2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 10분의 9는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 분할 전 화성시 북양동 (지번 1 생략) 목장용지 51,395㎡(원래 지번은 산 189-3였으나, 2004. 11. 19. 등록전환되었다)에 관하여 1986. 3. 14. 같은 달 10.자 매매를 원인으로 소외 1 주식회사 앞으로 소유권이전등기가 경료되었다. 그 후 위 분할 전 토지는 2004. 12. 29. 같은 동 (지번 2 생략) 목장용지 6,693㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다) 외 21필지로 분할되었다.

나. 소외 2는 2003. 4. 30. 피고로부터 위 분할 전 토지 중 이 사건 토지에 해당하는 6,693㎡ 지상에 전자부품제조업종의 공장 건축면적 2,300㎡를 설치하는 등의 내용으로 공장설립승인을 받았는데, 이와 관련하여 당시 초지법 시행령 제16조 제1항 제4호 소정의 초지전용 협의가 있었다. 소외 2는 2004. 7. 9. 피고로부터 공장건물 2,300㎡에 대한 건축허가를 받았다. 그 후 위 공장설립승인 및 건축허가의 명의가 2005. 3.경 및 같은 해 7. 20. 소외 3 앞으로 변경되었다가, 2005. 7. 12. 및 같은 달 21. 다시 원고 앞으로 변경되었고, 업종이 금속절삭가공기계 제조업으로, 건축면적이 5,302.82㎡로 각 변경되었다.

다. 한편, 원고는 2005. 5. 9. 소외 1 주식회사와 사이에 이 사건 토지에 관하여 대금을 1,754,800,000원으로 정하여 매매계약을 체결하였고, 같은 해 8. 22. 대금을 완급한 후, 같은 해 9. 14. 원고 앞으로 소유권이전등기를 경료하였으며, 그 무렵 위 대금을 과세표준액으로 하여 취득세 및 등록세를 신고·납부하였다. 그 후 원고는 이 사건 토지에 공장 신축공사를 마친 후, 2005. 12. 9. 사용승인을 받았다.

라. 피고는 2007. 2. 26. 원고에게 위 공장시설부지 조성사업과 관련하여 개별공시지가를 기준으로 산정된 개시시점지가를 적용하여 아래와 같이 계산한 개발부담금 117,223,090원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

a. 종료시점지가 : 1,396,902,149원

b. 개시시점지가 : 94,193,775원

c. 개발비용 : 811,541,217원

d. 정상지가상승액 : 22,274,787원

e. 개발이익 : 468,892,370원 [a－(b＋c＋d)]

f. 개발부담금 : 117,223,090원 (e × 0.25, 십 원 미만은 버림)

[인정근거] 갑 제1호증의 1 내지 5, 갑 제2호증의 1 내지 7, 갑 제4호증의 2, 4, 5, 갑 제5호증의 1 내지 3, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7호증의 1 내지 3, 갑 제8호증의 1 내지 7, 을 제6호증의 각 기재, 변론의 전취지

2. 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

⑴ 원고는 공장용지 조성이 사실상 완료된 후 이 사건 토지를 매수하여 그 개발이익이 원고에게 귀속되지 아니하였음에도, 피고는 원고에게 개발부담금을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

⑵ 원고는 2004. 1. 1. 이후에 이 사건 개발사업에 대한 인가를 받았으므로 2001. 12. 31. 법률 제6589호로 제정된 부담금관리기본법 부칙 제3조에 따라 개발부담금이 면제되어야 한다.

⑶ 실제 매입가격의 적용범위를 부과개시시점 이전에 매입한 경우로만 한정하고 있는 개발이익환수에 관한 법률 시행령 제9조 제5항 제1호 는 헌법상 평등의 원칙 내지 재산권 보장의 원칙에 반한다.

⑷ 소외 1 주식회사가 이 사건 토지의 매도와 관련하여 납부한 법인세 부분은 개발비용으로 공제되어야 한다.

나. 관계법령

■ 개발이익환수에 관한 법률

제6조 (납부의무자)

① 제5조 제1항 각호 의 사업시행자는 이 법이 정하는 바에 따라 개발부담금을 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각호의 1의 경우에는 그에 해당하는 자가 개발부담금을 납부할 의무를 진다.

1. 개발사업을 위탁 또는 도급한 경우에는 그 위탁이나 도급을 한 자

2. 타인소유의 토지를 임차하여 개발사업을 시행한 경우에는 토지소유자

3. 개발사업을 완료하기 전에 사업시행자의 지위나 제1호 또는 제2호 에 해당하는 자의 지위를 승계하는 경우에는 그 지위를 승계한 자

제9조 (기준시점)

① 부과개시시점은 사업시행자가 국가 또는 지방자치단체로부터 개발사업의 인가 등을 받은 날로 한다. 다만, 다음 각호의 경우에는 그에 해당하는 날을 부과개시시점으로 한다. 〈이하 생략〉

제10조 (지가의 산정)

③ 제8조 제1호 의 규정에 의한 개시시점지가는 부과개시시점이 속한 연도의 부과대상토지의 개별공시지가(부과개시시점으로부터 가장 최근에 공시된 지가를 말한다)에 그 공시지가의 기준일부터 부과개시시점까지의 정상지가상승분을 합한 가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 실제의 매입가액 또는 취득가액에 그 매입일 또는 취득일부터 부과개시시점까지의 정상지가상승분을 가감한 가액을 개시시점지가로 할 수 있다.

1. 국가·지방자치단체 또는 건설교통부령이 정하는 기관으로부터 매입한 경우

2. 경매·입찰에 의하여 매입한 경우

3. 지방자치단체 또는 제7조 제2항 제2호 의 규정에 의한 공공기관이 매입한 경우

4. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의한 협의 또는 수용에 의하여 취득한 경우

5. 실제의 매입가액이 정상적인 거래가격이라고 객관적으로 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

제12조 (양도소득세액 등의 개발비용 인정)

① 부과개시시점 후 개발부담금의 부과 전에 토지 또는 사업의 양도 등으로 인하여 발생한 소득에 대하여 양도소득세가 부과된 경우에는 제11조 의 규정에 불구하고 당해 세액 중 부과개시시점부터 양도 등의 시점까지에 상당하는 세액을 동조의 규정에 의한 개발비용에 계상할 수 있다.

② 제1항 의 규정에 의하여 개발비용으로 계상되는 세액의 범위 등은 대통령령으로 정한다.

■ 개발이익환수에 관한 법률 시행령

제9조 (지가의 산정)

⑤ 법 제10조 제3항 제5호 에서 ‘대통령령이 정하는 경우’라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부과개시시점 이전에 매입한 경우(부과개시시점 이전에 매매계약을 체결하여 부과개시시점 이후에 그 계약에서 약정한 금액대로 매매대금의 지급이 이루어진 경우로서 건설교통부령이 정하는 증명서류를 제출한 때를 포함한다)로서 그 매입가격이 취득세 또는 등록세의 과세표준이 된 경우

2. 사업시행자가 지방세법 제286조 내지 제288조 에 따른 법인인 경우로서 그 매입가격이 법인장부에 기재된 매입가격인 경우

제11조 (양도소득세액 등의 개발비용인정)

법 제12조 의 규정에 의하여 개발비용으로 계상되는 양도소득세의 세액 범위는 부과종료시점이전에 토지가 양도된 때에는 당해 세액 중 부과개시시점부터 양도시까지, 부과종료시점 이후에 토지가 양도된 때에는 부과개시시점부터 부과종료시점까지에 상당하는 세액으로 한다. 이 경우 개발비용으로 계상되는 세액의 산정은 양도소득세를 일 단위로 안분하여 산정한다.

■ 부담금관리기본법

부칙 〈2001. 12. 31. 법률 제6589호〉

제2조 (개발부담금에 관한 특례)

국가는 개발이익환수에 관한 법률 제3조 의 규정에 불구하고 동법 제5조 의 규정에 의한 개발부담금부과대상사업이 시행되는 서울특별시·인천광역시·경기도 지역 외의 지역에서 발생하는 개발이익에 대하여는 2002년 1월 1일 이후에, 서울특별시·인천광역시·경기도 지역에서 발생하는 개발이익에 대하여는 2004년 1월 1일 이후에 각각 인가 등을 받은 사업부터 따로 법률이 정하는 시기까지 개발부담금을 징수하지 아니한다.

다. 판 단

⑴ 개발이익환수에 관한 법률(이하 ‘법’이라 한다) 제6조 제1항 제3호 는 사업시행자에게 개발부담금 납부의무를 지우면서 개발사업을 완료하기 전에 사업시행자의 지위 등을 승계하는 경우에는 그 지위를 승계한 자가 개발부담금을 납부하도록 규정하고 있는데, 이러한 규정은 개발사업이 승계된 경우 그 승계시까지 발생한 개발이익과 승계 후에 발생한 개발이익을 가려내어 각 개발부담금을 산정·부과하는 것이 쉽지 아니하고, 개발사업의 승계당사자들은 위 규정을 전제로 하여 승계에 대한 대가 등을 정산하는 약정을 체결할 것이라는 점 등을 고려한 것이다( 대법원 2006. 10. 26. 선고 2006두9870 판결 참조).

앞서 인정한 바와 같이 원고는 이 사건 토지에서의 공장설립승인 및 건축허가의 명의를 승계함으로써 사업시행자로서의 지위를 승계하였을 뿐만 아니라, 을 제10호증의 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 소외 1 주식회사와 사이에 이 사건 토지에 관하여 매매계약을 체결하면서 준공 후 개발부담금은 원고가 부담하기로 약정한 사실이 인정되므로, 설령 원고가 그 주장과 같이 이 사건 토지를 매수할 당시 사실상 공장용지 조성이 완료되었다고 하더라도, 이로써 원고가 개발부담금의 부담을 면할 수는 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

⑵ 부담금관리기본법이 2001. 12. 31. 법률 제6589호로 제정되면서 그 부칙 제2조에서 ‘국가는 개발이익환수에 관한 법률 제3조 의 규정에 불구하고 제5조 의 규정에 의한 개발부담금 부과대상사업이 시행되는 서울특별시·인천광역시·경기도 지역에서 발생하는 개발이익에 대하여는 2004. 1. 1. 이후에 각각 인가 등을 받은 사업부터 따로 법률이 정하는 시기까지 개발부담금을 징수하지 아니한다’고 규정하고 있다.

그런데 앞서 인정한 바와 같이 소외 2가 이미 2003. 4. 30. 이 사건 토지에 대하여 공장설립승인을 받았고, 그 후 소외 3을 거쳐 원고가 이를 전전승계하였을 뿐이므로, 이 사건 개발사업이 2004. 1. 1. 이후에 최초로 인가를 받은 사업임을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

⑶ 법 제10조 제3항 의 규정에 의하면 개시시점지가는 부과개시시점이 속한 연도의 부과대상토지의 개별공시지가에 그 공시지가의 기준일부터 부과개시시점까지의 정상지가상승분을 합한 가액으로 하되, 실제의 매입가액이 정상적인 거래가격이라고 객관적으로 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 그 실제의 매입가액 또는 취득가액에 그 매입일 또는 취득일부터 부과개시시점까지의 정상지가상승분을 가감한 가액을 개시시점지가로 할 수 있도록 되어 있고, 이에 따라 법 시행령 제9조 제5항 제1호 는 ‘부과개시시점 이전에 매입한 경우로서 그 매입가격이 취득세 또는 등록세의 과세표준이 된 경우’를 규정하고 있다.

살피건대, 무엇보다도 개발이익을 산정하는 기준이 되는 개시시점지가에는 부과개시시점 후의 개발이익이 포함되지 않아야 하고, 이에 따라 법 제10조 제3항 에서도 개시시점지가는 원칙적으로 부과개시시점이 속한 연도의 개별공시지가에 그 공시지가의 기준일부터 부과개시시점까지의 정상지가상승분을 합한 가액으로 한다고 규정하고 있으며, 개발사업 시행 후 그 토지를 매수하는 경우에는 이미 개발에 대한 기대 등으로 정상지가상승분을 초과하여 지가가 상승하고 있는 경우가 대부분이어서 개발사업 시행 후의 실제 매입가에서 정상지가상승분을 감하는 방법에 의하여는 개발이익을 정확히 산정하기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 부과개시시점 이후에 매입한 경우에까지 매입가격을 부과개시시점의 지가산정 기초로 하고 있지 않다 하여 법 시행령 제9조 제5항 제1호 가 헌법상 평등의 원칙이나 재산권보장의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

⑷ 양도소득세는 양도시점과 취득시점 사이에 발생한 양도차익(양도가액에서 취득가액 등의 필요경비를 공제한 나머지 금액)에 대한 소득세의 일종으로 그 과세표준인 양도차익은 개발부담금의 부과대상인 개발이익(종료시점지가에서 개시시점지가, 부과기간 동안의 정상지가상승분 및 개발비용 등을 공제한 나머지 금액)과 실질에 있어서는 같다는 점에서 법 제12조 및 법 시행령 제11조 에서는 부과개시시점 후 개발부담금의 부과 전에 토지 또는 사업의 양도 등으로 인하여 발생한 소득에 대하여 양도소득세가 부과된 경우에는 당해 세액 중 부과개시시점부터 양도시점까지에 상당하는 세액을 일 단위로 안분하여 개발비용에 계상할 수 있도록 규정하고 있다.

한편, 개인이 부동산 등의 자산을 양도한 경우에 그 양도차익에 대하여 양도소득세가 부과되는 것과는 달리 법인이 부동산 등의 자산을 양도함으로써 양도차익을 얻은 경우에는 총액주의의 원칙상 그 양도금액을 익금에 산입ㄴ하고 양도 당시의 장부가액을 손금에 산입하는 방법으로 산정된 당해 사업연도의 전체 소득에 대하여 일괄하여 법인세가 부과된다. 따라서 사업시행자가 법인으로부터 토지를 매수한 경우에는 당해 법인에 부과된 법인세액 중 양도소득세 상당액 중 부과개시시점부터 양도시점까지에 상당하는 세액을 일 단위로 안분하여 개발비용에 계상하여야 할 것이다.

갑 제28호증의 1 내지 7의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 소외 1 주식회사의 2005사업연도 법인세액 중 이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득세액 상당액이 422,603,707원인 사실이 인정되는바, 여기에 소외 1 주식회사가 이 사건 토지를 취득한 1986. 3. 14.부터 원고에게 양도한 2005. 8. 22.까지 총 7,102일 중 부과개시시점(2003. 4. 30.)부터 양도일까지 846일의 비율을 적용한 42,021,547원{계산상 50,341,134원(422,603,707원 × 846/7,102)이 되나, 원고가 주장하는 범위 내에서만 인정한다}을 개발비용으로 추가로 인정하기로 한다.

따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 있다.

라. 정당한 개발부담금

위 인정에 따라 정당한 개발부담금을 산정하면 아래와 같이 106,717,705원이 된다.

a. 종료시점지가 : 1,396,902,149원

b. 개시시점지가 : 94,193,775원

c. 개발비용 : 853,562,764원 (811,541,217원 ＋ 42,021,547원)

d. 정상지가상승액 : 22,274,787원

e. 개발이익 : 426,870,823원 [a－(b＋c＋d)]

f. 개발부담금 : 106,717,705원 (e × 0.25, 원 미만은 버림)

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 조원철(재판장) 김한철 이은상

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