2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 전기공사업 등을 영위하는 회사로, 1986. 1. 16. 주식회사 ∇∇전력이라는 상호로 설립되어 1999. 4. 6.부터 소외 ∂∂∂가 대표이사로 운영하다가, 2002. 3. 6.원고의 대표이사인 △△△ 등이 인수하여 상호를 지금과 같이 변경하고 그 소재지를 ▲▲ ▲구 ▲▲동 652-1로 옮겨 현재에 이르고 있다.

나. 원고는 2002년 제2기 과세기간 동안 §§시 §§면 §§리 산 66에 있는 주식회사 ☆☆☆☆☆☆(사업자등록번호 ○○○-81-○○095) 발행의 전기판넬 등 전기관련제품의 공급가액 합계 금 180,000,000원의 매입세금계산서(이하 '이 사건 각 세금계산서'라고 한다) 6매를 수취하여, 2000년 제2기분 부가가치세를 신고하면서 위 각 세금계산서의 부가가치세액을 매입세액으로 하여 매출세액에서 공제받았고, 또 2000 사업연도 법인세 과세표준을 확정신고하면서 위 각 세금계산서의 공급가액을 손금에 산입하였다.

다. 2005. 12. §§세무서장이 위 주식회사 ☆☆☆☆☆☆를 자료상으로 고발하고 피고에게 그 과세자료를 통보하자, 피고는 이 사건 각 세금계산서를 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 가공세금계산서의 매입세액 공제를 부인하고, 그 공급가액을 손금불산입하여 과세표준을 경정한 후, 원고에게 2006. 8. 1. 2000 사업연도 법인세 금 109,248,700원을, 같은 달 17. 2000년 제2기분 부가가치세 금 41,517,000원을 각 추가로 부과하는 한편, 위 공급가액 및 그에 대한 부가세액 금 198,000,000원을 2000년 원고의 대표이사였던 ∂∂∂에게 대한 상여로 소득처분하고, 2006. 8. 16. 원고에게 소득금액변동통지(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)를 하였다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1 내지 6, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 주식회사 ☆☆☆☆☆☆ 명의의 이 사건 각 세금계산서를 수취한 것은 사실이나, 이는 원고가 ※※전기 및 ★★전자로부터 전기관련제품을 매입하고 수취한 것이거나 또는 원고가 참여한 ●●지하철 공사의 노무비를 비용으로 처리하기 위하여 수취한 것으로 그 금액에 상응한 실물거래가 있으므로, 위 각 세금계산서 상당의 금액은 매입세액으로 공제 및 손금 산입되어야 하고, 따라서 법인소득금액에 변동이 없으므로 이를 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 국세부과의 제척기간 5년이 이미 경과하였으므로 피고의 원고에 대한 2000년도 제2기분 부가가치세 및 2000 사업연도의 법인세의 각 부과처분은 위법하고, 또한 피고가 ∂∂∂에게 소득세를 부과할 수도 없으므로(원고는 이에 대하여 명시적인 주장을 하고 있지 않으나, 제척기관도과를 주장하는 이상 ∂∂∂에 대한 소득세 부과의 제척기간도과를 포함하여 주장하는 것으로 선해한다)이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청인 피고가 그 입증책임을 부담하나, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청인 피고에 의해 원고 측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 원고가 그 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 이상, 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 그 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조). 그런데, 원고는 부가가치세 및 법인세 신고 시 주식회사 ☆☆☆☆☆☆로부터 수취한 세금계산서를 전기관련제품 매입금액의 증빙으로 제출하였다가 위 회사가 자료상으로 판명되자, 실물거래가 없었음에도 위 회사가 공급자로 되어 있는 사실과 다른 세금계산서를 수취한 사실은 인정하면서도 ※※전기 및 ★★전자로부터 전기관련제품을 매입하고 수취한 것이거나 또는 원고가 참여한 ●●지하철 공사의 노무비라고 주장만할 뿐 이를 객관적으로 인정할 만한 금융자료 등 아무런 증거도 제출하고 있지 아니하므로, 결국 이 사건 각 세금계산서는 실물거래 없는 가공의 세금계산서라고 볼 수밖에 없어, 위 각 세금계산서의 금액에 상당한 실물거래가 있음을 전제로 한 원고의 주장은 모두 이유 없다.

(2) 한편, 원고가 자료상으로부터 수취한 가공세금계산서를 부가가치세 및 법인세 신고 시에 매입세액 및 손금으로 산입한 것은 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호의 '사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급받는 경우'에 해당하므로(대법원 2006. 4. 13. 선고 2004도769 판결 등 참조) 그 제척기간은 10년이고, 피고가 그 각 신고기한 다음날인 2001. 1. 26.과 2001. 4. 1.부터 10년이 경과하지 아니하여 원고에게 부가가치세 및 법인세를 부과하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 이에 대하여 제척기간 도과의 위법을 찾을 수 없고, 이 사건 처분의 통지서를 받은 날 ∂∂∂에게 소득금액을 지급한 것으로 의제되므로, 위 통지서를 받은 날 이후 비로소 피고가 ∂∂∂에게 그 부분 소득세를 부과할 수 있는 것이어서, 이 사건 처분 이전에는 제척기간을 기산할 수 없는바, 그렇다면 이 사건 처분에 제척기간과 관련한 위법이 있다는 원고의 주장은 이유 없다.

(4) 따라서, 이 사건 각 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

나. 관계 법령

부가가치세세법

○ 제17조 납부세액

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 제21조 결정 및 경정

① 사업장 관할세무서장 · 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 재출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것)

○ 제60조 과세표준 등의 신고

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월이 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 제66조 결정 및 경정

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다름 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 제67조 소득처분

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 · 배당 · 기타 사외유출 · 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)

○ 제26조의2 국세부과의 제척기간

① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 · 공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

④ 제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것)

○ 제12조의3 국세부과제척기간의 기산일

① 법 제26조의2 제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준 신고기한"이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납 · 예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다.

소득세법

○ 제135조 근로소득 지급시기의 의제

④ 「법인세법」에 의하여 처분되는 상여는 대통령령이 정하는 날에 지급하는 것으로 본다.

소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것)

○ 제192조 소득처분에 의한 배당 · 상여 및 기타소득의 지급시기 의제

① 법인세법에 의하여 세무서장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당 · 상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정일 또는 경정일 부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

소득세법 시행령

○ 제192조 소득처분에 의한 배당 · 상여 및 기타소득의 지급시기 의제

② 제1항의 경우에 당해 배당 · 상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다. 끝.