 청구법인의 차명주주를 통한 주가조작을 조장하여 2012년 집행유예를 선고받기도 하였고, 이번 횡령건도 실질적 지배권을 행사하여 차명법인인 OOO및 OOO”이라 한다) 등을 통해 법인 자금을 우회로 유출 및 횡령하여 사유화하였다.

3) 또한 감사는 이사의 직무의 집행을 감사하여야 하는데( 「상법」 제412조 제1항), 당시 감사였던 윤OOO은 오히려 한OOO와 공모하여 횡령 및 배임 행위에 가담한 사실이 확인되었다.

(나) 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당되고, 청구법인에 대한 조세범칙조사 및 서울남부지방검찰청의 수사단계에서 일관되게 확인되고 있는 바와 같이 당초부터 대표자의 부외자금 조성을 목적으로 청구법인의 임직원이 조직적으로 개입하여 사외유출한 금액에 대하여 대표자에 대한 상여로 처분한 이 건 처분은 정당하다.

1) 한OOO는 개인 자금이 필요할 때 마다 청구법인의 자금팀 등 임직원에 요청하였고 구체적인 자금 유출 및 조성은 법인의 자금팀 등 관련 임직원에 위임한 바 있으며 청구법인 소속 자금팀 등 관련 부서는 한OOO의 요청에 따라 관계사 및 하청업체 등을 이용하여 원재료 대금이나 용역대가를 과다 지급하거나 가공의 자산을 구입하거나 가공의 경비를 지급하는 것으로 관계사 및 하청업체 등과 사전에 공모하여 관련 계약서 등 거래서류를 허위로 작성, 조작하고 이를 바탕으로 사실과 다른 세금계산서를 수수하는 방법으로 법인 자금을 횡령한 후 하청업체들과 사전에 통정하여 가공 또는 부풀려 지급한 거래대금을 다시 되돌려 받는 방법으로 부외자금을 적극적으로 조성, 관리하고 조직적으로 횡령행위를 은폐하였다.

2) 2014년 8월 조사청이 청구법인에 대한 세무조사를 착수한 이후, 당초 한OOO의 청구법인 자금 횡령을 실질적으로 기획하고 적극적으로 동조 및 방조한 임직원 중 일부가 2015년 1월 한OOO로부터 경영권을 빼앗을 목적 등으로 한OOO를 「특정경제범죄가중처벌 등에 관한 법률」 위반 혐의로 검찰에 고발하였으나, 한OOO 역시 해당 임직원들을 같은 혐의로 고발하여 2015년 8월 한OOO와 동일한 죄목으로 동시에 기소되는 등 한OOO에 대한 검찰 고발이 회사의 정상화 및 정확한 회계처리를 위한 자발적인 목적이 아니라 세무조사 착수 이후 발생한 경영권 분쟁에서 서로 유리한 입장을 차지하기 위한 목적으로 판단된다.

3) 경영권 분쟁 과정에서 검찰에서 횡령죄로 기소한 한OOO와 최OOO이 주주총회와 법원 판결에 따라 경영권이 계속 이전된 사실이 있고 2016.2.22. 한OOO는 수원지방법원에 대표이사 직무집행정지가처분소송을 제기하여 현재도 계속적으로 경영권 분쟁 과정에 있으며 한OOO가 지배주주로서 청구법인의 경영권을 다시 확보할 수 있는 가능성도 배제할 수 없는바, 청구법인 자금 횡령과 경영권 분쟁 과정에서 한OOO와 청구법인의 의사가 일치하지 않는다는 점이 입증되지 못하고 있다.

4) 주주 중 1인이 2015.1.30. 제기한 대표소송의 경위를 보면, 주주대표소송은 일반적으로 이사가 고의 또는 과실로 회사에 손해를 입힐 경우 감사가 회사를 대표하여 이사에 대해 책임을 묻게 되는 데( 「상법」 제399조 제1항, 제394조 제1항), 청구법인의 경우 앞서 본 바와 같이 이와 같은 역할을 하여야 할 감사인 한OOO와 공모하여 횡령 행위를 한 상황이었으므로 이사에 대한 책임 추궁을 기대하기 어려운 상황이었고, 따라서 주주 중 1인이 회사에 대한 소송을 제기하기에 이른 것이다.

이를 두고 청구법인은 손해회복의 노력을 게을리 하지 않았다고 주장을 하나, 향후 주주대표소송에 승소하여 회사가 한OOO에 대해 손해배상청구권을 가지게 될지 여부는 별론으로 하더라도 회사가 직접 손해배상청구를 한 경우와 동일하게 볼 수는 없는 것이고 이는 주주대표소송제도 자체가 회사의 원래 권리인 이사에 대한 책임추궁을 게을리 할 경우에 인정되는 것이므로 주주대표소송이 제기된 사실은 회사가 손해배상에 적극적이지 않았음을 의미하기 때문이다.

특히, 한OOO는 청구법인에서 횡령한 부외자금을 본인만이 아니라 횡령에 가담한 임직원이 일부 사용하였다고 주장하고 있고 회사를 위하여 본인이 사용한 자금을 회사로부터 회수하기 위하여 부외자금을 조성한 것으로 본인과 청구법인, 임직원이 동일한 의사에 있었다는 취지로 주장한 바 있다.

5) 또한, 과세관청의 세무조사에 의하여 청구법인의 조직적인 횡령행위가 확인되는 과정에서 사주 한OOO에 대한 검찰 고발 및 손해배상청구 소송을 제기된바, 법인자금 사외유출에 대한 상여처분과 이에 따른 원천세 과세를 회피하려는 의도 등을 완전히 배제할 수 없다.

(2) 한OOO의 횡령자금은 청구법인으로부터 자금을 유출하여 부외자금을 조성할 목적으로 한OOO의 지시에 따라 청구법인의 임직원이 자금 유출을 기획하고 청구법인과 특수관계사, 거래처가 사전에 공모하여 실제 거래 없이 가공세금계산서만을 수수하거나 거래금액을 부풀린 사실과 다른 세금계산서를 수수하는 방법으로 조성된 것이고, 부외자금의 관리도 한OOO의 지시에 따라 청구법인의 임직원들이 주도하였던바, 소득의 귀속을 특수관계사나 거래처가 아닌 한OOO로 본 당초 처분은 정당하다.

(가) 검찰의 청구법인인 임직원에 대한 횡령사건 수사 과정이나 과세관청의 조세범칙조사 과정에서 확보한 자료와 관련인들의 진술을 통하여 확인한 바에 따르면, 청구법인으로부터 자금을 유출하여 사주의 비자금을 조성할 목적으로 사주 한OOO의 지시 하에 청구법인과 특수관계사의 임직원이 치밀하게 계획하여 가공 세금계산서를 수수하거나 실제 거래대금을 부풀린 사실과 다른 세금계산서를 수수하기로 공모·통정하고 계약서 및 거래명세서 등 거래 관련 서류를 허위 작성하거나 조작하여 부풀린 거래대금을 거래처에 지급한 후 거래처의 가공매출에 따른 법인세, 부가가치세 발생금액과 비자금 조성에 협조한 수수료 등을 차감한 금액을 다시 되돌려 받는 방법 등으로 비자금을 조직적으로 관리한 사실이 확인되었다.

(나) 세무조사 과정에서 경영권 분쟁이 발생하여 청구법인이 앞서 주장한 대로 청구법인이 한OOO의 횡령행위를 고발하고자 직접 부외자금 조성 방법, 조성 금액, 최종 귀속, 조성 시점 등을 기재하여 직접 고발하였는바, 청구법인은 회령사실을 오래 전에 인지하고도 장기간 은폐한 것이다.

(다) 청구법인으로부터 자금을 유출하여 사주의 부외자금을 조성하는 데 협조한 특수관계사와 거래처는 청구법인의 사전 계획에 따라 실제 거래 없이 세금계산서를 발행한 자료상 업체로, 청구법인의 임직원의 지시에 따라 거래를 조작하고 은폐한 후, 청구법인으로부터 자금을 입금 받아 청구법인과의 협의한 대로 가공매출로 인하여 자신들이 납부하여야 할 세금 등을 차감한 다음 다시 되돌려 준 도관에 불과한바,

도관에 불과한 거래처에서 한OOO에게 상여를 지급할 아무런 이유가 없고, 청구법인과 거래처는 대부분 실제 거래가 발생하지 않았고 실물 거래가 일부 있었다 하더라도 거래를 왜곡하여 거래대금을 부풀린 행위는 자료상 행위로 실제 거래로 볼 수 없으므로 거래처를 실제 거래의 귀속자로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없으며, 도관에 불과한 특수관계사와 거래처가 부외자금의 최종 귀속처나 사용처를 모르는 상황에서 특수관계사와 거래처에서 한OOO에게 자금을 지급하였다는 주장 또한 이유 없다 할 것이다.

(3) 대표자 부외자금을 조성할 목적으로 청구법인의 임직원들이 조직적으로 법인자금 횡령을 기획하고 특수관계사와 거래처들과 사전에 통정하여 허위의 거래서류를 작성, 조작하고 가공 및 사실과 다른 세금계산서를 수수하는 방법으로 청구법인의 자금을 사외유출한 행위는 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에서 규정하고 있는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하는 것으로 법률상으로 인정되는 거래가 아니므로 법률상 유효한 상거래이나 특수관계자간에 시가보다 높거나 낮은 가격으로 거래한 것을 규제하기 위하여 「법인세법」 및 「부가가치세법」에서 규정하고 있는 부당행위계산 부인과는 법리상 구별되며, 불법적인 위의 행위를 부당행위라 주장하는 청구법인의 주장은 사실관계를 심각하게 왜곡한 것으로 당초 부가가치세 매입세액 불공제 및 부당과소신고가산세를 적용한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 대표이사가 거짓세금계산서 수수 등으로 횡령한 자금을 사외에 유출한 것으로 보아 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 처분의 당부

② 거래처들과의 가공거래를 통하여 횡령한 자금은 청구법인이 아니라 상대방이 유출한 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

③ (예비적 청구) 실물거래가 수반된 가공거래분은 부정한 행위로 볼 수 없고 해당 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다.

(가) 조사청의 청구법인에 대한 법인세 종합조사 결과, 적출된 쟁점횡령금액 내역은 다음과 같다.

(나) 조사청은 2015.11.30. 청구법인과 전현직 임직원을 「조세범 처벌법」 및 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반 등으로 고발하였고, 서울남부지방검찰청은 2015.7.17. 전 대표이사 한OOO와 당시 대표이사 OOO를 회계분식, 부정거래, 법인자금 횡령, 국외재산 도피 등의 혐의로 서울남부지방법원에 기소하였는바, 검찰의 공소장 주요내용은 아래와 같다.

(다) 심판청구일 현재 청구법인의 등기부등본상 대표이사 재직이력은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 등기부등본상 대표이사 재임 이력

(라) 한OOO는 조사청에 출석하여 실시한 문답(2015.10.8. 등)에서 자신이 청구법인의 최대주주이자 실질적인 사주로 경영을 총괄한 사실, 조사청이 적출한 부외자금 조성 사실 등을 인정하면서 재무팀의 제안을 받은 사실, 당시 경영기획실장 최OOO, 자금총괄 김성록 등으로부터 부외자금을 조성하는 것에 대하여 상시 보고를 받은 사실 등을 인정하였고, 과거 청구법인의 사정이 어려울 때 자신의 자금을 사용하여 개인적으로 어려움을 겪게 되어 일부 자금을 보전받을 생각으로 부외자금을 조성하게 되었으나 법인세를 포탈할 의도는 없었다고 진술하였다.

(마) 청구법인 주식의 보유현황은 아래 <표3> 및 <표4>와 같다.

<표3> 20102011사업연도 주식변동상황명세서 주요내용

(단위 : 주, %)

<표4> 청구법인의 주식등의 대량보유상황 보고서상 주식 보유 내역

(단위 : 주)

(바) 한OOO의 횡령금 회수와 관련된 소송 현황은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 소송 현황

(단위 : 원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 처음부터 회수를 전제로 한 것이 아니어서 지출 자체로 이미 사외유출에 해당한다고 할 것인데, 회수를 전제한 특별한 사정에 대하여는 횡령의 주체인 대표이사 등의 법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배정도, 횡령행위를 한 경위 및 이후 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동일시하거나 전자와 후자의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려운 경우인지 여부 등의 제반 사정을 종합하여 개별적구체적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2013.2.28. 선고 2012두23822 판결, 같은 뜻임),

조사청 및 검찰의 조사과정에서 대표이사 한OOO가 허위거래를 하여 청구법인의 자금을 횡령한 사실이 확인되었고 이외에도 감사, 사장, 계열사 대표이사 등의 임직원이 공범으로 가담하여 2009～2014년 기간 동안 횡령이 발생한 점, 당시 한OOO는 특별관계자와 함께 발행 주식의 30% 이상을 소유하고 있었고 문답서에서 창업자로 1997년 설립 당시부터 2015년 3월까지 대표이사로 재직한 사실과 위 기간 동안 최대주주이자 실질적인 사주로 경영을 총괄한 사실을 인정하고 있어 청구법인을 사실상 지배하고 있었고 경제적 이해관계가 일치한 것으로 보이는 점, 장기간 횡령이 발생하였음에도 임직원이 조직적으로 은폐하였고 조사청이 조사에 착수한(2014년 8월) 후 비로소 청구법인이 한OOO를 고발(2014년 12월)하였으며 당시 대표이사가 검찰에 의하여 공범자로 기소된 최OOO이므로 그 고발을 청구법인을 정상화하고 채권을 확보하려는 의도로 보기는 어려운 점, 쟁점횡령금액은 처음부터 회수를 전제로 한 것이 아니어서 지출 자체로 이미 사외유출에 해당하여 그 금액의 귀속자에게 소득세 납세의무가 성립하면 사후에 그 중 일부를 법인에게 반환하였다 하더라도 이미 발생한 납세의무에 영향을 미칠 수는 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점횡령금액이 사외유출된 것으로 보아 한OOO에게 상여로 소득처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②③에 대하여 살피건대, 청구법인이 거래처들과 사전에 공모하여 사실과 다른 세금계산서를 수수하여 조성한 비자금은 그 주체가 청구법인이고 귀속자는 대표이사였던 한OOO이므로 그 귀속자가 거래처들이라는 청구주장을 받아들이기는 어렵고,

「부가가치세법」 제39조 제1항에서 발급받은 세금계산서의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 일부 실물거래가 있다 하더라도 가공거래에 해당하는 매입세액은 공제하지 아니하며 가공세금계산서를 수수하고 가공거래에 대한 결제 증빙이나 계약서 등을 실제 거래의 그것처럼 조작하는 행위는 과세관청의 조세부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 부정행위이므로 해당 매입세액을 불공제하고 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 법인세법

제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것)

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1.익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가.귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나.귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다.귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라.귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

(3) 부가가치세법

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(4) 국세기본법(2015.12.15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것)

제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. (단서 생략)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

1.부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가.부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액. 다만, 부정행위로 과소신고( 「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)한 자가 복식부기의무자 또는 법인인 경우에는 그 금액과 부정행위로 인하여 과소신고된 과세표준 관련 수입금액에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

나.과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

(5) 조세범처벌법

제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1.이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2.거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3.장부와 기록의 파기

4.재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

5.고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7.그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위