가. 청구법인은 2005.2.1. 설립된 이래 토지를 매입하여 개발한 후 판매하는 사업인 부동산매매업을 영위하는 법인으로, 2007사업연도 법인세 신고시 ‘토지 등 양도소득’을 계산함에 있어 부동산 양도가액에서 토지 양도시 지급한 판매수수료 592,931,843원(이하 “쟁점판매수수료”라 한다)를 공제되는 부동산 취득가액에 포함하여 법인세 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 법인세조사(2009.4.15.～2009.7.6.)를 실시하여 ‘토지 등의 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다’는 「법인세법」 제55조의2의 규정을 적용하여 쟁점판매수수료를 부동산 취득가액에서 제외하여 2009.9.3. 청구법인에게 토지 등 양도소득에 대한 2007사업연도 법인세 223,363,350원을 경정·고지하였다

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 부동산매매업을 주업으로 하고 있어 청구법인이 양도한 토지는 실제 사업을 위하여 취득한 청구법인의 상품인 재고자산이므로 재고자산인 토지를 판매하는 것은 사업용 토지를 양도한 것임에도 이를 비사업용 토지의 양도로 분류하여 기존의 법인세 외에 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 부과한 처분은 잘못된 것이므로 취소하여야 한다.

(2) 양도소득이라 함은 당해 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득이므로 양도소득을 계산함에 있어서 양도가액에서 양도비용인 쟁점판매수수료를 공제하는 것은 당연한 것이고, 「소득세법」 제95조 제1항 및 제97조 제1항 제4호에서 양도소득을 계산함에 있어서 양도가액에서 그 양도비용을 필요경비로 공제하도록 규정하고 있고 같은 법 시행령 제163조 제5항 제1호에서는 당해 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용을 양도비용에 포함시키고 있는데 이는 사업용 자산이든 비사업용 자산이든 구분하지 않고 있다는 점에서 「법인세법」상 토지 등 양도소득을 계산함에 있어서 「소득세법」의 제규정과 다르게 양도소득을 계산하여 양도비용을 공제하지 아니할 이유가 없고, 「구 법인세법」 제99조에서 규정된 바와 같이 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용은 공제하여야 하며, 또한 장부가액에서 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용을 제외한다면 토지 등 양도소득이 과다하게 되어 토지 등을 양도함에 따른 양도소득 또는 각사업연도소득보다 오히려 법인세가 더 많이 부과되는 결과를 낳게 되는 바, 청구법인의 경우 이에 해당하므로 이는 헌법에서 보장된 실질과세원칙, 응능과세의 원칙에 반할 뿐만 아니라 재산권을 중대하게 침해하게 되므로 쟁점판매수수료를 부인한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「법인세법」 제55조의2의 규정은 법인의 각사업연도 소득금액에 따라 납부하는 법인세 이외에 일정요건에 해당되는 비사업용 토지의 양도에 따른 매매차익에 대하여 추가로 법인세를 납부하도록 하고 있는바, 청구법인의 경우와 같이 부동산매매업을 주업으로 한다 하여 상품인 토지에 대하여 비사업용 토지 요건을 달리 적용하는 것은 아니므로 이 건과 같이 비사업용 토지 요건에 해당되는 경우 비사업용토지로 보아 양도소득에 대한 추가 법인세를 납부하는 것이 타당하므로 청구주장은 이유없다.

(2) 「법인세법」제55조의2 제6항에서 추가로 납부하는 법인세를 산출하는 양도소득금액은 ‘양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다’라고 규정하고 있는바, 쟁점판매수수료 등은 법인의 결산서상 당기순이익 계산시 차감되어 각사업연도 소득금액에 대한 법인세 산출시 기 반영된 것으로, 부동산 투기수요를 억제하기 위한 방편으로 제정한 ‘토지 등 양도소득’ 과세특례규정에는 양도비용을 차감할 수 없도록 되어 있고 조세평등주의 및 실질과세원칙에도 위배된다고 볼 수 없으므로 양도가액에서 공제되는 취득가액에서 쟁점판매수수료를 차감한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 부동산매매업자의 상품(재고자산)인 토지의 양도가 ‘토지 등 양도소득’ 과세특례규정에 의한 법인세 과세대상인지 여부

(2) 토지판매와 관련하여 직접 지출한 비용인 쟁점판매수수료를 양도가액에서 공제할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제14조【각사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(2) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. (생 략)

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

3. ～ 18. (생 략)

(3) 법인세법 제55조의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액

2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005.12.31. 신설)

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005.12.31. 신설)

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지" 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다.

나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.

가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것

나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것

3.～6.(생 략)

7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지

⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2005.12.1. 항번개정)

⑦ 제1항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주업의 판정기준, 당해 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 법률 제7838호(2005.12.31.) 법인세법 개정 법률 부칙

제1조 (시행일) 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법 개정법률 부칙 제8조제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

(5) 구 법인세법 제99조(2001.12.31. 법률 제6558호로 폐지된 것) 【과세표준】① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)

2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 4. (생략)

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다.(단서 생략)

1. 취득가액.(단서 생략)

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

(6) 소득세법 제95조 【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

제97조 【양도소득의 필요경비계산】 ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

(7) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 "양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것" 이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 「증권거래세법」에 의하여 납부한 증권거래세

다. 사실관계 및 판단

(1) 경정결의서, 법인세조사 종결복명서 등 심리자료에 의하면, 청구법인은 토지를 매입하여 개발한 후 판매하는 부동산매매업을 영위하는 법인으로, 청구법인이 판매한 토지는 비사업용 토지로 「법인세법」 제55조의2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 과세특례대상이라 하여 2007사업연도의 토지 등 양도소득에 대한 법인세 신고시 ‘토지 등 양도소득’을 계산함에 있어 토지 양도가액에서 토지 판매시 지급한 쟁점판매수수료를 공제되는 부동산 취득가액에 포함하여 신고하였고, 처분청은 아래 <표1>과 같이 「법인세법」 제55조의2 제6항의 규정에 의거 청구법인이 토지 등 양도소득 계산시 양도가액에서 공제되는 취득가액에 산입한 쟁점판매수수료를 취득가액에서 제외하여 이 건 법인세를 과세한 사실이 나타나고, 청구법인이 판매한 토지는 청구법인이 상품(재고자산)으로 보유하다가 판매한 토지이고 처분청이 부인한 쟁점판매수수료는 청구법인이 개발된 토지 판매와 관련하여 직접 지출한 비용임에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

OOO

(2) 먼저, 청구법인이 부동산매매업자로서 상품(재고자산)으로 보유하다가 판매한 토지가 「법인세법」제55조의2의 규정에 의한 토지 등 양도소득 과세특례 대상에 해당되는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 부동산매매업을 주업으로 하고 있어 청구법인이 판매한 토지는 실제 사업을 위하여 취득한 청구법인의 상품인 재고자산이므로 재고자산인 토지를 판매한 것은 사업용 토지를 양도한 것임에도 이를 비사업용 토지의 양도로 보아 기존의 법인세 외에 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 부과하는 것을 부당하다고 주장하고 있다.

(나) 2001.12.31. 특별부가세 관련규정인 「구 법인세법」제99조를 폐지하면서 「법인세법」 제55조의2의 규정을 신설하였고, 동 규정은 ‘토지 등 양도소득에 대한 중과제도’를 신설한 것으로서 특별부가세 관련규정인 「구 법인세법」제99조는 폐지하되 투기재발 등 부동산시장 변화에 탄력적으로 대처할 수 있도록 부동산 양도소득세 대해 추가 과세할 수 있는 근거를 마련한 것이었고, 2005.12.31. 「법인세법」제55조의2 제1항 제3호에 과세대상으로 비사업용 토지를 추가한 이유는 법인의 비사업용 토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하기 위해 추가한 것이다.

따라서, 「법인세법」제55조의2 ‘토지 등 양도소득에 대한 과세특례’ 규정은 법인의 각 사업연도 소득금액에 따라 납부하는 법인세 이외에 일정요건에 해당되는 비사업용 토지의 양도에 따른 매매차익에 대하여 추가로 법인세를 납부하도록 하고 있는바, 청구법인의 경우와 같이 부동산매매업을 주업으로 한다 하여 상품인 토지에 대하여 비사업용토지 요건을 달리 적용하는 것은 아니므로 이 건의 경우와 같이 비사업용 토지 요건에 해당되는 경우 비사업용 토지로 보아 양도소득에 대한 추가 법인세를 납부하는 것은 타당하다고 판단된다.

(3) 다음, 토지 판매와 관련하여 직접 지출한 비용인 쟁점판매수수료를 양도가액에서 공제할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 양도소득을 계산함에 있어서 양도가액에서 양도비용인 쟁점판매수수료를 공제하는 것은 당연하고, 「소득세법」 제95조 제1항 및 제97조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제163조 제5항 제1호에서도 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용은 양도비용에 포함시키고 있으므로 사업용 자산이든 비사업용 자산이든 구분없이 적용되어야 하며, 「법인세법」상 토지 등 양도소득을 계산함에 있어서 「소득세법」상의 규정과 다르게 양도비용을 공제하지 아니할 이유가 없고, 「구 법인세법」 제99조에서 규정된 바와 같이 쟁점판매수수료는 공제하여야 하며, 또한 장부가액에서 쟁점판매수수료를 제외한다면 토지 등 양도소득이 과다하게 되어 각사업연도소득보다 오히려 법인세가 더 많이 부과되는 결과를 낳게 되는 바, 이는 헌법에서 보장된 실질과세원칙, 응능과세의 원칙에 반할 뿐만 아니라 재산권을 중대하게 침해하게 되므로 쟁점판매수수료를 부인하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

(나) 「법인세법」제55조의2의 규정에 따라 추가로 납부하는 법인세를 산출하는 양도소득금액은 같은 법 제6항에서 ‘양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다’고 규정하고 있는 바, 동 규정상 장부가액이라 함은 취득가액에서 감가상각충당금을 차감한 것이므로 양도자산이 토지인 이 건의 경우 취득가액이 장부가액이고, 판매수수료 등은 법인의 결산서상 당기순이익 계산시 차감되어 각사업연도소득 법인세 산출시 반영되는 것이며, 「법인세법」제55조의2의 규정에 과세대상으로 비사업용 토지를 추가한 이유가 법인의 비사업용 토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하기 위한 것인 점, 조세심판청구의 대상은 구체적인 처분이 세법에 위반되는지 여부일 뿐 법률이 헌법에 위반되는지 여부는 해당되지 아니하는 점OOO 등에서 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.