2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 7. 7. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 귀속 법인세 000,000원(가산세 포함), 2015 사업연도 귀속 법인세 920,480원(가산세 포함), 2014년 제1기 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함), 2014년 제2기 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함), 2015년 제1기 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함), 2015년 제2기 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

"가. 원고는 2013. 10. 1. 민법 제32조에 따라 단체명을○○학교'로 하여 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로 사업자등록을 한 후, 초.중등교육법 제60조의3에 따른 대안학교 설립인가를 신청하지 않은 채 '○○학교'라는 상호의 미인가 대안교육시설을 설립하여 이를 운영하면서 학생들로부터 학교발전기금, 입학금, 수업료, 기숙사비, 급식비 등을 받아 왔다.",나. 피고는 2017. 2. 15.부터 2017. 3. 6.까지 원고에 대하여 법인세통합조사를 실시한 결과, 원고가 미인가 대안교육시설로서 과세대상 교육용역을 제공하여 받은 교육비가 법인세 및 부가가치세 과세대상에 해당한다고 판단하였고, 2017. 7. 7. 원고에 대하여 "2014 사업연도 귀속 법인세 000,000원(가산세 포함), 2015 사업연도 귀속 법인세 000,000(가산세 포함), 2014년 제1기 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함), 2014년제2기 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함), 2015년 제1기 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함), 2015년 제2기 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함)"을 결정.고지(이하 '이 사건 부과처분'이라고 한다)하였다.

다. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2017. 9. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 7. 18. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

부가가치세법 제26조 제1항 제6호 및 구 부가가치세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26600호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법 시행령'이라 한다) 제36조는 '주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고된 학교, 학원, 강습소, 훈련원, 교습소 또는 그 밖의 비영리단체'가 학생 등에게 지식, 기술을 가르치는 교육용역은 면세대상으로 정하고 있는바, 그 중 '그 밖의 비영리단체'는 주무관청의 인가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고될 필요 없이 정부로부터 실질적인 지도.감독을 받는 기관을 의미하는 것이다. 따라서 부가가치세 면제대상인 교육용역의 요건으로 '주무관청의 허가, 인가 또는 주무관청에 대한 등록이나 신고'가 필수요건이라 할 수 없고, 주무관청으로부터 지도.감독을 받는 경우에도 위 면제대상에 해당한다고 해석하여야 한다.

이러한 관점에서, ① 교육부 및 충청북도 교육청에서는 미인가 대안교육기관에 대한 꾸준한 실태 파악과 재정지원사업, 교육지원 사업 공모 등을 통해 원고를 관리.감독하였던 점, ② 충청북도 교육청은 원고에 대하여 학교 이름을 변경하라는 지시.지도를 하였던 점, ③ 원고는 교육부로부터 미인가 대안교육기관으로서 일반 현황자료 등의 작성을 요청받아 이를 제출하였던 점, ④ 교육부 등은 교직원고용지원 사업을 지원하기 위하여 원고를 포함한 미인가 대안교육기관에 대한 지원사업 공모계획을 발표하였던 점, ⑤ 교육부 등은 미인가 대안교육시설에 대하여 고발조치, 시정명령, 행정지도를 하였을 뿐 아니라 후속 행정처분 의뢰 및 세무조사를 요청하기도 하였던 점, ⑥ 충청북도 교육청을 비롯한 전국의 각 시.도교육청에 대안교육시설 담당 조직 내지 업무 담당자가 존재하는 점, ⑦ 교육부는 원고에게 현장체험학습 안전지침 준수 협조요청 공문을 보내고, 메르스(MERS) 대응 매뉴얼을 발송하기도 하였던 점, ⑧ 각종 유관기관 역시 원고를 인가받은 교육기관과 사실상 동일하게 취급하였던 점 등에 비추어 볼 때, 원고는 주무관청으로부터 지휘.감독을 받았다.

따라서 원고는 구 부가가치세법 시행령 제36조에서 정한 '그 밖의 비영리단체'로서 원고가 제공한 교육용역은 부가가치세법 제26조 제1항 제6호, 구 부가가치세법 시행령 제36조에서 정한 면세대상에 해당하므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 부과처분의 적법(適法)

1) 관련 법리

가) 부가가치세법 제26조 제1항 제6호 및 구 부가가치세법 시행령 제36조

(이하 위 각 조항을 통틀어 '이 사건 면세조항'이라 한다)에 의하면, '주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록 또는 신고된 학교.학원.강습소.훈련원.교습소 또는 그 밖의 비영리단체나 청소년활동 진흥법에 따른 청소년수련시설에서 학생 등에게 지식.기술 등을 가르치는 교육용역'의 공급에 대하여는 부가가치세가 면제된다. 이와 같이 면세대상 교육용역의 요건으로 '주무관청의 허가나 인가 등'을 요구하고 있는 이유는 주무관청이 해당 학교나 학원 등의 교육기관을 지도.감독하겠다는 것이며, 위 시행령 제36조가 '그 밖의 비영리단체'를 학원.강습소.훈련원.교습소와 병렬적으로 나열하고 있는 점 등을 종합하면, 위 시행령 제36조에서 정한 '그 밖의 비영리단체'는 주무관청의 허가나 인가 등을 받아 설립된 모든 비영리단체를 의미하는 것은 아니며, 원칙적으로 초.중등교육법, 고등교육법, 영유아보육법, 유아교육법, 학원의 설립. 운영 및 과외교습에 관한 법률, 체육시설의 설치.이용에 관한 법률, 평생교육법 등과 같이 학교나 학원 등에 대한 구체적 시설 및 설비의 기준을 정한 법률(이하 '교육시설관련법'이라 한다)에 따른 허가나 인가 등을 받아 설립된 비영리단체를 의미한다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두23255 판결 참조).

나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결).

2) 원고가 이 사건 면세조항의 '그 밖의 비영리단체'에 포함되는지 여부

위 관련 법리를 바탕으로 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 이 사건 면세조항에서 정한 '그 밖의 비영리단체'에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 부과처분은 적법하다.

가) 구 부가가치세법 시행령 제36조의 문리해석상 '그 밖의 비영리단체'는'주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고된'의 꾸밈을 받는 구조이다. 즉, 모든 '비영리단체'가 아니라, 주무관청과 관련한 허가, 인가, 등록, 신고 중 어느 하나를 충족한 비영리단체여야 비로소 면세대상에 해당한다고 봄이 위 규정의 문리해석에 부합하고, 그 연장선에서 주무관청으로부터 지도.감독을 받는 것만으로는 위 규정상의 면세요건을 충족한다고 볼 수 없다. 이와 관련 앞서 본 대법원 2007두23255 판결은 "학교나 학원 등에 대한 구체적 시설 및 설비의 기준을 정한 교육시설관련법에 따른 허가나 인가 등을 받을 것"을 '그 밖의 비영리단체'의 해당 요건으로 명시하였다.

나) 이 사건 면세조항은 그 규정 내용이나 체계만 보더라도 위 대법원 2008두11372 판결에서 판시한 '명백한 특혜규정'에 해당한다. 더욱이 부가가치세는 원칙적으로 모든 재화와 용역에 과세하는 것을 원칙으로 하는 일반소비세이고, 이러한 원칙의 예외로서 사회.문화.공익상의 정책적 목적을 달성하기 위하여 일정한 경우에만 부가가치세를 면제하고 있으므로, 면세대상 여부는 그러한 관점에서도 엄격하고 제한적으로 해석하여야 한다.

따라서 이 사건 면세조항에서 규정하고 있는 '그 밖의 비영리단체'의 의미를 민법제32조의 규정 등에 따라 설립된 모든 비영리단체로 해석함으로써, 그 비영리단체가 교육용역을 제공하고 주무관청으로부터 어떠한 형태의 지휘.감독을 받기만 하면 부가가치세가 면제된다고 보는 것은, 면세대상 교육용역의 범위를 지나치게 확대하는 결과가 된다.

다) 원고가 그 주장의 근거로 제시하고 있는 대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두57472 판결도, 비영리단체의 설립의 근거가 되는 법령에서 '교육'을 그 단체가 수행하는 사업으로 명시적으로 예정하고 있어서 주무관청에서 그 시설 등에 관하여 '법령상 기준'에 의한 지도.감독 권한을 가지고 있어야만 면세대상인 '그 밖의 비영리단체'에 해당한다는 취지1)일 뿐 원고의 주장과 같이 지휘.감독만 받으면 무조건 면세대상이 된다는 취지는 아니다. 그런데 원고는 교육시설관련법에 따른 인.허가를 받은 단체가 아닐 뿐만 아니라, 다른 법령에 따라 수행하는 사업이 '교육'임을 명시하고 있는단체도 아닌 오로지 민법 제32조에 따라 설립된 비영리법인에 불과하므로, 설립근거법령을 기준으로 볼 때 교육관련시설로 볼 아무런 근거가 없어 주무관청이 법령상 기준에 의한 지도.감독 권한을 가지는 것이 아예 불가능한 단체이다(원고는 초ㆍ중등교육법 제60조의3에 따른 대안학교의 설립ㆍ운영에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 만들어진 대통령령인 대안학교의 설립ㆍ운영에 관한 규정 제4조에 따라 대안학교로서 설립인가를 받을 수 있을 것으로 보임에도 이를 받지 않았다).

라) 조세심판원 1999. 6. 28.자 1999전383 결정은 충청북도지사로부터 청소년 수련시설 설치.운영 허가통보를 받아 관할관청의 지도.감독을 받았던 사안이고, 원고가 참고자료 4로 제출한 국세청의 예규 역시 '해당 기관의 주무관청 등에 대한 신고나 등록'을 한 경우를 전제한 것이므로, 이와 같은 주무관청의 허가나 등록이 전혀없는 이 사안과는 그 사실관계가 다르다. 나아가 과세관청이 이 사건 전까지는 미인가대안교육시설에 대하여 과세를 한 적이 없다고 하더라도, 그러한 사정만으로 비과세관 행이 성립하였다고 볼 수도 없다.

마) 설령 원고의 주장과 같이 해석하더라도, 원고가 제출한 증거들을 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합할 때, 주무관청이 원고에 대하여 실질적인 지휘.감독권을 행사하였다고 볼 수도 없다.

(1) 원고가 주무관청으로부터 실질적인 지휘.감독을 받았다는 근거들중 하나로 주장하는 교육부 또는 충청북도 교육청의 재정 지원계획은, 미인가 대안교육기관에 재학하는 학업 중단 중도탈락자에 대한 국가적 배려를 위하여 미인가 대안교육기관에 재정적 '지원'을 하겠다는 것에 불과하고, 더 나아가 관계 행정청이 이러한지원과 무관한 원고의 학교 운영 전반에 대하여 직접적인 제재조치나 관리.감독을 하겠다는 의미로 보기는 어렵다.

(2) 대안교육연대에서 교직원을 선발.채용하여 미인가 대안교육기관에 파견 배치하는 내용의 고용지원사업이 이루어졌다고 하더라도, 고용지원을 받을지 여부는 어디까지나 미인가 대안교육기관의 재량적 선택에 달려있을 뿐이어서, 이를 실질적인 지휘.감독의 징표로 삼기에는 부족하다.

이와 마찬가지로 교육부에서 미인가 대안교육시설에 대하여 운영 현황을 조사하였다고 하더라도, 위 조사에 응답할지 여부는 해당 시설의 재량에 달려 있을 뿐 아니라(실제로 미인가 대안교육시설은 전국적으로 230여 개로 파악됨에도 조사에는 170개 시설이 응하는 등 일부 시설은 조사에 응하지 아니하였다3)), 위 조사에 불응하였다고 하여 해당 시설에 대하여 법령상의 제재조치를 취할 수 있는 방법은 없으므로, 이 또한 실질적 지휘.감독의 증거로 삼기에는 부족하다.

(3) 교육부에서 학교 명칭의 변경 등을 요구한 것도 지휘.감독권의 행사라기보다는 초.중등교육법 등의 관련 법령을 위반한 위법행위의 시정에 불과하다. 나아가 교육부 등에서 현장체험학습 안전지침 또는 메르스 대응 매뉴얼을 원고에게 통지하였다고 하더라도, 이는 위 지침 또는 매뉴얼을 준수할 것을 권고하는 것에 불과할뿐 이를 준수하지 않았을 경우의 별다른 제재조치가 없는 이상, 이 또한 실질적 지휘.감독의 증거가 될 수는 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.

■ 민법

제32조(비영리법인의 설립과 허가)

학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

■ 초ㆍ중등교육법

제60조의3(대안학교)

① 학업을 중단하거나 개인적 특성에 맞는 교육을 받으려는 학생을 대상으로 현장 실습 등 체험 위주의 교육, 인성 위주의 교육 또는 개인의 소질ㆍ적성 개발 위주의 교육 등 다양한교육을 하는 학교로서 각종 학교에 해당하는 학교(이하 대안학교 라 한다)에 대하여는 제21조제1항, 제23조제2항ㆍ제3항, 제24조부터 제26조까지, 제29조 및 제30조의4부터 제30조의7까지를 적용하지 아니한다.

② 대안학교는 초등학교ㆍ중학교ㆍ고등학교의 과정을 통합하여 운영할 수 있다.

③ 대안학교의 설립기준, 교육과정, 수업연한, 학력인정, 그 밖에 설립ㆍ운영에 필요한 사항은대통령령으로 정한다.

■ 대안학교의 설립ㆍ운영에 관한 규정

제1조(목적)

이 영은 「초ㆍ중등교육법」 제60조의3에 따른 대안학교의 설립ㆍ운영에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제4조(설립인가)

① 법 제4조제2항에 따라 사립 대안학교의 설립인가를 받으려는 자는 「초・중등교육법 시행령」 제3조에도 불구하고 다음 각 호의 사항이 기재된 서류를 갖추어 교육감에게 신청하여하 한다. 이 경우 교육감은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 교지의 지적도 및 법인 등기사항증명서(설립자가 법인인 경우로 한정한다)를 확인하여야 한다.

1. 목적

2. 명칭

3. 위치

4. 학칙

5. 삭제 <2017.1.10>

6. 경비와 유지방법

7. 설비

8. 삭제 <2008.12.31>

9. 교사(체육장을 포함한다)의 배치도・평면도

10. 개교연월일

11. 병설학교 등을 둘 때에는 그 계획서

12. 설립자가 법인인 경우에는 출연금 등에 관한 서류

13. 설립자가 사인인 경우에는 경비의 지급 및 변제능력에 관한 서류

14. 교육과정 운영계획서

15. 교직원 배치계획서

② 교육감은 법 제4조제2항에 따라 대안학교를 설립인가하는 경우 해당 학교의 교육과정 운영계획을 고려하여 그 대안학교를 졸업한 사람에게 인정할 수 있는 학력을 설립인가서에 표시하여야 한다.

③ 법 제4조제2항에 따라 사립 대안학교의 설립인가를 받으려는 자가 필요한 시설・설비를 갖추기 전에 대안학교 설립계획서를 교육감에게 제출하는 경우에는 교육감은 설립인가의 가능성 등 대안학교 설립을 위한 협의에 성실히 응하여야 한다.

④ 제3항에 따른 대안학교 설립계획서에 포함하여야 할 사항 등 협의에 필요한 사항은 교육감이 정하여 고시한다.

■ 부가가치세법

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

6. 교육 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

■ 구 부가가치세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26600호로 개정되기 전의 것)

제36조(면세하는 교육 용역의 범위)

① 법 제26조제1항제6호에 따른 교육 용역은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설 등에서 학생, 수강생, 훈련생, 교습생 또는 청강생에게 지식, 기술 등을 가르치는 것으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고된 학교, 학원, 강습소, 훈련원, 교습소 또는 그 밖의 비영리단체

2. 「청소년활동진흥법」 제10조제1호에 따른 청소년수련시설

3. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제25조에 따른 산학협력단

4. 「사회적기업 육성법」 제7조에 따라 인증받은 사회적기업

■ 평생교육법

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. 평생교육 이란 학교의 정규교육과정을 제외한 학력보완교육, 성인 문자해득교육, 직업능력 향상교육, 인문교양교육, 문화예술교육, 시민참여교육 등을 포함하는 모든 형태의 조직적인 교육활동을 말한다.

2. 평생교육기관 이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설ㆍ법인 또는 단체를 말한다.

가. 이 법에 따라 인가ㆍ등록ㆍ신고된 시설ㆍ법인 또는 단체

나. 「학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률」에 따른 학원 중 학교교과교습학원을 제외한 평생직업교육을 실시하는 학원

다. 그 밖에 다른 법령에 따라 평생교육을 주된 목적으로 하는 시설 ㆍ법인 또는 단체

3. 문자해득교육 (이하 문해교육 이라 한다)이란 일상생활을 영위하는데 필요한 문자해득(문자해득)능력을 포함한 사회적ㆍ문화적으로 요청되는 기초생활능력 등을 갖출 수 있도록 하는 조직화된 교육프로그램을 말한다.