2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 소외 삼성세무서장의 2006. 7. 1.자 처분

(가) 소외 대상 주식회사(이하 'XX'이라 한다)의 대표이사였던 임BB은 1998. 7.경 부터 1999. 4.경까지 소외 OO산업 주식회사(이하 'OO산업'이라고 한다)와 폐기물처리위탁계약을 체결한 후 허위 ・ 과다계상된 처리대금을 지급하였다가 돌려받는 방법으로 XX의 회사자금 합계 000원을 횡령하였다.

(나) 원고는 임BB으로부터 OO산업 발행주식 전부를 매수하여 2002. 4. 3. OO산업을 흡수합병한 후 2002. 7. 8. 임BB으로부터 위 000원을 반환받았다가, 2003. 4. 29. XX과 사이에 폐기물처리위탁계약과 관련한 OO산업의 부당이득금액을 위 반환받은 돈을 포함한 000원으로 합의하고 이를 XX에 지급하였다.

(다) 소외 삼성세무서장(당시 원고의 사업장은 서울 강남구 XX동에 있었다가 2006. 9. 1. 현재의 사업장으로 이전하였다)은 원고가 임BB으로부터 주식을 저가양수한 것으로 보고 ① 법인세법상 부당행위계산부인 규정 등을 적용하여 주식평가액과 양수가액과의 차액 및 ② 원고가 임BB으로부터 반환받은 000원을 각 익금에 산입하여, 2006. 7. 1. 원고에게 2002사업연도 법인세 000원(신고불성실가산세 000원, 납부불성실가산세 000원, 합계 000원 포함)을 경정 ・ 부과하였고(한편 원고가 XX에게 지급한 000원은 손금에 산입하여 2003사업연도 법인세를 감액하였다), 이후 조세심판결정 등에 따라 위 ① 부분을 제외한 ② 부분만을 익금에 산업하여 위 2002사업연도 법인세를 000원(신고불성실가산세 000원, 납부불성실가산세 000원, 합계 000원 포함)으로 감액 경정하였다.

나. 가산세 부분에 대한 취소 확정판결

원고는 서울행정법원 2008구합35156 법인세부과처분취소 사건으로 삼성세무서장의 2006. 7. 1.자 처분을 다투는 소를 제기하였다가 그 중 가산세 부분만을 다투는 것으로 청구취지를 변경하였는바, 이에 관하여 위 법원은 '삼성세무서장이 익금산입한 000 원(전항 ②부분)은 법인세법 제15조, 같은 법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제11조 제10호 소정의 수익이 아니므로 이를 익금에 산입한 것은 위법하다'는 이유로 '가산세 부과처분을 취소한다'는 판결을 하였고, 이에 대하여 삼성세무서장이 항소(서울고등법원 2009누14875 사건) 및 상고(대법원 2010두1897 사건)하였으나 모두 기각되어, 2010. 5. 4. 판결이 확정되었다(이하 '이 사건 확정 판결'이라고 한다).

다. 피고의 가산세 부분 취소 및 법인세 본세 부분 경정 거부

(가) 피고가 이 사건 확정판결에 따라 삼성세무서장의 2006. 7. 1.자 처분 중 가산세 부분을 취소 ・ 경정하자, 원고는 2010. 6. 21. 피고에게 법인세 본세 부분(이하 '이 사건 법인세'라고 한다) 역시 위 000원을 익금불산입하여 경정할 것을 청구하였고, 피고는 2010. 9. 1. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

(나) 이에 대하여 원고는 2010. 9. 9. 중부지방국세청에 이의신청하였으나 2010. 10.

15. 이의신청이 기각되었고, 2010. 10. 26. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2011. 5. 24. 심판청구가 각하되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(각 가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

원고는 이 사건 확정판결이 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 판결로서 후발적 경정사유에 해당하므로, 납세지 관할 세무서장인 피고가 법인세법 제66조 제4항에 따라 위 판결의 취지대로 이 사건 법인세액을 경정할 의무가 있다고 주장하는 반면, 피고는 원고가 소로써 가산세만 다투었으므로 이 사건 확정판결의 효력범위는 가산세에 한정되고, 원고가 다투지 아니한 이 사건 법인세에 관하여는 이미 불가쟁력이 발생하였다고 다툰다.

나. 관계 법령

■ 국세기본법

제45조의2 (경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. (각호 생략)

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고 ㆍ 결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

■ 법인세법

제66조 (결정 및 경정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

다. 판단

국세기본법 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말마암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는데, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 '거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때'란 최초 신고 ㆍ 결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조).

이 사건의 쟁점은 이 사건 확정판결이 이 사건 법인세에 대하여 후발적 경정사유를 규정한 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 '그에 관한 소송에 대한 판결'에 해당하는지 여부인바, 앞서 본 사실에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면 이 사건 확정판결은 여기에 해당하지 아니한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고는 당초 소로써 이 사건 법인세를 다투다가 가산세 부분만을 다투는 것으로 청구취지를 변경하면서 이 사건 법인세에 관한 청구를 취하하였는바 이로써 이 사건 법인세에 관하여는 처음부터 소송이 제기되지 아니하였던 것과 같은 상태로 돌아간다.

② 원고가 위 사건에서 청구취지를 변경한 것은 삼성세무서장이 원고가 임BB으로 부터 받은 000원을 익금산입하여 이 사건 법인세를 증액한 대신 원고가 XX에게 지급한 000 원(여기에는 위 000원이 포함되어 있다)을 손금산입하고 2003 사업연도 법인세를 감액하여 사실상 원고에게 이 사건 법인세를 다툴 실익이 없었기 때문이었던 것으로 보인다.

③ 달리 그 무렵 원고가 위 사건에서 이 사건 법인세를 다툴 수 없었던 사정을 찾을수 없다.

④ 이를 종합하여 보면, 위 사건에서 그 분쟁의 범위는 원고의 의사에 따라 가산세 부분에 한정되었던 것으로 봄이 상당하므로, 위 사건은 이 사건 법인세에 대한 소송이라고 할 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.